ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 5

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016372	CTTTA	3	95	109	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
2	NC_016372	CTT	4	1542	1555	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
3	NC_016372	TA	6	1630	1640	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_016372	CAT	4	1932	1942	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016372	AAAT	3	2023	2034	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016372	GAT	4	2088	2099	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016372	CAAT	3	3175	3186	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
8	NC_016372	ACTT	3	3257	3268	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016372	TA	7	3763	3776	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_016372	AAAAGA	3	4055	4072	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
11	NC_016372	TAA	4	4884	4895	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_016372	CTG	4	6527	6538	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016372	ACGAA	3	8060	8073	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
14	NC_016372	TATT	3	9318	9330	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_016372	TGAA	3	9411	9421	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016372	CTTA	3	11621	11631	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
17	NC_016372	CTTT	3	12237	12247	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016372	TATC	3	13977	13989	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
19	NC_016372	GTAG	3	14044	14055	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_016372	TCT	4	14539	14550	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
21	NC_016372	AT	6	15972	15982	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_016372	TTTC	3	16830	16841	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016372	AAGT	3	17158	17169	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_016372	ATA	4	17732	17742	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_016372	TCTT	3	17903	17914	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016372	AATG	3	18691	18702	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016372	AGA	4	18845	18856	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016372	TTGC	3	19039	19050	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
29	NC_016372	ATA	4	19324	19335	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_016372	CTTA	3	19873	19884	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016372	CTG	4	20420	20431	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
32	NC_016372	TAA	4	21265	21275	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_016372	AGAA	3	21776	21786	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_016372	AGAA	3	21864	21874	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_016372	TTC	4	21988	21999	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
36	NC_016372	CTAG	3	22490	22501	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
37	NC_016372	A	14	24442	24455	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_016372	TA	6	24558	24570	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_016372	AGCC	3	24834	24845	12	25 %	0 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016372	CTT	4	26320	26330	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
41	NC_016372	TCCC	3	26596	26607	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
42	NC_016372	ATA	5	29774	29787	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_016372	AG	6	30574	30584	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016372	CTT	4	31424	31434	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
45	NC_016372	TCTT	3	31941	31952	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016372	AAG	4	32373	32383	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_016372	ATT	4	32415	32425	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_016372	CTTT	3	32861	32872	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016372	GACA	3	33533	33545	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
50	NC_016372	A	12	33691	33702	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_016372	TA	6	34323	34333	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_016372	ATTA	3	34447	34459	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_016372	GAAA	3	34463	34474	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_016372	GTT	4	34655	34666	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_016372	GCTC	3	35272	35282	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
56	NC_016372	T	19	35384	35402	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
57	NC_016372	AGGGT	3	36979	36992	14	20 %	20 %	60 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_016372	AAAG	3	37453	37463	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016372	CAAG	3	37596	37607	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
60	NC_016372	AAAT	3	38176	38187	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016372	ACTT	3	38604	38616	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
62	NC_016372	CT	6	40365	40375	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
63	NC_016372	TA	6	40375	40385	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_016372	A	13	40904	40916	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_016372	AAG	4	41690	41701	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_016372	AAG	4	44749	44761	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_016372	AGCA	3	45241	45253	13	50 %	0 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
68	NC_016372	A	14	45978	45991	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016372	AATA	3	47089	47099	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_016372	CTTT	3	48310	48321	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016372	TTCTT	3	48480	48493	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
72	NC_016372	TA	6	48598	48608	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_016372	TTTC	3	49401	49411	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
74	NC_016372	TCGGA	3	49538	49551	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
75	NC_016372	ATTC	3	49800	49812	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
76	NC_016372	CTA	5	49925	49940	16	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
77	NC_016372	AT	6	50163	50174	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_016372	ATC	4	51150	51161	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
79	NC_016372	TA	6	51587	51597	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_016372	GAT	4	52193	52203	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_016372	GA	7	54661	54673	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_016372	GA	7	54756	54768	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_016372	TAT	4	55125	55135	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016372	GTTG	3	56413	56424	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_016372	ACA	4	56429	56440	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
86	NC_016372	TATT	3	56779	56789	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_016372	T	16	57874	57889	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
88	NC_016372	TGG	4	58740	58751	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_016372	CAT	4	58947	58957	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
90	NC_016372	AGT	5	60574	60587	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_016372	A	12	61997	62008	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_016372	TCAA	3	63672	63684	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
93	NC_016372	T	12	64430	64441	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016372	TAAG	3	64912	64923	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_016372	A	14	65406	65419	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_016372	ACT	4	65756	65766	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
97	NC_016372	ATA	5	66042	66055	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_016372	CGGT	3	66093	66104	12	0 %	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016372	AAAG	3	66145	66156	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_016372	TATAT	3	66171	66185	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
101	NC_016372	TAT	4	66688	66700	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_016372	TCT	4	66915	66927	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
103	NC_016372	ATA	4	67391	67402	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_016372	GAA	4	68319	68329	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_016372	TTGA	3	68438	68448	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_016372	AAGG	3	69357	69368	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_016372	ATA	4	72116	72127	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_016372	CAG	4	72553	72563	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
109	NC_016372	TTTTTA	3	73479	73497	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
110	NC_016372	TCAAA	3	74255	74270	16	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
111	NC_016372	GTC	4	75003	75013	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
112	NC_016372	TTC	4	75840	75851	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
113	NC_016372	A	14	76038	76051	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
114	NC_016372	AG	7	77494	77507	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
115	NC_016372	TCG	4	77957	77969	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
116	NC_016372	TAGCA	3	78193	78206	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
117	NC_016372	TTTG	3	78486	78496	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_016372	TCCT	3	78682	78692	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
119	NC_016372	CTT	4	79555	79566	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016372	TTA	4	81036	81047	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_016372	ACAT	3	81559	81570	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
122	NC_016372	TAG	4	81573	81583	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_016372	AAAG	3	82145	82155	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_016372	TA	6	83567	83577	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
125	NC_016372	TTA	4	83978	83990	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
126	NC_016372	CGC	4	84542	84552	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
127	NC_016372	CT	6	84936	84946	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
128	NC_016372	A	12	85665	85676	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016372	TA	6	85868	85878	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
130	NC_016372	A	13	85912	85924	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
131	NC_016372	GAT	4	86626	86636	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
132	NC_016372	GAAT	3	87484	87495	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016372	TAG	4	87638	87648	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
134	NC_016372	TTCA	3	88931	88942	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016372	AAGA	3	89062	89073	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_016372	T	14	89354	89367	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
137	NC_016372	CTT	4	89664	89674	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
138	NC_016372	AGA	4	91109	91120	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_016372	GTAA	3	91548	91559	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
140	NC_016372	TA	6	91655	91665	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
141	NC_016372	AAGA	3	92108	92119	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
142	NC_016372	A	12	93209	93220	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
143	NC_016372	ACTT	3	95141	95151	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
144	NC_016372	CTTT	3	95629	95640	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
145	NC_016372	AGAAA	3	95932	95946	15	80 %	0 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016372	GCAT	3	96381	96392	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
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149	NC_016372	TTTG	3	96731	96741	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
150	NC_016372	GTAA	3	97109	97119	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
151	NC_016372	CTTT	3	99761	99772	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
152	NC_016372	AT	6	100899	100909	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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156	NC_016372	GAAA	3	103106	103117	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
157	NC_016372	GA	6	103928	103938	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
158	NC_016372	TTTC	3	103986	103996	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
159	NC_016372	TCT	4	104359	104370	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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161	NC_016372	CTT	4	104978	104990	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
162	NC_016372	GGCTT	3	105076	105089	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
163	NC_016372	TTCC	3	106011	106021	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
164	NC_016372	CTTT	3	107029	107039	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
165	NC_016372	TTTA	3	107122	107133	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
166	NC_016372	T	16	107268	107283	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
167	NC_016372	AAAG	3	108103	108113	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
168	NC_016372	AG	6	108846	108857	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
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172	NC_016372	GAA	4	110607	110617	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
173	NC_016372	AAAG	3	110626	110637	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
174	NC_016372	AG	6	110901	110911	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
175	NC_016372	AAAG	3	111677	111688	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
176	NC_016372	AG	6	111805	111815	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
177	NC_016372	CTT	4	112103	112113	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
178	NC_016372	TTTA	3	112827	112838	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
179	NC_016372	TTTC	3	114918	114929	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
180	NC_016372	TA	6	115328	115338	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
181	NC_016372	ATA	6	117307	117324	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
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185	NC_016372	AT	6	119433	119443	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
186	NC_016372	AGC	4	119611	119622	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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188	NC_016372	CTAA	3	122535	122546	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
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192	NC_016372	A	15	125102	125116	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
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210	NC_016372	TA	6	135235	135245	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
211	NC_016372	ATAG	3	136283	136294	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
212	NC_016372	AAC	4	136509	136520	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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222	NC_016372	TTTG	3	144427	144438	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
223	NC_016372	TTA	4	145083	145093	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
224	NC_016372	GATT	3	146608	146618	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
225	NC_016372	ATA	4	146850	146861	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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227	NC_016372	TAAAGG	4	147775	147798	24	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
228	NC_016372	GTTCAG	3	147831	147849	19	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
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230	NC_016372	ATC	4	148339	148349	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
231	NC_016372	CTT	4	148490	148500	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene noctiflora mitochondrion chromosome 5