ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Phaeocystis antarctica strain CCMP1374 plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016703	ATTA	3	3	14	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016703	CAATAC	3	585	603	19	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	5 %	52342060
3	NC_016703	ATG	4	1768	1780	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	52342061
4	NC_016703	ATTT	3	1955	1965	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	52342061
5	NC_016703	TAAA	3	2087	2097	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	37424941
6	NC_016703	TTAA	4	2799	2814	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_016703	ACA	4	3215	3226	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	37424941
8	NC_016703	TGCA	3	5018	5028	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	37424942
9	NC_016703	ATC	4	5468	5479	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	37424942
10	NC_016703	GTTT	3	7800	7810	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	37424942
11	NC_016703	TAA	4	9054	9066	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_016703	TTCC	3	9476	9486	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37424942
13	NC_016703	TTG	4	11986	11996	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37424942
14	NC_016703	ATCG	3	13146	13157	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	37424942
15	NC_016703	TAT	4	13999	14011	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	37424942
16	NC_016703	TTTA	3	14085	14096	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016703	TA	6	14871	14881	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37424942
18	NC_016703	ATTT	3	16481	16491	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37424942
19	NC_016703	AAT	4	18513	18524	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016703	TA	6	18565	18575	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016703	TCT	4	18978	18988	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37424943
22	NC_016703	CTG	4	19242	19253	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424943
23	NC_016703	TTTA	3	19835	19846	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_016703	TAT	4	19905	19916	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_016703	ACC	4	20063	20073	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	37424943
26	NC_016703	ATA	4	21648	21658	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	52342061
27	NC_016703	ATTT	3	24093	24103	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37424943
28	NC_016703	ATTT	3	24664	24675	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016703	TAG	4	29979	29990	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	37424944
30	NC_016703	GTTGGT	3	30858	30875	18	0 %	50 %	50 %	0 %	0 %	37424944
31	NC_016703	AGTT	3	32569	32579	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	37424945
32	NC_016703	CGT	4	32627	32638	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424945
33	NC_016703	CGT	4	32994	33005	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424945
34	NC_016703	ATT	4	33222	33233	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	37424945
35	NC_016703	ATT	4	33544	33555	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_016703	TTTA	3	34612	34623	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_016703	ATTT	3	35067	35077	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37424945
38	NC_016703	AATT	3	35794	35805	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37424945
39	NC_016703	ATTA	3	37491	37501	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37424945
40	NC_016703	AATTC	4	38377	38395	19	40 %	40 %	0 %	20 %	5 %	Non-Coding
41	NC_016703	ACA	4	45080	45091	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	37424946
42	NC_016703	CAT	4	45834	45844	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	37424946
43	NC_016703	AT	6	49789	49799	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016703	CAA	4	49921	49932	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	37424946
45	NC_016703	TACG	3	51151	51161	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
46	NC_016703	TAA	4	51677	51688	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_016703	TTG	4	52332	52343	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37424946
48	NC_016703	ACTT	3	54015	54025	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	37424946
49	NC_016703	GGC	4	54134	54145	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	37424946
50	NC_016703	CCA	4	56051	56062	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	37424947
51	NC_016703	AGTA	3	57993	58004	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_016703	CAT	4	58629	58639	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	37424947
53	NC_016703	ATTA	3	59565	59575	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016703	ATAA	3	59877	59888	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	37424947
55	NC_016703	AAG	4	61823	61834	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37424947
56	NC_016703	TAT	4	61904	61914	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_016703	CCTT	3	62305	62315	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37424947
58	NC_016703	ATGCT	3	62365	62379	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	37424947
59	NC_016703	TGT	4	62844	62854	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37424947
60	NC_016703	ATA	5	64162	64175	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_016703	ATTT	3	65354	65364	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_016703	CAT	4	65825	65835	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	37424948
63	NC_016703	GTT	4	66321	66332	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37424948
64	NC_016703	ATTA	3	66405	66415	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016703	ATT	4	66625	66636	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_016703	AT	7	67950	67962	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_016703	TTAAT	3	69647	69661	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_016703	ATT	4	70871	70881	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	37424948
69	NC_016703	GTT	4	71265	71275	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37424949
70	NC_016703	AGC	5	74594	74607	14	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	37424949
71	NC_016703	ATTT	3	74732	74743	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016703	CAT	5	74837	74850	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
73	NC_016703	AAAG	3	75288	75299	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_016703	AATT	3	75933	75945	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_016703	TAATT	3	77914	77927	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_016703	TGT	4	78190	78201	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	37424949
77	NC_016703	TGT	4	78605	78615	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37424949
78	NC_016703	TAAC	3	79647	79659	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
79	NC_016703	AGA	4	79805	79817	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	37424949
80	NC_016703	TGC	4	79872	79882	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	37424949
81	NC_016703	TAA	4	80374	80385	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	37424949
82	NC_016703	AT	6	80768	80779	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37424949
83	NC_016703	TTTA	3	82279	82290	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_016703	GTTT	3	82439	82450	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	52342061
85	NC_016703	ATA	5	82929	82943	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	52342061
86	NC_016703	TTTG	3	83712	83723	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	52342061
87	NC_016703	ATT	4	85371	85382	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	52342061
88	NC_016703	CTT	4	85808	85818	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	52342061
89	NC_016703	CGTT	3	85919	85929	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	52342061
90	NC_016703	TAT	4	90671	90681	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	37424950
91	NC_016703	AAC	4	91495	91506	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	37424950
92	NC_016703	TAA	4	93033	93043	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_016703	CTTT	3	93992	94003	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37424950
94	NC_016703	ACCA	3	94497	94509	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	37424950
95	NC_016703	TAAT	3	94696	94707	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37424950
96	NC_016703	ATTA	3	98082	98093	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	37424951
97	NC_016703	AATT	3	99174	99185	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_016703	GAATT	4	105449	105467	19	40 %	40 %	20 %	0 %	5 %	Non-Coding

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