ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Boea hygrometrica mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016741	TA	6	1133	1143	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_016741	AGA	4	2422	2433	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016741	TAAC	3	2544	2554	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
4	NC_016741	TTTC	3	3986	3997	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
5	NC_016741	AAAG	3	4485	4495	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_016741	GTTTT	3	4863	4876	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_016741	ACTT	3	5083	5093	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
8	NC_016741	TTTC	3	5377	5388	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016741	ATT	4	5785	5795	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016741	CAAT	3	5861	5871	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016741	GAAA	3	6349	6360	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_016741	CA	7	7315	7328	14	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
13	NC_016741	GA	6	7801	7812	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016741	AAGA	3	9152	9164	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_016741	GAA	4	9395	9406	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_016741	CCTT	3	11013	11023	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
17	NC_016741	TAAG	3	11365	11376	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016741	CTTT	3	11869	11881	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
19	NC_016741	CCAAAG	3	11899	11915	17	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
20	NC_016741	AT	6	12739	12749	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016741	CTTT	3	12817	12828	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016741	TATT	3	14218	14229	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016741	CTT	4	14452	14462	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016741	AGC	4	15953	15964	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
25	NC_016741	TTCC	3	16945	16956	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
26	NC_016741	CCT	4	17087	17097	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
27	NC_016741	CT	6	17323	17333	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
28	NC_016741	CAG	4	17700	17711	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016741	TTTC	3	18429	18439	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016741	GGAA	3	18785	18796	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016741	AT	8	20309	20323	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
32	NC_016741	CT	6	20924	20934	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016741	CCGA	3	21457	21467	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
34	NC_016741	TA	6	21655	21666	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_016741	CTTT	3	21678	21689	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
36	NC_016741	GGGA	3	21867	21878	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_016741	GGT	4	22479	22489	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_016741	AT	7	24256	24268	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_016741	TCTTT	3	25267	25280	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
40	NC_016741	AAG	4	25652	25663	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_016741	GAT	4	26639	26649	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_016741	AGA	4	27280	27291	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016741	CTA	4	28258	28269	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
44	NC_016741	GAA	4	28644	28655	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_016741	AGA	4	28906	28917	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_016741	GCA	4	29288	29299	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
47	NC_016741	CT	6	30169	30179	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
48	NC_016741	GAA	4	30787	30799	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_016741	TCCT	3	30889	30901	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
50	NC_016741	GATTG	3	32365	32379	15	20 %	40 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
51	NC_016741	CTTT	3	32420	32432	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
52	NC_016741	ACTC	3	32514	32524	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
53	NC_016741	TCT	4	33157	33168	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
54	NC_016741	ATTC	4	33296	33312	17	25 %	50 %	0 %	25 %	5 %	Non-Coding
55	NC_016741	ACT	4	33412	33422	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
56	NC_016741	GTG	4	35006	35017	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_016741	CCTT	3	36508	36518	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
58	NC_016741	TC	6	38852	38863	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
59	NC_016741	CATT	3	39687	39697	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
60	NC_016741	TTAC	3	40221	40232	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016741	AAAG	3	42207	42217	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_016741	ATACT	3	42510	42523	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
63	NC_016741	TTCTA	4	43410	43428	19	20 %	60 %	0 %	20 %	5 %	Non-Coding
64	NC_016741	GAAA	3	43546	43557	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_016741	GATG	3	45080	45092	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	37780697
66	NC_016741	GAAG	3	45190	45201	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	37780697
67	NC_016741	AATG	3	46353	46363	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37780697
68	NC_016741	AAGC	3	46405	46415	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	37780697
69	NC_016741	TCCTT	3	46724	46738	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	37780697
70	NC_016741	TGAA	3	47126	47137	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37780697
71	NC_016741	GA	6	47357	47368	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	37780697
72	NC_016741	GGCA	4	47380	47394	15	25 %	0 %	50 %	25 %	6 %	37780697
73	NC_016741	AATC	3	49192	49202	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	37780697
74	NC_016741	TTTAT	4	49316	49335	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	37780697
75	NC_016741	CTT	4	49700	49712	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	37780697
76	NC_016741	AAGA	3	49796	49808	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	37780697
77	NC_016741	AT	6	50031	50041	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37780697
78	NC_016741	TA	6	50636	50646	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37780697
79	NC_016741	GAA	4	50734	50745	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37780697
80	NC_016741	CTT	4	50926	50937	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37780697
81	NC_016741	CCTT	3	51283	51294	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	37780697
82	NC_016741	GGAT	3	51980	51991	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	37780697
83	NC_016741	TCCT	3	52597	52608	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	37780697
84	NC_016741	CTA	4	52626	52637	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	37780697
85	NC_016741	TATTT	3	52688	52701	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	37780697
86	NC_016741	TTTTG	3	53618	53632	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	37780697
87	NC_016741	TTAT	3	54264	54275	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	37780697
88	NC_016741	CCTATT	3	54490	54506	17	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	37780697
89	NC_016741	ACTT	3	54846	54857	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	37780697
90	NC_016741	TG	6	56418	56428	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	37780697
91	NC_016741	TCGA	3	56540	56550	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	37780697
92	NC_016741	CTA	4	57748	57760	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	37780697
93	NC_016741	TGAA	3	57915	57925	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37780697
94	NC_016741	GA	8	59136	59151	16	50 %	0 %	50 %	0 %	6 %	37780697
95	NC_016741	CTTA	3	59998	60010	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	37780697
96	NC_016741	AGA	4	60052	60062	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	37780697
97	NC_016741	TCT	4	60475	60485	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37780697
98	NC_016741	ACCC	3	60823	60834	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	37780697
99	NC_016741	AG	6	61516	61526	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	37780697
100	NC_016741	TTCC	3	61908	61919	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	37780697
101	NC_016741	GGAG	4	62176	62191	16	25 %	0 %	75 %	0 %	6 %	37780697
102	NC_016741	CTT	4	62686	62697	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37780697
103	NC_016741	ATG	4	63158	63170	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	37780697
104	NC_016741	AT	7	63962	63975	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37780697
105	NC_016741	ATCT	3	64458	64469	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	37780697
106	NC_016741	AG	6	65303	65313	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	37780697
107	NC_016741	AATC	3	68754	68765	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	37780697
108	NC_016741	GTTTTA	3	69205	69221	17	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	37780697
109	NC_016741	TTCC	3	69969	69979	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37780697
110	NC_016741	CAT	4	70242	70252	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	37780697
111	NC_016741	CAG	4	70508	70518	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	37780697
112	NC_016741	AAAG	3	71253	71263	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37780697
113	NC_016741	TAGC	3	71353	71363	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	37780697
114	NC_016741	GTA	4	72970	72980	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	37780697
115	NC_016741	GATG	4	73162	73177	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	37780697
116	NC_016741	AGA	4	74286	74297	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37780697
117	NC_016741	TTCT	3	74726	74737	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37780697
118	NC_016741	GAAA	3	75118	75130	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	37780697
119	NC_016741	TATCG	3	76200	76213	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	37780697
120	NC_016741	TGAA	3	76868	76879	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	37780697
121	NC_016741	TC	6	77535	77545	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37780697
122	NC_016741	CCTT	3	79097	79108	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	37780697
123	NC_016741	GCTT	3	79252	79262	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	37780697
124	NC_016741	TTG	4	79340	79350	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37780697
125	NC_016741	TCTT	3	81265	81276	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	37780697
126	NC_016741	TC	6	81357	81368	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	37780697
127	NC_016741	TTCC	3	82475	82485	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37780697
128	NC_016741	GA	6	82971	82981	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	37780697
129	NC_016741	CTTC	3	83867	83879	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	37780697
130	NC_016741	T	12	84254	84265	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	37780697
131	NC_016741	AG	6	86605	86615	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	37780697
132	NC_016741	A	12	87951	87962	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	37780697
133	NC_016741	AG	6	88939	88949	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	37780697
134	NC_016741	TAA	4	90121	90132	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37780697
135	NC_016741	ATA	4	90420	90431	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37780697
136	NC_016741	AG	6	91017	91028	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	37780697
137	NC_016741	GA	6	91181	91191	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	37780697
138	NC_016741	CTT	4	93374	93385	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37780697
139	NC_016741	TC	6	93632	93642	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37780697
140	NC_016741	CAGG	3	95801	95812	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	37780697
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143	NC_016741	AGGA	3	98962	98973	12	50 %	0 %	50 %	0 %	0 %	37780697
144	NC_016741	CTT	4	99728	99738	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37780697
145	NC_016741	A	14	100084	100097	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	37780697
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147	NC_016741	AAAG	3	104507	104518	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37780697
148	NC_016741	TA	7	105283	105296	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37780697
149	NC_016741	AGA	4	106346	106357	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37780697
150	NC_016741	TAT	4	106970	106980	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	37780697
151	NC_016741	GGTT	3	108296	108308	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	37780697
152	NC_016741	AGTAT	3	108686	108699	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	37780697
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154	NC_016741	GGAA	3	110951	110962	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	37780697
155	NC_016741	AAG	4	111172	111183	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37780697
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159	NC_016741	AATAG	3	115883	115896	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	37780697
160	NC_016741	AGA	4	116078	116088	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	37780697
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164	NC_016741	GGGA	3	122792	122802	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	37780697
165	NC_016741	AT	8	123357	123371	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	37780697
166	NC_016741	GA	6	123636	123649	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	37780697
167	NC_016741	GCCT	3	123927	123938	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	37780697
168	NC_016741	GTCTC	3	124150	124165	16	0 %	40 %	20 %	40 %	6 %	37780697
169	NC_016741	CTTTG	3	124397	124410	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	37780697
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172	NC_016741	TTTC	3	126039	126049	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37780697
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246	NC_016741	TA	6	173743	173755	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37780697
247	NC_016741	TTA	4	173750	173761	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37780697
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249	NC_016741	TGGAAA	3	174291	174308	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	37780697
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251	NC_016741	ACT	4	177424	177434	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	37780697
252	NC_016741	CTTT	3	177446	177457	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	37780697
253	NC_016741	TCTT	3	179529	179540	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	37780697
254	NC_016741	AAGA	3	180898	180909	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37780697
255	NC_016741	GCT	4	181187	181198	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37780697
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502	NC_016741	CT	6	406100	406110	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37780697
503	NC_016741	CTT	4	406419	406429	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37780697
504	NC_016741	CCTT	3	409773	409783	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37780697
505	NC_016741	GCGT	3	411167	411177	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	37780697
506	NC_016741	TAAG	3	411804	411815	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37780697
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531	NC_016741	CTTT	3	434394	434405	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37780697
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536	NC_016741	AGGG	3	439423	439433	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	Non-Coding
537	NC_016741	ATTGAT	4	439686	439709	24	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	8 %	37780699
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542	NC_016741	TCAT	3	445973	445983	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
543	NC_016741	TGCT	3	447793	447803	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
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550	NC_016741	CATA	3	451451	451461	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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571	NC_016741	CCGT	3	466044	466054	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
572	NC_016741	AGCT	3	468091	468102	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
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590	NC_016741	AAAG	3	482683	482693	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
591	NC_016741	AAG	4	483175	483186	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
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597	NC_016741	AGA	4	489721	489733	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
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607	NC_016741	A	15	496075	496089	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
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615	NC_016741	TGTA	3	503946	503957	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
616	NC_016741	AGA	4	504961	504972	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
617	NC_016741	GCA	4	505544	505555	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
618	NC_016741	TGAC	3	506722	506733	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
619	NC_016741	AGA	4	507109	507119	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
620	NC_016741	TTGGA	3	507940	507954	15	20 %	40 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
621	NC_016741	TC	6	508092	508102	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
622	NC_016741	ATCA	3	508408	508419	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
623	NC_016741	AAAG	3	508620	508632	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
624	NC_016741	AAG	4	508701	508712	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
625	NC_016741	AAC	4	510047	510057	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
626	NC_016741	GAC	4	510412	510423	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
627	NC_016741	GGT	4	510467	510477	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Boea hygrometrica mitochondrion