ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Sesamum indicum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016433	CATTT	4	191	209	19	20 %	60 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
2	NC_016433	A	16	239	254	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_016433	AAGT	3	1079	1089	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35942224
4	NC_016433	TTTA	3	3707	3717	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016433	CATT	3	3987	3998	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016433	A	12	4381	4392	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016433	GATA	3	5011	5022	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_016433	ATTG	3	5993	6004	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	35942224
9	NC_016433	AACA	3	6109	6121	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	35942224
10	NC_016433	TAGA	3	6428	6438	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016433	ATTTG	3	6628	6642	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_016433	TAAT	3	7312	7324	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_016433	CTTT	3	7739	7750	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016433	TAA	4	8001	8012	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_016433	A	14	8578	8591	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016433	TC	6	8749	8759	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
17	NC_016433	TA	6	8771	8781	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016433	TTA	5	9017	9030	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_016433	CAA	4	9058	9069	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016433	TAAA	3	9126	9136	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016433	TTTA	3	9225	9236	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016433	GTCT	3	11530	11541	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	35942224
23	NC_016433	ATGA	3	12643	12655	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	35942224
24	NC_016433	TTTCT	3	12773	12787	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	35942224
25	NC_016433	ATTT	3	14587	14597	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016433	TGTTT	3	16993	17007	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	37875847
27	NC_016433	T	13	18895	18907	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	37875847
28	NC_016433	TGTCG	3	19911	19926	16	0 %	40 %	40 %	20 %	6 %	37875847
29	NC_016433	AT	7	20268	20280	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	37875847
30	NC_016433	ATT	4	21522	21533	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35942225
31	NC_016433	TAT	5	23019	23032	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35942225
32	NC_016433	CCTA	3	24929	24939	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	35942225
33	NC_016433	GAAA	3	28083	28093	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_016433	ATCAA	3	28315	28329	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
35	NC_016433	AGGAAA	3	28347	28365	19	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10 %	Non-Coding
36	NC_016433	TCT	5	28531	28544	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
37	NC_016433	TA	8	31905	31919	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_016433	AAATA	3	31960	31974	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
39	NC_016433	TTA	4	32140	32150	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_016433	CAA	4	32290	32300	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
41	NC_016433	TC	6	32777	32788	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
42	NC_016433	GAAA	3	34834	34845	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35942225
43	NC_016433	TTC	4	35684	35695	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	35942225
44	NC_016433	AG	6	36051	36061	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_016433	TC	6	36652	36662	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35942225
46	NC_016433	GAAA	3	36773	36784	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_016433	TAA	4	36837	36847	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_016433	ATG	4	39222	39232	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35942226
49	NC_016433	GCA	4	41120	41131	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35942226
50	NC_016433	TG	6	41157	41167	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	35942226
51	NC_016433	ATTT	3	42450	42461	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_016433	AT	8	42984	42998	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
53	NC_016433	TAAA	3	43049	43060	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016433	AAGA	3	43564	43575	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35942226
55	NC_016433	GTA	4	45204	45214	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_016433	ATTC	3	46879	46891	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
57	NC_016433	CTAAA	4	46926	46946	21	60 %	20 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
58	NC_016433	TAT	4	47034	47046	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_016433	AATT	3	47620	47631	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016433	AAGAA	3	47683	47697	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
61	NC_016433	T	14	49156	49169	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_016433	GAAA	3	49226	49236	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_016433	CTTT	3	49301	49313	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
64	NC_016433	AAAT	3	51219	51229	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	35942226
65	NC_016433	ACTG	3	51462	51474	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
66	NC_016433	AGA	4	51888	51899	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_016433	TTA	4	52508	52519	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016433	ATA	5	55471	55486	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	35942226
69	NC_016433	ATTT	3	55832	55842	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_016433	TGCA	3	57135	57147	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	35942226
71	NC_016433	GATAA	3	57676	57689	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	35942226
72	NC_016433	CCTT	3	59809	59820	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	35942227
73	NC_016433	ATT	4	59855	59865	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_016433	TAGA	3	60379	60390	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_016433	TAA	4	60426	60438	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_016433	GAAA	3	61901	61912	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016433	TA	6	63491	63501	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35942227
78	NC_016433	AT	6	65070	65080	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_016433	ATT	4	65618	65630	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_016433	ATA	4	68034	68045	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_016433	TA	6	68059	68069	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_016433	GAAA	3	69097	69108	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35942228
83	NC_016433	AAAC	5	69261	69281	21	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016433	TTCC	3	70905	70915	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
85	NC_016433	ATTT	3	71177	71189	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	35942224
86	NC_016433	TTTC	3	72073	72083	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35942224
87	NC_016433	AAAT	3	73228	73239	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35942224
88	NC_016433	GGTT	3	74644	74655	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	35942224
89	NC_016433	TCT	4	75015	75026	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35942224
90	NC_016433	AATA	3	75999	76009	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	35942224
91	NC_016433	TTTC	3	76655	76666	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35942224
92	NC_016433	TAT	4	76730	76740	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	35942224
93	NC_016433	TTTC	3	81670	81680	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35942224
94	NC_016433	AAAT	3	82311	82321	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	35942224
95	NC_016433	TC	6	83360	83371	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	35942224
96	NC_016433	CAAT	3	83819	83829	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	35942224
97	NC_016433	TTTTG	3	85218	85232	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	35942224
98	NC_016433	CTT	4	85317	85328	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35942224
99	NC_016433	GAT	4	85785	85795	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35942224
100	NC_016433	GAT	4	87162	87172	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35942224
101	NC_016433	GAT	4	89607	89618	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35942224
102	NC_016433	TGA	4	91310	91321	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35942224
103	NC_016433	ATGAT	3	91957	91972	16	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	35942224
104	NC_016433	AATA	3	92205	92217	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	35942224
105	NC_016433	TCCGG	3	94840	94854	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	35942224
106	NC_016433	TTTCG	3	97399	97412	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	35942224
107	NC_016433	TTTGTT	3	97791	97809	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	35942224
108	NC_016433	GATCC	3	99054	99069	16	20 %	20 %	20 %	40 %	6 %	35942228
109	NC_016433	TTC	4	99175	99186	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35942228
110	NC_016433	TGTTGA	3	99595	99611	17	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	5 %	35942228
111	NC_016433	ATCC	3	102803	102814	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	35942228
112	NC_016433	TCTA	3	103199	103210	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35942228
113	NC_016433	AAGG	3	103338	103348	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35942228
114	NC_016433	AGGT	3	106282	106293	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	35942228
115	NC_016433	TAAG	3	107402	107412	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35942228
116	NC_016433	ATTT	3	108448	108458	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	35942228
117	NC_016433	GGAA	3	109449	109459	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35942228
118	NC_016433	TTA	4	110346	110358	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35942228
119	NC_016433	TTA	4	110365	110377	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35942228
120	NC_016433	ATT	4	111141	111153	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35942228
121	NC_016433	TAA	4	111564	111575	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35942228
122	NC_016433	AAG	4	111789	111800	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35942228
123	NC_016433	GAA	4	112550	112561	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35942228
124	NC_016433	TTCTTT	3	112772	112790	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	35942228
125	NC_016433	ATTCCC	3	113393	113411	19	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	10 %	35942228
126	NC_016433	ACTT	3	113737	113748	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35942228
127	NC_016433	T	14	113873	113886	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	35942228
128	NC_016433	CATT	3	113887	113898	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35942228
129	NC_016433	AAATC	3	113930	113943	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	35942228
130	NC_016433	AGA	4	115522	115533	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35942228
131	NC_016433	ATAG	3	118140	118151	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35942228
132	NC_016433	ATTT	3	118261	118271	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	35942228
133	NC_016433	ATTTTG	3	119106	119123	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	35942228
134	NC_016433	ATTT	3	119154	119164	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	35942228
135	NC_016433	TTC	5	120109	120123	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	35942228
136	NC_016433	TAA	4	121043	121055	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35942228
137	NC_016433	A	12	121267	121278	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	35942228
138	NC_016433	AGAAA	3	121307	121320	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	35942228
139	NC_016433	ATGC	3	122624	122634	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35942228
140	NC_016433	TCAA	3	123583	123595	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	35942228
141	NC_016433	CATT	3	123704	123714	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	35942228
142	NC_016433	TTTC	3	123765	123777	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	35942228
143	NC_016433	TA	7	123786	123798	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35942228
144	NC_016433	TCAT	3	124455	124466	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35942228
145	NC_016433	CTTT	3	124541	124552	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35942228
146	NC_016433	TTTG	3	125271	125281	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	35942228
147	NC_016433	CATT	3	125444	125455	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35942228
148	NC_016433	TTTC	3	126507	126517	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35942228
149	NC_016433	TTC	4	126887	126897	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35942228
150	NC_016433	AAAG	3	127043	127053	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	35942228
151	NC_016433	GTATTA	4	127241	127264	24	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	4 %	35942228
152	NC_016433	ATTT	3	128049	128059	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	35942228
153	NC_016433	TTCC	3	129036	129046	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35942228
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155	NC_016433	CTTA	3	131083	131093	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	35942228
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159	NC_016433	TCAACA	3	138884	138900	17	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	5 %	35942228
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161	NC_016433	GGATC	3	139426	139441	16	20 %	20 %	40 %	20 %	6 %	35942228
162	NC_016433	CATAC	3	144610	144623	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	35942232
163	NC_016433	TATT	3	146278	146290	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	35942232
164	NC_016433	TGAT	3	147319	147331	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	35942232
165	NC_016433	ATC	4	148877	148888	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35942232
166	NC_016433	ATC	4	151323	151333	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
167	NC_016433	ATC	4	152700	152710	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35942232
168	NC_016433	GAA	5	153166	153180	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	35942232
169	NC_016433	ACAAA	3	153262	153276	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Sesamum indicum chloroplast