ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Calamus caryotoides plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020365	CAG	5	726	740	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	45633087
2	NC_020365	AAGT	3	832	842	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45633087
3	NC_020365	TTC	4	1835	1846	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45633087
4	NC_020365	A	16	2637	2652	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	45633087
5	NC_020365	ATAAAA	3	2972	2989	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	45633087
6	NC_020365	GTAT	4	3343	3357	15	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_020365	TAT	4	3836	3846	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_020365	AT	7	3862	3874	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_020365	AT	6	3877	3889	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_020365	AAT	4	3890	3901	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_020365	AAAT	3	4107	4118	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_020365	ATCT	3	4401	4412	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
13	NC_020365	TAAA	3	4502	4514	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_020365	TTTA	4	4777	4792	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_020365	TCTCT	3	4970	4983	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	45633087
16	NC_020365	AGAA	3	5235	5246	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45633087
17	NC_020365	TCTA	6	6067	6090	24	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
18	NC_020365	CATAT	4	6165	6184	20	40 %	40 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
19	NC_020365	TAAA	3	6913	6924	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_020365	AAAAGA	3	7415	7433	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
21	NC_020365	A	16	7948	7963	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_020365	GA	6	8230	8241	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_020365	TA	8	8417	8431	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
24	NC_020365	TATAAC	3	8735	8751	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
25	NC_020365	TTTA	3	8756	8768	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_020365	TTTA	3	9043	9053	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_020365	GAAA	3	9824	9834	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_020365	TATTTG	5	12310	12338	29	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	10 %	45633087
29	NC_020365	TTTC	3	12407	12418	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45633087
30	NC_020365	T	16	12439	12454	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	45633087
31	NC_020365	TTA	4	13109	13119	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_020365	TAA	4	13477	13487	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_020365	TTTC	3	14030	14041	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
34	NC_020365	CATT	3	14046	14057	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
35	NC_020365	TTTC	3	14067	14077	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
36	NC_020365	AT	15	14199	14226	28	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_020365	AACT	3	15373	15384	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
38	NC_020365	AATC	3	16477	16487	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
39	NC_020365	TCAA	3	16790	16801	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	45633088
40	NC_020365	T	13	18557	18569	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45633088
41	NC_020365	AT	6	19894	19904	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45633088
42	NC_020365	TCT	4	22155	22165	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	45633088
43	NC_020365	A	16	22654	22669	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	45633088
44	NC_020365	GTT	4	23588	23599	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	45633088
45	NC_020365	ATA	4	27384	27395	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_020365	AATA	3	27839	27849	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_020365	TGAT	3	29059	29069	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_020365	CAAT	3	29070	29080	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
49	NC_020365	AAAG	3	29312	29323	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_020365	TA	6	29551	29563	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_020365	TCT	4	30295	30307	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
52	NC_020365	TAGA	3	31142	31153	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_020365	ATC	4	31521	31532	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
54	NC_020365	T	14	31636	31649	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_020365	TA	10	31683	31702	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
56	NC_020365	CATT	3	31970	31981	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
57	NC_020365	T	16	32601	32616	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
58	NC_020365	TA	7	32682	32694	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_020365	TGGG	3	34192	34202	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	45633088
60	NC_020365	GAAA	3	34356	34367	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45633088
61	NC_020365	T	12	35354	35365	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_020365	AG	6	35471	35481	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_020365	GTTC	3	35500	35510	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
64	NC_020365	TC	6	36075	36085	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45633088
65	NC_020365	ATA	4	36217	36228	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_020365	TTTACT	6	36256	36291	36	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
67	NC_020365	AT	11	36348	36367	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
68	NC_020365	ATG	4	38711	38721	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45633089
69	NC_020365	AAGA	3	39805	39816	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45633089
70	NC_020365	AATG	3	40204	40215	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45633089
71	NC_020365	GCA	4	40609	40620	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45633089
72	NC_020365	CCAA	3	42417	42427	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
73	NC_020365	TTAA	3	42430	42441	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_020365	TTAA	3	42784	42796	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	45633089
75	NC_020365	ATCA	3	42816	42826	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	45633089
76	NC_020365	AAGAA	3	42965	42979	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	45633089
77	NC_020365	TTTC	3	43316	43327	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45633089
78	NC_020365	TAAA	3	44267	44277	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45633089
79	NC_020365	AGT	4	45794	45805	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45633089
80	NC_020365	GAAT	3	46168	46180	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_020365	TA	6	46600	46611	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_020365	TATTT	3	46808	46821	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_020365	TA	6	46835	46846	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_020365	TAATAT	3	46887	46905	19	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
85	NC_020365	AT	9	46902	46919	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
86	NC_020365	GTAAA	3	47054	47068	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_020365	TAAATT	4	47091	47114	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_020365	TAAAG	5	47108	47132	25	60 %	20 %	20 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_020365	A	14	47261	47274	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_020365	AT	6	47911	47923	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_020365	TA	6	48666	48677	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_020365	AT	6	48842	48853	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_020365	ATT	5	50996	51009	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_020365	TCTCTA	3	51283	51301	19	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	10 %	Non-Coding
95	NC_020365	A	18	51369	51386	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
96	NC_020365	A	19	51390	51408	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
97	NC_020365	A	15	51436	51450	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_020365	TTGTT	3	51517	51530	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_020365	A	13	52258	52270	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_020365	CTTA	4	57660	57675	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
101	NC_020365	AATA	3	58947	58957	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45633090
102	NC_020365	ATA	4	59916	59928	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_020365	TGGA	3	60241	60252	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020365	CTT	5	60457	60471	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
105	NC_020365	TTA	4	60486	60498	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_020365	ATT	4	60499	60511	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_020365	ATT	4	60514	60526	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
108	NC_020365	ATA	4	60616	60628	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
109	NC_020365	TA	23	60620	60663	44	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_020365	TA	6	60701	60711	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_020365	A	15	62054	62068	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	45633090
112	NC_020365	AATG	3	62731	62742	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	45633090
113	NC_020365	A	13	66606	66618	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
114	NC_020365	TTA	4	66781	66792	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_020365	TTGAA	3	67106	67120	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	45633091
116	NC_020365	T	15	67917	67931	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
117	NC_020365	TAT	4	68660	68672	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_020365	TTGAA	3	68696	68710	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
119	NC_020365	TTC	4	68761	68772	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
120	NC_020365	GAAA	3	69020	69031	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45633091
121	NC_020365	AT	9	69157	69173	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
122	NC_020365	AATA	3	69247	69258	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_020365	AAAT	3	69690	69700	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_020365	T	13	69722	69734	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
125	NC_020365	TTTC	3	70251	70263	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
126	NC_020365	A	12	70430	70441	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_020365	A	18	71501	71518	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	45633093
128	NC_020365	AGA	4	71612	71624	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	45633093
129	NC_020365	TTTA	3	71717	71728	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45633093
130	NC_020365	T	16	71796	71811	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	45633093
131	NC_020365	TAT	5	72007	72022	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	45633093
132	NC_020365	ATAA	3	72253	72264	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	45633093
133	NC_020365	T	19	72492	72510	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	45633093
134	NC_020365	TCT	4	72547	72558	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45633093
135	NC_020365	A	13	72607	72619	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	45633093
136	NC_020365	TTCG	3	73464	73475	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	45633093
137	NC_020365	T	15	75309	75323	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	45633093
138	NC_020365	T	13	76454	76466	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45633093
139	NC_020365	CTTT	3	79220	79231	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45633093
140	NC_020365	TTTC	3	79237	79247	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45633093
141	NC_020365	TTA	4	80317	80327	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	45633093
142	NC_020365	T	14	81117	81130	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	45633093
143	NC_020365	GAG	4	81514	81525	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	45633093
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145	NC_020365	AGAA	3	82532	82543	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45633093
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149	NC_020365	AT	10	83847	83866	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	45633093
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151	NC_020365	T	15	84181	84195	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	45633093
152	NC_020365	TTTA	3	85566	85577	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45633093
153	NC_020365	CTT	4	86228	86239	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45633093
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159	NC_020365	AATA	3	93680	93692	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	45633093
160	NC_020365	TTTC	3	93742	93753	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45633093
161	NC_020365	CTTA	3	94862	94872	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	45633093
162	NC_020365	AAAT	3	95455	95465	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45633093
163	NC_020365	TCTA	3	95923	95934	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45633093
164	NC_020365	TCCGG	3	96668	96682	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	45633093
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171	NC_020365	TAAG	3	109384	109394	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45633095
172	NC_020365	GAAAA	3	111228	111241	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	45633095
173	NC_020365	CT	6	111371	111381	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45633095
174	NC_020365	GGAA	3	111404	111414	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	45633095
175	NC_020365	AAT	6	114884	114900	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	45633095
176	NC_020365	ATA	5	114908	114921	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	45633095
177	NC_020365	TTAA	4	114939	114953	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	45633095
178	NC_020365	AT	7	114969	114981	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	45633095
179	NC_020365	TGTTA	3	114983	114998	16	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	45633095
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181	NC_020365	TAT	4	116075	116085	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	45633095
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186	NC_020365	GATG	3	119859	119870	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	45633095
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191	NC_020365	AT	7	122693	122705	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	45633095
192	NC_020365	AGA	4	122868	122878	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	45633095
193	NC_020365	A	14	122894	122907	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	45633095
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199	NC_020365	AT	7	126406	126418	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	45633095
200	NC_020365	CTT	4	126691	126702	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45633095
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207	NC_020365	TCTT	3	128259	128269	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45633095
208	NC_020365	TTAT	3	128480	128490	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	45633095
209	NC_020365	TCTTT	3	128620	128634	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	45633095
210	NC_020365	CTTTT	4	130135	130153	19	0 %	80 %	0 %	20 %	5 %	45633095
211	NC_020365	TTCC	3	131382	131392	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45633095
212	NC_020365	AG	6	131415	131425	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	45633095
213	NC_020365	TTTCT	3	131556	131569	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	45633095
214	NC_020365	GA	6	132717	132727	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	45633095
215	NC_020365	CTTA	3	133402	133412	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	45633095
216	NC_020365	GGAT	3	137970	137981	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	45633095
217	NC_020365	AAGA	3	140908	140918	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	45633095
218	NC_020365	ACTAAT	3	141284	141300	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	45633095
219	NC_020365	AAAT	3	141676	141687	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	45633095
220	NC_020365	GTA	4	142208	142219	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45633095
221	NC_020365	ACCGG	3	146113	146127	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
222	NC_020365	TAGA	3	146862	146873	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
223	NC_020365	TATT	3	147330	147340	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
224	NC_020365	TGAA	3	149042	149053	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45633095
225	NC_020365	ATCA	3	150011	150023	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	45633095
226	NC_020365	TGAT	3	150106	150118	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	45633095
227	NC_020365	ATC	4	151676	151687	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	45633095
228	NC_020365	ATTT	3	152904	152915	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45633095
229	NC_020365	ATC	4	154726	154736	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
230	NC_020365	CATT	3	156772	156782	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
231	NC_020365	AAAT	3	157212	157223	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
232	NC_020365	ATAA	3	157226	157237	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Calamus caryotoides plastid