MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 plasmid pLAtc1

Total Repeats: 188

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015852	AGCA	2	8	16	23	50 %	0 %	25 %	25 %	340783882
2	NC_015852	CGA	2	6	126	131	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783882
3	NC_015852	CGC	2	6	135	140	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783882
4	NC_015852	GAA	2	6	148	153	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783882
5	NC_015852	TGC	2	6	165	170	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783882
6	NC_015852	GCA	2	6	182	187	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783882
7	NC_015852	CAT	2	6	207	212	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783882
8	NC_015852	AGC	2	6	230	235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783882
9	NC_015852	GGA	2	6	252	257	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783882
10	NC_015852	GAA	2	6	277	282	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783882
11	NC_015852	ACC	2	6	296	301	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783882
12	NC_015852	TTG	2	6	386	391	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783882
13	NC_015852	AAG	2	6	556	561	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783882
14	NC_015852	CGGCG	2	10	618	627	0 %	0 %	60 %	40 %	340783882
15	NC_015852	ATC	2	6	628	633	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783882
16	NC_015852	AGC	2	6	672	677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783882
17	NC_015852	CGCAA	2	10	760	769	40 %	0 %	20 %	40 %	340783882
18	NC_015852	CGC	2	6	812	817	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783882
19	NC_015852	GCA	2	6	822	827	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783882
20	NC_015852	AGCGC	2	10	831	840	20 %	0 %	40 %	40 %	340783882
21	NC_015852	CGC	2	6	909	914	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783882
22	NC_015852	AGC	2	6	944	949	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783882
23	NC_015852	AGGAGC	2	12	950	961	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	340783882
24	NC_015852	GCAA	2	8	962	969	50 %	0 %	25 %	25 %	340783882
25	NC_015852	AGC	2	6	977	982	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783882
26	NC_015852	CGC	2	6	991	996	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783882
27	NC_015852	GCC	2	6	1063	1068	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783882
28	NC_015852	AGC	2	6	1112	1117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783882
29	NC_015852	GGC	2	6	1127	1132	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783882
30	NC_015852	GGC	2	6	1205	1210	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783882
31	NC_015852	GCC	2	6	1254	1259	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783882
32	NC_015852	CGC	2	6	1262	1267	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783882
33	NC_015852	TCG	2	6	1295	1300	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783882
34	NC_015852	CAG	2	6	1303	1308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783882
35	NC_015852	GAC	2	6	1327	1332	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783882
36	NC_015852	GCG	2	6	1340	1345	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783882
37	NC_015852	GT	3	6	1349	1354	0 %	50 %	50 %	0 %	340783882
38	NC_015852	GCC	2	6	1417	1422	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783882
39	NC_015852	AG	3	6	1578	1583	50 %	0 %	50 %	0 %	340783882
40	NC_015852	AGC	2	6	1604	1609	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783882
41	NC_015852	CATC	2	8	1664	1671	25 %	25 %	0 %	50 %	340783882
42	NC_015852	AAG	2	6	1690	1695	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783882
43	NC_015852	AAG	2	6	1714	1719	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783882
44	NC_015852	AGA	2	6	1746	1751	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783882
45	NC_015852	TAC	2	6	1807	1812	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783882
46	NC_015852	CGT	2	6	1905	1910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783882
47	NC_015852	CAT	2	6	1941	1946	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783882
48	NC_015852	GGA	2	6	2100	2105	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783882
49	NC_015852	CGT	2	6	2143	2148	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783882
50	NC_015852	GGCA	2	8	2201	2208	25 %	0 %	50 %	25 %	340783882
51	NC_015852	GCC	2	6	2407	2412	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783882
52	NC_015852	GCA	2	6	2469	2474	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783882
53	NC_015852	GCG	2	6	2539	2544	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_015852	CCG	2	6	2608	2613	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783883
55	NC_015852	GAC	2	6	2700	2705	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783883
56	NC_015852	CTTGG	2	10	2796	2805	0 %	40 %	40 %	20 %	340783883
57	NC_015852	G	6	6	3036	3041	0 %	0 %	100 %	0 %	340783884
58	NC_015852	GCA	2	6	3092	3097	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783884
59	NC_015852	ACA	2	6	3103	3108	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783884
60	NC_015852	GCT	2	6	3149	3154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783884
61	NC_015852	GGCA	2	8	3181	3188	25 %	0 %	50 %	25 %	340783884
62	NC_015852	ACA	2	6	3212	3217	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783884
63	NC_015852	CAG	2	6	3235	3240	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783884
64	NC_015852	CGC	2	6	3357	3362	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783884
65	NC_015852	CAC	2	6	3400	3405	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783884
66	NC_015852	GGC	2	6	3651	3656	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783884
67	NC_015852	CGTCC	2	10	3745	3754	0 %	20 %	20 %	60 %	340783884
68	NC_015852	GGT	2	6	3756	3761	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783884
69	NC_015852	TGG	2	6	3891	3896	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783884
70	NC_015852	TTC	2	6	3938	3943	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783884
71	NC_015852	GCA	2	6	4014	4019	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783884
72	NC_015852	GCC	2	6	4207	4212	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783884
73	NC_015852	TGC	2	6	4234	4239	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783884
74	NC_015852	TCT	2	6	4260	4265	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783884
75	NC_015852	GAT	2	6	4284	4289	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783884
76	NC_015852	CGG	2	6	4411	4416	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783884
77	NC_015852	GC	3	6	4432	4437	0 %	0 %	50 %	50 %	340783884
78	NC_015852	TCA	2	6	4461	4466	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783884
79	NC_015852	GCC	2	6	4473	4478	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783884
80	NC_015852	ACA	2	6	4536	4541	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_015852	TGC	2	6	4617	4622	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783885
82	NC_015852	CCA	2	6	4656	4661	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783885
83	NC_015852	GAT	2	6	4743	4748	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783885
84	NC_015852	CA	3	6	4864	4869	50 %	0 %	0 %	50 %	340783885
85	NC_015852	CTG	2	6	4871	4876	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783885
86	NC_015852	TCT	2	6	5026	5031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_015852	AAC	2	6	5041	5046	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_015852	CGG	2	6	5100	5105	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_015852	TGTTT	2	10	5140	5149	0 %	80 %	20 %	0 %	340783886
90	NC_015852	CGT	2	6	5267	5272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783886
91	NC_015852	GGTC	2	8	5397	5404	0 %	25 %	50 %	25 %	340783886
92	NC_015852	TGC	2	6	5441	5446	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783886
93	NC_015852	TCG	2	6	5510	5515	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783886
94	NC_015852	CAG	2	6	5530	5535	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783886
95	NC_015852	GAT	2	6	5569	5574	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783886
96	NC_015852	CACG	2	8	5604	5611	25 %	0 %	25 %	50 %	340783886
97	NC_015852	ACC	2	6	5675	5680	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783886
98	NC_015852	CTG	2	6	5689	5694	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783886
99	NC_015852	TGC	2	6	5732	5737	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783886
100	NC_015852	CCA	2	6	5793	5798	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783886
101	NC_015852	TCA	2	6	5819	5824	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783886
102	NC_015852	GCGT	2	8	5969	5976	0 %	25 %	50 %	25 %	340783886
103	NC_015852	TGCT	2	8	5984	5991	0 %	50 %	25 %	25 %	340783886
104	NC_015852	C	6	6	6000	6005	0 %	0 %	0 %	100 %	340783887
105	NC_015852	CAG	2	6	6026	6031	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783887
106	NC_015852	CAA	2	6	6041	6046	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783887
107	NC_015852	CGT	2	6	6091	6096	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783887
108	NC_015852	TGCT	2	8	6102	6109	0 %	50 %	25 %	25 %	340783887
109	NC_015852	GTCA	2	8	6167	6174	25 %	25 %	25 %	25 %	340783887
110	NC_015852	CGCTT	2	10	6182	6191	0 %	40 %	20 %	40 %	340783887
111	NC_015852	GCGT	2	8	6221	6228	0 %	25 %	50 %	25 %	340783887
112	NC_015852	C	6	6	6247	6252	0 %	0 %	0 %	100 %	340783887
113	NC_015852	GCC	2	6	6255	6260	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783887
114	NC_015852	TGC	2	6	6261	6266	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783887
115	NC_015852	ATG	2	6	6305	6310	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783887
116	NC_015852	GCC	2	6	6324	6329	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783887
117	NC_015852	TGG	2	6	6334	6339	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783887
118	NC_015852	TCG	2	6	6393	6398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783887
119	NC_015852	CGC	2	6	6585	6590	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783887
120	NC_015852	CGC	2	6	6667	6672	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783887
121	NC_015852	A	6	6	6713	6718	100 %	0 %	0 %	0 %	340783887
122	NC_015852	GGC	2	6	6798	6803	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783887
123	NC_015852	GCC	2	6	6816	6821	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783887
124	NC_015852	ATA	2	6	6822	6827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783887
125	NC_015852	GCCGC	2	10	6895	6904	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
126	NC_015852	GCCA	2	8	6924	6931	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
127	NC_015852	CTT	2	6	6976	6981	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_015852	CTG	2	6	6991	6996	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_015852	CCG	3	9	7023	7031	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_015852	CGC	2	6	7039	7044	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_015852	GCC	3	9	7067	7075	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_015852	ACCC	2	8	7145	7152	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
133	NC_015852	C	6	6	7150	7155	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
134	NC_015852	ATCC	2	8	7245	7252	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_015852	ATC	2	6	7266	7271	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_015852	GCC	2	6	7290	7295	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_015852	GGC	2	6	7302	7307	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_015852	GCCTT	2	10	7315	7324	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_015852	AC	3	6	7360	7365	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_015852	CCCCG	2	10	7366	7375	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
141	NC_015852	A	7	7	7452	7458	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015852	CCAG	2	8	7459	7466	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_015852	GGCG	2	8	7486	7493	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
144	NC_015852	ATG	2	6	7521	7526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783888
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152	NC_015852	TGC	2	6	7889	7894	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783888
153	NC_015852	TGC	2	6	7916	7921	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783888
154	NC_015852	TGC	2	6	7965	7970	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783888
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162	NC_015852	ATCC	2	8	8578	8585	25 %	25 %	0 %	50 %	340783889
163	NC_015852	CGC	2	6	8687	8692	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783889
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169	NC_015852	GGC	2	6	8867	8872	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783890
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171	NC_015852	T	6	6	8907	8912	0 %	100 %	0 %	0 %	340783890
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177	NC_015852	TTG	2	6	9209	9214	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
178	NC_015852	CTG	2	6	9239	9244	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_015852	TAG	2	6	9251	9256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
180	NC_015852	GCTTC	2	10	9338	9347	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
181	NC_015852	GCG	2	6	9398	9403	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
182	NC_015852	CTT	2	6	9409	9414	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_015852	AC	3	6	9425	9430	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
184	NC_015852	CCCCGC	2	12	9431	9442	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
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186	NC_015852	CCG	3	9	9588	9596	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783891
187	NC_015852	TGG	2	6	9728	9733	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783891
188	NC_015852	AAG	2	6	9773	9778	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783891

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.