MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 chromosome

Total Repeats: 68347

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
14501	NC_017167	GGC	2	6	650612	650617	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134406
14502	NC_017167	GGGCTC	2	12	650621	650632	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384134406
14503	NC_017167	CGG	3	9	650662	650670	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134406
14504	NC_017167	GAGC	2	8	650683	650690	25 %	0 %	50 %	25 %	384134406
14505	NC_017167	AAGTGA	2	12	650778	650789	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384134407
14506	NC_017167	TGG	2	6	650811	650816	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384134407
14507	NC_017167	GCC	2	6	650838	650843	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134407
14508	NC_017167	GC	3	6	650916	650921	0 %	0 %	50 %	50 %	384134407
14509	NC_017167	CGC	3	9	650919	650927	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134407
14510	NC_017167	ACG	2	6	650946	650951	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134407
14511	NC_017167	GAA	2	6	650987	650992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384134407
14512	NC_017167	CCGA	2	8	651110	651117	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
14513	NC_017167	ACG	2	6	651151	651156	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134408
14514	NC_017167	CTGC	2	8	651260	651267	0 %	25 %	25 %	50 %	384134408
14515	NC_017167	GAC	2	6	651277	651282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134408
14516	NC_017167	ATG	2	6	651307	651312	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384134408
14517	NC_017167	CGC	2	6	651323	651328	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134408
14518	NC_017167	GC	3	6	651360	651365	0 %	0 %	50 %	50 %	384134408
14519	NC_017167	ACG	2	6	651397	651402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134408
14520	NC_017167	CGC	2	6	651423	651428	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134408
14521	NC_017167	CG	3	6	651432	651437	0 %	0 %	50 %	50 %	384134408
14522	NC_017167	CGATG	2	10	651459	651468	20 %	20 %	40 %	20 %	384134408
14523	NC_017167	CGCGC	2	10	651477	651486	0 %	0 %	40 %	60 %	384134408
14524	NC_017167	CAT	2	6	651495	651500	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384134408
14525	NC_017167	GC	3	6	651523	651528	0 %	0 %	50 %	50 %	384134408
14526	NC_017167	GCT	2	6	651589	651594	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134408
14527	NC_017167	GTT	2	6	651618	651623	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384134408
14528	NC_017167	CCG	2	6	651640	651645	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134408
14529	NC_017167	CG	3	6	651657	651662	0 %	0 %	50 %	50 %	384134408
14530	NC_017167	GCC	2	6	651723	651728	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
14531	NC_017167	TCG	2	6	651742	651747	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14532	NC_017167	AGC	2	6	651824	651829	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134409
14533	NC_017167	GCC	2	6	651835	651840	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134409
14534	NC_017167	TGC	2	6	651938	651943	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134409
14535	NC_017167	TGC	2	6	652016	652021	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134409
14536	NC_017167	GTG	2	6	652034	652039	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384134409
14537	NC_017167	CGT	2	6	652203	652208	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134409
14538	NC_017167	AGCGCC	2	12	652264	652275	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384134409
14539	NC_017167	CCG	2	6	652281	652286	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134409
14540	NC_017167	TTTC	2	8	652302	652309	0 %	75 %	0 %	25 %	384134409
14541	NC_017167	GCG	2	6	652338	652343	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134409
14542	NC_017167	ATCCAC	2	12	652419	652430	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	384134409
14543	NC_017167	TTTC	2	8	652550	652557	0 %	75 %	0 %	25 %	384134409
14544	NC_017167	CCGAG	2	10	652570	652579	20 %	0 %	40 %	40 %	384134409
14545	NC_017167	TCG	2	6	652633	652638	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134409
14546	NC_017167	T	6	6	652644	652649	0 %	100 %	0 %	0 %	384134409
14547	NC_017167	CCT	2	6	652679	652684	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384134409
14548	NC_017167	A	6	6	652695	652700	100 %	0 %	0 %	0 %	384134409
14549	NC_017167	CG	3	6	652710	652715	0 %	0 %	50 %	50 %	384134409
14550	NC_017167	TTC	2	6	652783	652788	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384134409
14551	NC_017167	GC	3	6	652991	652996	0 %	0 %	50 %	50 %	384134410
14552	NC_017167	CG	3	6	653033	653038	0 %	0 %	50 %	50 %	384134410
14553	NC_017167	ACG	2	6	653043	653048	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134410
14554	NC_017167	GTC	2	6	653077	653082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134410
14555	NC_017167	ACG	2	6	653102	653107	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134410
14556	NC_017167	TCG	2	6	653113	653118	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134410
14557	NC_017167	GCC	2	6	653126	653131	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134410
14558	NC_017167	GCC	2	6	653135	653140	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134410
14559	NC_017167	CCA	2	6	653184	653189	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384134410
14560	NC_017167	AGT	2	6	653216	653221	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384134410
14561	NC_017167	CTT	2	6	653463	653468	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14562	NC_017167	TTCT	2	8	653505	653512	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
14563	NC_017167	GAAAT	2	10	653535	653544	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14564	NC_017167	CAT	2	6	653567	653572	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14565	NC_017167	CGG	2	6	653595	653600	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134411
14566	NC_017167	CCT	2	6	653628	653633	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384134411
14567	NC_017167	CG	3	6	653653	653658	0 %	0 %	50 %	50 %	384134411
14568	NC_017167	TGA	2	6	653682	653687	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384134411
14569	NC_017167	AAG	3	9	653711	653719	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384134411
14570	NC_017167	A	6	6	653864	653869	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14571	NC_017167	CAA	2	6	653876	653881	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14572	NC_017167	ACC	2	6	653960	653965	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14573	NC_017167	ACG	2	6	654216	654221	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134412
14574	NC_017167	TCC	2	6	654344	654349	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384134412
14575	NC_017167	CT	3	6	654410	654415	0 %	50 %	0 %	50 %	384134412
14576	NC_017167	GAC	2	6	654490	654495	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134412
14577	NC_017167	GC	3	6	654571	654576	0 %	0 %	50 %	50 %	384134412
14578	NC_017167	ACG	2	6	654752	654757	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134412
14579	NC_017167	CG	3	6	654780	654785	0 %	0 %	50 %	50 %	384134412
14580	NC_017167	CCA	2	6	654828	654833	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384134412
14581	NC_017167	TC	3	6	654889	654894	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14582	NC_017167	GGA	2	6	654901	654906	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14583	NC_017167	GAATG	2	10	654925	654934	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
14584	NC_017167	GAT	2	6	654987	654992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14585	NC_017167	CTG	2	6	655041	655046	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14586	NC_017167	CG	3	6	655054	655059	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14587	NC_017167	GAC	2	6	655088	655093	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134413
14588	NC_017167	CGG	2	6	655104	655109	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134413
14589	NC_017167	ATCG	2	8	655233	655240	25 %	25 %	25 %	25 %	384134413
14590	NC_017167	GCGA	2	8	655263	655270	25 %	0 %	50 %	25 %	384134413
14591	NC_017167	CCGCG	2	10	655357	655366	0 %	0 %	40 %	60 %	384134413
14592	NC_017167	GGCTT	2	10	655401	655410	0 %	40 %	40 %	20 %	384134413
14593	NC_017167	TCG	2	6	655555	655560	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134414
14594	NC_017167	CGAGGC	2	12	655577	655588	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384134414
14595	NC_017167	TCG	2	6	655618	655623	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384134414
14596	NC_017167	CGC	2	6	655660	655665	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134414
14597	NC_017167	ATCGC	2	10	655673	655682	20 %	20 %	20 %	40 %	384134414
14598	NC_017167	TGA	2	6	655703	655708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384134414
14599	NC_017167	CG	3	6	655715	655720	0 %	0 %	50 %	50 %	384134414
14600	NC_017167	CAA	2	6	655758	655763	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384134414
14601	NC_017167	CCA	2	6	655787	655792	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384134414
14602	NC_017167	CAG	2	6	655806	655811	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134414
14603	NC_017167	TTC	2	6	655818	655823	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384134414
14604	NC_017167	GGC	2	6	655842	655847	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134414
14605	NC_017167	GCC	2	6	655860	655865	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134414
14606	NC_017167	CG	3	6	655913	655918	0 %	0 %	50 %	50 %	384134414
14607	NC_017167	CGC	2	6	655931	655936	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134414
14608	NC_017167	GAG	2	6	655959	655964	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384134414
14609	NC_017167	TGGTG	2	10	656006	656015	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
14610	NC_017167	TCA	2	6	656038	656043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14611	NC_017167	CTC	2	6	656044	656049	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14612	NC_017167	CGTT	2	8	656081	656088	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14613	NC_017167	GTGC	2	8	656123	656130	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
14614	NC_017167	GATG	2	8	656138	656145	25 %	25 %	50 %	0 %	384134415
14615	NC_017167	CGG	2	6	656153	656158	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134415
14616	NC_017167	GAGC	2	8	656159	656166	25 %	0 %	50 %	25 %	384134415
14617	NC_017167	AGC	2	6	656192	656197	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384134415
14618	NC_017167	CGAC	2	8	656213	656220	25 %	0 %	25 %	50 %	384134415
14619	NC_017167	GCC	2	6	656310	656315	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384134415
14620	NC_017167	GGC	2	6	656349	656354	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134415
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14622	NC_017167	GCG	2	6	656448	656453	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384134415
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14726	NC_017167	CCGC	2	8	660701	660708	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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14729	NC_017167	CTAC	2	8	660918	660925	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
14730	NC_017167	AC	3	6	660924	660929	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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14742	NC_017167	ATGA	2	8	661658	661665	50 %	25 %	25 %	0 %	384134417
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