ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Fragaria vesca subsp. bracteata chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018766	CAG	4	963	974	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40883022
2	NC_018766	AAGT	3	1069	1079	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40883022
3	NC_018766	TA	7	1663	1676	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_018766	CATA	3	1916	1926	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_018766	AAG	4	2068	2079	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40883022
6	NC_018766	ATTCAT	3	2845	2862	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	40883022
7	NC_018766	ATTGA	3	3105	3118	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	40883022
8	NC_018766	CTCTT	4	4482	4500	19	0 %	60 %	0 %	40 %	10 %	Non-Coding
9	NC_018766	AAT	4	4774	4785	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_018766	TA	7	4894	4906	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_018766	T	12	4996	5007	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_018766	ATTTT	3	5393	5407	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	40883022
13	NC_018766	ATTC	3	5563	5573	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	40883022
14	NC_018766	AATA	3	6285	6296	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_018766	AATA	4	6439	6455	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
16	NC_018766	TA	6	6987	6998	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_018766	T	15	6997	7011	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_018766	A	13	7042	7054	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_018766	TAT	4	7070	7082	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_018766	AT	6	7089	7101	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_018766	TAAA	3	7305	7315	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_018766	ATA	4	7568	7578	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_018766	TTCT	3	7786	7796	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40883022
24	NC_018766	A	12	7877	7888	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018766	GATAA	3	7900	7914	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_018766	A	12	7993	8004	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018766	TTAT	3	8258	8269	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_018766	A	12	8285	8296	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_018766	A	18	8637	8654	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
30	NC_018766	TATT	3	8882	8893	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_018766	AAAT	3	8895	8907	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_018766	TTTG	3	8984	8994	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_018766	TAAAAA	3	9851	9869	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
34	NC_018766	TAA	4	10385	10396	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_018766	TAT	8	10406	10429	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_018766	CAAT	3	11735	11745	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	40883023
37	NC_018766	T	12	12252	12263	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018766	T	14	15762	15775	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_018766	A	13	15782	15794	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
40	NC_018766	GAATA	3	17381	17394	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	40883023
41	NC_018766	TGT	4	17580	17591	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	40883023
42	NC_018766	T	13	17964	17976	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	40883023
43	NC_018766	TGAG	3	20149	20160	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_018766	TTCA	3	22086	22097	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40883023
45	NC_018766	GAAT	3	22191	22201	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40883023
46	NC_018766	CA	6	22646	22656	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	40883023
47	NC_018766	GTT	4	23055	23066	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	40883023
48	NC_018766	ATTC	3	23098	23110	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
49	NC_018766	T	12	25681	25692	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	40883023
50	NC_018766	AGAAA	3	25704	25718	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	40883023
51	NC_018766	TCAT	3	26368	26378	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
52	NC_018766	TA	6	26890	26901	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_018766	ATTCA	3	27840	27853	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
54	NC_018766	TA	8	27894	27908	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
55	NC_018766	T	12	27918	27929	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018766	N	18	28593	28610	18	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018766	TAC	4	28992	29002	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
58	NC_018766	CTTT	3	29236	29246	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
59	NC_018766	TA	6	29438	29448	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_018766	AT	6	29463	29474	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_018766	ATA	4	30945	30955	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_018766	GTAT	3	30958	30968	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_018766	AT	6	31050	31060	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_018766	GGGA	3	31334	31345	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_018766	TCTT	3	31754	31765	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
66	NC_018766	TTATAG	4	32432	32455	24	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	4 %	Non-Coding
67	NC_018766	N	13	32522	32534	13	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018766	TAT	4	32709	32720	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_018766	TGATA	4	32994	33012	19	40 %	40 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
70	NC_018766	AAT	4	33125	33136	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_018766	GAAA	3	35102	35113	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40883024
72	NC_018766	TTGC	3	35503	35513	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	40883024
73	NC_018766	TGC	4	35996	36007	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40883024
74	NC_018766	TTCC	3	36158	36168	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
75	NC_018766	AG	6	36313	36323	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_018766	TA	8	36571	36585	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
77	NC_018766	A	15	36628	36642	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018766	TC	6	36995	37005	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	40883024
79	NC_018766	AT	6	37298	37310	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_018766	TA	6	37308	37318	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_018766	TCT	4	38090	38100	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	40883024
82	NC_018766	ATTG	3	39482	39492	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	40883024
83	NC_018766	AATG	3	41128	41139	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	40883024
84	NC_018766	CAC	4	41213	41224	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	40883024
85	NC_018766	GCA	4	41533	41544	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40883024
86	NC_018766	TATTTA	3	43208	43224	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
87	NC_018766	TTTA	3	43400	43411	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_018766	N	21	44366	44386	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	40883024
89	NC_018766	TAAAAA	3	45362	45380	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	40883024
90	NC_018766	AAAT	3	45695	45705	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_018766	AT	6	46211	46222	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_018766	N	18	48151	48168	18	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018766	TGAT	3	48210	48221	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_018766	T	13	48309	48321	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_018766	TA	6	48498	48510	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_018766	TA	6	48558	48569	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_018766	TATT	3	50210	50221	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_018766	AAAT	3	52239	52251	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_018766	TA	11	52594	52616	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_018766	TTA	4	52811	52822	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_018766	ATTCA	3	52972	52986	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
102	NC_018766	ATA	4	55754	55764	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40883025
103	NC_018766	AAAT	5	55792	55810	19	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
104	NC_018766	TTTACA	3	56178	56196	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
105	NC_018766	TAT	4	56229	56239	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_018766	TTG	4	58136	58146	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_018766	ATTA	3	58229	58241	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
108	NC_018766	AATAA	4	60125	60144	20	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
109	NC_018766	TA	13	60431	60454	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_018766	AATAA	3	60531	60545	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
111	NC_018766	AT	6	60902	60913	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_018766	AT	6	63106	63116	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40883025
113	NC_018766	TTTC	3	64095	64105	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
114	NC_018766	G	13	64319	64331	13	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018766	T	16	64447	64462	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
116	NC_018766	CTTT	3	66470	66481	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
117	NC_018766	A	13	66566	66578	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_018766	CCTC	3	67230	67240	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
119	NC_018766	AT	6	67615	67625	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_018766	ATT	4	67940	67952	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
121	NC_018766	TAT	4	67964	67976	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
122	NC_018766	TTATA	4	67977	67995	19	40 %	60 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
123	NC_018766	TGTT	3	68739	68750	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_018766	GAA	4	69617	69628	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_018766	TTTAT	4	69771	69790	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	40883026
126	NC_018766	TGAA	3	70136	70147	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_018766	TTTC	3	70170	70182	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
128	NC_018766	TAAA	4	70355	70369	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
129	NC_018766	T	13	71073	71085	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	40883026
130	NC_018766	TTAC	3	71593	71605	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	40883026
131	NC_018766	TTTA	3	71729	71740	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	40883026
132	NC_018766	T	13	71775	71787	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	40883026
133	NC_018766	TATT	4	72787	72802	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	40883026
134	NC_018766	TCC	4	73222	73232	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	40883026
135	NC_018766	TGAA	3	73444	73454	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40883026
136	NC_018766	TAT	4	73509	73521	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	40883026
137	NC_018766	TCT	4	75107	75118	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40883026
138	NC_018766	AATT	3	76862	76873	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	40883026
139	NC_018766	AT	8	77779	77793	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	40883026
140	NC_018766	ATTG	3	79038	79050	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	40883026
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204	NC_018766	CTTTT	3	128424	128438	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
205	NC_018766	T	12	128961	128972	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Fragaria vesca subsp. bracteata chloroplast