MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 chromosome

Total Repeats: 67804

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
14501	NC_013205	CTT	2	6	646661	646666	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	258510600
14502	NC_013205	CGG	2	6	646704	646709	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258510600
14503	NC_013205	GGAGC	2	10	646762	646771	20 %	0 %	60 %	20 %	258510600
14504	NC_013205	CG	3	6	647027	647032	0 %	0 %	50 %	50 %	258510601
14505	NC_013205	GC	3	6	647139	647144	0 %	0 %	50 %	50 %	258510601
14506	NC_013205	TGG	2	6	647174	647179	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510601
14507	NC_013205	CTG	2	6	647185	647190	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510601
14508	NC_013205	GGT	2	6	647262	647267	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510601
14509	NC_013205	TG	3	6	647289	647294	0 %	50 %	50 %	0 %	258510601
14510	NC_013205	GA	3	6	647315	647320	50 %	0 %	50 %	0 %	258510601
14511	NC_013205	GGA	2	6	647358	647363	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	258510601
14512	NC_013205	CGT	2	6	647416	647421	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510601
14513	NC_013205	CGCA	2	8	647439	647446	25 %	0 %	25 %	50 %	258510601
14514	NC_013205	GCC	2	6	647463	647468	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258510601
14515	NC_013205	TGG	2	6	647480	647485	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510601
14516	NC_013205	TGGC	2	8	647521	647528	0 %	25 %	50 %	25 %	258510601
14517	NC_013205	GCA	2	6	647621	647626	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258510601
14518	NC_013205	GC	3	6	647631	647636	0 %	0 %	50 %	50 %	258510601
14519	NC_013205	GGA	2	6	647680	647685	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	258510601
14520	NC_013205	GGTG	2	8	647802	647809	0 %	25 %	75 %	0 %	258510601
14521	NC_013205	TGG	2	6	647895	647900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510602
14522	NC_013205	ACG	2	6	647903	647908	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258510602
14523	NC_013205	CTT	2	6	648023	648028	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	258510602
14524	NC_013205	TGC	2	6	648040	648045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510602
14525	NC_013205	GGC	2	6	648060	648065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258510602
14526	NC_013205	GAC	2	6	648156	648161	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258510602
14527	NC_013205	GGA	2	6	648227	648232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	258510602
14528	NC_013205	TGC	2	6	648235	648240	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510602
14529	NC_013205	AC	3	6	648316	648321	50 %	0 %	0 %	50 %	258510602
14530	NC_013205	GC	3	6	648488	648493	0 %	0 %	50 %	50 %	258510602
14531	NC_013205	TCTT	2	8	648553	648560	0 %	75 %	0 %	25 %	258510602
14532	NC_013205	TGA	2	6	648577	648582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258510602
14533	NC_013205	GA	3	6	648648	648653	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14534	NC_013205	T	6	6	648658	648663	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14535	NC_013205	ATC	2	6	648700	648705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14536	NC_013205	ATG	2	6	648772	648777	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14537	NC_013205	AAATCA	2	12	648818	648829	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14538	NC_013205	ACG	2	6	648868	648873	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14539	NC_013205	TAG	2	6	648874	648879	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14540	NC_013205	TGG	2	6	648933	648938	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14541	NC_013205	CTT	2	6	649012	649017	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	258510603
14542	NC_013205	GTTTGC	2	12	649095	649106	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	258510603
14543	NC_013205	CGA	2	6	649121	649126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258510603
14544	NC_013205	TGG	2	6	649174	649179	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510603
14545	NC_013205	TGG	2	6	649186	649191	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510603
14546	NC_013205	CT	3	6	649208	649213	0 %	50 %	0 %	50 %	258510603
14547	NC_013205	TCTG	2	8	649235	649242	0 %	50 %	25 %	25 %	258510603
14548	NC_013205	TTGC	2	8	649280	649287	0 %	50 %	25 %	25 %	258510603
14549	NC_013205	CGA	2	6	649363	649368	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258510603
14550	NC_013205	CTC	2	6	649400	649405	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14551	NC_013205	AG	3	6	649407	649412	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14552	NC_013205	TA	3	6	649445	649450	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14553	NC_013205	AT	3	6	649455	649460	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14554	NC_013205	GTT	2	6	649492	649497	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	258510604
14555	NC_013205	AGC	2	6	649508	649513	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258510604
14556	NC_013205	ATGG	2	8	649601	649608	25 %	25 %	50 %	0 %	258510604
14557	NC_013205	GGA	2	6	649648	649653	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	258510604
14558	NC_013205	CCT	2	6	649710	649715	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	258510605
14559	NC_013205	TCA	2	6	649739	649744	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258510605
14560	NC_013205	GC	3	6	649923	649928	0 %	0 %	50 %	50 %	258510605
14561	NC_013205	GGT	2	6	650034	650039	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510605
14562	NC_013205	C	6	6	650122	650127	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
14563	NC_013205	T	6	6	650145	650150	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14564	NC_013205	TCG	2	6	650176	650181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510606
14565	NC_013205	TCA	2	6	650203	650208	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258510606
14566	NC_013205	CGGCT	2	10	650282	650291	0 %	20 %	40 %	40 %	258510606
14567	NC_013205	CCG	2	6	650373	650378	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258510606
14568	NC_013205	CTT	2	6	650411	650416	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	258510606
14569	NC_013205	CGA	2	6	650419	650424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258510606
14570	NC_013205	ACG	2	6	650463	650468	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258510606
14571	NC_013205	CCG	2	6	650484	650489	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258510606
14572	NC_013205	CGGTCA	2	12	650500	650511	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	258510606
14573	NC_013205	CAC	2	6	650578	650583	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	258510606
14574	NC_013205	TGC	2	6	650605	650610	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510606
14575	NC_013205	TCACGG	2	12	650641	650652	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	258510606
14576	NC_013205	TTGT	2	8	650799	650806	0 %	75 %	25 %	0 %	258510607
14577	NC_013205	GTG	2	6	650847	650852	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510607
14578	NC_013205	GTG	2	6	650872	650877	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510607
14579	NC_013205	TGG	2	6	650947	650952	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510607
14580	NC_013205	TGT	2	6	650966	650971	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	258510607
14581	NC_013205	TCG	2	6	651038	651043	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510607
14582	NC_013205	CGT	2	6	651093	651098	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510607
14583	NC_013205	CG	4	8	651105	651112	0 %	0 %	50 %	50 %	258510607
14584	NC_013205	ACT	2	6	651162	651167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258510607
14585	NC_013205	CAG	2	6	651306	651311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258510608
14586	NC_013205	GCC	2	6	651321	651326	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258510608
14587	NC_013205	CGC	2	6	651332	651337	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258510608
14588	NC_013205	GCCCA	2	10	651348	651357	20 %	0 %	20 %	60 %	258510608
14589	NC_013205	CGT	2	6	651503	651508	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510608
14590	NC_013205	GGT	2	6	651521	651526	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510608
14591	NC_013205	GCGACG	2	12	651627	651638	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	258510608
14592	NC_013205	AGG	2	6	651656	651661	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14593	NC_013205	GGA	2	6	651674	651679	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	258510609
14594	NC_013205	TTG	2	6	651720	651725	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	258510609
14595	NC_013205	CG	3	6	651750	651755	0 %	0 %	50 %	50 %	258510609
14596	NC_013205	GGC	2	6	651779	651784	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258510609
14597	NC_013205	CGG	3	9	651802	651810	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258510609
14598	NC_013205	CAA	2	6	651815	651820	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258510609
14599	NC_013205	GGC	2	6	651839	651844	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258510609
14600	NC_013205	GCG	2	6	651865	651870	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258510609
14601	NC_013205	TCA	2	6	651946	651951	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258510609
14602	NC_013205	GGT	2	6	651977	651982	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510609
14603	NC_013205	TAC	2	6	652053	652058	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258510609
14604	NC_013205	ACGGG	2	10	652126	652135	20 %	0 %	60 %	20 %	258510609
14605	NC_013205	CGT	2	6	652159	652164	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510609
14606	NC_013205	CCAA	2	8	652246	652253	50 %	0 %	0 %	50 %	258510609
14607	NC_013205	GCG	2	6	652417	652422	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258510609
14608	NC_013205	GAT	2	6	652481	652486	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258510609
14609	NC_013205	CGGCA	2	10	652511	652520	20 %	0 %	40 %	40 %	258510609
14610	NC_013205	TGGCG	2	10	652523	652532	0 %	20 %	60 %	20 %	258510609
14611	NC_013205	AAT	2	6	652587	652592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	258510609
14612	NC_013205	AGT	2	6	652638	652643	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258510609
14613	NC_013205	GT	3	6	652642	652647	0 %	50 %	50 %	0 %	258510609
14614	NC_013205	CGA	2	6	652681	652686	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258510609
14615	NC_013205	CAA	2	6	652764	652769	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258510609
14616	NC_013205	GC	3	6	652804	652809	0 %	0 %	50 %	50 %	258510609
14617	NC_013205	ATGGA	2	10	652817	652826	40 %	20 %	40 %	0 %	258510609
14618	NC_013205	CAC	2	6	652835	652840	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	258510609
14619	NC_013205	AGC	2	6	652848	652853	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258510609
14620	NC_013205	TGG	2	6	652910	652915	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510609
14621	NC_013205	CGT	2	6	652939	652944	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510609
14622	NC_013205	GAC	2	6	653039	653044	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258510609
14623	NC_013205	ATT	2	6	653095	653100	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258510609
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14626	NC_013205	CAAC	2	8	653183	653190	50 %	0 %	0 %	50 %	258510609
14627	NC_013205	GACA	2	8	653231	653238	50 %	0 %	25 %	25 %	258510609
14628	NC_013205	GAC	2	6	653306	653311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258510609
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14634	NC_013205	G	7	7	653438	653444	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
14635	NC_013205	GT	4	8	653492	653499	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
14636	NC_013205	TGA	2	6	653503	653508	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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14640	NC_013205	CGG	2	6	653840	653845	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258510610
14641	NC_013205	GGA	2	6	653939	653944	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	258510610
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14643	NC_013205	GTA	2	6	654080	654085	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258510610
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14657	NC_013205	T	6	6	654713	654718	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14658	NC_013205	GTT	2	6	654787	654792	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	258510612
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14663	NC_013205	ATCAA	2	10	654959	654968	60 %	20 %	0 %	20 %	258510612
14664	NC_013205	T	6	6	655015	655020	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14665	NC_013205	CGG	2	6	655086	655091	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258510613
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14677	NC_013205	CAGG	2	8	655705	655712	25 %	0 %	50 %	25 %	258510614
14678	NC_013205	GT	3	6	655750	655755	0 %	50 %	50 %	0 %	258510614
14679	NC_013205	CTGAAT	2	12	655976	655987	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	258510614
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14681	NC_013205	CGG	2	6	656023	656028	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258510614
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14687	NC_013205	AAACG	2	10	656293	656302	60 %	0 %	20 %	20 %	258510614
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14732	NC_013205	TGGATG	2	12	658483	658494	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	258510615
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14738	NC_013205	TGGA	2	8	658827	658834	25 %	25 %	50 %	0 %	258510615
14739	NC_013205	CGATC	2	10	658871	658880	20 %	20 %	20 %	40 %	258510615
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14741	NC_013205	TAC	2	6	658917	658922	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258510615
14742	NC_013205	TGA	2	6	658969	658974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258510615
14743	NC_013205	ATC	2	6	659055	659060	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258510615
14744	NC_013205	ATC	2	6	659124	659129	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258510615
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14746	NC_013205	ATC	2	6	659160	659165	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258510615
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14764	NC_013205	CGG	2	6	659903	659908	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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14772	NC_013205	ACA	2	6	660259	660264	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14773	NC_013205	AAG	2	6	660294	660299	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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14862	NC_013205	ATC	2	6	663850	663855	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258510620
14863	NC_013205	GCT	2	6	663857	663862	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510620
14864	NC_013205	GGT	2	6	663881	663886	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510620
14865	NC_013205	TTG	2	6	663955	663960	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	258510620
14866	NC_013205	GGAT	2	8	663975	663982	25 %	25 %	50 %	0 %	258510620
14867	NC_013205	GGC	2	6	663991	663996	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258510620
14868	NC_013205	GAG	3	9	664003	664011	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	258510620
14869	NC_013205	ATC	2	6	664050	664055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258510621
14870	NC_013205	GAT	2	6	664109	664114	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258510621
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14872	NC_013205	CGT	2	6	664144	664149	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510621
14873	NC_013205	GCG	2	6	664182	664187	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258510621
14874	NC_013205	CGAG	2	8	664210	664217	25 %	0 %	50 %	25 %	258510621
14875	NC_013205	GGA	2	6	664237	664242	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	258510621
14876	NC_013205	CTTA	2	8	664297	664304	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
14877	NC_013205	ACG	2	6	664484	664489	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258510622
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14879	NC_013205	GA	3	6	664620	664625	50 %	0 %	50 %	0 %	258510622
14880	NC_013205	GCG	2	6	664667	664672	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258510622
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14883	NC_013205	GCC	2	6	664748	664753	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258510622
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14889	NC_013205	CAGC	2	8	664926	664933	25 %	0 %	25 %	50 %	258510622
14890	NC_013205	CTC	2	6	665014	665019	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	258510622
14891	NC_013205	TCA	2	6	665121	665126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258510622
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14893	NC_013205	AAGA	2	8	665347	665354	75 %	0 %	25 %	0 %	258510622
14894	NC_013205	A	6	6	665463	665468	100 %	0 %	0 %	0 %	258510622
14895	NC_013205	GAT	2	6	665642	665647	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258510622
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14897	NC_013205	CGC	2	6	665948	665953	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258510623
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14902	NC_013205	GC	3	6	666220	666225	0 %	0 %	50 %	50 %	258510623
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14971	NC_013205	GACG	2	8	669324	669331	25 %	0 %	50 %	25 %	258510628
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14974	NC_013205	TCG	2	6	669455	669460	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510628
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14976	NC_013205	GGA	2	6	669498	669503	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	258510628
14977	NC_013205	CGC	2	6	669514	669519	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258510628
14978	NC_013205	GGCC	2	8	669613	669620	0 %	0 %	50 %	50 %	258510628
14979	NC_013205	CGT	2	6	669636	669641	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510628
14980	NC_013205	TCACCT	2	12	669656	669667	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	258510628
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14982	NC_013205	GAA	2	6	669675	669680	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258510628
14983	NC_013205	AGC	2	6	669753	669758	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14984	NC_013205	TCT	2	6	669966	669971	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	258510629
14985	NC_013205	TGG	2	6	669972	669977	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258510629
14986	NC_013205	CGC	2	6	670129	670134	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258510629
14987	NC_013205	GCC	3	9	670139	670147	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258510629
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14990	NC_013205	TCG	2	6	670341	670346	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258510629
14991	NC_013205	GTGG	2	8	670351	670358	0 %	25 %	75 %	0 %	258510629
14992	NC_013205	ATCGTG	2	12	670364	670375	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	258510629
14993	NC_013205	TGT	2	6	670410	670415	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	258510629
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14995	NC_013205	ATC	2	6	670700	670705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258510629
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14997	NC_013205	CCCT	2	8	670736	670743	0 %	25 %	0 %	75 %	258510629
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