ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cymbidium tracyanum voucher KUN:YJB100606 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021432	AT	6	85	96	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021432	ATGG	3	1421	1432	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_021432	ATAA	3	1569	1579	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_021432	TTC	4	1845	1856	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51194345
5	NC_021432	ATA	4	3427	3438	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021432	A	13	3733	3745	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_021432	TCT	4	3999	4010	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
8	NC_021432	ATT	4	4014	4024	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_021432	TTAA	3	4493	4504	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_021432	A	12	4593	4604	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_021432	AAAT	3	4625	4636	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_021432	TCTCT	3	4942	4955	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	51194347
13	NC_021432	T	12	5273	5284	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	51194347
14	NC_021432	ATTT	3	6408	6418	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_021432	ATTTTC	3	6467	6485	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
16	NC_021432	A	14	6680	6693	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_021432	GA	6	8122	8133	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_021432	TA	6	9612	9622	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_021432	CTAT	3	9834	9845	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
20	NC_021432	TAGA	3	10056	10066	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51194346
21	NC_021432	GTCT	3	10970	10981	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	51194346
22	NC_021432	T	12	11500	11511	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021432	AAAT	3	12202	12212	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	51194346
24	NC_021432	CAAAAA	3	12250	12267	18	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	5 %	51194346
25	NC_021432	A	12	12263	12274	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	51194346
26	NC_021432	CTTT	3	12488	12498	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51194346
27	NC_021432	T	14	13093	13106	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021432	ACTA	3	13727	13738	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
29	NC_021432	AT	6	14711	14721	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51194347
30	NC_021432	TCT	4	14934	14944	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
31	NC_021432	GAATC	3	15038	15051	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	51194347
32	NC_021432	TGC	4	15426	15437	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51194347
33	NC_021432	TCTTTT	3	15704	15721	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
34	NC_021432	ATTT	3	15824	15834	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_021432	TCAA	3	16139	16150	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	51194345
36	NC_021432	CTGCT	3	16295	16308	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	51194345
37	NC_021432	T	15	17918	17932	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	51194345
38	NC_021432	AT	6	19290	19300	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51194345
39	NC_021432	TTC	4	21954	21965	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51194345
40	NC_021432	TTCA	3	22034	22045	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	51194345
41	NC_021432	AAAG	3	22380	22395	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	51194345
42	NC_021432	GTT	4	23054	23065	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51194345
43	NC_021432	GAAA	3	25700	25712	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	51194345
44	NC_021432	AT	6	26463	26473	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_021432	TTAA	3	26679	26690	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_021432	AGCT	3	26899	26910	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
47	NC_021432	TTATAA	3	27639	27655	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
48	NC_021432	AAGT	3	28002	28012	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_021432	TA	8	28343	28357	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
50	NC_021432	GAAA	3	28687	28697	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_021432	AT	6	29096	29106	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_021432	ATA	4	29380	29391	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_021432	TATT	3	29398	29409	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_021432	TTCT	3	30134	30145	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
55	NC_021432	AGTA	3	30489	30499	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_021432	TATAGA	3	31495	31513	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
57	NC_021432	TAAA	4	31700	31715	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
58	NC_021432	AGT	5	31733	31746	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_021432	TAA	4	31974	31985	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_021432	A	14	32649	32662	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_021432	AATA	3	32861	32871	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_021432	TTCT	3	33288	33298	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
63	NC_021432	A	13	33396	33408	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_021432	GAAA	3	35004	35015	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51194346
65	NC_021432	TTTA	3	35977	35987	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_021432	AAAG	3	36303	36314	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021432	TC	6	36616	36626	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51194350
68	NC_021432	AT	11	36833	36852	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
69	NC_021432	ACAA	3	37745	37756	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
70	NC_021432	ATG	4	39143	39153	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	51194345
71	NC_021432	AAGA	3	40237	40248	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51194345
72	NC_021432	AATG	3	40636	40647	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51194345
73	NC_021432	TG	6	41078	41088	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	51194345
74	NC_021432	TTTA	3	42384	42395	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_021432	T	16	42644	42659	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021432	TCTT	3	43791	43802	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	51194345
77	NC_021432	ATT	4	44188	44199	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	51194345
78	NC_021432	TTG	4	44483	44493	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	51194345
79	NC_021432	A	13	44762	44774	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	51194345
80	NC_021432	ATAAA	4	45231	45251	21	80 %	20 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_021432	GTT	4	45358	45369	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_021432	TC	6	45563	45574	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
83	NC_021432	AGAAAT	3	45708	45725	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
84	NC_021432	AAAAAT	3	45743	45759	17	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
85	NC_021432	AGT	4	46220	46231	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	51194348
86	NC_021432	TA	9	46612	46629	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
87	NC_021432	TTC	4	46952	46963	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
88	NC_021432	AT	7	47205	47218	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_021432	TTGA	3	47494	47506	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_021432	TA	6	47884	47895	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_021432	T	12	48453	48464	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021432	TCT	4	49745	49756	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51194348
93	NC_021432	ATTT	3	51145	51155	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_021432	AAT	4	51398	51409	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_021432	CTA	4	51524	51535	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
96	NC_021432	ATA	4	52622	52632	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_021432	ATT	4	52852	52864	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	51194348
98	NC_021432	ATCATA	3	54556	54574	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	51194346
99	NC_021432	AATCC	3	54693	54707	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
100	NC_021432	T	17	54764	54780	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
101	NC_021432	TA	9	54957	54974	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
102	NC_021432	TTCT	3	55024	55035	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
103	NC_021432	ATT	6	55205	55221	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
104	NC_021432	ATTCTA	3	55230	55247	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
105	NC_021432	TTCA	3	55471	55481	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
106	NC_021432	T	12	55523	55534	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_021432	TTG	4	55574	55584	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_021432	TA	14	57260	57285	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
109	NC_021432	TAT	4	58342	58353	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51194346
110	NC_021432	ATTT	3	58644	58654	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	51194346
111	NC_021432	TAT	4	59001	59012	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51194346
112	NC_021432	AAAT	3	59398	59409	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	51194346
113	NC_021432	AAAT	3	59414	59424	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_021432	TATAAT	3	59772	59790	19	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
115	NC_021432	A	12	61034	61045	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_021432	CTT	4	61534	61545	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
117	NC_021432	TACAA	3	62459	62472	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
118	NC_021432	GAAA	3	62930	62942	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	51194347
119	NC_021432	TATTT	3	63630	63644	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
120	NC_021432	TTTC	3	64015	64026	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
121	NC_021432	AGAA	3	64046	64057	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_021432	CTA	4	64693	64704	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
123	NC_021432	TTA	4	65768	65779	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_021432	T	15	65904	65918	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021432	TGAAA	3	66168	66181	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	51194352
126	NC_021432	AATATA	3	67187	67205	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
127	NC_021432	A	14	67220	67233	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
128	NC_021432	AGA	5	67609	67624	16	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
129	NC_021432	ATTA	4	67669	67683	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
130	NC_021432	TATAGA	4	67873	67896	24	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_021432	TTCT	3	67897	67907	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
132	NC_021432	GAAA	3	68174	68185	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51194350
133	NC_021432	TA	6	68337	68348	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_021432	TCTT	3	68792	68803	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
135	NC_021432	TTC	4	68848	68860	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
136	NC_021432	T	19	68959	68977	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	51194349
137	NC_021432	TTTC	3	69365	69377	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
138	NC_021432	TGAT	3	70015	70026	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_021432	TTC	4	70520	70531	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51194344
140	NC_021432	AATA	3	70686	70696	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	51194344
141	NC_021432	TTTA	3	70883	70894	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	51194344
142	NC_021432	TAT	4	71176	71188	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	51194344
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147	NC_021432	TA	8	72746	72761	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	51194344
148	NC_021432	A	14	76200	76213	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	51194344
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170	NC_021432	TGAT	3	92214	92226	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	51194344
171	NC_021432	TGA	4	92265	92276	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	51194344
172	NC_021432	TTTC	3	93165	93176	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	51194344
173	NC_021432	TCTA	3	95314	95325	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	51194344
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183	NC_021432	TAAG	3	108857	108867	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51194352
184	NC_021432	ATTC	3	110169	110179	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	51194352
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196	NC_021432	GAATA	3	119069	119083	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	51194352
197	NC_021432	TTGA	3	119165	119176	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	51194352
198	NC_021432	ATAA	3	120183	120194	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	51194352
199	NC_021432	CAAT	3	120662	120672	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	51194352
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204	NC_021432	TATTT	3	122707	122721	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	51194352
205	NC_021432	AAGA	3	124585	124596	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51194352
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213	NC_021432	CATT	3	126932	126943	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	51194352
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215	NC_021432	TTTCT	3	127497	127511	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	51194352
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221	NC_021432	T	12	128943	128954	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	51194352
222	NC_021432	T	14	129193	129206	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	51194352
223	NC_021432	CAT	4	129207	129217	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51194352
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225	NC_021432	CTTT	4	129884	129899	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	51194352
226	NC_021432	ATGA	3	131070	131081	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51194352
227	NC_021432	CTTA	3	132388	132398	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	51194352
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229	NC_021432	GTA	4	141289	141300	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	51194352
230	NC_021432	AAG	4	142679	142691	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
231	NC_021432	TAGA	3	145930	145941	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
232	NC_021432	TGAA	3	148078	148089	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51194344
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234	NC_021432	TGAT	3	149124	149136	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	51194344
235	NC_021432	TC	6	150264	150274	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51194344
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237	NC_021432	ATTT	3	151874	151885	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	51194344
238	NC_021432	AGAA	3	152001	152011	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	51194344
239	NC_021432	TTGC	3	153275	153285	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	51194344
240	NC_021432	ATC	4	153684	153694	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
241	NC_021432	CATT	3	155738	155748	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cymbidium tracyanum voucher KUN:YJB100606 chloroplast