MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 chromosome

Total Repeats: 68347

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
53001	NC_017167	GCC	2	6	2445187	2445192	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136284
53002	NC_017167	CTC	2	6	2445211	2445216	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384136284
53003	NC_017167	TCG	2	6	2445227	2445232	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136284
53004	NC_017167	CG	4	8	2445243	2445250	0 %	0 %	50 %	50 %	384136284
53005	NC_017167	CGGG	2	8	2445288	2445295	0 %	0 %	75 %	25 %	384136284
53006	NC_017167	GTC	2	6	2445340	2445345	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136284
53007	NC_017167	CAC	2	6	2445351	2445356	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384136284
53008	NC_017167	CGT	2	6	2445455	2445460	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136284
53009	NC_017167	GTG	2	6	2445505	2445510	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384136284
53010	NC_017167	CGG	2	6	2445542	2445547	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384136284
53011	NC_017167	GCC	2	6	2445665	2445670	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136284
53012	NC_017167	CGG	2	6	2445720	2445725	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384136284
53013	NC_017167	CCG	2	6	2445728	2445733	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136284
53014	NC_017167	TCGCCG	2	12	2445779	2445790	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	384136284
53015	NC_017167	CGA	2	6	2445791	2445796	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136284
53016	NC_017167	CG	3	6	2445838	2445843	0 %	0 %	50 %	50 %	384136284
53017	NC_017167	TCA	2	6	2445857	2445862	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384136284
53018	NC_017167	CCA	2	6	2445914	2445919	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384136285
53019	NC_017167	CGG	2	6	2445944	2445949	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384136285
53020	NC_017167	T	6	6	2445966	2445971	0 %	100 %	0 %	0 %	384136285
53021	NC_017167	TCC	2	6	2446114	2446119	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384136285
53022	NC_017167	TA	3	6	2446221	2446226	50 %	50 %	0 %	0 %	384136285
53023	NC_017167	CCA	2	6	2446238	2446243	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384136285
53024	NC_017167	CAA	2	6	2446269	2446274	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384136285
53025	NC_017167	GTA	3	9	2446317	2446325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384136285
53026	NC_017167	CGA	2	6	2446337	2446342	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136285
53027	NC_017167	AAC	2	6	2446479	2446484	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384136286
53028	NC_017167	GAG	2	6	2446499	2446504	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384136286
53029	NC_017167	AGC	2	6	2446566	2446571	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136286
53030	NC_017167	GC	3	6	2446570	2446575	0 %	0 %	50 %	50 %	384136286
53031	NC_017167	TGA	2	6	2446582	2446587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384136286
53032	NC_017167	GC	4	8	2446620	2446627	0 %	0 %	50 %	50 %	384136286
53033	NC_017167	C	6	6	2446634	2446639	0 %	0 %	0 %	100 %	384136286
53034	NC_017167	TCG	2	6	2446650	2446655	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136286
53035	NC_017167	TGC	2	6	2446698	2446703	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136286
53036	NC_017167	CG	3	6	2446718	2446723	0 %	0 %	50 %	50 %	384136286
53037	NC_017167	CG	3	6	2446730	2446735	0 %	0 %	50 %	50 %	384136286
53038	NC_017167	AGC	2	6	2446770	2446775	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136286
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53040	NC_017167	CTC	2	6	2446853	2446858	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384136286
53041	NC_017167	CA	3	6	2446876	2446881	50 %	0 %	0 %	50 %	384136286
53042	NC_017167	CGT	2	6	2447065	2447070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136286
53043	NC_017167	GTA	2	6	2447150	2447155	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384136286
53044	NC_017167	CGG	2	6	2447166	2447171	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384136286
53045	NC_017167	CCA	2	6	2447176	2447181	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384136286
53046	NC_017167	GCAC	2	8	2447198	2447205	25 %	0 %	25 %	50 %	384136286
53047	NC_017167	GAG	2	6	2447207	2447212	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384136286
53048	NC_017167	GGA	2	6	2447226	2447231	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384136286
53049	NC_017167	CTC	3	9	2447255	2447263	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384136286
53050	NC_017167	CGC	2	6	2447341	2447346	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136286
53051	NC_017167	AC	3	6	2447354	2447359	50 %	0 %	0 %	50 %	384136286
53052	NC_017167	CGT	2	6	2447363	2447368	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136286
53053	NC_017167	CGC	2	6	2447405	2447410	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136286
53054	NC_017167	GAA	2	6	2447425	2447430	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384136286
53055	NC_017167	CCG	2	6	2447445	2447450	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136286
53056	NC_017167	CGA	2	6	2447453	2447458	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136286
53057	NC_017167	GGT	2	6	2447564	2447569	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384136286
53058	NC_017167	GGC	2	6	2447669	2447674	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
53059	NC_017167	CGTC	2	8	2447701	2447708	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
53060	NC_017167	CGG	2	6	2447790	2447795	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
53061	NC_017167	GGA	3	9	2447813	2447821	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53062	NC_017167	CGT	2	6	2447863	2447868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136287
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53066	NC_017167	CGC	2	6	2448116	2448121	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136287
53067	NC_017167	TCG	2	6	2448207	2448212	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136287
53068	NC_017167	CCT	2	6	2448295	2448300	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384136287
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53071	NC_017167	CGCGTG	2	12	2448346	2448357	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	384136287
53072	NC_017167	GTT	2	6	2448358	2448363	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384136287
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53076	NC_017167	GC	3	6	2448609	2448614	0 %	0 %	50 %	50 %	384136287
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53082	NC_017167	CGGC	3	12	2448879	2448890	0 %	0 %	50 %	50 %	384136287
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53085	NC_017167	GAGC	2	8	2448904	2448911	25 %	0 %	50 %	25 %	384136287
53086	NC_017167	GC	3	6	2448998	2449003	0 %	0 %	50 %	50 %	384136288
53087	NC_017167	GCG	2	6	2449030	2449035	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384136288
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53089	NC_017167	CG	3	6	2449175	2449180	0 %	0 %	50 %	50 %	384136288
53090	NC_017167	GGCG	2	8	2449203	2449210	0 %	0 %	75 %	25 %	384136288
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53099	NC_017167	CAT	2	6	2449911	2449916	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384136288
53100	NC_017167	CGT	2	6	2449977	2449982	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136288
53101	NC_017167	ATCC	2	8	2450025	2450032	25 %	25 %	0 %	50 %	384136288
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53104	NC_017167	TCA	2	6	2450186	2450191	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384136288
53105	NC_017167	TCACC	2	10	2450262	2450271	20 %	20 %	0 %	60 %	384136289
53106	NC_017167	CG	3	6	2450294	2450299	0 %	0 %	50 %	50 %	384136289
53107	NC_017167	GTC	2	6	2450318	2450323	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136289
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53109	NC_017167	CGC	2	6	2450422	2450427	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136289
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53115	NC_017167	GAT	2	6	2450816	2450821	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384136290
53116	NC_017167	CGC	2	6	2450931	2450936	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136290
53117	NC_017167	CA	3	6	2451045	2451050	50 %	0 %	0 %	50 %	384136290
53118	NC_017167	CCGGG	2	10	2451063	2451072	0 %	0 %	60 %	40 %	384136290
53119	NC_017167	CATA	2	8	2451108	2451115	50 %	25 %	0 %	25 %	384136290
53120	NC_017167	ACG	2	6	2451143	2451148	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136290
53121	NC_017167	CG	3	6	2451225	2451230	0 %	0 %	50 %	50 %	384136290
53122	NC_017167	CAC	2	6	2451256	2451261	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384136290
53123	NC_017167	GGCC	2	8	2451369	2451376	0 %	0 %	50 %	50 %	384136291
53124	NC_017167	CGTGG	2	10	2451386	2451395	0 %	20 %	60 %	20 %	384136291
53125	NC_017167	TGCG	2	8	2451410	2451417	0 %	25 %	50 %	25 %	384136291
53126	NC_017167	GGT	2	6	2451432	2451437	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384136291
53127	NC_017167	ACG	2	6	2451447	2451452	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136291
53128	NC_017167	CG	4	8	2451480	2451487	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53129	NC_017167	CAT	2	6	2451542	2451547	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53130	NC_017167	GC	3	6	2451563	2451568	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53131	NC_017167	CCT	2	6	2451580	2451585	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53132	NC_017167	CAG	2	6	2451708	2451713	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136292
53133	NC_017167	CCG	2	6	2451787	2451792	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136292
53134	NC_017167	CG	3	6	2451833	2451838	0 %	0 %	50 %	50 %	384136292
53135	NC_017167	GCT	2	6	2451868	2451873	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136292
53136	NC_017167	AC	3	6	2451895	2451900	50 %	0 %	0 %	50 %	384136292
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53139	NC_017167	GCC	2	6	2452166	2452171	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136292
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53144	NC_017167	AGT	2	6	2452471	2452476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384136292
53145	NC_017167	CGA	2	6	2452477	2452482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136292
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53147	NC_017167	CG	3	6	2452503	2452508	0 %	0 %	50 %	50 %	384136292
53148	NC_017167	CCA	2	6	2452564	2452569	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384136292
53149	NC_017167	CGGA	2	8	2452654	2452661	25 %	0 %	50 %	25 %	384136292
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53151	NC_017167	CAG	2	6	2452741	2452746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136292
53152	NC_017167	CT	3	6	2452851	2452856	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53153	NC_017167	A	6	6	2452969	2452974	100 %	0 %	0 %	0 %	384136293
53154	NC_017167	GGC	2	6	2453079	2453084	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384136293
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53158	NC_017167	TGC	2	6	2453299	2453304	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136293
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53162	NC_017167	ATT	2	6	2453540	2453545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384136293
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53186	NC_017167	TAC	2	6	2454500	2454505	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384136293
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53191	NC_017167	CG	3	6	2454734	2454739	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53192	NC_017167	GAGG	2	8	2454890	2454897	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
53193	NC_017167	GAA	2	6	2454911	2454916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384136294
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53195	NC_017167	CAT	3	9	2454965	2454973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384136294
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53200	NC_017167	TCG	2	6	2455213	2455218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136294
53201	NC_017167	CG	3	6	2455237	2455242	0 %	0 %	50 %	50 %	384136294
53202	NC_017167	TCG	2	6	2455265	2455270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53203	NC_017167	CGC	2	6	2455299	2455304	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53204	NC_017167	CGAGTA	2	12	2455486	2455497	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53205	NC_017167	TCG	2	6	2455584	2455589	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136295
53206	NC_017167	GTC	2	6	2455683	2455688	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136295
53207	NC_017167	TG	3	6	2455712	2455717	0 %	50 %	50 %	0 %	384136295
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53210	NC_017167	TCA	2	6	2455802	2455807	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384136295
53211	NC_017167	ATTG	2	8	2455880	2455887	25 %	50 %	25 %	0 %	384136295
53212	NC_017167	GTCT	2	8	2455900	2455907	0 %	50 %	25 %	25 %	384136295
53213	NC_017167	GCG	2	6	2455933	2455938	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384136295
53214	NC_017167	ATG	2	6	2456055	2456060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384136295
53215	NC_017167	CAT	2	6	2456112	2456117	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384136295
53216	NC_017167	GAG	2	6	2456160	2456165	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384136295
53217	NC_017167	AGG	2	6	2456254	2456259	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384136295
53218	NC_017167	CGA	2	6	2456264	2456269	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136295
53219	NC_017167	CGT	2	6	2456306	2456311	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136295
53220	NC_017167	TGA	2	6	2456342	2456347	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384136295
53221	NC_017167	GAG	2	6	2456353	2456358	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384136295
53222	NC_017167	GAC	2	6	2456391	2456396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136296
53223	NC_017167	CGT	2	6	2456433	2456438	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136296
53224	NC_017167	GCG	2	6	2456446	2456451	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384136296
53225	NC_017167	CA	3	6	2456517	2456522	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
53226	NC_017167	CAAC	2	8	2456599	2456606	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
53227	NC_017167	CACAC	2	10	2456621	2456630	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
53228	NC_017167	TCA	2	6	2456676	2456681	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384136297
53229	NC_017167	GGC	2	6	2456728	2456733	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384136297
53230	NC_017167	TTC	2	6	2456801	2456806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384136297
53231	NC_017167	ACA	2	6	2456862	2456867	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384136297
53232	NC_017167	CAA	2	6	2456888	2456893	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384136297
53233	NC_017167	CCAA	2	8	2456998	2457005	50 %	0 %	0 %	50 %	384136297
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53312	NC_017167	CTC	2	6	2460621	2460626	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384136300
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53330	NC_017167	GCG	2	6	2461186	2461191	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384136300
53331	NC_017167	TTC	2	6	2461266	2461271	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384136300
53332	NC_017167	TGG	2	6	2461390	2461395	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384136300
53333	NC_017167	CGA	2	6	2461414	2461419	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136300
53334	NC_017167	GC	3	6	2461447	2461452	0 %	0 %	50 %	50 %	384136300
53335	NC_017167	CGC	2	6	2461466	2461471	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136300
53336	NC_017167	CA	3	6	2461528	2461533	50 %	0 %	0 %	50 %	384136300
53337	NC_017167	GCC	2	6	2461552	2461557	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53338	NC_017167	GCC	2	6	2461589	2461594	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136301
53339	NC_017167	GCA	2	6	2461632	2461637	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136301
53340	NC_017167	TCTT	2	8	2461649	2461656	0 %	75 %	0 %	25 %	384136301
53341	NC_017167	GGCGCG	2	12	2461693	2461704	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384136301
53342	NC_017167	AGC	2	6	2461730	2461735	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136301
53343	NC_017167	CCT	2	6	2461782	2461787	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384136301
53344	NC_017167	TCG	2	6	2461796	2461801	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136301
53345	NC_017167	GC	4	8	2461858	2461865	0 %	0 %	50 %	50 %	384136301
53346	NC_017167	GCC	2	6	2461919	2461924	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136301
53347	NC_017167	TCC	2	6	2461946	2461951	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384136301
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53349	NC_017167	GCG	2	6	2462036	2462041	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384136301
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53451	NC_017167	CG	3	6	2466670	2466675	0 %	0 %	50 %	50 %	384136306
53452	NC_017167	GGC	2	6	2466684	2466689	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384136306
53453	NC_017167	GCCAG	2	10	2466744	2466753	20 %	0 %	40 %	40 %	384136306
53454	NC_017167	GC	3	6	2466777	2466782	0 %	0 %	50 %	50 %	384136306
53455	NC_017167	GC	3	6	2466788	2466793	0 %	0 %	50 %	50 %	384136306
53456	NC_017167	CCG	2	6	2466819	2466824	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384136306
53457	NC_017167	CGT	2	6	2466834	2466839	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136306
53458	NC_017167	CG	3	6	2466867	2466872	0 %	0 %	50 %	50 %	384136306
53459	NC_017167	TGA	2	6	2466911	2466916	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384136306
53460	NC_017167	CGA	2	6	2466939	2466944	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136306
53461	NC_017167	TCG	2	6	2466977	2466982	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384136306
53462	NC_017167	CGG	2	6	2467038	2467043	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384136306
53463	NC_017167	AGC	2	6	2467101	2467106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384136306
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53465	NC_017167	CGC	2	6	2467222	2467227	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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