ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Trochodendron aralioides chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021426	A	17	214	230	17	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021426	CAG	4	1114	1125	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51134851
3	NC_021426	AAGT	3	1220	1230	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51134851
4	NC_021426	AT	6	1724	1737	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_021426	TA	7	1738	1751	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_021426	AATGA	3	1773	1786	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_021426	GAA	4	2214	2225	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51134851
8	NC_021426	AAGA	3	3753	3764	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_021426	AATAAA	3	4870	4888	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
10	NC_021426	AATAA	4	4899	4917	19	80 %	20 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
11	NC_021426	AT	7	4921	4934	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_021426	AT	7	4941	4954	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_021426	TAA	4	4965	4979	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
14	NC_021426	AT	18	4976	5010	35	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_021426	TAA	12	5005	5042	38	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_021426	AT	7	5039	5053	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_021426	TAA	4	5064	5078	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_021426	AT	16	5075	5107	33	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_021426	ATA	6	5118	5134	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
20	NC_021426	AT	7	5137	5151	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_021426	AAT	4	5149	5161	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_021426	TAA	4	5166	5177	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_021426	TA	16	5176	5206	31	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_021426	TAA	18	5200	5250	51	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_021426	ATA	5	5266	5281	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_021426	TAA	4	5282	5294	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_021426	AT	7	5305	5317	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_021426	AAGA	3	5630	5640	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_021426	T	15	5691	5705	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_021426	GTTT	3	5837	5848	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	51134851
31	NC_021426	TCTCT	3	5879	5892	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	51134851
32	NC_021426	T	14	6021	6034	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	51134851
33	NC_021426	TTTTA	3	7005	7018	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_021426	ATTT	3	8103	8113	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_021426	TTAA	3	8841	8853	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_021426	TTCT	3	9202	9212	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51134851
37	NC_021426	A	17	9295	9311	17	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021426	GATAA	3	9323	9337	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
39	NC_021426	A	12	10411	10422	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021426	ATCT	3	11302	11313	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
41	NC_021426	TTTC	3	11527	11537	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
42	NC_021426	T	18	14700	14717	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
43	NC_021426	ATT	4	14747	14758	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_021426	AAAT	3	15339	15350	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_021426	TATTCA	3	15779	15797	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
46	NC_021426	CTA	4	16326	16336	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
47	NC_021426	A	13	16418	16430	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_021426	A	12	18133	18144	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_021426	TGT	4	18433	18443	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	51134852
50	NC_021426	AT	6	19216	19227	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51134852
51	NC_021426	TTCA	3	24425	24436	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	51134852
52	NC_021426	GAAT	3	24516	24526	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51134852
53	NC_021426	GTT	4	25363	25374	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51134852
54	NC_021426	TCAT	3	28668	28678	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
55	NC_021426	CTAT	3	29188	29199	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
56	NC_021426	AAAT	3	29446	29456	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_021426	CAG	4	29938	29949	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
58	NC_021426	TTC	7	31593	31614	22	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	4 %	Non-Coding
59	NC_021426	AT	8	34202	34216	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
60	NC_021426	TAA	5	34342	34357	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
61	NC_021426	ATA	4	34358	34370	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_021426	TAA	6	34436	34454	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
63	NC_021426	TAA	4	34463	34478	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
64	NC_021426	ATATTA	3	34479	34497	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
65	NC_021426	AAT	4	34509	34520	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_021426	AAT	4	34527	34539	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_021426	ATAA	5	34540	34559	20	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
68	NC_021426	ATA	5	34557	34570	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_021426	ATA	7	34574	34594	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_021426	ATA	7	34598	34619	22	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_021426	ATA	9	34659	34684	26	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_021426	ATA	4	34709	34721	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_021426	ATA	5	34725	34740	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_021426	TTTCT	3	34897	34910	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
75	NC_021426	AT	6	36059	36070	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_021426	GAAA	3	38001	38012	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51134852
77	NC_021426	GCTT	3	38404	38414	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	51134852
78	NC_021426	AATA	3	39161	39172	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_021426	AG	6	39192	39202	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_021426	TA	6	39399	39410	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_021426	TAAA	3	39442	39452	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_021426	AAT	7	40000	40021	22	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_021426	AT	7	40094	40106	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_021426	T	13	40366	40378	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021426	A	12	40380	40391	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_021426	A	13	41051	41063	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_021426	ATG	4	42438	42448	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	51134853
88	NC_021426	AATG	3	43931	43942	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51134853
89	NC_021426	GCA	4	44336	44347	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51134853
90	NC_021426	TG	6	44373	44383	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	51134853
91	NC_021426	TTTCT	3	45639	45653	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021426	A	19	46180	46198	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
93	NC_021426	ATA	4	47436	47447	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51134853
94	NC_021426	TAAA	4	48040	48055	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	51134853
95	NC_021426	A	15	48049	48063	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	51134853
96	NC_021426	A	14	48313	48326	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_021426	GTA	4	48407	48417	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_021426	T	15	48880	48894	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021426	T	12	48924	48935	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_021426	GAAT	3	50168	50180	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_021426	T	15	50262	50276	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
102	NC_021426	TTAG	3	50547	50557	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_021426	ATCA	3	50754	50764	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
104	NC_021426	TA	6	50938	50949	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_021426	TTCAT	3	50951	50964	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
106	NC_021426	A	12	51082	51093	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_021426	ATTAGA	3	51253	51269	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
108	NC_021426	TTAGA	3	51286	51301	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
109	NC_021426	A	14	51481	51494	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_021426	TTGA	3	51819	51831	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_021426	AGTT	3	53039	53050	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021426	T	12	53145	53156	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_021426	T	14	53330	53343	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
114	NC_021426	ATTT	3	55475	55486	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_021426	ATTTTT	3	55529	55547	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
116	NC_021426	T	14	55595	55608	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
117	NC_021426	GACC	3	56411	56422	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
118	NC_021426	ACAA	4	56431	56445	15	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
119	NC_021426	TATTT	4	57515	57534	20	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
120	NC_021426	ATA	5	59544	59557	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	51134853
121	NC_021426	GTTA	3	62344	62354	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_021426	TACG	3	64251	64262	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
123	NC_021426	TA	6	64263	64274	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_021426	ATT	5	66359	66372	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
125	NC_021426	T	15	68595	68609	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
126	NC_021426	TAAA	3	68748	68758	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_021426	ATCTA	3	68769	68783	15	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021426	CTA	4	69434	69445	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
129	NC_021426	AGT	4	70486	70498	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
130	NC_021426	AAAG	3	70527	70538	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021426	TTA	4	71031	71042	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_021426	ATAAAA	3	71344	71361	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
133	NC_021426	ATCATA	3	72156	72174	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
134	NC_021426	TTA	7	72841	72862	22	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
135	NC_021426	ATTG	4	72867	72881	15	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
136	NC_021426	T	13	72925	72937	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
137	NC_021426	CTT	4	72935	72946	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
138	NC_021426	AT	7	73250	73262	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
139	NC_021426	AT	11	73264	73285	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
140	NC_021426	A	19	73768	73786	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
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227	NC_021426	AACT	3	163497	163507	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	51134859
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231	NC_021426	A	13	164923	164935	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
232	NC_021426	ATAA	4	165402	165417	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Trochodendron aralioides chloroplast