ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cucumis sativus mitochondrion chromosome 1

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_016005	CTA	4	1048	1059	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	34668335
2	NC_016005	TC	6	2886	2896	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
3	NC_016005	T	14	2920	2933	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_016005	TCCTTT	3	3003	3020	18	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
5	NC_016005	CTT	4	3240	3251	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
6	NC_016005	TTC	4	3351	3362	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016005	AACT	3	4106	4117	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	34668335
8	NC_016005	CT	6	4508	4518	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	34668335
9	NC_016005	CTCG	3	5087	5097	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	34668335
10	NC_016005	GA	6	5122	5132	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	34668335
11	NC_016005	GAC	4	5550	5561	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	0 %	34668335
12	NC_016005	GAT	4	8302	8312	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	34668339
13	NC_016005	TTTC	3	9480	9490	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34668339
14	NC_016005	TTCA	3	9506	9516	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	34668339
15	NC_016005	GAA	4	10809	10821	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	34668339
16	NC_016005	GCGA	3	11954	11964	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	34668339
17	NC_016005	AAG	4	12024	12035	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34668339
18	NC_016005	AAG	4	12056	12067	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34668339
19	NC_016005	AAG	4	12088	12099	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34668339
20	NC_016005	TTGA	3	13653	13664	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	34668339
21	NC_016005	TCT	4	14019	14029	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	34668339
22	NC_016005	AAG	4	15886	15896	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	34668339
23	NC_016005	TCCT	3	16727	16738	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	34668339
24	NC_016005	GTAG	3	16893	16904	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	34668339
25	NC_016005	TAAA	4	16969	16984	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	34668339
26	NC_016005	CCTTC	3	17160	17174	15	0 %	40 %	0 %	60 %	6 %	34668339
27	NC_016005	AG	7	18792	18805	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	34668339
28	NC_016005	GCTT	3	19141	19151	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	34668339
29	NC_016005	TCAA	4	20214	20228	15	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	34668339
30	NC_016005	GAA	4	20501	20512	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34668339
31	NC_016005	TAA	4	21889	21899	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	34668339
32	NC_016005	GA	7	22054	22067	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	34668339
33	NC_016005	TTTC	4	22125	22141	17	0 %	75 %	0 %	25 %	5 %	34668339
34	NC_016005	GAAA	3	22332	22342	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34668339
35	NC_016005	GGAA	3	22387	22397	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	34668339
36	NC_016005	TCC	4	23422	23432	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	34668339
37	NC_016005	CCTT	3	23655	23665	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	34668339
38	NC_016005	AAG	4	24656	24667	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34668339
39	NC_016005	GACT	3	25394	25404	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	34668339
40	NC_016005	TTCC	3	25683	25693	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	34668339
41	NC_016005	TAT	4	26229	26241	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	34668339
42	NC_016005	AGA	4	26779	26789	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	34668339
43	NC_016005	AAT	4	27588	27600	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	34668339
44	NC_016005	TCCGA	3	27780	27793	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	34668339
45	NC_016005	A	12	27872	27883	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	34668339
46	NC_016005	GAAA	3	28473	28483	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34668339
47	NC_016005	TCT	4	29471	29482	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34668339
48	NC_016005	CAA	4	29627	29638	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	34668339
49	NC_016005	CAT	4	30517	30527	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	34668339
50	NC_016005	TGAA	3	31504	31515	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	34668339
51	NC_016005	CTT	4	32428	32439	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	34668339
52	NC_016005	GAAG	3	33482	33494	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	34668339
53	NC_016005	TTC	4	33894	33905	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34668339
54	NC_016005	TCT	6	34488	34504	17	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	34668339
55	NC_016005	AGA	4	35039	35051	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	34668339
56	NC_016005	AAGAA	3	35484	35498	15	80 %	0 %	20 %	0 %	0 %	34668339
57	NC_016005	CGGA	3	35819	35829	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	34668339
58	NC_016005	CTTTT	3	35904	35918	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	34668339
59	NC_016005	GAAG	3	36748	36759	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	34668339
60	NC_016005	TACT	3	36867	36878	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	34668339
61	NC_016005	TCT	4	37355	37365	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	34668339
62	NC_016005	GAAT	3	38398	38409	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	34668339
63	NC_016005	CCTT	3	39169	39180	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	34668339
64	NC_016005	TTTC	4	40249	40264	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	34668339
65	NC_016005	AGG	4	40333	40343	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	34668339
66	NC_016005	GGAA	3	40763	40773	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	34668339
67	NC_016005	CCTTT	3	40790	40803	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	34668339
68	NC_016005	AGA	4	41215	41225	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	34668339
69	NC_016005	TAG	4	42330	42341	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	34668339
70	NC_016005	CT	7	43138	43150	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	34668339
71	NC_016005	CT	6	43448	43459	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	34668339
72	NC_016005	AAG	5	43587	43600	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	34668339
73	NC_016005	CT	6	47808	47819	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	34668339
74	NC_016005	CTTT	3	48953	48964	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	34668339
75	NC_016005	TCT	4	49026	49037	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34668339
76	NC_016005	AAGA	4	51726	51741	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	34668339
77	NC_016005	TTCTT	3	52867	52881	15	0 %	80 %	0 %	20 %	0 %	34668339
78	NC_016005	GGGA	3	53445	53456	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	34668339
79	NC_016005	TA	6	55495	55505	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	34668339
80	NC_016005	TCT	4	55750	55760	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	34668339
81	NC_016005	TTC	4	56038	56048	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	34668339
82	NC_016005	CTTT	3	56180	56190	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34668339
83	NC_016005	TTC	5	56484	56497	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	34668339
84	NC_016005	TCTT	3	56691	56702	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	34668339
85	NC_016005	GAAA	3	57178	57188	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34668339
86	NC_016005	AACTTC	3	59068	59085	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	34668339
87	NC_016005	TCT	7	59765	59785	21	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	34668339
88	NC_016005	GAAA	3	59967	59977	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34668339
89	NC_016005	TTC	4	60026	60037	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34668339
90	NC_016005	TCT	6	60307	60323	17	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	34668339
91	NC_016005	CT	6	60451	60461	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	34668339
92	NC_016005	GGA	4	62461	62471	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	34668339
93	NC_016005	TCT	4	63100	63111	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34668339
94	NC_016005	GAAA	3	65928	65938	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34668339
95	NC_016005	CTTT	3	66492	66502	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	34668339
96	NC_016005	TCT	4	69003	69015	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	34668339
97	NC_016005	CTT	4	69124	69134	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	34668339
98	NC_016005	AAAG	3	69166	69176	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34668339
99	NC_016005	GAG	4	70323	70335	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	34668339
100	NC_016005	TCT	5	70443	70457	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	34668339
101	NC_016005	GAA	4	70759	70771	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	34668339
102	NC_016005	TGAA	3	70840	70851	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	34668339
103	NC_016005	AGA	4	70862	70873	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34668339
104	NC_016005	GATCC	3	71559	71572	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	34668339
105	NC_016005	TC	6	72596	72606	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	34668339
106	NC_016005	AGT	5	72731	72745	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	34668339
107	NC_016005	TTCCCC	3	73566	73584	19	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	5 %	34668339
108	NC_016005	CCTC	3	74215	74226	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	34668339
109	NC_016005	CCTT	3	75081	75092	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	34668339
110	NC_016005	TC	6	76031	76041	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	34668339
111	NC_016005	AAG	4	80499	80509	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	34668339
112	NC_016005	AGA	4	81264	81274	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	34668339
113	NC_016005	AGA	5	82160	82173	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	34668339
114	NC_016005	TCT	4	82766	82777	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	34668339
115	NC_016005	CTTTCT	3	82939	82955	17	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	34668339
116	NC_016005	ATTC	3	83120	83131	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	34668339
117	NC_016005	AGA	4	83254	83265	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34668339
118	NC_016005	TTCC	3	83637	83647	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	34668339
119	NC_016005	AGA	4	84468	84479	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34668339
120	NC_016005	GCTC	3	84764	84774	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	34668339
121	NC_016005	GAAA	3	86134	86144	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34668339
122	NC_016005	CATA	3	86714	86725	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	34668339
123	NC_016005	TTTC	3	87081	87092	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	34668339
124	NC_016005	TTG	4	87510	87521	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	34668339
125	NC_016005	GAAG	4	87823	87837	15	50 %	0 %	50 %	0 %	6 %	34668339
126	NC_016005	TGAA	3	87858	87868	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	34668339
127	NC_016005	GGA	4	89270	89280	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	34668339
128	NC_016005	GTA	4	90273	90284	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	34668339
129	NC_016005	CTCC	3	90581	90592	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	34668339
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253	NC_016005	TA	6	155084	155095	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	34668339
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370	NC_016005	AATA	3	227750	227761	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	34668339
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498	NC_016005	GCCT	3	302008	302019	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	34668339
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2413	NC_016005	GAA	4	1480879	1480890	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	34668339
2414	NC_016005	AAAG	3	1482067	1482078	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	34668339
2415	NC_016005	TTCA	3	1482509	1482521	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	34668339
2416	NC_016005	AG	6	1482562	1482572	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	34668339
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2443	NC_016005	CTTT	4	1497354	1497368	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	34668339
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2470	NC_016005	TTTC	3	1517825	1517835	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
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2479	NC_016005	AGGG	3	1522729	1522740	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
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2513	NC_016005	AAAG	3	1545179	1545189	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
2514	NC_016005	AG	6	1545374	1545387	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
2515	NC_016005	AGA	4	1545972	1545983	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
2516	NC_016005	AGTA	3	1547177	1547188	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
2517	NC_016005	GAA	4	1547235	1547246	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
2518	NC_016005	CCTG	3	1547356	1547366	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
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2521	NC_016005	AT	6	1548481	1548491	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2522	NC_016005	CATT	3	1549282	1549293	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
2523	NC_016005	GGAA	3	1549351	1549361	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
2524	NC_016005	ATAGGG	3	1550618	1550634	17	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	5 %	Non-Coding
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2527	NC_016005	GA	6	1552548	1552561	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
2528	NC_016005	GAAT	3	1552738	1552749	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
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2531	NC_016005	GAGG	3	1554054	1554066	13	25 %	0 %	75 %	0 %	7 %	Non-Coding
2532	NC_016005	AGA	4	1554166	1554177	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
2533	NC_016005	AAAG	3	1555215	1555225	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	34668339
2534	NC_016005	AGA	4	1555920	1555930	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cucumis sativus mitochondrion chromosome 1