ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Castanea mollissima chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_014674	GTAT	3	101	111	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_014674	TAAA	4	219	234	16	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014674	AAGT	3	1202	1212	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	31318397
4	NC_014674	AAATAG	3	1627	1644	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014674	A	14	1772	1785	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_014674	CATT	3	2754	2765	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	31318397
7	NC_014674	T	14	4088	4101	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_014674	C	12	4392	4403	12	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014674	ATAA	7	4658	4685	28	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_014674	ATAAA	3	4870	4884	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_014674	A	16	5081	5096	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_014674	TTAAT	3	5447	5461	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	31318397
13	NC_014674	CTCTT	3	5623	5636	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	31318397
14	NC_014674	AAAC	3	6450	6462	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	31318397
15	NC_014674	AT	6	6756	6766	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_014674	AAT	4	6768	6780	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_014674	TCAA	3	7352	7363	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
18	NC_014674	AT	7	7395	7408	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_014674	CCTT	3	7410	7422	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
20	NC_014674	ACT	4	7678	7690	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
21	NC_014674	ATG	4	7702	7713	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_014674	TATTT	3	7811	7825	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_014674	ATTT	3	7940	7950	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_014674	A	14	8031	8044	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_014674	AT	6	8112	8124	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_014674	A	15	8448	8462	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_014674	ATAAG	3	8805	8819	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_014674	ATCT	3	9094	9104	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
29	NC_014674	TTCT	3	9181	9192	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	31318397
30	NC_014674	ATAA	3	9249	9259	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	31318397
31	NC_014674	A	14	9644	9657	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_014674	AT	10	9878	9897	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
33	NC_014674	AAAT	3	9900	9912	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_014674	TGATT	3	10040	10053	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_014674	TTG	4	10077	10088	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_014674	AGAAT	3	10131	10145	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014674	ATT	4	10163	10173	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_014674	A	14	10217	10230	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_014674	TAAA	3	10305	10316	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_014674	TTTA	3	10329	10340	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_014674	TA	6	11339	11349	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_014674	TAATT	3	11510	11524	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_014674	ATA	4	11852	11862	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_014674	A	15	14100	14114	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	31318397
45	NC_014674	TTTA	3	14222	14233	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	31318397
46	NC_014674	TA	6	14889	14900	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_014674	AAAT	3	15559	15570	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_014674	AT	6	17436	17446	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	31318398
49	NC_014674	ATTT	3	17666	17677	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_014674	TAT	6	17678	17696	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
51	NC_014674	AG	6	18448	18458	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_014674	AAATAA	4	18607	18630	24	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_014674	T	12	20721	20732	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	31318398
54	NC_014674	GAAT	3	21125	21135	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	31318398
55	NC_014674	T	12	21249	21260	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	31318398
56	NC_014674	AT	7	22090	22102	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	31318398
57	NC_014674	C	13	24789	24801	13	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	31318398
58	NC_014674	A	15	24802	24816	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	31318398
59	NC_014674	TTCA	3	24860	24871	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	31318398
60	NC_014674	T	13	25261	25273	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	31318398
61	NC_014674	GTT	4	25894	25905	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	31318398
62	NC_014674	CCTA	3	26815	26825	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	31318398
63	NC_014674	T	12	28524	28535	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	31318398
64	NC_014674	GA	6	29669	29679	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_014674	TTA	4	30009	30020	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_014674	TTA	4	30079	30089	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_014674	TTTG	4	30821	30836	16	0 %	75 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_014674	TAATGA	3	31149	31165	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
69	NC_014674	TAT	4	31856	31866	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_014674	AAT	4	32382	32392	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_014674	AAGTAT	3	33063	33079	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
72	NC_014674	AAGA	3	33219	33230	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_014674	ATAA	5	33686	33706	21	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_014674	A	13	34099	34111	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_014674	TTCA	5	35010	35029	20	25 %	50 %	0 %	25 %	5 %	Non-Coding
76	NC_014674	A	12	35088	35099	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014674	CTA	4	35725	35736	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
78	NC_014674	TTA	4	35798	35809	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_014674	ATTT	5	35848	35867	20	25 %	75 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
80	NC_014674	TAA	4	35912	35923	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014674	TAT	5	35957	35970	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_014674	ATT	5	35992	36007	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
83	NC_014674	ATA	6	36008	36026	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
84	NC_014674	TGAA	3	36050	36060	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_014674	ATT	4	36598	36609	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_014674	A	16	36633	36648	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014674	GAAA	3	38768	38779	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	31318398
88	NC_014674	TTGC	3	39169	39179	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	31318398
89	NC_014674	AT	12	39968	39990	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_014674	AG	6	40004	40014	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_014674	TTATT	3	40103	40118	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
92	NC_014674	ATTTT	3	40119	40133	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
93	NC_014674	TA	6	40178	40189	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_014674	TA	7	40235	40248	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_014674	A	12	40278	40289	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_014674	TC	6	40665	40675	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	31318399
97	NC_014674	AT	6	40861	40873	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_014674	AATT	3	40874	40885	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_014674	TAT	4	40929	40941	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_014674	TAT	4	41014	41025	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_014674	TA	6	41087	41097	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_014674	ATG	4	43608	43618	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	31318399
103	NC_014674	AATG	3	45101	45112	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	31318399
104	NC_014674	GCA	4	45506	45517	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	31318399
105	NC_014674	TG	6	45543	45553	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	31318399
106	NC_014674	TACT	3	47066	47076	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
107	NC_014674	ATA	4	47383	47394	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_014674	CTTT	3	48350	48361	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	31318399
109	NC_014674	ATTTT	3	49478	49491	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_014674	CGATT	3	49658	49672	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
111	NC_014674	AT	7	50195	50208	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_014674	ATTT	3	51590	51600	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_014674	A	14	51707	51720	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
114	NC_014674	A	12	52226	52237	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014674	A	14	52308	52321	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_014674	TA	8	52397	52411	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
117	NC_014674	AATA	3	52500	52511	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_014674	TTTA	3	52992	53003	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014674	T	16	53330	53345	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
120	NC_014674	AT	6	53361	53371	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_014674	T	16	54229	54244	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
122	NC_014674	TTTGTA	3	54337	54355	19	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
123	NC_014674	A	15	55113	55127	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014674	GTCT	3	55602	55613	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	31318399
125	NC_014674	TCTTTA	3	55855	55872	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	31318399
126	NC_014674	AT	6	56442	56452	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_014674	TATT	4	56692	56707	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
128	NC_014674	ATCCA	3	59923	59937	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
129	NC_014674	TGCA	3	61474	61486	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	31318400
130	NC_014674	GCT	4	61951	61963	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	31318400
131	NC_014674	TAAA	4	62170	62185	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
132	NC_014674	TTGTT	3	62530	62543	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
133	NC_014674	CAATTA	3	63195	63212	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	31318400
134	NC_014674	ATT	4	64208	64219	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	31318400
135	NC_014674	T	12	64215	64226	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	31318400
136	NC_014674	A	15	64389	64403	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
137	NC_014674	TTCC	3	64408	64418	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
138	NC_014674	TA	6	64470	64481	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_014674	AT	7	64694	64709	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
140	NC_014674	AT	6	64770	64781	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
141	NC_014674	T	15	65069	65083	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_014674	TAT	4	65168	65179	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
143	NC_014674	TAT	5	65321	65334	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
144	NC_014674	TGAAA	3	66044	66059	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
145	NC_014674	T	15	66114	66128	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
146	NC_014674	TTTTG	3	66205	66219	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
147	NC_014674	T	12	66292	66303	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_014674	AT	9	69217	69233	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
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155	NC_014674	AGTA	3	70888	70898	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
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160	NC_014674	TTTAA	4	73270	73288	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
161	NC_014674	T	13	73488	73500	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_014674	TA	7	73845	73857	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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267	NC_014674	ATC	4	155762	155773	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	31318405
268	NC_014674	AAAG	3	155918	155928	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	31318405
269	NC_014674	GTAA	3	156949	156960	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	31318405
270	NC_014674	TATT	3	156980	156991	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	31318405
271	NC_014674	ATC	4	158811	158821	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
272	NC_014674	ATC	4	160202	160212	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	31318405
273	NC_014674	GAA	5	160668	160682	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	31318405
274	NC_014674	A	14	160771	160784	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Castanea mollissima chloroplast