ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 53

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016386	AAGA	3	169	181	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_016386	AATGG	3	228	241	14	40 %	20 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_016386	TTGC	3	408	418	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
4	NC_016386	GAA	4	1501	1511	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016386	TAAA	3	1959	1970	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35805109
6	NC_016386	T	12	2008	2019	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016386	AGAA	3	2073	2084	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_016386	CTTTAA	3	2188	2205	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
9	NC_016386	CTTT	3	3035	3045	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016386	TTATA	3	4283	4298	16	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_016386	CGAA	3	4738	4748	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016386	TTTTA	3	5177	5191	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_016386	AAGAAA	3	5552	5570	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
14	NC_016386	TAT	4	5611	5622	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_016386	TA	6	5625	5636	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_016386	TAT	4	6332	6344	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_016386	CTT	4	6377	6387	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016386	TTA	4	6621	6631	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_016386	CTA	4	8460	8471	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016386	CTTT	3	10689	10699	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016386	TTGTT	3	11063	11078	16	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_016386	ATTT	3	11194	11205	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_016386	TTA	4	12819	12829	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016386	ATTT	3	13084	13094	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_016386	AGA	4	13351	13362	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_016386	CTT	4	14685	14695	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
27	NC_016386	TA	6	15011	15022	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016386	GAA	4	15227	15239	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_016386	AGA	7	15682	15702	21	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_016386	AAGA	3	15743	15754	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016386	TA	6	15861	15871	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_016386	TTGA	3	16097	16107	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016386	TTCT	3	16992	17002	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
34	NC_016386	AAAG	3	17033	17043	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016386	GAA	4	17132	17143	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_016386	CTG	4	17816	17826	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
37	NC_016386	CT	6	18718	18728	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
38	NC_016386	GAAAA	3	19775	19788	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_016386	T	12	20097	20108	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016386	ACA	4	20245	20256	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
41	NC_016386	ATA	4	20304	20315	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016386	TA	8	20603	20617	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_016386	AT	6	21433	21443	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016386	TTCA	3	21912	21922	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
45	NC_016386	CT	6	22100	22111	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
46	NC_016386	TACC	3	22864	22874	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
47	NC_016386	CAGA	3	23099	23111	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
48	NC_016386	AT	6	23117	23127	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_016386	A	12	23227	23238	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_016386	AAGT	3	23522	23532	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016386	TA	7	24284	24297	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_016386	AGA	4	25959	25970	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016386	CAT	4	26178	26188	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016386	TCA	4	27092	27103	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
55	NC_016386	T	13	27422	27434	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016386	AGCT	3	29168	29179	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
57	NC_016386	GCT	4	29649	29659	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
58	NC_016386	TAG	4	29755	29765	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016386	AAAG	3	30430	30440	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_016386	ACT	4	30771	30781	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
61	NC_016386	AAG	4	30989	31000	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_016386	TTCT	3	31267	31277	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
63	NC_016386	GGAT	3	31349	31359	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_016386	AAAG	3	31484	31494	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016386	TTATAT	3	33342	33358	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
66	NC_016386	AAAG	3	33493	33504	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_016386	GAAT	3	34494	34505	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016386	AAG	4	35844	35855	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_016386	CTT	4	36884	36895	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016386	ATA	4	37850	37860	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_016386	TGG	4	38040	38051	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_016386	CTTGG	4	39281	39300	20	0 %	40 %	40 %	20 %	10 %	Non-Coding
73	NC_016386	TTA	5	40815	40829	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_016386	TAGAGG	3	41302	41319	18	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	5 %	Non-Coding
75	NC_016386	TCA	4	41684	41695	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016386	AGAAAT	3	42257	42274	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
77	NC_016386	A	12	43204	43215	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016386	AACT	3	43889	43899	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
79	NC_016386	T	12	44251	44262	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016386	TTA	4	46404	46415	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_016386	CAA	4	47932	47942	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
82	NC_016386	CTC	4	47956	47966	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
83	NC_016386	TTCT	3	48756	48767	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016386	CTTA	3	49579	49589	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
85	NC_016386	AGA	4	49916	49927	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016386	CTT	4	51875	51886	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
87	NC_016386	GAGT	3	51897	51908	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_016386	GA	6	52724	52735	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_016386	TTC	4	53137	53148	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
90	NC_016386	ATAC	3	53270	53280	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
91	NC_016386	AAAG	3	53286	53296	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_016386	TA	6	53632	53642	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_016386	TTTATA	4	54980	55002	23	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
94	NC_016386	CTC	4	57485	57496	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
95	NC_016386	A	13	58112	58124	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_016386	GCG	4	58304	58315	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
97	NC_016386	T	13	58338	58350	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_016386	CTTT	3	58465	58476	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016386	GATT	3	58587	58597	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_016386	CTT	4	59037	59047	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
101	NC_016386	CACT	3	59241	59251	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
102	NC_016386	TGT	4	59913	59923	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_016386	CTAG	3	60169	60179	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
104	NC_016386	GTA	4	61885	61896	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_016386	CAT	4	62369	62379	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
106	NC_016386	A	15	62515	62529	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_016386	TTA	5	63076	63089	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
108	NC_016386	T	12	66586	66597	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_016386	AAAG	3	67707	67718	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016386	CTT	4	67768	67779	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
111	NC_016386	TTA	4	68376	68386	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_016386	CTT	4	68612	68622	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
113	NC_016386	TA	7	69278	69290	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
114	NC_016386	TC	7	69480	69493	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
115	NC_016386	TCTTTT	3	69589	69606	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
116	NC_016386	AAAAGA	3	70246	70264	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	35805109
117	NC_016386	TTGC	3	71454	71465	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
118	NC_016386	GAAA	3	71782	71792	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_016386	TA	6	72080	72090	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_016386	TA	6	72104	72115	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_016386	TATAT	3	73486	73500	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
122	NC_016386	ATC	4	73522	73532	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
123	NC_016386	CCT	4	73954	73964	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
124	NC_016386	CTT	4	74688	74699	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
125	NC_016386	AGAA	3	74975	74986	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_016386	TTTC	3	75937	75948	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
127	NC_016386	AGT	4	76033	76043	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_016386	TAG	4	76340	76352	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
129	NC_016386	A	14	77331	77344	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
130	NC_016386	TTTC	3	77359	77369	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
131	NC_016386	AAT	4	77574	77585	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_016386	ATT	4	78319	78330	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_016386	TTTAC	3	78850	78863	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
134	NC_016386	TTTA	4	78918	78933	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
135	NC_016386	CCTA	3	79862	79872	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
136	NC_016386	AAG	4	80016	80028	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
137	NC_016386	AGC	4	80027	80037	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
138	NC_016386	AC	6	81873	81883	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
139	NC_016386	TTGTG	4	82021	82040	20	0 %	60 %	40 %	0 %	10 %	Non-Coding
140	NC_016386	TGC	4	82363	82373	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
141	NC_016386	A	15	84025	84039	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
142	NC_016386	ACT	5	84049	84062	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
143	NC_016386	AGTA	3	85417	85429	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
144	NC_016386	CTTT	4	86553	86568	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
145	NC_016386	ATA	4	88109	88120	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
146	NC_016386	ATTA	3	88250	88260	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
147	NC_016386	AGA	4	88591	88601	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
148	NC_016386	A	16	88771	88786	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
149	NC_016386	CAG	4	89250	89261	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
150	NC_016386	AAAG	3	90189	90199	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
151	NC_016386	CTTA	3	90745	90755	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
152	NC_016386	TTTC	3	91315	91326	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
153	NC_016386	GTA	4	91409	91420	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 53