ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Leersia tisserantii plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016677	CAG	4	675	686	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424924
2	NC_016677	AAGT	3	781	791	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37424924
3	NC_016677	TCTTT	3	2587	2601	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	37424924
4	NC_016677	A	20	3547	3566	20	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
5	NC_016677	CATT	3	3713	3724	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016677	ATTT	3	4152	4164	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_016677	TTTA	3	4472	4483	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_016677	TCTCT	3	4656	4669	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	37424924
9	NC_016677	CTTT	3	5118	5128	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37424924
10	NC_016677	CTTA	3	5409	5421	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	37424924
11	NC_016677	TTTAA	3	5955	5968	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_016677	TTA	4	5969	5979	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_016677	TAA	5	6354	6367	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_016677	AT	6	6891	6901	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_016677	TTCT	3	8085	8095	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016677	TAA	4	8102	8113	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016677	GAA	4	8503	8514	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_016677	GAAA	3	10405	10416	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37424925
19	NC_016677	TA	6	10504	10514	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	37424925
20	NC_016677	GGA	4	10526	10536	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	37424925
21	NC_016677	TTG	4	10810	10820	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	37424925
22	NC_016677	ACAAA	3	11495	11508	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
23	NC_016677	AG	6	11559	11569	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016677	CGTAG	3	12392	12405	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
25	NC_016677	CTTT	4	12699	12714	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
26	NC_016677	T	13	12708	12720	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016677	AATCT	3	13302	13315	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
28	NC_016677	ATTT	3	14282	14292	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_016677	CTTT	3	15531	15542	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
30	NC_016677	ATT	4	16344	16356	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_016677	GTAT	3	16424	16434	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_016677	TAT	4	17746	17756	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016677	TTTC	3	17808	17818	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
34	NC_016677	ATA	4	17896	17907	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_016677	GTAAAA	3	17923	17941	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
36	NC_016677	TAAGAA	3	18012	18030	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
37	NC_016677	TTTCTA	3	18188	18204	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
38	NC_016677	AATAG	3	18215	18228	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_016677	TACC	3	18801	18812	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
40	NC_016677	ATGA	3	18861	18872	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_016677	CTA	4	20071	20082	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
42	NC_016677	ATT	4	20173	20183	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_016677	TTTC	3	21139	21151	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	37424925
44	NC_016677	AGA	4	21165	21176	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37424925
45	NC_016677	A	15	21934	21948	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	37424925
46	NC_016677	AAC	4	23818	23829	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	37424925
47	NC_016677	AAT	4	25506	25517	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	37424925
48	NC_016677	GAA	4	28921	28932	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37424925
49	NC_016677	GCGA	3	30117	30129	13	25 %	0 %	50 %	25 %	7 %	37424925
50	NC_016677	TTAA	3	30650	30661	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_016677	ATT	4	30700	30712	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_016677	GAAAA	3	30778	30791	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_016677	AGA	4	31183	31193	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	37424926
54	NC_016677	AT	6	31642	31652	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_016677	GTT	5	32376	32390	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	37424926
56	NC_016677	AT	6	32843	32853	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_016677	TGC	4	33335	33346	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	37424926
58	NC_016677	CTTT	3	33609	33619	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016677	CATTTT	3	34652	34670	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	37424926
60	NC_016677	TAG	5	37047	37061	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
61	NC_016677	TC	6	37880	37890	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	37424926
62	NC_016677	TCC	4	37999	38010	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
63	NC_016677	ATG	4	39436	39446	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	37424926
64	NC_016677	AAGA	3	40530	40541	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37424926
65	NC_016677	TG	6	41371	41381	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	37424926
66	NC_016677	CTAG	3	41473	41485	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	37424926
67	NC_016677	ATCA	3	43507	43517	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	37424926
68	NC_016677	AAGA	3	43659	43669	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37424926
69	NC_016677	AACA	3	45881	45891	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
70	NC_016677	TA	6	46794	46804	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_016677	ATCTTA	3	47063	47081	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
72	NC_016677	T	13	47362	47374	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_016677	TTGA	3	47763	47775	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_016677	CTT	4	48881	48892	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
75	NC_016677	CAGA	3	49424	49434	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	37424927
76	NC_016677	TAGG	4	52624	52639	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
77	NC_016677	AATT	3	54767	54778	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_016677	AATA	3	57107	57117	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_016677	GAA	4	59625	59637	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_016677	TTCT	3	60815	60826	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
81	NC_016677	ATTC	3	60846	60856	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
82	NC_016677	TTC	4	61831	61842	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	37424927
83	NC_016677	AGAA	3	62326	62337	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_016677	ATA	4	64164	64174	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_016677	TCT	4	64457	64467	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
86	NC_016677	TTA	4	64673	64684	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_016677	TTGAA	3	64997	65011	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	37424928
88	NC_016677	AAG	4	65584	65596	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_016677	TATT	3	66435	66445	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_016677	TATT	3	66462	66472	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_016677	GAAA	3	66791	66802	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	37424928
92	NC_016677	TAA	4	68203	68213	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_016677	TCTAT	3	68284	68298	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016677	AAAT	3	68316	68326	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_016677	AGAA	3	69781	69792	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	37424929
96	NC_016677	AAAG	3	69920	69930	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	37424929
97	NC_016677	TTTA	3	73124	73135	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	37424929
98	NC_016677	GAAA	3	73232	73244	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	37424929
99	NC_016677	AGA	4	75708	75719	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37424929
100	NC_016677	TAT	4	76765	76775	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	37424929
101	NC_016677	AAAAG	3	77287	77300	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	37424929
102	NC_016677	ATTT	3	77345	77356	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	37424929
103	NC_016677	AGAAA	3	77629	77643	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	37424929
104	NC_016677	TTCT	3	77936	77947	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	37424929
105	NC_016677	T	12	77954	77965	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	37424929
106	NC_016677	T	12	77972	77983	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	37424929
107	NC_016677	TTTC	3	78530	78540	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37424929
108	NC_016677	ATTT	3	79738	79748	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	37424929
109	NC_016677	T	13	80446	80458	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	37424929
110	NC_016677	T	14	81347	81360	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	37424929
111	NC_016677	AGAAT	3	82264	82277	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	37424929
112	NC_016677	AATG	3	82278	82288	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37424929
113	NC_016677	TTC	4	82892	82902	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	37424929
114	NC_016677	TAGA	3	82978	82989	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	37424929
115	NC_016677	TCAAAA	4	86316	86339	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	37424929
116	NC_016677	ATA	4	88640	88650	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	37424929
117	NC_016677	TTTGTT	3	89559	89577	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	37424929
118	NC_016677	TTCT	3	89698	89708	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	37424929
119	NC_016677	TAC	4	90457	90468	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	37424929
120	NC_016677	ATTT	5	90992	91011	20	25 %	75 %	0 %	0 %	10 %	37424932
121	NC_016677	AAAC	3	94599	94611	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	37424932
122	NC_016677	ATCC	3	94734	94745	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	37424932
123	NC_016677	CTAT	3	95122	95133	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	37424932
124	NC_016677	ACGG	3	97991	98002	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	37424932
125	NC_016677	AGGT	3	98275	98286	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	37424932
126	NC_016677	AACG	3	99600	99611	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	37424932
127	NC_016677	AAAG	4	100931	100946	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	37424932
128	NC_016677	GAAT	3	102545	102555	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	37424932
129	NC_016677	AAGG	3	102557	102568	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	37424932
130	NC_016677	AG	6	102976	102987	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	37424932
131	NC_016677	AAG	4	104594	104605	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	37424932
132	NC_016677	AT	7	106110	106122	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37424932
133	NC_016677	CAAA	4	106461	106476	16	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	37424932
134	NC_016677	AAGAA	3	108279	108292	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	37424932
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Leersia tisserantii plastid