ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Vaccinium macrocarpon plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_019616	T	12	371	382	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	42869758
2	NC_019616	GAA	4	1613	1624	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	42869758
3	NC_019616	CATT	3	2726	2737	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	42869758
4	NC_019616	A	14	3032	3045	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	42869758
5	NC_019616	TATC	3	4292	4303	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	42869758
6	NC_019616	AATCA	4	6272	6291	20	60 %	20 %	0 %	20 %	10 %	42869758
7	NC_019616	T	12	7625	7636	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	42869758
8	NC_019616	TAAACT	3	7815	7832	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	42869758
9	NC_019616	TA	6	7922	7932	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	42869758
10	NC_019616	A	12	8635	8646	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	42869758
11	NC_019616	AT	7	8690	8703	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	42869758
12	NC_019616	GAAA	3	8822	8833	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	42869758
13	NC_019616	CTTT	3	9833	9844	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	42869758
14	NC_019616	AAAT	3	12095	12105	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	42869758
15	NC_019616	GTTT	3	12296	12308	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	42869758
16	NC_019616	GAAA	3	12537	12547	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	42869758
17	NC_019616	TTAT	3	12577	12589	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	42869758
18	NC_019616	AT	11	13349	13369	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	42869758
19	NC_019616	AATT	3	14928	14938	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	42869758
20	NC_019616	ATGG	3	15291	15302	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	42869758
21	NC_019616	GAAA	3	16240	16252	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	42869758
22	NC_019616	TAAA	3	17520	17531	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	42869758
23	NC_019616	CAAT	3	19192	19202	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	42869758
24	NC_019616	CT	6	19240	19250	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	42869758
25	NC_019616	AAG	4	19695	19706	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	42869758
26	NC_019616	TA	6	19821	19831	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	42869758
27	NC_019616	TTCGAA	3	19971	19989	19	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	10 %	42869758
28	NC_019616	GATC	3	20895	20907	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	42869758
29	NC_019616	TCAG	3	20993	21004	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	42869758
30	NC_019616	A	13	21403	21415	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	42869758
31	NC_019616	TCTTT	3	25274	25287	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	42869758
32	NC_019616	TTCT	3	26977	26988	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	42869758
33	NC_019616	TGAC	3	29025	29035	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	42869758
34	NC_019616	AAG	4	31003	31014	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	42869758
35	NC_019616	TTCT	3	31163	31174	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	42869758
36	NC_019616	GAAA	3	31195	31205	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	42869758
37	NC_019616	TTCA	3	31350	31361	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	42869758
38	NC_019616	TTTCTT	3	31996	32013	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	42869758
39	NC_019616	TTGT	3	32450	32461	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	42869758
40	NC_019616	GAA	4	32689	32700	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	42869758
41	NC_019616	AAT	4	33260	33272	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	42869758
42	NC_019616	TA	12	33779	33801	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	42869758
43	NC_019616	ATTT	3	34581	34591	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	42869758
44	NC_019616	TTAC	3	35236	35246	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	42869758
45	NC_019616	ACA	4	35296	35306	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	42869758
46	NC_019616	AAAG	3	35533	35544	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	42869758
47	NC_019616	CAAA	3	36176	36187	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	42869758
48	NC_019616	TAA	4	36629	36640	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	42869758
49	NC_019616	TCTA	3	36992	37003	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	42869758
50	NC_019616	TA	8	37016	37030	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	42869758
51	NC_019616	TA	6	37231	37242	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	42869758
52	NC_019616	GA	6	37859	37869	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	42869758
53	NC_019616	AT	8	38459	38473	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	42869758
54	NC_019616	TA	9	38484	38500	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	42869758
55	NC_019616	AGA	4	38740	38750	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	42869758
56	NC_019616	GGTT	3	40409	40420	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	42869758
57	NC_019616	TCT	4	40780	40791	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	42869758
58	NC_019616	AATA	3	40979	40990	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	42869758
59	NC_019616	CAATA	3	41415	41428	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	42869758
60	NC_019616	TTTC	3	42010	42020	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	42869758
61	NC_019616	TTTA	3	43597	43608	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	42869758
62	NC_019616	A	15	44784	44798	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	42869758
63	NC_019616	TAG	4	45299	45310	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	42869758
64	NC_019616	TCT	5	45724	45737	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	42869758
65	NC_019616	CTT	6	45772	45789	18	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	42869758
66	NC_019616	CTT	4	45817	45828	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	42869758
67	NC_019616	CTT	4	46077	46088	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	42869758
68	NC_019616	TCT	4	46274	46285	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	42869758
69	NC_019616	ATC	4	46378	46389	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	42869758
70	NC_019616	TTCA	5	47037	47056	20	25 %	50 %	0 %	25 %	5 %	42869758
71	NC_019616	TAAA	3	47155	47165	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	42869758
72	NC_019616	AGA	4	47173	47184	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	42869758
73	NC_019616	AATA	3	47638	47648	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	42869758
74	NC_019616	GAAA	3	50487	50498	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	42869758
75	NC_019616	AG	6	51669	51679	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	42869758
76	NC_019616	ATG	4	54735	54745	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	42869758
77	NC_019616	AATG	3	56228	56239	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	42869758
78	NC_019616	GCA	4	56633	56644	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	42869758
79	NC_019616	TG	6	56670	56680	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	42869758
80	NC_019616	AAT	5	58341	58354	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	42869758
81	NC_019616	TA	6	58899	58912	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	42869758
82	NC_019616	TAA	4	59138	59150	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	42869758
83	NC_019616	TTGG	3	60508	60520	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	42869758
84	NC_019616	TTCT	3	60833	60844	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	42869758
85	NC_019616	TTCT	4	61193	61208	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	42869758
86	NC_019616	AAAAG	3	61648	61661	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	42869758
87	NC_019616	CT	6	62597	62607	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	42869758
88	NC_019616	A	13	64517	64529	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	42869758
89	NC_019616	AGTAG	3	64538	64551	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	42869758
90	NC_019616	TTTC	3	65233	65244	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	42869758
91	NC_019616	A	13	65932	65944	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	42869758
92	NC_019616	GATC	3	67320	67330	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	42869758
93	NC_019616	TTA	4	68541	68552	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	42869758
94	NC_019616	CAAA	3	69081	69091	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	42869758
95	NC_019616	TATTC	3	69385	69399	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	42869758
96	NC_019616	AATGT	3	70236	70249	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	42869758
97	NC_019616	AT	7	72882	72894	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	42869758
98	NC_019616	TTTC	3	73917	73928	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	42869758
99	NC_019616	GTT	4	76579	76590	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	42869758
100	NC_019616	CTAA	3	79328	79339	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	42869758
101	NC_019616	TCA	4	79598	79608	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	42869758
102	NC_019616	CATT	3	80490	80501	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	42869758
103	NC_019616	TTCA	3	80556	80566	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	42869758
104	NC_019616	AT	6	82170	82180	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	42869758
105	NC_019616	TCT	5	83921	83935	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	42869758
106	NC_019616	ATTG	3	84949	84959	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	42869758
107	NC_019616	ATT	4	84969	84979	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	42869758
108	NC_019616	AATA	3	84992	85003	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	42869758
109	NC_019616	AGA	4	85034	85044	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	42869758
110	NC_019616	TA	6	85303	85314	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	42869758
111	NC_019616	TCT	4	85471	85482	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	42869758
112	NC_019616	TCT	4	87477	87488	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	42869758
113	NC_019616	A	13	87496	87508	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	42869758
114	NC_019616	CTA	4	88089	88100	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	42869758
115	NC_019616	ATC	4	88252	88262	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	42869758
116	NC_019616	GGTTAT	3	89042	89060	19	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	10 %	42869758
117	NC_019616	AG	6	90208	90218	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	42869758
118	NC_019616	ATTG	3	90256	90266	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	42869758
119	NC_019616	CAAT	3	90284	90294	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	42869758
120	NC_019616	GTT	4	91691	91701	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	42869758
121	NC_019616	GAA	4	91755	91766	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	42869758
122	NC_019616	CAAT	3	91937	91947	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	42869758
123	NC_019616	T	12	93307	93318	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	42869758
124	NC_019616	CGA	4	93390	93401	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	42869758
125	NC_019616	TTCT	3	93426	93436	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	42869758
126	NC_019616	TATT	3	94499	94510	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	42869758
127	NC_019616	AAT	4	94735	94747	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	42869758
128	NC_019616	ACA	4	97084	97095	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	42869758
129	NC_019616	TA	6	101506	101517	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	42869758
130	NC_019616	T	16	101971	101986	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	42869758
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254	NC_019616	TTCA	5	174690	174709	20	25 %	50 %	0 %	25 %	5 %	42869758
255	NC_019616	CATT	3	174903	174913	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	42869758
256	NC_019616	CAG	4	175813	175824	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	42869758
257	NC_019616	AAGT	3	175919	175929	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	42869758

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Vaccinium macrocarpon plastid