ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Geranium palmatum plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_014573	T	16	167	182	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_014573	T	12	514	525	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_014573	CCTT	3	884	894	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
4	NC_014573	GGAT	3	1431	1442	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_014573	T	16	5363	5378	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
6	NC_014573	A	14	5604	5617	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_014573	ATTT	3	5717	5727	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_014573	CTTT	3	5894	5905	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
9	NC_014573	GAT	4	6619	6629	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_014573	AAGA	3	8528	8538	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_014573	AAAT	3	8572	8583	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_014573	GTTT	3	9334	9345	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_014573	G	16	10030	10045	16	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014573	CT	6	10050	10061	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
15	NC_014573	ATGAA	3	10492	10506	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014573	ATA	4	15994	16004	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	30932213
17	NC_014573	T	13	16149	16161	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	30932213
18	NC_014573	T	12	16952	16963	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	30932213
19	NC_014573	T	18	17910	17927	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	30932213
20	NC_014573	TAG	4	18721	18732	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	30932213
21	NC_014573	ACCC	3	18842	18852	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	30932213
22	NC_014573	ACTT	3	20111	20122	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	30932213
23	NC_014573	AAAG	3	21044	21055	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	30932213
24	NC_014573	TTA	4	21175	21186	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	30932213
25	NC_014573	AT	9	25733	25749	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	30932213
26	NC_014573	GAAT	3	27547	27557	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	30932213
27	NC_014573	GTT	4	28431	28442	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	30932213
28	NC_014573	CATT	3	31799	31810	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	30932213
29	NC_014573	ATTT	3	32827	32837	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	30932213
30	NC_014573	A	15	32954	32968	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	30932213
31	NC_014573	CCAAA	3	32992	33006	15	60 %	0 %	0 %	40 %	6 %	30932213
32	NC_014573	TAT	5	33539	33552	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	30932213
33	NC_014573	GAA	4	33678	33689	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	30932213
34	NC_014573	TAGA	3	34030	34040	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	30932213
35	NC_014573	AT	6	36067	36077	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	30932213
36	NC_014573	ATA	4	36091	36101	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	30932213
37	NC_014573	AAT	4	36130	36141	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	30932213
38	NC_014573	TTTA	3	36158	36168	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	30932213
39	NC_014573	AT	7	36335	36347	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	30932213
40	NC_014573	ATTT	3	36758	36769	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	30932213
41	NC_014573	AAAT	3	37852	37862	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	30932213
42	NC_014573	TTGG	3	39005	39016	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	30932213
43	NC_014573	GAAAA	3	40632	40645	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	30932213
44	NC_014573	T	14	42058	42071	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	30932213
45	NC_014573	GAT	4	42357	42367	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	30932213
46	NC_014573	TAAA	3	42597	42607	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	30932213
47	NC_014573	TA	6	43330	43341	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	30932213
48	NC_014573	A	14	44203	44216	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	30932213
49	NC_014573	AAGA	3	45307	45318	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	30932213
50	NC_014573	CTT	4	47753	47765	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	30932213
51	NC_014573	GTTT	3	47872	47883	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	30932213
52	NC_014573	AT	6	48784	48794	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	30932213
53	NC_014573	TGT	4	49409	49419	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	30932213
54	NC_014573	GAA	5	49556	49569	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	30932213
55	NC_014573	CAA	4	50191	50201	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	30932213
56	NC_014573	GATCTT	3	51662	51679	18	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	30932213
57	NC_014573	GAA	4	51782	51793	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	30932213
58	NC_014573	A	17	52392	52408	17	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	30932213
59	NC_014573	ATTT	3	52544	52554	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	30932213
60	NC_014573	AAG	4	53261	53272	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_014573	AGAAA	3	53396	53409	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_014573	GTT	4	54429	54439	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	30932215
63	NC_014573	TA	7	54786	54798	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_014573	TTTTA	3	55044	55057	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	30932215
65	NC_014573	CT	6	55174	55184	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
66	NC_014573	GAA	4	55199	55210	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_014573	A	13	55214	55226	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_014573	A	12	56242	56253	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014573	GAAA	3	56334	56346	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_014573	GAAA	3	56584	56594	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_014573	TAA	4	58635	58646	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_014573	TGGA	3	58829	58839	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_014573	T	16	61519	61534	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	30932216
74	NC_014573	ATTT	3	62045	62057	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_014573	AT	6	62863	62874	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_014573	TTA	4	63234	63245	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_014573	TAATTA	3	63451	63469	19	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
78	NC_014573	T	12	63866	63877	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	30932216
79	NC_014573	TCT	4	64187	64198	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	30932216
80	NC_014573	TTC	4	64765	64776	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
81	NC_014573	GTCT	3	65072	65082	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
82	NC_014573	CTT	4	65658	65669	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
83	NC_014573	TGT	4	66487	66498	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_014573	CAA	5	68653	68666	14	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
85	NC_014573	ATTGA	3	69321	69334	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_014573	TAT	4	69406	69417	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	30932217
87	NC_014573	ATT	4	71125	71135	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	30932217
88	NC_014573	A	13	71934	71946	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014573	TAT	4	72001	72011	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_014573	AT	6	72036	72047	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_014573	ATA	4	72127	72139	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_014573	CAAA	3	72157	72168	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
93	NC_014573	TATG	3	72246	72258	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_014573	TCT	4	73299	73310	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
95	NC_014573	TTGA	3	73936	73947	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_014573	TATT	4	77166	77181	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
97	NC_014573	TATT	3	77533	77544	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_014573	ATCC	3	80698	80709	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
99	NC_014573	G	14	81322	81335	14	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_014573	TCAT	3	81500	81511	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014573	A	14	81963	81976	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_014573	CTT	4	82620	82630	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	30932217
103	NC_014573	CAAA	3	82632	82643	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	30932217
104	NC_014573	ATC	4	82974	82984	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	30932217
105	NC_014573	TTCAT	3	83874	83888	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
106	NC_014573	TTGG	3	83953	83964	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_014573	T	12	84158	84169	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_014573	AAAG	3	84271	84282	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_014573	AAAT	3	84449	84459	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_014573	CGAAG	3	87476	87490	15	40 %	0 %	40 %	20 %	6 %	Non-Coding
111	NC_014573	A	12	88108	88119	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_014573	TTGG	3	88532	88543	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_014573	T	12	88737	88748	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_014573	GAGG	3	90442	90453	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_014573	TA	7	90624	90636	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
116	NC_014573	AGGT	3	90730	90741	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_014573	TAAG	3	91846	91856	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_014573	TTTC	3	92594	92604	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
119	NC_014573	CTT	4	92989	93000	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
120	NC_014573	TAA	4	94294	94305	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_014573	GAT	4	96733	96743	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_014573	TA	6	97979	97990	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_014573	T	17	98066	98082	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
124	NC_014573	GAAA	3	98327	98337	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
125	NC_014573	GAG	4	99014	99025	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_014573	GGT	4	99159	99170	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_014573	ACA	7	99637	99657	21	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
128	NC_014573	AAAT	3	100916	100927	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	30932217
129	NC_014573	ATC	4	101431	101442	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	30932218
130	NC_014573	T	12	101615	101626	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014573	AGA	4	102342	102352	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
132	NC_014573	TATT	4	103124	103139	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
133	NC_014573	A	14	103853	103866	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
134	NC_014573	TTAAA	3	103890	103904	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
135	NC_014573	ATA	5	103995	104010	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
136	NC_014573	A	12	104557	104568	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014573	AAC	4	105193	105203	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
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182	NC_014573	AGAC	3	139250	139260	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	30932220
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196	NC_014573	TTTA	3	144239	144250	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
197	NC_014573	AGAA	3	148093	148103	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
198	NC_014573	CTTA	3	148842	148852	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
199	NC_014573	TA	7	150062	150074	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
200	NC_014573	CCAA	3	152155	152166	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Geranium palmatum plastid