ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Fragaria vesca subsp. vesca chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_015206	CAG	4	997	1008	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	32512684
2	NC_015206	AAGT	3	1103	1113	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	32512684
3	NC_015206	TA	7	1697	1710	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_015206	CATA	3	1950	1960	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
5	NC_015206	AAG	4	2102	2113	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	32512684
6	NC_015206	ATTCAT	3	2879	2896	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	32512684
7	NC_015206	ATTGA	3	3139	3152	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	32512684
8	NC_015206	CTCTT	4	4514	4532	19	0 %	60 %	0 %	40 %	10 %	Non-Coding
9	NC_015206	AAT	4	4806	4817	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_015206	TA	7	4926	4938	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_015206	ATTTT	3	5424	5438	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	32512684
12	NC_015206	ATTC	3	5594	5604	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	32512684
13	NC_015206	AT	7	6084	6096	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	32512684
14	NC_015206	AATA	4	6470	6486	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
15	NC_015206	TA	6	7019	7030	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_015206	T	15	7029	7043	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_015206	AT	8	7044	7058	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_015206	A	13	7074	7086	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_015206	TAT	4	7102	7114	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_015206	AT	19	7109	7143	35	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_015206	ATA	4	7600	7610	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_015206	TTCT	3	7818	7828	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	32512684
23	NC_015206	GATAA	3	7930	7944	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
24	NC_015206	A	26	8023	8048	26	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_015206	TTAT	3	8288	8299	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_015206	A	12	8315	8326	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_015206	A	29	8667	8695	29	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015206	TATT	3	8912	8923	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_015206	AAAT	3	8925	8937	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_015206	TTTG	3	9014	9024	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_015206	TAAAAA	3	9881	9899	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
32	NC_015206	TAT	4	10378	10388	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_015206	TAA	4	10415	10426	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_015206	AT	6	10428	10438	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_015206	TAT	6	10442	10458	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
36	NC_015206	CAAT	3	11750	11760	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	32512685
37	NC_015206	T	14	15759	15772	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_015206	A	13	15779	15791	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_015206	GAATA	3	17378	17391	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	32512685
40	NC_015206	TGT	4	17577	17588	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	32512685
41	NC_015206	T	13	17961	17973	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	32512685
42	NC_015206	TGAG	3	20146	20157	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_015206	TTCA	3	22083	22094	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	32512685
44	NC_015206	GAAT	3	22188	22198	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	32512685
45	NC_015206	CA	6	22643	22653	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	32512685
46	NC_015206	GTT	4	23052	23063	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	32512685
47	NC_015206	ATTC	3	23095	23107	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
48	NC_015206	T	12	25678	25689	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	32512685
49	NC_015206	AGAAA	3	25701	25715	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	32512685
50	NC_015206	TCAT	3	26365	26375	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_015206	TA	6	26887	26898	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_015206	CCAAC	4	27373	27392	20	40 %	0 %	0 %	60 %	5 %	Non-Coding
53	NC_015206	ATTCA	3	27842	27855	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
54	NC_015206	TA	8	27896	27912	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
55	NC_015206	CTTT	3	27921	27931	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
56	NC_015206	TAC	4	29001	29011	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
57	NC_015206	CTTT	3	29245	29255	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
58	NC_015206	TA	6	29443	29453	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_015206	AT	6	29468	29479	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_015206	ATA	4	30936	30946	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_015206	GTAT	3	30949	30959	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_015206	AT	6	31041	31051	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_015206	GGGA	3	31325	31336	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_015206	TCTT	3	31745	31756	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
65	NC_015206	TAA	4	32326	32337	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_015206	TAT	4	32694	32705	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_015206	TGATA	4	32979	32997	19	40 %	40 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
68	NC_015206	AAT	4	33110	33121	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_015206	GAAA	3	35087	35098	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	32512686
70	NC_015206	TTGC	3	35488	35498	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	32512686
71	NC_015206	TGC	4	35981	35992	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	32512686
72	NC_015206	TTCC	3	36143	36153	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
73	NC_015206	AG	6	36298	36308	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_015206	TA	8	36556	36570	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
75	NC_015206	TC	6	36973	36983	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	32512686
76	NC_015206	AT	6	37275	37287	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_015206	TA	6	37285	37295	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_015206	TCT	4	38067	38077	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	32512686
79	NC_015206	ATTG	3	39459	39469	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	32512686
80	NC_015206	AATG	3	41105	41116	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	32512686
81	NC_015206	CAC	4	41190	41201	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	32512686
82	NC_015206	GCA	4	41510	41521	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	32512686
83	NC_015206	TATTTA	3	43185	43201	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
84	NC_015206	TTTA	3	43377	43388	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_015206	TAAAAA	3	45340	45358	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	32512686
86	NC_015206	AT	6	46188	46199	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_015206	TGAT	3	48186	48197	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_015206	T	13	48285	48297	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_015206	TA	6	48474	48486	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_015206	TA	6	48534	48545	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_015206	TATT	3	50193	50204	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_015206	AAAT	3	52222	52234	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_015206	TA	11	52578	52600	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_015206	TTA	4	52795	52806	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_015206	ATTCA	3	52956	52970	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
96	NC_015206	TGA	4	53573	53583	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_015206	ATA	4	55721	55731	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	32512687
98	NC_015206	AAAT	5	55759	55777	19	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
99	NC_015206	TTTACA	3	56145	56163	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
100	NC_015206	TAT	4	56196	56206	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_015206	ATTA	3	58196	58208	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_015206	AATAA	4	60092	60111	20	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
103	NC_015206	TA	17	60398	60430	33	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_015206	AATAA	3	60501	60515	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
105	NC_015206	AT	6	60872	60883	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_015206	AT	6	63076	63086	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	32512687
107	NC_015206	TTTC	3	64065	64075	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
108	NC_015206	T	16	64415	64430	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015206	CTTT	3	66438	66449	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
110	NC_015206	A	13	66534	66546	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_015206	CCTC	3	67198	67208	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
112	NC_015206	AT	6	67583	67593	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_015206	ATT	4	67903	67915	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
114	NC_015206	TATAT	9	67916	67958	43	40 %	60 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_015206	AAATTA	3	68486	68502	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
116	NC_015206	TGTT	3	68701	68712	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_015206	GAA	4	69580	69591	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_015206	TGAA	3	70089	70100	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_015206	TTTC	3	70123	70135	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
120	NC_015206	TAAA	4	70308	70322	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
121	NC_015206	T	15	71026	71040	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	32512688
122	NC_015206	TTAC	3	71546	71558	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	32512688
123	NC_015206	TTTA	3	71682	71693	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	32512688
124	NC_015206	T	12	71726	71737	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	32512688
125	NC_015206	TATT	4	72737	72752	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	32512688
126	NC_015206	TCC	4	73172	73182	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	32512688
127	NC_015206	TGAA	3	73394	73404	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	32512688
128	NC_015206	TAT	4	73459	73471	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	32512688
129	NC_015206	TCT	4	75057	75068	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	32512688
130	NC_015206	TTATTT	3	75217	75235	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	32512688
131	NC_015206	AATT	3	76811	76822	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	32512688
132	NC_015206	AT	8	77728	77742	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	32512688
133	NC_015206	ATTG	3	78987	78999	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	32512688
134	NC_015206	ATGT	3	79291	79302	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	32512688
135	NC_015206	TCT	4	79467	79478	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	32512688
136	NC_015206	TTTC	3	81872	81883	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	32512688
137	NC_015206	TA	6	83088	83098	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	32512688
138	NC_015206	TTTAT	4	83174	83194	21	20 %	80 %	0 %	0 %	9 %	32512688
139	NC_015206	GTTTTT	3	83695	83713	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	32512688
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141	NC_015206	TA	6	84681	84691	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	32512688
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209	NC_015206	A	13	139944	139956	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	32512692
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213	NC_015206	CT	6	143731	143742	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	32512692
214	NC_015206	ACCGG	3	145295	145309	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
215	NC_015206	TCACC	3	145479	145493	15	20 %	20 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
216	NC_015206	CTGA	3	145539	145551	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
217	NC_015206	CATAC	3	146474	146487	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
218	NC_015206	ATCA	3	149005	149017	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	32512692
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220	NC_015206	AAAG	3	150841	150851	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	32512692
221	NC_015206	TATT	3	151897	151908	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	32512692
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223	NC_015206	ATC	4	153719	153729	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
224	NC_015206	ATA	4	154887	154898	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	32512692
225	NC_015206	ATC	4	155107	155117	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	32512692
226	NC_015206	GAA	5	155573	155587	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	32512692

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Fragaria vesca subsp. vesca chloroplast