ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Trametes cingulata mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_013933	T	15	1589	1603	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	29096766
2	NC_013933	AAAT	3	1985	1996	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	29096766
3	NC_013933	ATA	4	2031	2042	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	29096766
4	NC_013933	ATT	4	2171	2182	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	29096766
5	NC_013933	ATA	4	2754	2765	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	29096766
6	NC_013933	TTTATT	3	3186	3203	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	29096766
7	NC_013933	AATT	3	4067	4077	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	29096766
8	NC_013933	TTA	4	4291	4303	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	29096766
9	NC_013933	TAT	4	4710	4721	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	29096766
10	NC_013933	CATA	3	4969	4979	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	29096766
11	NC_013933	TAA	5	6134	6148	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	29096766
12	NC_013933	TTTA	3	6273	6283	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	29096766
13	NC_013933	TGA	4	6458	6469	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	29096766
14	NC_013933	CAG	4	6526	6537	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	29096766
15	NC_013933	TTGT	3	7368	7379	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	29096766
16	NC_013933	A	12	7396	7407	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	29096766
17	NC_013933	ATCT	3	8616	8627	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	29096766
18	NC_013933	TAT	5	8766	8780	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	29096766
19	NC_013933	ACT	5	9440	9454	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	29096766
20	NC_013933	ATA	4	10606	10616	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	29096766
21	NC_013933	A	12	11146	11157	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	29096766
22	NC_013933	TAT	4	12744	12754	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	29096766
23	NC_013933	ATTT	3	12828	12839	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	29096766
24	NC_013933	AT	6	13016	13026	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	29096766
25	NC_013933	CAAAT	3	14287	14301	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	29096766
26	NC_013933	ATTT	3	14493	14504	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	29096766
27	NC_013933	TTA	4	14557	14568	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	29096766
28	NC_013933	T	13	14827	14839	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	29096766
29	NC_013933	ATT	4	14834	14845	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	29096766
30	NC_013933	TAA	4	16258	16269	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	29096766
31	NC_013933	TAA	4	16359	16370	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	29096766
32	NC_013933	TAT	4	16895	16906	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	29096766
33	NC_013933	TTTC	3	17342	17353	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	29096766
34	NC_013933	TTC	4	17800	17811	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	29096766
35	NC_013933	TAAAA	5	19277	19301	25	80 %	20 %	0 %	0 %	8 %	29096766
36	NC_013933	ATTTA	3	19440	19453	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	29096766
37	NC_013933	TTA	4	20081	20092	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	29096766
38	NC_013933	ATT	4	21044	21054	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	29096766
39	NC_013933	ATA	4	21178	21188	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	29096766
40	NC_013933	TAA	4	21206	21217	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	29096766
41	NC_013933	TACA	3	21221	21232	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	29096766
42	NC_013933	AAAT	3	22845	22855	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	29096767
43	NC_013933	CTTT	3	23548	23558	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
44	NC_013933	TATT	3	24407	24418	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_013933	ATA	4	24523	24535	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_013933	ATT	4	24759	24769	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_013933	TAT	5	25382	25396	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	29096767
48	NC_013933	ATTT	3	25463	25474	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	29096767
49	NC_013933	TAT	4	25476	25486	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	29096767
50	NC_013933	TAT	4	26316	26326	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	29096767
51	NC_013933	TAAA	9	27193	27228	36	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
52	NC_013933	AT	6	27613	27623	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_013933	TA	6	27643	27654	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_013933	TTTA	3	28087	28097	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_013933	ATTAA	6	28256	28285	30	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
56	NC_013933	TA	7	28394	28407	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
57	NC_013933	TTAT	3	28955	28966	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013933	ATT	4	28980	28990	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_013933	AAATA	4	29159	29178	20	80 %	20 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
60	NC_013933	TAA	5	29201	29214	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_013933	TTAAGT	3	30557	30574	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	29096766
62	NC_013933	TTC	5	31123	31136	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	29096766
63	NC_013933	TTTA	5	31331	31350	20	25 %	75 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
64	NC_013933	TAATA	6	31419	31449	31	60 %	40 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_013933	AATT	3	31685	31696	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_013933	TATTTT	3	31762	31780	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
67	NC_013933	TAT	4	31911	31922	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_013933	ATATTT	3	31972	31989	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
69	NC_013933	A	15	32120	32134	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
70	NC_013933	TTTA	3	32139	32149	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_013933	AATA	3	32210	32220	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_013933	ATAA	12	32232	32275	44	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_013933	TTA	4	32401	32412	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_013933	TAT	4	32815	32826	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	29096766
75	NC_013933	ATA	4	32918	32928	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_013933	ATATT	3	32961	32976	16	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
77	NC_013933	AAT	4	33024	33034	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_013933	AAAT	3	33059	33070	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_013933	TAATA	4	33092	33110	19	60 %	40 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
80	NC_013933	ATTT	3	34108	34120	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_013933	TAA	7	34482	34502	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_013933	ATTTT	3	34504	34517	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_013933	TTTA	3	34608	34618	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_013933	TAAA	3	34649	34659	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_013933	AT	6	34834	34847	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_013933	ATTTTT	3	35086	35102	17	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
87	NC_013933	A	13	35393	35405	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_013933	TA	6	35620	35630	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_013933	ATT	4	35857	35869	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_013933	AG	7	36241	36253	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_013933	TAAAAA	3	36307	36324	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
92	NC_013933	ATTA	3	36779	36790	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_013933	TTAA	3	37173	37184	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_013933	CTTT	3	37208	37219	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
95	NC_013933	TTA	4	37221	37232	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_013933	AAT	4	37493	37504	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_013933	TA	6	37581	37592	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_013933	CAAAA	3	37691	37705	15	80 %	0 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013933	AT	7	37715	37728	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_013933	TAA	4	38074	38085	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_013933	TAA	4	38191	38201	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_013933	TTTAA	4	38403	38421	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
103	NC_013933	AACT	3	38682	38693	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
104	NC_013933	TAAA	3	38868	38879	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_013933	TAATT	3	39800	39813	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_013933	AATTA	3	40241	40254	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_013933	TAT	5	40313	40326	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
108	NC_013933	A	14	41596	41609	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
109	NC_013933	TA	6	41650	41660	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_013933	ATTT	3	41927	41938	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_013933	TA	6	41975	41985	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	29096766
112	NC_013933	TCTA	3	42120	42130	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	29096766
113	NC_013933	AATT	3	42218	42229	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	29096766
114	NC_013933	AAT	4	42482	42493	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	29096766
115	NC_013933	AATT	3	43826	43837	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	29096766
116	NC_013933	AAAT	3	43843	43854	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	29096766
117	NC_013933	GTA	4	44486	44497	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	29096766
118	NC_013933	AT	6	44649	44662	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	29096766
119	NC_013933	AT	6	44759	44770	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	29096766
120	NC_013933	ATT	4	44895	44905	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	29096766
121	NC_013933	TA	6	44975	44985	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	29096766
122	NC_013933	AAG	4	45605	45616	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	29096766
123	NC_013933	CA	6	45807	45817	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	29096766
124	NC_013933	TA	6	45818	45828	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	29096766
125	NC_013933	AATT	3	46777	46788	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	29096766
126	NC_013933	ATT	4	47260	47271	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_013933	TTTA	3	47402	47412	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_013933	TC	6	47754	47764	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	29096767
129	NC_013933	ATA	4	48050	48061	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	29096767
130	NC_013933	AT	6	48110	48120	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	29096767
131	NC_013933	CAAA	3	48643	48654	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	29096767
132	NC_013933	TTTA	3	49161	49172	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	29096767
133	NC_013933	ATTT	3	49229	49239	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	29096767
134	NC_013933	ATT	4	49408	49418	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	29096767
135	NC_013933	T	12	49550	49561	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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271	NC_013933	ATA	4	90267	90279	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
272	NC_013933	TTAAAG	3	90677	90694	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
273	NC_013933	TTAT	4	91031	91046	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
274	NC_013933	ATAAA	4	91047	91065	19	80 %	20 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Trametes cingulata mitochondrion