MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI03

Total Repeats: 152

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013208	CACC	2	8	2	9	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
2	NC_013208	CCGCG	2	10	140	149	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
3	NC_013208	CGC	2	6	168	173	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_013208	GGC	2	6	196	201	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_013208	CGC	2	6	207	212	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_013208	C	6	6	222	227	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
7	NC_013208	GCGCG	2	10	240	249	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
8	NC_013208	TG	3	6	275	280	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013208	CGT	2	6	319	324	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_013208	CGACA	2	10	407	416	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_013208	GGC	2	6	456	461	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_013208	CAAA	2	8	474	481	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_013208	CTG	2	6	525	530	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793136
14	NC_013208	TCA	2	6	623	628	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793136
15	NC_013208	TCC	2	6	637	642	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257793137
16	NC_013208	TTG	2	6	651	656	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793137
17	NC_013208	T	6	6	689	694	0 %	100 %	0 %	0 %	257793137
18	NC_013208	CAC	2	6	734	739	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793137
19	NC_013208	GGC	2	6	826	831	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793137
20	NC_013208	CCT	2	6	859	864	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257793137
21	NC_013208	AAC	2	6	942	947	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257793137
22	NC_013208	GC	3	6	969	974	0 %	0 %	50 %	50 %	257793137
23	NC_013208	CAC	2	6	977	982	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793137
24	NC_013208	CTTC	2	8	1116	1123	0 %	50 %	0 %	50 %	257793137
25	NC_013208	CG	3	6	1124	1129	0 %	0 %	50 %	50 %	257793137
26	NC_013208	AGTA	2	8	1161	1168	50 %	25 %	25 %	0 %	257793137
27	NC_013208	GAA	2	6	1259	1264	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793137
28	NC_013208	GGT	2	6	1294	1299	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793137
29	NC_013208	CCAT	2	8	1306	1313	25 %	25 %	0 %	50 %	257793137
30	NC_013208	GGAACG	2	12	1330	1341	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	257793137
31	NC_013208	T	6	6	1388	1393	0 %	100 %	0 %	0 %	257793137
32	NC_013208	CGA	2	6	1435	1440	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793137
33	NC_013208	TGC	2	6	1469	1474	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793137
34	NC_013208	GTC	3	9	1653	1661	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793137
35	NC_013208	GAA	2	6	1886	1891	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793137
36	NC_013208	CTG	2	6	1893	1898	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793137
37	NC_013208	ATT	2	6	1964	1969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	257793137
38	NC_013208	TCG	2	6	1975	1980	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793137
39	NC_013208	CGC	2	6	2039	2044	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793137
40	NC_013208	CTT	2	6	2051	2056	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793137
41	NC_013208	AGT	2	6	2101	2106	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793137
42	NC_013208	ACG	2	6	2107	2112	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793137
43	NC_013208	AG	3	6	2125	2130	50 %	0 %	50 %	0 %	257793137
44	NC_013208	TCG	2	6	2175	2180	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793137
45	NC_013208	CCG	2	6	2218	2223	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793137
46	NC_013208	CTG	2	6	2243	2248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793137
47	NC_013208	AGT	2	6	2254	2259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793137
48	NC_013208	ATGT	2	8	2331	2338	25 %	50 %	25 %	0 %	257793137
49	NC_013208	AG	3	6	2731	2736	50 %	0 %	50 %	0 %	257793137
50	NC_013208	AAG	2	6	2737	2742	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793137
51	NC_013208	AC	3	6	2764	2769	50 %	0 %	0 %	50 %	257793137
52	NC_013208	ACGGG	2	10	2872	2881	20 %	0 %	60 %	20 %	257793137
53	NC_013208	TTC	2	6	2900	2905	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793137
54	NC_013208	GATC	2	8	2941	2948	25 %	25 %	25 %	25 %	257793137
55	NC_013208	TCG	2	6	3009	3014	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793137
56	NC_013208	CGT	2	6	3015	3020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793137
57	NC_013208	CGAC	2	8	3100	3107	25 %	0 %	25 %	50 %	257793137
58	NC_013208	GTA	2	6	3185	3190	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793137
59	NC_013208	GCC	2	6	3196	3201	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793137
60	NC_013208	GAA	2	6	3236	3241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793137
61	NC_013208	TCG	3	9	3291	3299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793137
62	NC_013208	CGT	2	6	3301	3306	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793137
63	NC_013208	CCCA	2	8	3369	3376	25 %	0 %	0 %	75 %	257793137
64	NC_013208	TCT	2	6	3391	3396	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793137
65	NC_013208	TGG	2	6	3448	3453	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793137
66	NC_013208	CG	3	6	3466	3471	0 %	0 %	50 %	50 %	257793137
67	NC_013208	GCC	2	6	3528	3533	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793137
68	NC_013208	CCG	2	6	3538	3543	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793137
69	NC_013208	TTC	2	6	3556	3561	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793137
70	NC_013208	CA	3	6	3592	3597	50 %	0 %	0 %	50 %	257793137
71	NC_013208	ACC	2	6	3607	3612	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793137
72	NC_013208	TTG	2	6	3704	3709	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793137
73	NC_013208	CAC	2	6	3714	3719	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793137
74	NC_013208	ACCA	2	8	3758	3765	50 %	0 %	0 %	50 %	257793137
75	NC_013208	AC	3	6	3938	3943	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_013208	ACC	2	6	3975	3980	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_013208	AG	3	6	3990	3995	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013208	TCCCCC	2	12	4036	4047	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
79	NC_013208	C	7	7	4043	4049	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
80	NC_013208	GA	4	8	4059	4066	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013208	AGA	2	6	4075	4080	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013208	TG	3	6	4206	4211	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013208	ACC	2	6	4367	4372	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_013208	TTG	2	6	4438	4443	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013208	TTC	2	6	4483	4488	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_013208	TCG	2	6	4490	4495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_013208	AACCC	2	10	4588	4597	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_013208	TTC	2	6	4600	4605	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_013208	CAG	2	6	4624	4629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_013208	CCTTC	2	10	4728	4737	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
91	NC_013208	TAC	2	6	4739	4744	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_013208	AGG	2	6	4783	4788	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013208	TCG	2	6	4815	4820	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_013208	AGG	2	6	4821	4826	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013208	GATT	2	8	4933	4940	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013208	GGCG	2	8	4961	4968	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
97	NC_013208	CCG	2	6	4975	4980	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_013208	GC	3	6	4990	4995	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
99	NC_013208	ACA	2	6	5009	5014	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_013208	CG	3	6	5044	5049	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
101	NC_013208	CGG	3	9	5057	5065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_013208	CG	3	6	5176	5181	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
103	NC_013208	GTC	2	6	5304	5309	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793138
104	NC_013208	CCA	2	6	5487	5492	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793138
105	NC_013208	GC	3	6	5512	5517	0 %	0 %	50 %	50 %	257793138
106	NC_013208	CGC	2	6	5545	5550	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793138
107	NC_013208	GAC	2	6	5565	5570	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793138
108	NC_013208	TGA	2	6	5697	5702	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793138
109	NC_013208	CTG	2	6	5786	5791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793138
110	NC_013208	CAC	2	6	5831	5836	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793138
111	NC_013208	GAC	2	6	5854	5859	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793138
112	NC_013208	TCCAT	2	10	5883	5892	20 %	40 %	0 %	40 %	257793138
113	NC_013208	CCT	2	6	5935	5940	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_013208	TCCAA	2	10	6066	6075	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_013208	CGC	2	6	6076	6081	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_013208	GAA	2	6	6093	6098	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013208	GCC	2	6	6101	6106	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_013208	CGAT	2	8	6192	6199	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_013208	GAA	2	6	6205	6210	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013208	CTT	2	6	6213	6218	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_013208	CTT	2	6	6234	6239	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_013208	CCA	2	6	6289	6294	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_013208	CAA	2	6	6323	6328	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_013208	AAT	2	6	6408	6413	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013208	CAC	2	6	6442	6447	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793139
126	NC_013208	CCCCA	2	10	6484	6493	20 %	0 %	0 %	80 %	257793139
127	NC_013208	GCG	2	6	6517	6522	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793139
128	NC_013208	AT	3	6	6650	6655	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013208	GGC	2	6	6697	6702	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_013208	TCAA	2	8	6708	6715	50 %	25 %	0 %	25 %	257793140
131	NC_013208	TCT	2	6	6781	6786	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793140
132	NC_013208	GAA	2	6	6833	6838	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793140
133	NC_013208	CTT	2	6	6954	6959	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793140
134	NC_013208	CTG	2	6	7040	7045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793140
135	NC_013208	CCA	2	6	7088	7093	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793140
136	NC_013208	CCG	2	6	7121	7126	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793140
137	NC_013208	CTT	2	6	7194	7199	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793140
138	NC_013208	CG	3	6	7214	7219	0 %	0 %	50 %	50 %	257793140
139	NC_013208	TGG	2	6	7233	7238	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793140
140	NC_013208	CGT	2	6	7259	7264	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793140
141	NC_013208	GAA	2	6	7269	7274	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793140
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.