ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Elaeis guineensis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_017602	CAG	4	717	728	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38393117
2	NC_017602	AAGT	3	823	833	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	38393117
3	NC_017602	TTC	4	1825	1836	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38393117
4	NC_017602	TCTTT	3	2614	2628	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	38393117
5	NC_017602	TAAA	3	3925	3935	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_017602	ATA	4	3937	3948	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_017602	AAAT	3	4145	4156	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_017602	ACA	4	4269	4279	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
9	NC_017602	ATCT	3	4451	4462	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
10	NC_017602	A	13	4594	4606	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_017602	T	14	4806	4819	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_017602	TCTCT	3	5006	5019	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	38393117
13	NC_017602	AGAA	3	5234	5245	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38393117
14	NC_017602	TTTG	3	5510	5520	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	38393117
15	NC_017602	TCTA	3	6068	6079	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017602	ATCT	3	6087	6098	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017602	AAG	4	8276	8287	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_017602	GA	6	8290	8301	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_017602	TCCCCA	3	8373	8390	18	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017602	TA	6	8566	8577	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_017602	AT	7	8590	8605	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_017602	TATT	3	8900	8911	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_017602	AAAT	3	8959	8970	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_017602	A	14	9204	9217	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_017602	TATAAC	3	9315	9331	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
26	NC_017602	TTTA	3	9336	9348	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_017602	GAAA	3	10387	10397	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_017602	TATTTG	5	12876	12904	29	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	10 %	38393117
29	NC_017602	TAA	4	14003	14013	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_017602	TTTC	3	14600	14611	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
31	NC_017602	CATT	3	14616	14627	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
32	NC_017602	AT	8	14778	14793	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
33	NC_017602	AT	9	14805	14821	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
34	NC_017602	GTATTT	3	15071	15088	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
35	NC_017602	AATC	3	17029	17039	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
36	NC_017602	TCAA	3	17312	17323	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	38393118
37	NC_017602	T	13	19079	19091	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	38393118
38	NC_017602	AT	6	20443	20453	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	38393118
39	NC_017602	TCT	4	22710	22720	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	38393118
40	NC_017602	TTCA	3	23188	23199	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	38393118
41	NC_017602	GTT	4	24148	24159	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	38393118
42	NC_017602	GAAAA	3	26793	26807	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	38393118
43	NC_017602	ATGTA	5	27542	27565	24	40 %	40 %	20 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_017602	AATA	3	28513	28523	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_017602	TGG	4	29017	29028	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_017602	ATCA	3	29396	29406	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
47	NC_017602	A	14	29613	29626	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_017602	TTTATT	5	29649	29677	29	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
49	NC_017602	T	12	29653	29664	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_017602	AT	9	29685	29701	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
51	NC_017602	TA	15	29703	29730	28	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_017602	AT	6	29744	29755	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_017602	A	14	29847	29860	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_017602	TA	6	29933	29945	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_017602	TATTT	3	31266	31280	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
56	NC_017602	ATC	4	31699	31710	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
57	NC_017602	TACA	3	31862	31873	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
58	NC_017602	T	12	32077	32088	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_017602	CATT	3	32158	32169	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
60	NC_017602	TA	7	32813	32825	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_017602	GAAA	3	34492	34503	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38393118
62	NC_017602	AG	6	35599	35609	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_017602	GTTC	3	35628	35638	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
64	NC_017602	AT	6	35817	35827	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_017602	TC	6	36201	36211	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	38393118
66	NC_017602	ATA	4	36343	36354	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_017602	AT	11	36437	36456	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
68	NC_017602	TTA	4	37350	37361	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_017602	ATG	4	38842	38852	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	38393118
70	NC_017602	AAGA	3	39936	39947	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38393119
71	NC_017602	AATG	3	40335	40346	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	38393119
72	NC_017602	GCA	4	40740	40751	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	38393119
73	NC_017602	TATTT	3	42076	42090	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017602	TTAA	3	42571	42582	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_017602	TTAA	3	42925	42937	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	38393119
76	NC_017602	TTTC	3	43460	43471	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	38393119
77	NC_017602	AGT	4	45923	45934	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	38393119
78	NC_017602	GAAT	3	46297	46309	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_017602	TA	6	46732	46743	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_017602	ATT	4	46876	46888	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_017602	TTTATA	5	46917	46948	32	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_017602	TA	6	46995	47005	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_017602	TAAGA	3	47132	47146	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
84	NC_017602	A	13	47221	47233	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_017602	AT	6	47295	47306	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_017602	AT	7	47881	47895	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_017602	TA	6	48653	48664	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_017602	AAAG	3	48828	48838	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_017602	ATT	4	50958	50970	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_017602	TCTCTA	3	51238	51256	19	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	10 %	Non-Coding
91	NC_017602	ATAAAA	3	51290	51307	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
92	NC_017602	AAAAG	3	51325	51339	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
93	NC_017602	GAAAA	3	51516	51530	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
94	NC_017602	AATAT	4	51564	51584	21	60 %	40 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_017602	TTGTT	3	52059	52072	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_017602	AAACT	3	52794	52808	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
97	NC_017602	TTTA	3	56092	56102	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_017602	CTTA	6	58144	58167	24	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
99	NC_017602	A	12	59415	59426	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	38393119
100	NC_017602	TATT	3	60589	60599	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_017602	TA	6	60654	60664	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_017602	TA	6	60713	60723	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_017602	A	14	62040	62053	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	38393120
104	NC_017602	AATG	3	62716	62727	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	38393120
105	NC_017602	ATTT	3	66310	66321	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_017602	TTA	4	66384	66395	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_017602	TTGAA	3	66706	66720	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	38393120
108	NC_017602	A	12	67748	67759	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_017602	TAGGA	4	68053	68073	21	40 %	20 %	40 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_017602	TTA	5	68286	68301	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
111	NC_017602	TTA	6	68304	68322	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
112	NC_017602	TTC	4	68447	68458	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
113	NC_017602	GAAA	3	68699	68710	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	38393121
114	NC_017602	AGGAAG	3	68744	68761	18	50 %	0 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017602	AT	9	68861	68878	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
116	NC_017602	AATA	3	68941	68952	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_017602	AAAT	3	69385	69395	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_017602	CTTA	3	69449	69461	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
119	NC_017602	TTTC	3	69946	69958	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
120	NC_017602	AAATA	3	70115	70129	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
121	NC_017602	TATGTA	3	70740	70757	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	38393125
122	NC_017602	TGA	6	70800	70818	19	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10 %	38393125
123	NC_017602	AAGA	3	71204	71214	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	38393125
124	NC_017602	TTTA	3	71403	71414	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38393125
125	NC_017602	TAT	5	71697	71712	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	38393125
126	NC_017602	ATAA	3	71942	71953	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	38393125
127	NC_017602	T	13	72181	72193	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	38393125
128	NC_017602	TCT	4	72227	72238	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	38393125
129	NC_017602	A	13	72281	72293	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	38393125
130	NC_017602	TTTC	3	76143	76153	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	38393125
131	NC_017602	CAAAT	3	76557	76571	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	38393125
132	NC_017602	TTCT	4	78928	78943	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	38393125
133	NC_017602	TCC	4	79310	79321	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	38393125
134	NC_017602	T	12	80825	80836	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	38393125
135	NC_017602	TTCT	3	81106	81117	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	38393125
136	NC_017602	GAG	4	81220	81231	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	38393125
137	NC_017602	T	14	81694	81707	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	38393125
138	NC_017602	TAA	4	82861	82871	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38393125
139	NC_017602	TAA	4	82889	82899	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	38393125
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141	NC_017602	T	24	83437	83460	24	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	38393125
142	NC_017602	TTTA	3	83465	83476	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	38393125
143	NC_017602	ATTT	3	83483	83494	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38393125
144	NC_017602	TTCT	3	83598	83609	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	38393125
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146	NC_017602	T	12	85216	85227	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	38393125
147	NC_017602	TAT	4	85267	85277	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	38393125
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151	NC_017602	GAT	4	90743	90754	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	38393125
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183	NC_017602	GATG	3	119710	119721	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	38393124
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202	NC_017602	CTTTT	4	129842	129860	19	0 %	80 %	0 %	20 %	5 %	38393124
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211	NC_017602	ACCGG	3	145999	146013	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
212	NC_017602	TAGA	3	146756	146767	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
213	NC_017602	TGAA	3	148784	148795	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	38393125
214	NC_017602	ATCA	3	149753	149765	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	38393125
215	NC_017602	TGAT	3	149848	149860	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	38393125
216	NC_017602	ATC	4	151412	151423	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	38393125
217	NC_017602	ATTT	3	152610	152621	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	38393125
218	NC_017602	ATC	4	154432	154442	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
219	NC_017602	CATT	3	156477	156487	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
220	NC_017602	ATA	4	156889	156899	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
221	NC_017602	TAAAA	4	156919	156937	19	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
222	NC_017602	A	16	156941	156956	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Elaeis guineensis chloroplast