ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Silene conica mitochondrion chromosome 19

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016293	TTTC	3	23	35	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
2	NC_016293	TTTC	3	343	353	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
3	NC_016293	CTTT	3	481	492	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016293	CAGT	3	530	540	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016293	CA	6	1698	1709	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016293	AGA	7	2249	2270	22	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	4 %	Non-Coding
7	NC_016293	AAAG	3	2592	2603	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_016293	TTC	4	2786	2796	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
9	NC_016293	TAC	4	3164	3175	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
10	NC_016293	TCC	4	4151	4161	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016293	CTT	4	4381	4391	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
12	NC_016293	TAAG	3	4449	4460	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016293	CT	6	4502	4512	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
14	NC_016293	CGAG	3	4885	4895	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
15	NC_016293	CA	6	5202	5212	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
16	NC_016293	GAA	4	6005	6016	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_016293	AAGT	3	7034	7045	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_016293	TTAT	3	7901	7912	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_016293	AAG	4	8242	8252	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_016293	TGGT	3	8367	8377	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_016293	AAGT	3	8744	8754	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_016293	CT	6	11162	11172	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
23	NC_016293	GA	6	12259	12269	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016293	GTA	4	13280	13291	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_016293	CTG	4	14251	14262	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
26	NC_016293	CTTT	3	14561	14571	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
27	NC_016293	TAC	4	14599	14610	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016293	CTA	5	14805	14818	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
29	NC_016293	AT	7	16908	16920	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_016293	AT	6	17425	17436	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016293	AAG	4	17735	17747	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_016293	TTAT	3	18047	18058	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_016293	CAAG	3	19566	19577	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
34	NC_016293	GA	8	20316	20330	15	50 %	0 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
35	NC_016293	GA	7	20406	20418	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_016293	GAAAG	3	20427	20441	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
37	NC_016293	TGAA	3	20515	20525	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_016293	AAAAG	3	20771	20784	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_016293	GAAA	3	20971	20982	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_016293	CTTTT	4	21401	21420	20	0 %	80 %	0 %	20 %	5 %	Non-Coding
41	NC_016293	AAAG	3	21542	21553	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016293	GGA	4	22190	22201	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_016293	TGAA	3	22371	22381	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016293	GC	6	22788	22799	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	Non-Coding
45	NC_016293	CCT	4	23187	23197	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
46	NC_016293	ATTC	3	23399	23409	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
47	NC_016293	GGA	4	23568	23579	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_016293	TGAA	3	23997	24007	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_016293	GGA	4	24088	24099	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_016293	CG	7	24440	24453	14	0 %	0 %	50 %	50 %	7 %	Non-Coding
51	NC_016293	GAG	4	24635	24646	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_016293	AG	6	24728	24738	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_016293	GA	6	24819	24829	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_016293	CT	7	26044	26056	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
55	NC_016293	GAAG	3	26205	26216	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_016293	TGAA	3	26242	26252	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_016293	AG	7	26822	26837	16	50 %	0 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
58	NC_016293	GGTA	3	27346	27356	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016293	ACA	4	29112	29122	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	35796725
60	NC_016293	TAAA	3	29350	29361	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35796725
61	NC_016293	GAG	4	30389	30400	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_016293	GAGG	3	30807	30819	13	25 %	0 %	75 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_016293	AG	6	30823	30833	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_016293	GA	6	31079	31089	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_016293	GCGA	3	31097	31109	13	25 %	0 %	50 %	25 %	7 %	Non-Coding
66	NC_016293	AGA	4	31865	31875	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_016293	GAAA	3	32022	32032	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_016293	CAAA	3	32100	32110	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
69	NC_016293	ACA	4	32973	32984	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016293	TCT	4	33174	33185	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
71	NC_016293	CTT	4	33495	33505	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
72	NC_016293	CT	6	34379	34390	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
73	NC_016293	AAAGAA	3	37034	37052	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
74	NC_016293	AGGA	3	38590	38601	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_016293	AAGGA	3	38654	38669	16	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
76	NC_016293	GAA	4	39150	39161	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_016293	GAA	4	39836	39846	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_016293	AGG	4	40116	40127	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_016293	TCCT	3	40947	40957	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
80	NC_016293	TTC	4	41294	41306	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
81	NC_016293	GA	6	41599	41609	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_016293	TA	6	41885	41896	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_016293	GA	6	43405	43415	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016293	GAAAA	3	43506	43521	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
85	NC_016293	AGGAG	3	43963	43977	15	40 %	0 %	60 %	0 %	6 %	Non-Coding
86	NC_016293	AG	6	44258	44268	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_016293	GA	6	44539	44549	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_016293	GA	6	44829	44839	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_016293	AAG	5	45516	45529	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_016293	AGA	4	45743	45753	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_016293	CTT	5	46171	46184	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
92	NC_016293	CTTA	3	47585	47596	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
93	NC_016293	CTTT	3	47605	47616	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
94	NC_016293	AT	6	47684	47695	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_016293	AGTCA	3	48191	48206	16	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
96	NC_016293	TAC	4	48371	48381	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
97	NC_016293	AAAGAA	3	48720	48737	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
98	NC_016293	TA	6	49001	49012	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_016293	AGGAC	3	49399	49412	14	40 %	0 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
100	NC_016293	CT	6	50591	50601	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
101	NC_016293	GAA	4	50991	51003	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_016293	AAG	5	51239	51253	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
103	NC_016293	TA	6	51704	51715	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_016293	AGA	4	52109	52120	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_016293	TC	6	52203	52213	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
106	NC_016293	GAA	4	52481	52491	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_016293	AAG	4	52518	52528	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_016293	AAAG	3	53866	53877	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016293	TTCC	3	54403	54414	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
110	NC_016293	TC	7	54629	54641	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
111	NC_016293	TC	7	54660	54672	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
112	NC_016293	TC	7	54691	54703	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
113	NC_016293	TC	7	54722	54734	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
114	NC_016293	TC	6	54754	54764	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
115	NC_016293	GAAA	3	55089	55100	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016293	CTTA	3	55832	55843	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
117	NC_016293	AAAG	3	56038	56049	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_016293	CT	6	58165	58175	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
119	NC_016293	CTT	4	58565	58577	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
120	NC_016293	AT	6	58578	58589	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_016293	GA	6	58676	58687	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_016293	GAA	4	59156	59166	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_016293	AAAG	3	59736	59746	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_016293	AAAAGA	3	59997	60015	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
125	NC_016293	AT	6	61801	61812	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_016293	CT	6	62665	62676	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
127	NC_016293	TCCT	3	62747	62758	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
128	NC_016293	CTTA	3	62875	62886	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016293	AGA	5	64237	64250	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
130	NC_016293	TCT	4	64513	64523	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
131	NC_016293	TTCG	3	64894	64905	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
132	NC_016293	TTCTT	3	65051	65065	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
133	NC_016293	GAG	4	65294	65305	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_016293	GGAT	3	65351	65361	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
135	NC_016293	AAGG	3	65771	65783	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
136	NC_016293	AG	7	66104	66117	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
137	NC_016293	TA	6	66302	66313	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
138	NC_016293	TTCT	3	66876	66886	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
139	NC_016293	GAG	4	67048	67059	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
140	NC_016293	GAGGG	3	67198	67217	20	20 %	0 %	80 %	0 %	5 %	Non-Coding
141	NC_016293	TTTC	3	68381	68392	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
142	NC_016293	AAAG	3	69230	69241	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
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247	NC_016293	AAGA	3	109424	109435	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
248	NC_016293	TATC	3	109679	109690	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
249	NC_016293	CG	6	109900	109911	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	Non-Coding
250	NC_016293	CTAT	3	110501	110512	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Silene conica mitochondrion chromosome 19