ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Rondotia menciana mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021962	TTTAT	3	126	140	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_021962	TTTTA	3	285	298	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	52921746
3	NC_021962	AATT	3	787	797	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	52921746
4	NC_021962	TTTA	3	889	899	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	52921746
5	NC_021962	ATT	4	1028	1040	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	52921746
6	NC_021962	TAA	4	1044	1056	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	52921746
7	NC_021962	TAT	4	1075	1086	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	52921746
8	NC_021962	TAT	4	1106	1116	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	52921746
9	NC_021962	TTTTC	3	1211	1224	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	52921746
10	NC_021962	AGG	4	2139	2150	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	52921746
11	NC_021962	GAAA	3	2258	2269	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52921746
12	NC_021962	TAA	5	2864	2878	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	52921746
13	NC_021962	ATT	4	2911	2921	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	52921746
14	NC_021962	ATTT	5	3925	3943	19	25 %	75 %	0 %	0 %	10 %	52921746
15	NC_021962	ATT	4	3977	3987	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	52921746
16	NC_021962	ATT	4	3999	4010	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	52921746
17	NC_021962	ATTTT	3	4283	4297	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	52921746
18	NC_021962	TAATTT	4	4612	4635	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	52921746
19	NC_021962	T	14	5010	5023	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	52921746
20	NC_021962	TAA	4	5190	5202	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	52921746
21	NC_021962	ATTTT	3	5972	5986	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_021962	GAAAT	3	6171	6185	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_021962	AATT	3	6370	6381	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	52921746
24	NC_021962	TAAA	3	6422	6433	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	52921746
25	NC_021962	ATAA	3	6585	6596	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	52921746
26	NC_021962	AAATA	3	6952	6966	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	52921746
27	NC_021962	TTA	4	7247	7258	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	52921746
28	NC_021962	AAT	4	7539	7550	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52921746
29	NC_021962	TAA	4	7790	7802	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	52921746
30	NC_021962	ATA	4	8020	8030	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	52921746
31	NC_021962	ATT	4	8367	8378	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	52921746
32	NC_021962	TAAA	3	9008	9018	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	52921746
33	NC_021962	AAAT	3	9092	9102	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	52921746
34	NC_021962	AAAAT	3	9181	9194	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	52921746
35	NC_021962	A	16	9677	9692	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	52921747
36	NC_021962	ATAA	3	9781	9792	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	52921747
37	NC_021962	ATT	5	9926	9940	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_021962	TAA	4	9984	9995	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52921747
39	NC_021962	TTA	4	10136	10147	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	52921747
40	NC_021962	TAA	4	10192	10202	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	52921747
41	NC_021962	TAT	4	10213	10226	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	52921747
42	NC_021962	TTAT	4	10389	10404	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	52921747
43	NC_021962	ATTT	3	11037	11047	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	52921747
44	NC_021962	ATTT	3	11172	11182	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	52921747
45	NC_021962	AATTTT	3	11370	11387	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	52921747
46	NC_021962	TAAT	3	11627	11638	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021962	TAA	4	11741	11752	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52921747
48	NC_021962	A	15	12316	12330	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	52921747
49	NC_021962	T	14	12960	12973	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_021962	TAA	4	13145	13155	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_021962	TAT	4	13231	13241	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_021962	TTAA	3	13436	13447	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_021962	TAA	4	13686	13697	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_021962	ATTA	4	13836	13850	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
55	NC_021962	TTAA	3	14263	14274	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_021962	TTA	4	14569	14580	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_021962	TTAA	3	14658	14669	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021962	AATTT	3	14735	14749	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021962	T	19	14972	14990	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
60	NC_021962	ATA	4	15109	15119	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_021962	TA	8	15149	15165	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
62	NC_021962	TA	9	15186	15202	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
63	NC_021962	TA	6	15224	15235	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Rondotia menciana mitochondrion