ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Trichostrongylus vitrinus mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_013807	TA	6	3	13	11	50 %	50 %	0 %	9 %	288900693
2	NC_013807	TTA	4	601	612	12	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	288900693
3	NC_013807	TTTA	4	1051	1066	16	25 %	75 %	0 %	6 %	288900693
4	NC_013807	ATAA	3	1238	1249	12	75 %	25 %	0 %	8 %	288900693
5	NC_013807	TAGA	3	1905	1916	12	50 %	25 %	25 %	8 %	288900694
6	NC_013807	ATAAAA	3	2655	2673	19	83.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
7	NC_013807	AATT	3	2711	2722	12	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_013807	TAA	4	2781	2792	12	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_013807	TTAA	3	2877	2887	11	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_013807	TAA	5	2890	2904	15	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_013807	ATA	4	2943	2956	14	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_013807	ATTT	5	3123	3145	23	25 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_013807	TTAA	3	3395	3405	11	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_013807	ATG	4	3861	3871	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	288900695
15	NC_013807	ATT	5	4142	4155	14	33.33 %	66.67 %	0 %	7 %	288900696
16	NC_013807	TAT	4	4262	4272	11	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	288900696
17	NC_013807	TTA	4	5230	5242	13	33.33 %	66.67 %	0 %	7 %	288900696
18	NC_013807	TAT	4	5734	5747	14	33.33 %	66.67 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_013807	AT	11	5746	5766	21	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_013807	TATAT	3	5816	5830	15	40 %	60 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_013807	TTA	4	6215	6225	11	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	288900697
22	NC_013807	ATT	4	6227	6238	12	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	288900697
23	NC_013807	ATT	4	6526	6537	12	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	288900698
24	NC_013807	TTTTAT	3	6556	6573	18	16.67 %	83.33 %	0 %	5 %	288900698
25	NC_013807	GTA	4	6681	6691	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	288900698
26	NC_013807	TAA	4	6818	6828	11	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_013807	ATA	4	7340	7350	11	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_013807	AT	6	7371	7382	12	50 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_013807	AAAT	3	7718	7729	12	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_013807	TAA	4	7801	7812	12	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	288900699
31	NC_013807	ATT	4	8081	8092	12	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	288900699
32	NC_013807	TTTA	3	8474	8484	11	25 %	75 %	0 %	9 %	288900699
33	NC_013807	AAT	4	8492	8503	12	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	288900699
34	NC_013807	ATA	4	8565	8577	13	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	288900699
35	NC_013807	TTTA	3	8656	8666	11	25 %	75 %	0 %	9 %	288900700
36	NC_013807	GTTAA	3	9268	9282	15	40 %	40 %	20 %	6 %	Non-Coding
37	NC_013807	AATT	3	9651	9661	11	50 %	50 %	0 %	9 %	288900701
38	NC_013807	ATT	4	9806	9819	14	33.33 %	66.67 %	0 %	7 %	288900701
39	NC_013807	TAA	4	9855	9865	11	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	288900701
40	NC_013807	TTTA	3	9963	9973	11	25 %	75 %	0 %	9 %	288900701
41	NC_013807	TAT	4	10137	10150	14	33.33 %	66.67 %	0 %	7 %	288900701
42	NC_013807	AAAT	3	10223	10235	13	75 %	25 %	0 %	7 %	288900701
43	NC_013807	TATT	3	10784	10794	11	25 %	75 %	0 %	9 %	288900702
44	NC_013807	TA	6	10823	10833	11	50 %	50 %	0 %	9 %	288900702
45	NC_013807	GTTTT	3	11046	11060	15	0 %	80 %	20 %	6 %	288900702
46	NC_013807	ATT	4	11223	11234	12	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	288900702
47	NC_013807	TATT	3	11332	11342	11	25 %	75 %	0 %	9 %	288900702
48	NC_013807	ATTAA	3	11454	11467	14	60 %	40 %	0 %	7 %	288900702
49	NC_013807	ATTT	4	11571	11586	16	25 %	75 %	0 %	6 %	288900702
50	NC_013807	ATTTT	3	11940	11953	14	20 %	80 %	0 %	7 %	288900703
51	NC_013807	ATTT	3	12270	12280	11	25 %	75 %	0 %	9 %	288900703
52	NC_013807	TTG	4	12415	12426	12	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	288900703
53	NC_013807	TATTTG	3	12433	12450	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	5 %	288900703
54	NC_013807	TTTA	3	12926	12937	12	25 %	75 %	0 %	8 %	288900704
55	NC_013807	TAT	4	13294	13305	12	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	288900704
56	NC_013807	ATA	5	13311	13325	15	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	288900704
57	NC_013807	TAA	5	13342	13356	15	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	288900704

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

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