ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Gossypium somalense chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_018110	ATTC	3	152	162	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
2	NC_018110	AAGT	3	1125	1135	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	39483069
3	NC_018110	AT	7	1696	1708	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_018110	TTAAA	4	1843	1861	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
5	NC_018110	AAAT	3	2029	2040	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_018110	GATG	3	3162	3174	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	39483069
7	NC_018110	CAATA	3	4581	4596	16	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
8	NC_018110	ATCT	3	4679	4690	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_018110	T	23	4824	4846	23	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_018110	ATT	5	4848	4862	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_018110	TTTTA	3	4893	4907	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_018110	TGT	4	4908	4918	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_018110	TTCA	3	4939	4950	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
14	NC_018110	T	13	5612	5624	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	39483069
15	NC_018110	A	14	5627	5640	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	39483069
16	NC_018110	AAAT	4	6466	6481	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_018110	TTTA	3	6551	6562	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_018110	TAA	4	6638	6649	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_018110	AAT	4	6656	6667	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_018110	ATAG	3	8360	8371	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_018110	TAT	5	8383	8396	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_018110	AT	6	8406	8417	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_018110	ATTT	3	8630	8641	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_018110	AATC	3	8712	8722	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
25	NC_018110	AGA	4	8723	8734	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_018110	ATTCT	3	9926	9939	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
27	NC_018110	A	14	11789	11802	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_018110	T	14	12279	12292	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	39483077
29	NC_018110	AAAT	3	12557	12567	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	39483077
30	NC_018110	TTTC	3	12641	12652	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	39483077
31	NC_018110	TAT	4	13377	13389	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_018110	TCTA	3	13432	13443	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
33	NC_018110	AAT	4	13484	13495	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018110	AAAT	3	14053	14064	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_018110	T	12	14613	14624	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_018110	TTTA	4	14658	14672	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
37	NC_018110	A	12	14798	14809	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018110	CT	7	16926	16939	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
39	NC_018110	TTA	4	17069	17080	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_018110	ATG	7	18116	18136	21	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	39483070
41	NC_018110	T	15	19156	19170	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	39483070
42	NC_018110	TTTA	3	23279	23290	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	39483070
43	NC_018110	TAA	4	23813	23823	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	39483070
44	NC_018110	GTT	4	24245	24256	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	39483070
45	NC_018110	T	12	26866	26877	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	39483070
46	NC_018110	GATA	3	27109	27119	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	39483070
47	NC_018110	GAA	4	27696	27707	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_018110	AT	6	27934	27945	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_018110	TAT	4	28377	28387	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_018110	CTAA	3	28939	28950	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
51	NC_018110	T	15	30113	30127	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_018110	A	13	31093	31105	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_018110	GAAA	3	31276	31287	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_018110	ATCA	3	31476	31486	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
55	NC_018110	TTCA	4	32315	32330	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
56	NC_018110	TG	6	32441	32452	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_018110	TA	7	32728	32741	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_018110	AATA	3	33336	33347	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_018110	TCTT	3	33414	33426	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
60	NC_018110	GTTT	3	33752	33763	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_018110	GAAA	3	35747	35758	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	39483070
62	NC_018110	TTGC	3	36148	36158	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	39483070
63	NC_018110	TTA	4	36885	36896	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_018110	AG	6	36958	36968	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_018110	ATCT	3	37157	37168	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
66	NC_018110	TA	6	37170	37181	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_018110	AAAT	3	37221	37232	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_018110	TGAA	4	37772	37786	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
69	NC_018110	AATT	3	37833	37843	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_018110	ATA	4	37865	37875	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_018110	CTAA	3	37878	37890	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
72	NC_018110	AT	8	37931	37945	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_018110	ATA	4	37957	37969	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_018110	AAAT	3	38071	38083	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_018110	GATC	3	38669	38679	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
76	NC_018110	AATG	3	42016	42027	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	39483071
77	NC_018110	TG	6	42458	42468	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	39483071
78	NC_018110	ATCT	4	43740	43755	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
79	NC_018110	AT	6	44129	44139	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_018110	AGAAT	4	44448	44467	20	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
81	NC_018110	ATA	4	44508	44520	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_018110	T	12	45369	45380	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	39483071
83	NC_018110	TAG	4	46166	46176	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	39483071
84	NC_018110	AAATA	3	46415	46429	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	39483071
85	NC_018110	GTAA	3	46458	46468	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	39483071
86	NC_018110	AAAAAT	3	47997	48014	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
87	NC_018110	ATA	4	48019	48031	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_018110	TA	6	48071	48081	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_018110	TAAA	4	48119	48134	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
90	NC_018110	A	12	48305	48316	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_018110	AAT	4	48686	48696	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_018110	TA	6	48714	48727	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_018110	A	13	49144	49156	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_018110	ATTTTT	3	49194	49211	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
95	NC_018110	AAAG	3	49281	49292	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_018110	ATT	5	49893	49906	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_018110	T	14	50127	50140	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_018110	AGAAT	3	50200	50214	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_018110	AT	7	50569	50581	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_018110	CATA	3	50624	50634	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
101	NC_018110	GTTT	3	50720	50731	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_018110	ACAT	3	50917	50927	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
103	NC_018110	TTATT	3	50960	50973	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
104	NC_018110	CAAA	3	52039	52050	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	39483071
105	NC_018110	A	12	52173	52184	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018110	GTCT	3	52650	52661	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	39483071
107	NC_018110	TTA	4	52877	52888	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_018110	CAA	4	53382	53392	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
109	NC_018110	GATT	3	53453	53464	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018110	ATTTCG	3	53497	53513	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
111	NC_018110	GTATA	3	53529	53544	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
112	NC_018110	TA	6	53560	53572	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
113	NC_018110	ATTT	3	53681	53692	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_018110	TTAAT	4	54047	54065	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
115	NC_018110	AGAA	3	54279	54290	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_018110	TTTCA	3	57835	57848	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
117	NC_018110	AAAG	3	60059	60069	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_018110	ATTT	3	61787	61798	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_018110	TAGT	3	61811	61822	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018110	ATT	4	61909	61920	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_018110	AATAGA	3	62061	62077	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
122	NC_018110	TCTA	3	62834	62845	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
123	NC_018110	AT	6	64343	64353	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_018110	CTT	4	64959	64970	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	39483072
125	NC_018110	CTTT	3	65286	65297	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
126	NC_018110	TTTC	3	66642	66652	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
127	NC_018110	AAT	4	66896	66907	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_018110	ATA	4	67013	67023	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_018110	TCT	4	68550	68562	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
130	NC_018110	T	16	68791	68806	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
131	NC_018110	A	12	68860	68871	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_018110	TTTTTA	5	70678	70707	30	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
133	NC_018110	ATT	6	70901	70919	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
134	NC_018110	TAAA	3	71279	71290	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	39483073
135	NC_018110	TAT	5	71408	71421	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
136	NC_018110	TAT	5	71463	71478	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
137	NC_018110	ATA	5	71490	71503	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
138	NC_018110	AAT	4	71507	71517	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
139	NC_018110	TCAT	3	72823	72834	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
140	NC_018110	GAAC	3	73166	73177	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
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245	NC_018110	CATAC	3	150225	150238	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
246	NC_018110	CTCCTT	3	151095	151112	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	39483077
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255	NC_018110	ATC	4	158937	158947	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	39483077
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257	NC_018110	ACAAAA	3	159498	159515	18	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Gossypium somalense chloroplast