ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Vigna radiata chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_013843	AT	6	247	257	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	289066805
2	NC_013843	ATTT	3	774	785	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_013843	TAAA	3	803	814	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_013843	AAAG	3	976	986	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	289066806
5	NC_013843	AATA	3	991	1002	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	289066806
6	NC_013843	AAAAG	3	1031	1044	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	289066806
7	NC_013843	TA	6	1198	1208	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	289066806
8	NC_013843	GAAA	3	1272	1282	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	289066806
9	NC_013843	TTG	4	2497	2508	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	289066807
10	NC_013843	ATG	4	2620	2631	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	289066807
11	NC_013843	AAAT	3	2790	2801	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_013843	ATT	4	2839	2849	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_013843	AAGT	3	3970	3980	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	289066808
14	NC_013843	ATAA	3	5601	5612	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	289066809
15	NC_013843	TTTA	3	6707	6718	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_013843	AAAG	3	6934	6946	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_013843	AATAA	3	7303	7317	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_013843	TA	6	7400	7410	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_013843	GAAA	3	8042	8053	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_013843	TAA	5	8060	8074	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_013843	ATA	5	9918	9932	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_013843	A	13	12540	12552	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_013843	ATA	7	13383	13403	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_013843	ATA	4	13491	13501	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_013843	CAAA	3	14037	14048	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	289066814
26	NC_013843	AAATAC	3	14702	14720	19	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
27	NC_013843	TA	17	15591	15625	35	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_013843	TAAA	3	15698	15709	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_013843	ATCTAT	3	16024	16041	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
30	NC_013843	TAA	4	16479	16489	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_013843	TAT	4	16902	16912	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_013843	T	15	17129	17143	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013843	AT	7	17294	17307	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_013843	AT	6	17378	17388	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_013843	AAAT	3	17775	17785	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_013843	AAT	4	18536	18548	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	289066816
37	NC_013843	AT	6	20310	20321	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	289066817
38	NC_013843	AAAG	3	20597	20608	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	289066817
39	NC_013843	TA	7	20699	20711	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	289066817
40	NC_013843	TTTC	3	20872	20883	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	289066817
41	NC_013843	TTTC	3	21160	21171	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
42	NC_013843	TCTT	3	23884	23895	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	289066818
43	NC_013843	TA	6	26377	26388	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_013843	AGA	4	26512	26522	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	289066820
45	NC_013843	TCTA	3	27369	27380	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
46	NC_013843	TATAAG	3	27667	27685	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
47	NC_013843	AT	6	28372	28382	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_013843	CT	6	28472	28482	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
49	NC_013843	TAAA	3	28637	28648	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013843	AAGC	3	29234	29244	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	289066822
51	NC_013843	TA	6	31209	31220	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_013843	TTTC	3	31595	31605	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
53	NC_013843	TTCTT	3	32942	32955	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
54	NC_013843	TTTCT	3	33430	33443	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
55	NC_013843	TTCA	3	33551	33562	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
56	NC_013843	TAA	4	33581	33592	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_013843	AAAGG	3	33959	33972	14	60 %	0 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_013843	T	12	34001	34012	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013843	AT	14	34555	34582	28	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_013843	TCT	4	34663	34674	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
61	NC_013843	TAGAA	3	34783	34797	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
62	NC_013843	T	19	35231	35249	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
63	NC_013843	AT	6	37362	37372	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	289066826
64	NC_013843	A	12	37760	37771	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	289066826
65	NC_013843	AAC	4	40381	40392	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	289066827
66	NC_013843	AATT	3	41284	41295	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	289066827
67	NC_013843	GAA	4	41911	41923	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	289066827
68	NC_013843	ACAA	3	43131	43142	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	289066827
69	NC_013843	ATTC	3	45177	45187	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	289066828
70	NC_013843	A	13	45592	45604	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	289066828
71	NC_013843	ATTTTT	3	46445	46462	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	289066828
72	NC_013843	ATCT	3	46575	46587	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	289066828
73	NC_013843	GAAA	3	47816	47828	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_013843	AAT	4	48753	48764	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_013843	TACT	3	48919	48929	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	289066830
76	NC_013843	GTT	5	49404	49418	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	289066830
77	NC_013843	ATAGAT	4	49634	49657	24	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_013843	ATTCA	3	49795	49810	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
79	NC_013843	CTTT	3	50971	50983	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
80	NC_013843	AATT	3	52253	52265	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	289066832
81	NC_013843	AAAT	3	52466	52477	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	289066832
82	NC_013843	TGT	4	52768	52779	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	289066833
83	NC_013843	A	12	54207	54218	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_013843	AAATA	3	54584	54598	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
85	NC_013843	TTGATT	3	54662	54680	19	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
86	NC_013843	AAAT	3	55397	55408	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_013843	TA	7	55517	55529	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_013843	T	16	55659	55674	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013843	AT	6	55797	55809	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_013843	ATT	4	56411	56421	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_013843	CTTAT	3	56615	56629	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
92	NC_013843	AAAG	3	56744	56754	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	289066835
93	NC_013843	TAA	4	56910	56920	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_013843	CTAT	3	57189	57200	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013843	A	12	57485	57496	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013843	AGAA	3	58027	58037	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_013843	TTAT	3	58739	58751	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_013843	ATTT	3	58838	58849	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_013843	TAT	4	60040	60050	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	289066836
100	NC_013843	AAAT	3	60367	60377	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	289066836
101	NC_013843	TAAAA	4	60401	60421	21	80 %	20 %	0 %	0 %	4 %	289066836
102	NC_013843	AT	6	60451	60461	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_013843	CAAA	3	60702	60713	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	289066837
104	NC_013843	ATT	4	60875	60886	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_013843	AAAG	3	61216	61226	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	289066838
106	NC_013843	AT	8	63922	63937	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_013843	AG	6	64365	64375	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	289066841
108	NC_013843	AT	8	64600	64614	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
109	NC_013843	TGAAA	3	65707	65721	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
110	NC_013843	TGAT	3	65955	65966	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_013843	GAAAGA	3	67267	67285	19	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
112	NC_013843	A	13	67854	67866	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
113	NC_013843	TTA	4	67875	67886	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_013843	AAAAAT	3	68227	68245	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	289066848
115	NC_013843	TCAA	3	69137	69148	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
116	NC_013843	ATT	4	69438	69449	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_013843	TA	6	69514	69524	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_013843	TA	6	69774	69784	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	289066850
119	NC_013843	CTG	4	70028	70039	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	289066850
120	NC_013843	T	13	70663	70675	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	289066850
121	NC_013843	A	17	70727	70743	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	289066850
122	NC_013843	TA	7	70907	70919	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	289066850
123	NC_013843	ATA	4	71180	71191	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	289066850
124	NC_013843	AGAA	3	72155	72165	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	289066850
125	NC_013843	ATTT	3	72226	72237	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	289066850
126	NC_013843	TCTTT	3	74063	74076	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	289066850
127	NC_013843	TAAA	3	74533	74544	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	289066850
128	NC_013843	AAT	4	75391	75402	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	289066850
129	NC_013843	AAAT	3	75441	75452	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	289066850
130	NC_013843	ATTT	3	76426	76436	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	289066850
131	NC_013843	ATAAA	3	76474	76488	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	289066850
132	NC_013843	T	12	76537	76548	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	289066850
133	NC_013843	CCAA	3	76692	76702	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	289066850
134	NC_013843	TTTA	3	77154	77164	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	289066850
135	NC_013843	TGGA	3	77285	77295	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	289066850
136	NC_013843	TCT	4	78327	78337	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	289066850
137	NC_013843	TATTTT	3	79079	79097	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	289066850
138	NC_013843	TTAA	3	79974	79985	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	289066850
139	NC_013843	TAT	7	81354	81375	22	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	289066850
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141	NC_013843	CTT	4	81875	81886	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	289066850
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149	NC_013843	TGAT	3	88724	88736	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	289066850
150	NC_013843	TTGA	3	90469	90481	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	289066850
151	NC_013843	ACTT	3	90767	90777	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	289066850
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162	NC_013843	TCTA	3	106773	106785	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	289066880
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167	NC_013843	AT	8	109899	109913	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	289066880
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174	NC_013843	AAAT	4	111717	111732	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	289066880
175	NC_013843	TATT	4	111766	111780	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	289066880
176	NC_013843	AATA	3	111989	112000	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	289066880
177	NC_013843	AT	7	113728	113743	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	289066880
178	NC_013843	ATGA	3	113754	113765	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	289066880
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192	NC_013843	AATA	3	122416	122427	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	289066880
193	NC_013843	TTCTT	3	122714	122727	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	289066880
194	NC_013843	ATTT	3	124146	124157	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	289066880
195	NC_013843	TCTT	3	124456	124466	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	289066880
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201	NC_013843	GCCC	3	134014	134025	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	289066880
202	NC_013843	TTA	4	134062	134072	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	289066880
203	NC_013843	TAA	4	134778	134789	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	289066880
204	NC_013843	A	15	140886	140900	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
205	NC_013843	TCAA	3	141689	141701	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	289066883
206	NC_013843	ACC	4	143665	143675	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	289066883
207	NC_013843	AAAG	3	145297	145307	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	289066883
208	NC_013843	ATC	4	148450	148460	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
209	NC_013843	ATC	4	149817	149827	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	289066885
210	NC_013843	GAA	5	150283	150297	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	289066885
211	NC_013843	AATTC	3	150776	150789	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
212	NC_013843	AAT	8	150794	150817	24	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
213	NC_013843	TCAAT	3	150836	150849	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Vigna radiata chloroplast