ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Olea europaea subsp. europaea plastid

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015401	TCAA	4	324	338	15	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
2	NC_015401	CTTT	3	359	370	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
3	NC_015401	AGT	4	422	433	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_015401	AAGT	3	1244	1254	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33085072
5	NC_015401	CCAAT	3	1734	1748	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015401	AAG	4	3032	3043	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33085072
7	NC_015401	GAA	4	3062	3073	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33085072
8	NC_015401	CATT	3	4149	4160	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_015401	AG	7	4639	4652	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_015401	T	12	4690	4701	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015401	A	12	5010	5021	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_015401	TGAAA	3	5112	5125	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_015401	GTT	4	5163	5173	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_015401	AAAT	3	5238	5249	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_015401	TA	6	6349	6360	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	33085072
16	NC_015401	TA	6	6556	6566	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_015401	T	12	6820	6831	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015401	AAAT	3	6853	6864	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_015401	AT	6	7386	7397	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_015401	TA	6	8886	8896	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_015401	ATAA	3	9314	9329	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_015401	A	17	9580	9596	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
23	NC_015401	GATTT	3	9708	9721	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_015401	CAA	4	9776	9787	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
25	NC_015401	A	19	12793	12811	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
26	NC_015401	T	12	13357	13368	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	33085072
27	NC_015401	AAAT	3	13460	13470	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	33085072
28	NC_015401	TTTCT	3	13492	13505	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	33085072
29	NC_015401	T	12	14156	14167	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_015401	ATTT	3	15394	15404	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_015401	TATT	3	16705	16717	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_015401	TGTT	3	17053	17063	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	33085073
33	NC_015401	A	16	17457	17472	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_015401	T	16	17762	17777	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	33085073
35	NC_015401	T	12	19272	19283	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	33085073
36	NC_015401	T	13	19671	19683	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	33085073
37	NC_015401	T	12	20209	20220	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	33085073
38	NC_015401	GAAT	3	23868	23878	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33085073
39	NC_015401	CCTA	3	25674	25684	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	33085073
40	NC_015401	ATCAA	3	29075	29089	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
41	NC_015401	CAA	4	29798	29809	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
42	NC_015401	TGAATT	3	31274	31292	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
43	NC_015401	A	12	31794	31805	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_015401	A	17	32684	32700	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
45	NC_015401	GTAT	3	32991	33003	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_015401	ATGA	3	33467	33477	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_015401	T	15	33661	33675	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
48	NC_015401	TTCT	3	34011	34022	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
49	NC_015401	GAAA	3	36078	36089	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33085073
50	NC_015401	TTG	4	36483	36493	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	33085073
51	NC_015401	TTC	4	36928	36939	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33085073
52	NC_015401	CTTTTT	3	37140	37157	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
53	NC_015401	AG	6	37285	37295	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_015401	TA	6	37491	37501	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_015401	TC	6	37893	37903	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	33085074
56	NC_015401	TAA	4	38092	38102	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_015401	TA	9	38153	38169	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
58	NC_015401	GAAT	3	39770	39780	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	33085074
59	NC_015401	GAT	4	40465	40476	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33085074
60	NC_015401	GCA	4	42364	42375	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	33085074
61	NC_015401	ATTT	3	43686	43697	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_015401	AATTTA	3	44010	44027	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
63	NC_015401	TAA	4	44057	44067	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_015401	A	12	44079	44090	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015401	A	14	46122	46135	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	33085074
66	NC_015401	A	13	46366	46378	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_015401	GTA	4	46442	46452	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_015401	GTT	4	46653	46663	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_015401	ATTTT	3	48097	48111	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
70	NC_015401	CTAAA	4	48123	48143	21	60 %	20 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
71	NC_015401	TAT	4	48221	48233	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_015401	CATA	3	50190	50200	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
73	NC_015401	CTTT	3	50439	50451	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
74	NC_015401	TTA	4	52817	52828	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_015401	TA	6	52833	52843	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_015401	AGA	4	53037	53048	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_015401	TTA	4	53624	53635	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_015401	TAAA	3	53893	53903	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_015401	TTTTA	3	54552	54565	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_015401	ATA	4	56569	56579	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	33085075
81	NC_015401	TATT	3	56939	56949	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_015401	TGCA	3	58241	58253	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	33085075
83	NC_015401	GTTA	4	59139	59153	15	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
84	NC_015401	TTA	4	59336	59348	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_015401	TAGA	3	61489	61500	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_015401	TAA	4	61535	61547	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_015401	TGAA	3	62767	62777	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_015401	GAAA	3	63005	63016	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015401	T	13	63021	63033	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015401	AT	6	64623	64633	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33085075
91	NC_015401	TATAA	4	66014	66033	20	60 %	40 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
92	NC_015401	A	12	66050	66061	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_015401	AT	6	66190	66200	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_015401	TTTC	3	67484	67495	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
95	NC_015401	A	13	67883	67895	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_015401	T	14	68685	68698	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_015401	AT	6	69103	69113	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_015401	ATA	4	69388	69399	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_015401	TA	7	69413	69425	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_015401	GAAA	3	70430	70441	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	33085076
101	NC_015401	TAAAC	3	70586	70600	15	60 %	20 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015401	TTG	4	70977	70987	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_015401	TGAA	3	71551	71562	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_015401	TTTC	3	71585	71597	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
105	NC_015401	A	13	73341	73353	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	33085076
106	NC_015401	T	12	74194	74205	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	33085076
107	NC_015401	ATT	4	74700	74710	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_015401	AATAG	4	74952	74970	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
109	NC_015401	GGTT	3	76102	76113	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	33085076
110	NC_015401	TCT	4	76473	76484	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33085076
111	NC_015401	CAAA	5	76747	76765	19	75 %	0 %	0 %	25 %	10 %	Non-Coding
112	NC_015401	A	17	77768	77784	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	33085077
113	NC_015401	T	13	78100	78112	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	33085077
114	NC_015401	AT	6	79688	79698	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	33085077
115	NC_015401	A	14	80455	80468	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_015401	T	17	80706	80722	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	33085077
117	NC_015401	TTC	4	85149	85160	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	33085078
118	NC_015401	CAAT	3	85222	85232	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	33085078
119	NC_015401	TTTC	3	86246	86256	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	33085078
120	NC_015401	A	12	86310	86321	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_015401	T	16	86613	86628	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
122	NC_015401	GAT	4	87182	87192	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	33085078
123	NC_015401	GAT	4	88564	88574	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_015401	ATCG	3	91019	91031	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	33085078
125	NC_015401	GAT	4	91594	91605	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33085078
126	NC_015401	TGA	4	93288	93299	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	33085078
127	NC_015401	AATA	3	94153	94165	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	33085078
128	NC_015401	TATG	3	96552	96563	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_015401	TCCGG	3	96782	96796	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
130	NC_015401	TTTCG	3	99341	99354	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
131	NC_015401	TTTGTT	3	99733	99751	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	33085078
132	NC_015401	TTC	4	101127	101138	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
133	NC_015401	ATTTTT	3	101139	101157	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
134	NC_015401	ATTAGT	4	101671	101692	22	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
135	NC_015401	ATCC	3	104738	104749	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
136	NC_015401	TCTA	3	105133	105144	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
137	NC_015401	AAGG	3	105271	105281	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
138	NC_015401	GAGG	3	107992	108003	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_015401	AGGT	3	108205	108216	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
140	NC_015401	TAAG	3	109325	109335	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
141	NC_015401	ATTT	3	110387	110397	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
142	NC_015401	GGAA	3	111405	111415	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	33085078
143	NC_015401	AGA	4	112375	112385	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	33085078
144	NC_015401	TAA	4	113465	113476	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	33085079
145	NC_015401	AAG	4	113690	113701	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33085079
146	NC_015401	TAT	4	113879	113889	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	33085079
147	NC_015401	GAA	4	114451	114462	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	33085079
148	NC_015401	AGA	4	117307	117318	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
149	NC_015401	T	15	117376	117390	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
150	NC_015401	AAAT	3	120569	120580	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
151	NC_015401	AATTG	3	120646	120660	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
152	NC_015401	TCTA	3	122406	122417	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	33085079
153	NC_015401	AATC	3	122841	122852	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	33085079
154	NC_015401	AGAAA	3	123053	123066	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	33085079
155	NC_015401	GT	7	125525	125537	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
156	NC_015401	TTTG	3	126421	126432	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	33085080
157	NC_015401	TTTA	3	126492	126503	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	33085080
158	NC_015401	TTTTGA	3	126546	126563	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	33085080
159	NC_015401	CATT	3	127365	127376	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	33085080
160	NC_015401	TCTTTT	3	128421	128439	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	33085080
161	NC_015401	AAAG	3	128943	128953	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	33085080
162	NC_015401	CTT	4	129399	129411	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	33085080
163	NC_015401	CTTT	3	129837	129847	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	33085080
164	NC_015401	TTCC	3	131065	131075	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	33085080
165	NC_015401	ATAA	4	132081	132095	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
166	NC_015401	CTTA	3	133145	133155	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
167	NC_015401	CCTT	3	137199	137209	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
168	NC_015401	GGAT	3	137731	137742	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
169	NC_015401	ACTAAT	4	140788	140809	22	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	9 %	Non-Coding
170	NC_015401	AAAAAT	3	141323	141341	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
171	NC_015401	GAA	4	141342	141353	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
172	NC_015401	ACCGG	3	145683	145697	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
173	NC_015401	CATAC	3	146641	146654	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	33085080
174	NC_015401	TATT	3	148315	148327	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	33085080
175	NC_015401	TGAT	3	149326	149338	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	33085080
176	NC_015401	ATC	4	150875	150886	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	33085080
177	NC_015401	CGAT	3	151449	151461	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	33085080
178	NC_015401	ATTT	3	152079	152090	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	33085080
179	NC_015401	ATC	4	153906	153916	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
180	NC_015401	ATC	4	155288	155298	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	33085080
181	NC_015401	ACAAAA	3	155850	155867	18	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Olea europaea subsp. europaea plastid