MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI02

Total Repeats: 1703

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013207	GGA	2	6	8	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013207	TCT	2	6	14	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_013207	GTT	2	6	53	58	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013207	CG	3	6	84	89	0 %	0 %	50 %	50 %	257793043
5	NC_013207	GGC	2	6	113	118	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793043
6	NC_013207	CG	3	6	230	235	0 %	0 %	50 %	50 %	257793043
7	NC_013207	GA	3	6	266	271	50 %	0 %	50 %	0 %	257793043
8	NC_013207	GATGAA	2	12	316	327	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	257793043
9	NC_013207	AGTA	2	8	356	363	50 %	25 %	25 %	0 %	257793043
10	NC_013207	GAT	2	6	490	495	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013207	ATT	2	6	633	638	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013207	AT	3	6	643	648	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013207	TG	3	6	669	674	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013207	TTG	2	6	734	739	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013207	TG	3	6	738	743	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013207	TC	3	6	761	766	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_013207	T	7	7	776	782	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013207	GAG	2	6	804	809	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013207	GAA	2	6	867	872	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013207	ATC	2	6	927	932	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_013207	ATA	2	6	934	939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013207	ATT	2	6	955	960	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013207	TGA	2	6	1027	1032	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013207	GGA	2	6	1173	1178	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013207	ACG	2	6	1208	1213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_013207	GT	3	6	1234	1239	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013207	TATG	2	8	1267	1274	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013207	TGC	2	6	1324	1329	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_013207	GT	3	6	1369	1374	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013207	ATG	2	6	1413	1418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013207	GAT	2	6	1419	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013207	GATTC	2	10	1457	1466	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_013207	AC	3	6	1472	1477	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_013207	GAA	2	6	1492	1497	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013207	GGT	2	6	1500	1505	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013207	ATG	2	6	1518	1523	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013207	CTTTGA	2	12	1568	1579	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_013207	ACT	2	6	1668	1673	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_013207	TCT	2	6	1698	1703	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_013207	CA	3	6	1737	1742	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_013207	TC	3	6	1778	1783	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_013207	TCG	2	6	1862	1867	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793044
43	NC_013207	ATC	3	9	1877	1885	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793044
44	NC_013207	G	8	8	1893	1900	0 %	0 %	100 %	0 %	257793044
45	NC_013207	CAAAC	2	10	1957	1966	60 %	0 %	0 %	40 %	257793044
46	NC_013207	CTG	2	6	1986	1991	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_013207	TCA	2	6	2005	2010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_013207	CGT	2	6	2059	2064	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793045
49	NC_013207	CAGT	2	8	2115	2122	25 %	25 %	25 %	25 %	257793045
50	NC_013207	ACGAA	2	10	2178	2187	60 %	0 %	20 %	20 %	257793045
51	NC_013207	GTCG	2	8	2220	2227	0 %	25 %	50 %	25 %	257793045
52	NC_013207	GAC	2	6	2229	2234	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793045
53	NC_013207	TCA	2	6	2236	2241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793045
54	NC_013207	ACG	2	6	2312	2317	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793045
55	NC_013207	GCG	2	6	2404	2409	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793046
56	NC_013207	CGC	2	6	2441	2446	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793046
57	NC_013207	TCT	2	6	2497	2502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793046
58	NC_013207	TCGAT	2	10	2585	2594	20 %	40 %	20 %	20 %	257793046
59	NC_013207	AGC	2	6	2674	2679	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793046
60	NC_013207	CAG	2	6	2732	2737	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_013207	GTC	2	6	2751	2756	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_013207	T	6	6	2925	2930	0 %	100 %	0 %	0 %	257793047
63	NC_013207	TTTG	2	8	2947	2954	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013207	GTAT	2	8	3000	3007	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013207	GGT	2	6	3037	3042	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013207	AAG	2	6	3074	3079	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793048
67	NC_013207	AAG	2	6	3143	3148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793048
68	NC_013207	TC	3	6	3224	3229	0 %	50 %	0 %	50 %	257793048
69	NC_013207	ACA	2	6	3232	3237	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257793048
70	NC_013207	CAC	2	6	3241	3246	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793048
71	NC_013207	CAG	2	6	3272	3277	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793048
72	NC_013207	CG	3	6	3385	3390	0 %	0 %	50 %	50 %	257793048
73	NC_013207	TCAT	2	8	3408	3415	25 %	50 %	0 %	25 %	257793048
74	NC_013207	TCG	2	6	3420	3425	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793048
75	NC_013207	CG	3	6	3571	3576	0 %	0 %	50 %	50 %	257793048
76	NC_013207	CACG	2	8	3748	3755	25 %	0 %	25 %	50 %	257793048
77	NC_013207	GAAG	2	8	3814	3821	50 %	0 %	50 %	0 %	257793048
78	NC_013207	CGC	2	6	4027	4032	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793048
79	NC_013207	GAC	2	6	4040	4045	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793048
80	NC_013207	GC	3	6	4125	4130	0 %	0 %	50 %	50 %	257793048
81	NC_013207	GGA	2	6	4132	4137	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793048
82	NC_013207	CCGA	2	8	4199	4206	25 %	0 %	25 %	50 %	257793048
83	NC_013207	T	6	6	4262	4267	0 %	100 %	0 %	0 %	257793048
84	NC_013207	TCA	2	6	4432	4437	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793048
85	NC_013207	AGC	2	6	4482	4487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793048
86	NC_013207	CGC	2	6	4556	4561	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793048
87	NC_013207	GGT	2	6	4644	4649	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793048
88	NC_013207	GC	3	6	4696	4701	0 %	0 %	50 %	50 %	257793048
89	NC_013207	CCAT	2	8	4817	4824	25 %	25 %	0 %	50 %	257793048
90	NC_013207	CGTG	2	8	4902	4909	0 %	25 %	50 %	25 %	257793049
91	NC_013207	GTT	2	6	5064	5069	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793049
92	NC_013207	GGAGAC	2	12	5151	5162	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	257793049
93	NC_013207	GCG	2	6	5191	5196	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793049
94	NC_013207	GTC	2	6	5239	5244	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793049
95	NC_013207	CGAG	2	8	5265	5272	25 %	0 %	50 %	25 %	257793049
96	NC_013207	ACGCG	2	10	5320	5329	20 %	0 %	40 %	40 %	257793049
97	NC_013207	ATC	2	6	5335	5340	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793049
98	NC_013207	A	6	6	5353	5358	100 %	0 %	0 %	0 %	257793049
99	NC_013207	GC	4	8	5427	5434	0 %	0 %	50 %	50 %	257793049
100	NC_013207	GAA	2	6	5499	5504	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793049
101	NC_013207	TCG	2	6	5507	5512	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793049
102	NC_013207	CGG	2	6	5603	5608	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793049
103	NC_013207	GC	3	6	5712	5717	0 %	0 %	50 %	50 %	257793049
104	NC_013207	GCA	3	9	5750	5758	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793049
105	NC_013207	CGG	2	6	5818	5823	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793049
106	NC_013207	TGGA	2	8	5855	5862	25 %	25 %	50 %	0 %	257793049
107	NC_013207	GCG	2	6	5919	5924	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793049
108	NC_013207	GAA	2	6	5986	5991	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793049
109	NC_013207	GAA	2	6	6027	6032	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257793049
110	NC_013207	CAG	2	6	6130	6135	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793049
111	NC_013207	ACA	2	6	6233	6238	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257793049
112	NC_013207	CGGA	2	8	6273	6280	25 %	0 %	50 %	25 %	257793049
113	NC_013207	CGC	2	6	6302	6307	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793049
114	NC_013207	GAG	2	6	6308	6313	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257793049
115	NC_013207	GCG	2	6	6433	6438	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793049
116	NC_013207	TTG	2	6	6448	6453	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793049
117	NC_013207	GAAAAT	2	12	6491	6502	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	257793049
118	NC_013207	TGT	2	6	6738	6743	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013207	GGAATC	2	12	6748	6759	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_013207	TAT	2	6	6840	6845	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013207	ATG	2	6	6934	6939	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013207	TG	3	6	6963	6968	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013207	CT	3	6	7010	7015	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_013207	CAA	2	6	7043	7048	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_013207	TGT	2	6	7193	7198	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013207	ATGG	2	8	7251	7258	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013207	GCG	2	6	7273	7278	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_013207	TGC	2	6	7320	7325	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_013207	TCG	2	6	7417	7422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_013207	GCA	2	6	7424	7429	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_013207	CA	3	6	7428	7433	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_013207	GAC	2	6	7436	7441	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_013207	GA	3	6	7451	7456	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013207	ACC	2	6	7482	7487	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_013207	CAGTA	2	10	7672	7681	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_013207	TAC	2	6	7796	7801	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793050
137	NC_013207	CTG	2	6	7861	7866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793050
138	NC_013207	CAT	2	6	7980	7985	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793050
139	NC_013207	GCT	2	6	7993	7998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793050
140	NC_013207	CCA	2	6	8092	8097	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793050
141	NC_013207	CTACAT	2	12	8153	8164	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793050
142	NC_013207	CGT	2	6	8165	8170	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793050
143	NC_013207	GCC	2	6	8176	8181	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793050
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149	NC_013207	TCCA	2	8	8370	8377	25 %	25 %	0 %	50 %	257793050
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152	NC_013207	CCT	2	6	8471	8476	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
153	NC_013207	TGA	2	6	8490	8495	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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155	NC_013207	GTT	2	6	8570	8575	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_013207	TCT	2	6	8622	8627	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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158	NC_013207	GT	3	6	8681	8686	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
159	NC_013207	GTTTAC	2	12	8760	8771	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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161	NC_013207	ATGG	2	8	8892	8899	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
162	NC_013207	GCG	2	6	8915	8920	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_013207	TGT	2	6	8987	8992	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
164	NC_013207	GTA	2	6	9021	9026	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
165	NC_013207	A	6	6	9069	9074	100 %	0 %	0 %	0 %	257793051
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264	NC_013207	TGT	2	6	14710	14715	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
265	NC_013207	GGTA	2	8	14750	14757	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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270	NC_013207	TAGTC	2	10	15059	15068	20 %	40 %	20 %	20 %	257793056
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273	NC_013207	CGG	2	6	15250	15255	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
274	NC_013207	ATGC	2	8	15462	15469	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
275	NC_013207	CGAG	2	8	15534	15541	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
276	NC_013207	CG	3	6	15639	15644	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
277	NC_013207	CTT	2	6	15695	15700	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
278	NC_013207	GACC	2	8	15731	15738	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
279	NC_013207	CG	3	6	15742	15747	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
280	NC_013207	GC	3	6	15821	15826	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
281	NC_013207	GACGA	2	10	15837	15846	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
282	NC_013207	CAA	2	6	15852	15857	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
283	NC_013207	GAATC	2	10	15881	15890	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
284	NC_013207	GGAA	2	8	15916	15923	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
285	NC_013207	CGT	2	6	15935	15940	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
286	NC_013207	CTG	2	6	15990	15995	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
287	NC_013207	CTACG	2	10	16063	16072	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
288	NC_013207	AGCG	2	8	16168	16175	25 %	0 %	50 %	25 %	257793057
289	NC_013207	CAT	2	6	16201	16206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793057
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292	NC_013207	TTTCG	2	10	16454	16463	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
293	NC_013207	GAA	2	6	16505	16510	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
294	NC_013207	TGAA	2	8	16643	16650	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
295	NC_013207	AT	3	6	16698	16703	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_013207	GGT	2	6	16807	16812	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
297	NC_013207	GCG	2	6	16845	16850	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793058
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299	NC_013207	CGAT	2	8	17021	17028	25 %	25 %	25 %	25 %	257793058
300	NC_013207	GTAC	2	8	17074	17081	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
301	NC_013207	TTG	2	6	17104	17109	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
302	NC_013207	AC	3	6	17149	17154	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
303	NC_013207	CG	3	6	17159	17164	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
304	NC_013207	CAC	2	6	17194	17199	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
305	NC_013207	GT	3	6	17224	17229	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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307	NC_013207	GGT	2	6	17288	17293	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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310	NC_013207	CTTC	2	8	17433	17440	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
311	NC_013207	CTT	2	6	17516	17521	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
312	NC_013207	GAA	2	6	17550	17555	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
313	NC_013207	CATA	2	8	17619	17626	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
314	NC_013207	ATG	2	6	17633	17638	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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320	NC_013207	TGG	2	6	17815	17820	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793059
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384	NC_013207	TCCCTT	2	12	22045	22056	0 %	50 %	0 %	50 %	257793064
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391	NC_013207	A	6	6	22386	22391	100 %	0 %	0 %	0 %	257793064
392	NC_013207	CAT	2	6	22459	22464	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793064
393	NC_013207	GA	3	6	22466	22471	50 %	0 %	50 %	0 %	257793064
394	NC_013207	GCAT	2	8	22498	22505	25 %	25 %	25 %	25 %	257793064
395	NC_013207	CG	3	6	22593	22598	0 %	0 %	50 %	50 %	257793064
396	NC_013207	GCA	2	6	22605	22610	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793064
397	NC_013207	TGCC	2	8	22660	22667	0 %	25 %	25 %	50 %	257793064
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399	NC_013207	GTC	2	6	22814	22819	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793064
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401	NC_013207	ACG	2	6	22836	22841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793064
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403	NC_013207	GGT	2	6	22943	22948	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793064
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405	NC_013207	A	6	6	22971	22976	100 %	0 %	0 %	0 %	257793064
406	NC_013207	CGT	2	6	22984	22989	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793064
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421	NC_013207	AAG	2	6	23699	23704	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
422	NC_013207	G	21	21	23728	23748	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
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424	NC_013207	ATCG	2	8	23793	23800	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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450	NC_013207	AGA	2	6	25260	25265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
451	NC_013207	GTC	2	6	25307	25312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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456	NC_013207	TCT	2	6	25556	25561	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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