ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Raphanus sativus mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018551	AGTC	3	1574	1585	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
2	NC_018551	TGC	4	1666	1677	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
3	NC_018551	CATAC	3	2552	2565	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
4	NC_018551	CTCCTT	3	3423	3440	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	Non-Coding
5	NC_018551	TA	6	3504	3514	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_018551	GCAT	3	3918	3929	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_018551	A	15	4386	4400	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_018551	AGC	4	4736	4747	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
9	NC_018551	CAC	4	5222	5232	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
10	NC_018551	AGCT	3	5250	5260	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
11	NC_018551	GAA	4	5703	5714	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_018551	AGA	4	7061	7071	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_018551	ATT	4	8419	8430	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40448166
14	NC_018551	GTAG	3	8867	8878	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	40448166
15	NC_018551	TTGACT	3	10474	10490	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	40448166
16	NC_018551	CTT	4	10839	10849	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	40448166
17	NC_018551	TGCTT	3	10855	10869	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	40448166
18	NC_018551	ATTT	3	12317	12328	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	40448166
19	NC_018551	CATT	3	12758	12769	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40448166
20	NC_018551	TGC	4	13989	13999	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	40448166
21	NC_018551	CT	6	14640	14651	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	40448166
22	NC_018551	CTT	4	16207	16219	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	40448166
23	NC_018551	GCAA	3	16901	16911	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	40448166
24	NC_018551	TCAAA	4	17937	17957	21	60 %	20 %	0 %	20 %	9 %	40448166
25	NC_018551	TCAT	3	18276	18287	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	40448166
26	NC_018551	AG	6	19712	19723	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	40448166
27	NC_018551	AAAG	3	20200	20211	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40448166
28	NC_018551	GATT	3	21736	21747	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	40448166
29	NC_018551	ATTC	3	22198	22210	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	40448166
30	NC_018551	GAA	4	22425	22437	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	40448166
31	NC_018551	CTTTG	3	24037	24050	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	40448166
32	NC_018551	TTC	4	24413	24423	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	40448166
33	NC_018551	GCTA	3	26113	26124	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448166
34	NC_018551	AATAG	3	27895	27908	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	40448166
35	NC_018551	AAGA	3	28070	28080	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	40448166
36	NC_018551	CAT	4	28323	28333	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	40448166
37	NC_018551	A	13	29080	29092	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	40448166
38	NC_018551	ATC	4	30009	30019	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	40448166
39	NC_018551	TCC	4	30731	30742	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	40448166
40	NC_018551	GAAA	3	30944	30955	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40448166
41	NC_018551	AGAA	3	31465	31477	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448166
42	NC_018551	TCAT	4	31797	31812	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	40448166
43	NC_018551	TA	6	31966	31976	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	40448166
44	NC_018551	AAGG	3	32138	32148	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	40448166
45	NC_018551	ACTAG	3	32353	32367	15	40 %	20 %	20 %	20 %	0 %	40448166
46	NC_018551	TCC	4	32810	32822	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	40448166
47	NC_018551	GATC	3	34108	34118	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	40448166
48	NC_018551	A	12	35054	35065	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	40448166
49	NC_018551	ATGA	3	35215	35227	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	40448166
50	NC_018551	AGCT	3	37631	37642	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448166
51	NC_018551	TTAC	3	37808	37819	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	40448166
52	NC_018551	ACTA	3	37849	37859	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	40448166
53	NC_018551	TC	6	39951	39962	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	40448166
54	NC_018551	TCT	4	40394	40405	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40448166
55	NC_018551	ACAA	3	41570	41581	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	40448166
56	NC_018551	TC	6	42992	43003	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	40448166
57	NC_018551	CAC	4	44241	44251	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	40448166
58	NC_018551	GTCA	3	47518	47529	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448166
59	NC_018551	GAGT	3	48384	48395	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	40448166
60	NC_018551	TAC	4	48529	48540	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	40448166
61	NC_018551	TAT	4	48552	48563	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	40448166
62	NC_018551	C	13	49125	49137	13	0 %	0 %	0 %	100 %	7 %	40448166
63	NC_018551	AGAA	3	49487	49498	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40448166
64	NC_018551	GAAA	3	49669	49680	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40448166
65	NC_018551	CTAG	3	50374	50386	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	40448166
66	NC_018551	TGA	4	53525	53535	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	40448166
67	NC_018551	TAT	5	55412	55427	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	40448166
68	NC_018551	CAAA	3	55491	55502	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	40448166
69	NC_018551	CTT	4	56229	56241	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	40448166
70	NC_018551	ACTT	3	56572	56584	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	40448166
71	NC_018551	GCTA	3	56594	56605	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448166
72	NC_018551	TGAG	3	56833	56844	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	40448166
73	NC_018551	T	14	56884	56897	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	40448166
74	NC_018551	AAGA	3	58834	58846	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448166
75	NC_018551	AAGA	3	58873	58885	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448166
76	NC_018551	AAGA	3	58912	58924	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448166
77	NC_018551	CTTT	3	58968	58978	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40448166
78	NC_018551	GTTC	5	59762	59782	21	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	40448166
79	NC_018551	TC	6	59781	59792	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	40448166
80	NC_018551	TCT	4	60126	60137	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40448166
81	NC_018551	AGAA	3	60698	60709	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	40448166
82	NC_018551	TAGAG	3	62200	62214	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	40448166
83	NC_018551	GAA	4	63554	63565	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	40448166
84	NC_018551	CTAG	3	63959	63970	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	40448166
85	NC_018551	ATC	4	64023	64033	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	40448166
86	NC_018551	GAA	4	64333	64344	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	40448166
87	NC_018551	GAA	4	66166	66176	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	40448166
88	NC_018551	GAA	4	66512	66522	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	40448166
89	NC_018551	TAA	4	67693	67703	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	40448166
90	NC_018551	GAAAAG	3	67924	67940	17	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	40448166
91	NC_018551	AAAG	3	67977	67989	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	40448166
92	NC_018551	AGCT	3	68119	68129	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	40448166
93	NC_018551	ATTCA	3	68164	68177	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	40448166
94	NC_018551	GAA	5	68538	68552	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	40448166
95	NC_018551	CTT	4	68586	68597	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40448166
96	NC_018551	GCTTT	3	69206	69220	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	40448166
97	NC_018551	A	12	69983	69994	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	40448166
98	NC_018551	TA	7	70128	70140	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	40448166
99	NC_018551	AG	7	70237	70249	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	40448166
100	NC_018551	CGC	4	72022	72032	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	40448166
101	NC_018551	CTTT	3	72270	72280	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	40448166
102	NC_018551	CGCC	3	72816	72827	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	40448166
103	NC_018551	TAT	4	73355	73367	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	40448166
104	NC_018551	CATT	3	73489	73500	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	40448166
105	NC_018551	CGA	4	73515	73526	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40448166
106	NC_018551	AGA	4	73625	73637	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	40448166
107	NC_018551	GGTAA	3	74391	74406	16	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	40448166
108	NC_018551	AGG	5	75427	75441	15	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	6 %	40448166
109	NC_018551	CGA	4	77052	77062	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	40448166
110	NC_018551	AT	7	77766	77779	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	40448166
111	NC_018551	TCT	4	78448	78459	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40448166
112	NC_018551	TTC	4	78941	78952	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40448166
113	NC_018551	AAAG	3	79168	79178	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	40448166
114	NC_018551	TTCT	3	79512	79523	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40448166
115	NC_018551	TCT	4	79738	79749	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	40448166
116	NC_018551	TTC	4	80144	80156	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	40448166
117	NC_018551	GATT	3	80696	80707	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	40448166
118	NC_018551	GAAA	3	81238	81249	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	40448166
119	NC_018551	CTT	4	81957	81969	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	40448166
120	NC_018551	TTC	5	82956	82970	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	40448166
121	NC_018551	GTT	4	84560	84571	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	40448166
122	NC_018551	TTCT	3	85458	85469	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	40448166
123	NC_018551	CTA	5	86386	86399	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	40448166
124	NC_018551	CTTT	3	87535	87547	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	40448166
125	NC_018551	CCAA	3	88063	88074	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	40448166
126	NC_018551	TTTA	3	88391	88402	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	40448166
127	NC_018551	AATAA	3	90284	90297	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	40448166
128	NC_018551	AAG	4	92517	92527	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	40448166
129	NC_018551	AGC	4	92878	92889	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	40448166
130	NC_018551	GAA	4	93738	93750	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	40448166
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132	NC_018551	GGGGGT	3	94307	94325	19	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	10 %	40448166
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134	NC_018551	ATAG	3	96678	96688	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	40448166
135	NC_018551	GAA	4	96936	96946	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	40448166
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267	NC_018551	GCGA	3	214475	214486	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
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269	NC_018551	CTA	4	215790	215801	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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273	NC_018551	AGA	4	221046	221058	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
274	NC_018551	GAAT	3	221215	221226	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
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278	NC_018551	TTTC	3	225073	225084	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
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280	NC_018551	GGCTT	3	227522	227536	15	0 %	40 %	40 %	20 %	6 %	Non-Coding
281	NC_018551	AAAC	3	228803	228814	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
282	NC_018551	AGAAC	3	231419	231432	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
283	NC_018551	GGAATG	3	232732	232748	17	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	5 %	Non-Coding
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305	NC_018551	TAACT	3	249667	249681	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
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309	NC_018551	AG	6	252590	252600	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
310	NC_018551	TTGA	3	253209	253220	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
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315	NC_018551	GCTTT	3	254756	254769	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
316	NC_018551	GAAA	3	256348	256359	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Raphanus sativus mitochondrion