ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Brassica carinata mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016120	AAGA	3	101	113	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_016120	AAGA	3	140	152	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_016120	CTTT	3	196	206	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
4	NC_016120	GTTC	5	990	1010	21	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_016120	TC	6	1009	1020	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016120	TCT	4	1354	1365	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_016120	TAGAG	3	2617	2631	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_016120	GAA	4	3971	3982	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_016120	CTAG	3	4376	4387	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
10	NC_016120	ATC	4	4440	4450	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
11	NC_016120	GAA	4	4750	4761	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016120	GAA	5	6649	6663	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_016120	CTT	4	6694	6705	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
14	NC_016120	GCTTT	3	7317	7331	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
15	NC_016120	TA	7	8239	8251	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_016120	AG	7	8348	8360	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_016120	TAA	4	10136	10147	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35352646
18	NC_016120	AAAG	3	10382	10393	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352646
19	NC_016120	CGCCC	3	10913	10926	14	0 %	0 %	20 %	80 %	7 %	35352646
20	NC_016120	TAT	4	11453	11465	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35352646
21	NC_016120	CATT	3	11587	11598	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	35352646
22	NC_016120	CGA	4	11613	11624	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352646
23	NC_016120	AGA	4	11723	11735	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	35352646
24	NC_016120	GGTAA	3	12489	12504	16	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	35352646
25	NC_016120	AGG	5	13525	13539	15	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_016120	CGA	4	15149	15159	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
27	NC_016120	AT	6	15861	15872	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_016120	TCT	4	16542	16553	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352646
29	NC_016120	TTC	4	17035	17046	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352646
30	NC_016120	TCT	4	17832	17843	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
31	NC_016120	TTC	4	18238	18250	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
32	NC_016120	GATT	3	18789	18800	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	35352646
33	NC_016120	GAAA	3	19331	19342	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352646
34	NC_016120	CTT	4	20050	20062	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35352646
35	NC_016120	TTC	5	21048	21062	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
36	NC_016120	GTT	4	22725	22736	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016120	TTCT	3	23623	23634	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
38	NC_016120	CTA	5	24551	24564	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
39	NC_016120	CTTT	3	25698	25710	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
40	NC_016120	CCAA	3	26226	26237	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
41	NC_016120	TTTA	3	26554	26565	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016120	AAG	6	27616	27634	19	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10 %	Non-Coding
43	NC_016120	AGA	4	27991	28001	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_016120	AGCTTT	4	29854	29876	23	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	8 %	35352647
45	NC_016120	TC	6	30387	30398	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	35352647
46	NC_016120	AG	7	30800	30812	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_016120	TAAAGG	3	31909	31925	17	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
48	NC_016120	GTA	4	32144	32155	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_016120	CTGG	3	32179	32190	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
50	NC_016120	CTT	4	32685	32695	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
51	NC_016120	AG	7	35791	35804	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_016120	TCC	4	35864	35875	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
53	NC_016120	AAGA	3	36025	36037	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_016120	CTTT	3	36081	36091	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
55	NC_016120	TGGA	3	36736	36746	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_016120	AG	6	38212	38222	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_016120	GAA	4	39579	39589	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_016120	GCT	4	41178	41188	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
59	NC_016120	CTAG	3	41283	41293	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
60	NC_016120	GGA	4	43682	43693	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_016120	CGA	4	44177	44187	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
62	NC_016120	TA	6	44781	44791	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35352647
63	NC_016120	ATTA	3	46783	46794	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35352647
64	NC_016120	TTTC	3	48070	48081	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
65	NC_016120	TCT	4	48149	48160	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
66	NC_016120	GGAA	3	48663	48674	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_016120	TAGG	3	48778	48789	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_016120	ACA	4	48960	48974	15	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
69	NC_016120	G	12	49290	49301	12	0 %	0 %	100 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_016120	ATCT	3	49847	49857	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
71	NC_016120	CGTCTT	3	50067	50083	17	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
72	NC_016120	GA	6	50276	50287	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_016120	GAAA	3	50659	50669	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_016120	AG	6	51212	51222	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_016120	GAA	4	51465	51476	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_016120	CAAA	3	51659	51670	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016120	TGA	4	51929	51939	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35352647
78	NC_016120	T	18	54793	54810	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	35352647
79	NC_016120	AATG	3	55322	55332	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35352647
80	NC_016120	CTG	4	57000	57012	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
81	NC_016120	CCTT	3	57519	57530	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
82	NC_016120	GAAG	3	57757	57768	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_016120	GAAT	3	58671	58681	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_016120	CCT	4	59847	59859	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	35352649
85	NC_016120	GGCG	3	60452	60462	11	0 %	0 %	75 %	25 %	9 %	35352649
86	NC_016120	TTC	4	62352	62362	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35352649
87	NC_016120	CTAT	3	62610	62620	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	35352649
88	NC_016120	CTTC	3	63300	63312	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	35352649
89	NC_016120	ACCCCC	3	64960	64978	19	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	10 %	35352649
90	NC_016120	GCT	4	66397	66408	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35352649
91	NC_016120	TATTAG	3	68266	68282	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	35352649
92	NC_016120	TTTTA	3	68987	69000	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	35352649
93	NC_016120	CTTT	3	69801	69811	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35352649
94	NC_016120	GTT	4	70348	70358	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	35352649
95	NC_016120	AGG	4	71484	71494	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	35352649
96	NC_016120	AGC	4	72111	72121	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	35352649
97	NC_016120	CTTG	3	72837	72847	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	35352649
98	NC_016120	TCT	4	73294	73305	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352649
99	NC_016120	AATC	3	73554	73565	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	35352649
100	NC_016120	ATTC	3	74047	74058	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35352649
101	NC_016120	TGA	4	74309	74320	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35352649
102	NC_016120	TCCT	3	74448	74460	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	35352649
103	NC_016120	AAAG	3	75122	75133	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352649
104	NC_016120	ATC	4	76045	76056	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	35352649
105	NC_016120	GGAA	3	76356	76366	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	35352649
106	NC_016120	ACA	4	76844	76855	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	35352649
107	NC_016120	CA	6	77107	77118	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	35352649
108	NC_016120	ACGGA	3	79041	79054	14	40 %	0 %	40 %	20 %	7 %	35352649
109	NC_016120	TGGC	3	79950	79960	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	35352649
110	NC_016120	TA	6	80897	80908	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35352649
111	NC_016120	CTTT	3	81378	81388	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35352649
112	NC_016120	TAG	4	82554	82565	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35352649
113	NC_016120	TCTT	4	82588	82603	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	35352649
114	NC_016120	AATC	3	82766	82777	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	35352649
115	NC_016120	TGCT	3	82848	82859	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	35352649
116	NC_016120	AC	6	83787	83797	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	35352649
117	NC_016120	CAA	4	84563	84573	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	35352649
118	NC_016120	GAAG	3	85417	85429	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	35352649
119	NC_016120	TA	7	85759	85772	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35352649
120	NC_016120	TAAA	3	88122	88133	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35352649
121	NC_016120	TTTCTT	3	88940	88958	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	35352649
122	NC_016120	TTTCA	3	91063	91076	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	35352649
123	NC_016120	TGAC	3	91152	91163	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352649
124	NC_016120	TTC	4	91422	91432	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35352649
125	NC_016120	GAA	6	93761	93778	18	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	35352649
126	NC_016120	ACCAC	3	95339	95352	14	40 %	0 %	0 %	60 %	7 %	35352649
127	NC_016120	TAGA	3	95421	95431	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35352649
128	NC_016120	AAGA	3	95849	95861	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	35352649
129	NC_016120	AAGA	3	95888	95900	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	35352649
130	NC_016120	CTTT	3	95944	95954	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	35352649
131	NC_016120	GTTC	5	96738	96758	21	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	35352649
132	NC_016120	TC	6	96757	96768	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	35352649
133	NC_016120	TCT	4	97102	97113	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35352649
134	NC_016120	TAGAG	3	98365	98379	15	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	35352649
135	NC_016120	GAA	4	99719	99730	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35352649
136	NC_016120	CTAG	3	100124	100135	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35352649
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242	NC_016120	AAGA	3	187432	187443	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	35352649
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254	NC_016120	TTGT	3	196561	196572	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	35352649
255	NC_016120	GTAA	3	197042	197053	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35352649
256	NC_016120	TA	6	198534	198545	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35352649
257	NC_016120	TTCA	3	199633	199645	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	35352649
258	NC_016120	GATC	3	200742	200752	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35352649
259	NC_016120	CTAGT	3	202493	202507	15	20 %	40 %	20 %	20 %	0 %	35352649
260	NC_016120	CCTT	3	202711	202721	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	35352649
261	NC_016120	TA	6	202883	202893	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35352649
262	NC_016120	AATG	4	203046	203061	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	35352649
263	NC_016120	GCCG	3	206698	206709	12	0 %	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
264	NC_016120	GAAT	3	208490	208501	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
265	NC_016120	TAT	4	208671	208681	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
266	NC_016120	A	15	210109	210123	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
267	NC_016120	CTATC	3	212559	212572	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
268	NC_016120	AATTG	3	213691	213704	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
269	NC_016120	GACTCA	3	213716	213733	18	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
270	NC_016120	CGA	4	215442	215453	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
271	NC_016120	CTG	4	216509	216520	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
272	NC_016120	AAGC	3	219443	219453	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
273	NC_016120	TTC	4	219484	219495	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
274	NC_016120	CACT	3	222508	222519	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
275	NC_016120	ATA	4	222710	222721	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
276	NC_016120	AATG	5	222715	222737	23	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
277	NC_016120	TTTC	3	224738	224750	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
278	NC_016120	CAG	5	225104	225117	14	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
279	NC_016120	TAAC	3	225820	225831	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
280	NC_016120	TTCCA	3	226622	226637	16	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
281	NC_016120	CCTT	3	227491	227501	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
282	NC_016120	TGA	4	228163	228173	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
283	NC_016120	TAT	5	228918	228933	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
284	NC_016120	CAAA	3	228997	229008	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
285	NC_016120	CTT	4	229734	229746	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
286	NC_016120	ACTT	3	230077	230089	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
287	NC_016120	GCTA	3	230099	230110	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
288	NC_016120	TGAG	3	230338	230349	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Brassica carinata mitochondrion