ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cephalotaxus wilsoniana chloroplast DNA

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016063	GAATT	3	735	748	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_016063	TAAA	3	763	774	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_016063	AAT	4	4105	4117	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35295096
4	NC_016063	TAAG	3	4129	4139	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	35295096
5	NC_016063	AGAC	3	4646	4656	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	35295096
6	NC_016063	TTCT	3	4809	4819	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
7	NC_016063	TCCATC	3	6183	6201	19	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	10 %	35295096
8	NC_016063	TTTC	3	7603	7614	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35295096
9	NC_016063	ATAG	5	7816	7836	21	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_016063	AT	7	7848	7860	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_016063	GATC	3	8221	8231	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35295096
12	NC_016063	GGA	4	8819	8830	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_016063	ACAAAT	3	10218	10236	19	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	10 %	35295096
14	NC_016063	ATTT	3	10385	10395	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_016063	TTA	4	11297	11308	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35295097
16	NC_016063	CTT	4	11827	11837	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
17	NC_016063	AAAG	3	12036	12046	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_016063	AATA	3	12320	12331	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_016063	TTTG	3	12483	12494	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	35295097
20	NC_016063	GA	6	12974	12985	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_016063	TTGT	3	13023	13034	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_016063	ATA	4	14273	14284	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_016063	AAAT	3	15485	15495	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_016063	AATA	3	15870	15881	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35295097
25	NC_016063	ATA	4	16604	16614	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_016063	GCAT	3	16804	16814	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	35295098
27	NC_016063	TAGA	3	17623	17633	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_016063	TAT	4	17988	18000	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35295098
29	NC_016063	TTTA	3	18314	18325	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35295098
30	NC_016063	GTTG	3	18782	18794	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	35295098
31	NC_016063	ATA	4	18902	18912	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35295098
32	NC_016063	A	12	18982	18993	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	35295098
33	NC_016063	ATTTA	4	19015	19033	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	35295098
34	NC_016063	ATAA	3	19034	19046	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	35295098
35	NC_016063	TGT	4	19102	19112	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	35295098
36	NC_016063	TA	6	19296	19307	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35295098
37	NC_016063	GC	6	20219	20229	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	35295098
38	NC_016063	TCTT	3	20498	20509	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35295098
39	NC_016063	TTTC	3	20528	20539	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35295098
40	NC_016063	TTC	4	20573	20584	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35295098
41	NC_016063	TTC	4	21452	21462	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35295098
42	NC_016063	ATTT	3	22093	22104	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35295098
43	NC_016063	GTCCAG	3	22280	22297	18	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	5 %	35295098
44	NC_016063	TCT	4	22767	22778	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35295098
45	NC_016063	ATATT	3	23330	23343	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	35295098
46	NC_016063	TTA	4	23460	23471	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35295098
47	NC_016063	TA	6	23547	23557	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35295098
48	NC_016063	CTCTT	3	23904	23917	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	35295098
49	NC_016063	A	12	27150	27161	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	35295098
50	NC_016063	GA	6	27925	27936	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	35295098
51	NC_016063	ATTT	3	28246	28257	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35295098
52	NC_016063	TATT	3	28291	28302	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35295098
53	NC_016063	ATA	4	28441	28452	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35295098
54	NC_016063	A	16	29340	29355	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	35295098
55	NC_016063	TTTA	3	30067	30077	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	35295098
56	NC_016063	TCGA	3	31082	31093	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	35295098
57	NC_016063	TCAA	3	32106	32117	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	35295098
58	NC_016063	GTT	4	32174	32185	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	35295098
59	NC_016063	TTAA	3	34792	34803	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35295098
60	NC_016063	ATTT	3	34859	34870	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35295098
61	NC_016063	T	13	35836	35848	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	35295098
62	NC_016063	TCAA	3	36048	36059	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	35295098
63	NC_016063	TTA	4	37190	37201	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35295098
64	NC_016063	GATT	3	37645	37656	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	35295098
65	NC_016063	CTTGAT	3	37908	37925	18	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	35295098
66	NC_016063	TCT	4	40828	40838	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	35295098
67	NC_016063	TTA	4	41274	41286	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35295098
68	NC_016063	GTT	4	42275	42286	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	35295098
69	NC_016063	TTGA	4	42315	42329	15	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	35295098
70	NC_016063	ATAA	3	44229	44240	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35295098
71	NC_016063	GTTT	3	44753	44763	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	35295098
72	NC_016063	TATT	3	45459	45470	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35295098
73	NC_016063	AATT	3	46728	46738	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35295098
74	NC_016063	TGT	4	48069	48080	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	35295098
75	NC_016063	ATTT	3	48635	48646	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35295098
76	NC_016063	TAGT	3	48978	48988	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	35295098
77	NC_016063	ATAG	3	49597	49608	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35295098
78	NC_016063	CTAAT	3	49647	49661	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	35295098
79	NC_016063	TAAT	3	49668	49678	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35295098
80	NC_016063	TCAT	3	49903	49914	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35295098
81	NC_016063	TAA	4	50732	50744	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35295098
82	NC_016063	CGGAA	3	50870	50883	14	40 %	0 %	40 %	20 %	7 %	35295098
83	NC_016063	CCCTC	3	54316	54329	14	0 %	20 %	0 %	80 %	7 %	35295098
84	NC_016063	TA	6	54406	54416	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35295098
85	NC_016063	TCTT	3	55095	55106	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	35295098
86	NC_016063	ATG	4	56636	56646	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35295098
87	NC_016063	AAG	4	57727	57737	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35295098
88	NC_016063	ATTT	3	60995	61006	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	35295098
89	NC_016063	AAAT	3	62087	62097	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	35295098
90	NC_016063	TTCC	3	62249	62260	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	35295098
91	NC_016063	AAT	4	62681	62692	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35295098
92	NC_016063	TATAAT	3	62724	62742	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	35295098
93	NC_016063	ATC	4	62914	62924	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	35295098
94	NC_016063	TTA	4	63152	63164	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	35295098
95	NC_016063	ATTT	3	63679	63689	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	35295098
96	NC_016063	TTA	4	68174	68185	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35295098
97	NC_016063	TTAA	3	68475	68485	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	35295098
98	NC_016063	ATTT	3	69010	69020	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	35295098
99	NC_016063	TCT	4	69719	69730	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	35295098
100	NC_016063	TA	6	71808	71819	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35295098
101	NC_016063	CATA	3	71893	71904	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	35295098
102	NC_016063	TAAA	3	72585	72597	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	35295098
103	NC_016063	TGCA	3	72990	73002	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	35295098
104	NC_016063	TCTA	3	74398	74408	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	35295098
105	NC_016063	TTC	4	74741	74753	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	35295098
106	NC_016063	ATGG	3	75259	75270	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	35295098
107	NC_016063	ATCC	3	75277	75289	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	35295098
108	NC_016063	GAT	4	76090	76100	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	35295098
109	NC_016063	TCGAT	3	76103	76116	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	35295098
110	NC_016063	ATTC	3	76305	76316	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	35295098
111	NC_016063	AATA	3	76401	76412	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35295098
112	NC_016063	ATTA	3	76500	76511	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	35295098
113	NC_016063	TAT	4	77040	77051	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	35295098
114	NC_016063	CAG	4	78036	78047	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	35295098
115	NC_016063	TA	7	78706	78720	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	35295098
116	NC_016063	ATA	5	78711	78726	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	35295098
117	NC_016063	AATAT	3	79628	79642	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	35295098
118	NC_016063	TAA	4	80155	80167	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	35295098
119	NC_016063	ATA	4	81668	81678	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	35295098
120	NC_016063	ATGT	3	81782	81792	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	35295098
121	NC_016063	TAAA	3	81861	81872	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	35295098
122	NC_016063	ATTA	3	82486	82498	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35295098
123	NC_016063	GAA	4	83293	83304	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35295098
124	NC_016063	GCCAAA	3	83355	83372	18	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	5 %	35295098
125	NC_016063	AAG	4	83467	83478	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35295098
126	NC_016063	GATA	3	83803	83814	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	35295098
127	NC_016063	GAA	4	84181	84192	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	35295098
128	NC_016063	ATG	4	85271	85282	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	35295098
129	NC_016063	AGA	4	85604	85614	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	35295098
130	NC_016063	AAT	4	85815	85826	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	35295098
131	NC_016063	TTAA	3	86932	86944	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	35295098
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171	NC_016063	ATATT	3	103620	103634	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	35295098
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191	NC_016063	A	12	115410	115421	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	35295098
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220	NC_016063	AAATA	3	132704	132717	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	35295103
221	NC_016063	ATTG	3	132862	132872	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	35295103
222	NC_016063	A	12	133436	133447	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	35295103
223	NC_016063	A	13	134947	134959	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	35295103
224	NC_016063	ATG	9	135727	135753	27	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	35295103
225	NC_016063	TAT	4	136082	136092	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cephalotaxus wilsoniana chloroplast DNA