MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI01

Total Repeats: 1696

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_013206	CTC	2	6	80106	80111	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257793032
1502	NC_013206	GTT	2	6	80169	80174	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793032
1503	NC_013206	ACTCA	2	10	80186	80195	40 %	20 %	0 %	40 %	257793032
1504	NC_013206	CAG	2	6	80200	80205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1505	NC_013206	TGG	2	6	80238	80243	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793032
1506	NC_013206	TCTG	2	8	80367	80374	0 %	50 %	25 %	25 %	257793032
1507	NC_013206	ATC	2	6	80427	80432	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793032
1508	NC_013206	ACC	2	6	80454	80459	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793032
1509	NC_013206	CTG	2	6	80515	80520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1510	NC_013206	CGT	2	6	80660	80665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1511	NC_013206	GTC	2	6	80703	80708	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1512	NC_013206	GTG	2	6	80754	80759	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793032
1513	NC_013206	CGT	2	6	80768	80773	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1514	NC_013206	GAC	2	6	81072	81077	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1515	NC_013206	GTC	2	6	81263	81268	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1516	NC_013206	CGT	2	6	81338	81343	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1517	NC_013206	TCG	2	6	81352	81357	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1518	NC_013206	TCG	2	6	81379	81384	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1519	NC_013206	TCG	2	6	81403	81408	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1520	NC_013206	CTC	2	6	81440	81445	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257793032
1521	NC_013206	AC	3	6	81466	81471	50 %	0 %	0 %	50 %	257793032
1522	NC_013206	CGG	2	6	81608	81613	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793032
1523	NC_013206	TCG	2	6	81666	81671	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1524	NC_013206	TGT	2	6	81693	81698	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793032
1525	NC_013206	GGC	2	6	81713	81718	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793032
1526	NC_013206	CTC	2	6	81730	81735	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257793032
1527	NC_013206	GCGG	2	8	81783	81790	0 %	0 %	75 %	25 %	257793032
1528	NC_013206	CTG	2	6	81821	81826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1529	NC_013206	TCG	2	6	81895	81900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1530	NC_013206	ATG	2	6	82032	82037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793032
1531	NC_013206	CAG	2	6	82121	82126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1532	NC_013206	TG	3	6	82170	82175	0 %	50 %	50 %	0 %	257793032
1533	NC_013206	CCG	2	6	82212	82217	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793032
1534	NC_013206	TCG	2	6	82236	82241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1535	NC_013206	TGATCT	2	12	82243	82254	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	257793032
1536	NC_013206	GTG	2	6	82311	82316	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793032
1537	NC_013206	CACCTG	2	12	82367	82378	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	257793032
1538	NC_013206	TGA	2	6	82414	82419	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793032
1539	NC_013206	GCG	2	6	82444	82449	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793032
1540	NC_013206	CACC	2	8	82483	82490	25 %	0 %	0 %	75 %	257793032
1541	NC_013206	TCG	3	9	82579	82587	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1542	NC_013206	CCA	2	6	82659	82664	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793032
1543	NC_013206	GCC	2	6	82667	82672	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793032
1544	NC_013206	CAC	2	6	82754	82759	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793032
1545	NC_013206	GAGG	2	8	82811	82818	25 %	0 %	75 %	0 %	257793032
1546	NC_013206	GTAT	2	8	82841	82848	25 %	50 %	25 %	0 %	257793032
1547	NC_013206	CCA	2	6	82854	82859	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793032
1548	NC_013206	T	6	6	82914	82919	0 %	100 %	0 %	0 %	257793032
1549	NC_013206	CGG	2	6	82988	82993	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793032
1550	NC_013206	GTA	2	6	83033	83038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793032
1551	NC_013206	GTA	2	6	83057	83062	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793032
1552	NC_013206	TCG	2	6	83119	83124	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1553	NC_013206	TGT	2	6	83224	83229	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793032
1554	NC_013206	CCCGT	2	10	83292	83301	0 %	20 %	20 %	60 %	257793032
1555	NC_013206	GTT	2	6	83315	83320	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793032
1556	NC_013206	ACCGTG	2	12	83331	83342	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1557	NC_013206	ACC	2	6	83473	83478	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793032
1558	NC_013206	GTA	2	6	83507	83512	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257793032
1559	NC_013206	TTG	2	6	83526	83531	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793032
1560	NC_013206	CTG	2	6	83660	83665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793032
1561	NC_013206	ATT	2	6	83702	83707	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	257793032
1562	NC_013206	GCC	2	6	83708	83713	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793032
1563	NC_013206	TAC	2	6	83779	83784	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793032
1564	NC_013206	CAA	2	6	83803	83808	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257793032
1565	NC_013206	CGCA	2	8	83828	83835	25 %	0 %	25 %	50 %	257793032
1566	NC_013206	ACT	2	6	83859	83864	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793032
1567	NC_013206	CATA	2	8	84011	84018	50 %	25 %	0 %	25 %	257793033
1568	NC_013206	CTC	2	6	84035	84040	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257793033
1569	NC_013206	GGC	2	6	84106	84111	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257793033
1570	NC_013206	TCT	2	6	84214	84219	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793033
1571	NC_013206	GAATAG	2	12	84247	84258	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	257793033
1572	NC_013206	CGTTA	2	10	84297	84306	20 %	40 %	20 %	20 %	257793033
1573	NC_013206	GCC	2	6	84527	84532	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793033
1574	NC_013206	TGT	2	6	84554	84559	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257793033
1575	NC_013206	CAT	2	6	84570	84575	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793033
1576	NC_013206	CGTC	2	8	84611	84618	0 %	25 %	25 %	50 %	257793033
1577	NC_013206	GC	3	6	84690	84695	0 %	0 %	50 %	50 %	257793033
1578	NC_013206	CCG	2	6	84734	84739	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793033
1579	NC_013206	AC	3	6	84814	84819	50 %	0 %	0 %	50 %	257793033
1580	NC_013206	CCAAC	2	10	84821	84830	40 %	0 %	0 %	60 %	257793033
1581	NC_013206	TCG	2	6	84986	84991	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793033
1582	NC_013206	GTG	2	6	85003	85008	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793033
1583	NC_013206	CGT	2	6	85038	85043	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793033
1584	NC_013206	TCG	2	6	85064	85069	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793033
1585	NC_013206	TCG	2	6	85073	85078	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793033
1586	NC_013206	CGA	2	6	85113	85118	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793033
1587	NC_013206	CAT	2	6	85158	85163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793033
1588	NC_013206	CCT	2	6	85220	85225	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1589	NC_013206	CAC	2	6	85309	85314	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1590	NC_013206	TGC	2	6	85560	85565	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793034
1591	NC_013206	TGC	2	6	85572	85577	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793034
1592	NC_013206	CTT	2	6	85663	85668	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793035
1593	NC_013206	CG	3	6	85758	85763	0 %	0 %	50 %	50 %	257793035
1594	NC_013206	CTT	2	6	85792	85797	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793035
1595	NC_013206	GCA	2	6	85821	85826	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793035
1596	NC_013206	TCC	2	6	85870	85875	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257793036
1597	NC_013206	TTC	2	6	85878	85883	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793036
1598	NC_013206	CCT	2	6	86031	86036	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257793036
1599	NC_013206	GCC	2	6	86092	86097	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793036
1600	NC_013206	CTT	2	6	86159	86164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793036
1601	NC_013206	GAACGC	2	12	86193	86204	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793036
1602	NC_013206	GCC	2	6	86239	86244	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257793036
1603	NC_013206	TGC	2	6	86321	86326	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793036
1604	NC_013206	CG	3	6	86360	86365	0 %	0 %	50 %	50 %	257793036
1605	NC_013206	CGT	2	6	86454	86459	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793036
1606	NC_013206	CG	3	6	86556	86561	0 %	0 %	50 %	50 %	257793036
1607	NC_013206	CAC	2	6	86562	86567	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793036
1608	NC_013206	CGTT	2	8	86615	86622	0 %	50 %	25 %	25 %	257793036
1609	NC_013206	CGA	2	6	86633	86638	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793036
1610	NC_013206	CTT	2	6	86650	86655	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793036
1611	NC_013206	CCGCG	2	10	86690	86699	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
1612	NC_013206	GCAGC	2	10	86867	86876	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
1613	NC_013206	AC	3	6	86984	86989	50 %	0 %	0 %	50 %	257793037
1614	NC_013206	CCT	2	6	87002	87007	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1615	NC_013206	TCC	2	6	87072	87077	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1616	NC_013206	GCT	2	6	87118	87123	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793038
1617	NC_013206	CAC	2	6	87131	87136	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793038
1618	NC_013206	CGA	2	6	87275	87280	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793038
1619	NC_013206	CTT	2	6	87311	87316	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793038
1620	NC_013206	CTG	2	6	87320	87325	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793038
1621	NC_013206	CCA	2	6	87347	87352	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257793038
1622	NC_013206	TCG	2	6	87442	87447	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793038
1623	NC_013206	CCTC	2	8	87592	87599	0 %	25 %	0 %	75 %	257793038
1624	NC_013206	CTT	2	6	87643	87648	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257793038
1625	NC_013206	GTC	2	6	87671	87676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793038
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.