ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Bambusa oldhamii chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_012927	CAG	5	684	698	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	253729538
2	NC_012927	AAGT	3	790	800	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	253729538
3	NC_012927	TTC	4	1797	1808	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
4	NC_012927	TCTTT	3	2586	2600	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
5	NC_012927	AGAA	3	3235	3246	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_012927	TTTA	3	4478	4489	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_012927	CTT	4	4513	4524	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	253729539
8	NC_012927	TCTCT	3	4662	4675	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	253729539
9	NC_012927	TTCT	3	5138	5148	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	253729539
10	NC_012927	AATTT	3	5971	5984	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_012927	TAA	4	6386	6396	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_012927	TTGAC	3	6497	6511	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
13	NC_012927	GTTT	3	6769	6780	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_012927	GAAA	3	10446	10457	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	253729543
15	NC_012927	TTG	4	10851	10861	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	253729543
16	NC_012927	AG	6	11567	11577	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_012927	TA	6	11762	11772	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_012927	CGTAG	3	12455	12468	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
19	NC_012927	AATCT	3	13380	13393	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
20	NC_012927	CCTT	3	14260	14271	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
21	NC_012927	AAGA	3	14412	14423	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_012927	TAGG	3	14805	14816	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_012927	AAAG	3	15255	15265	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_012927	TAC	4	15522	15532	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
25	NC_012927	TAT	4	15568	15578	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_012927	ATTT	3	15921	15931	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_012927	CTTT	3	15938	15949	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
28	NC_012927	ATAC	3	17223	17235	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
29	NC_012927	TAA	4	17577	17587	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_012927	ATAC	4	17732	17747	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
31	NC_012927	TAT	4	18336	18346	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_012927	TTTC	3	18398	18408	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
33	NC_012927	AAAT	3	18438	18449	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_012927	AAAG	3	18517	18528	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_012927	AAAG	3	18821	18832	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012927	ATCA	3	19060	19070	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
37	NC_012927	ATGA	3	19422	19433	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_012927	ATA	4	20387	20397	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_012927	CTA	4	20728	20739	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
40	NC_012927	ATT	4	20830	20840	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_012927	AGA	4	21823	21834	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	253729547
42	NC_012927	AAAAG	3	22592	22605	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	253729547
43	NC_012927	AAC	4	24476	24487	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	253729548
44	NC_012927	AAT	5	26164	26178	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	253729548
45	NC_012927	AGAA	3	26392	26403	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	253729548
46	NC_012927	TTCA	3	29132	29142	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	253729549
47	NC_012927	AGAAAG	3	29359	29375	17	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	253729549
48	NC_012927	GAA	4	29657	29668	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	253729549
49	NC_012927	ATTTTA	3	31336	31354	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
50	NC_012927	TTAA	3	31373	31384	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_012927	ATT	4	31443	31455	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_012927	GAAAA	3	31521	31535	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
53	NC_012927	AGA	4	31927	31937	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	253729550
54	NC_012927	AT	6	32386	32396	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_012927	GTT	5	33120	33134	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	253729551
56	NC_012927	AT	6	33590	33600	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_012927	TGC	4	34094	34105	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	253729552
58	NC_012927	CTTT	3	34358	34368	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
59	NC_012927	A	17	35380	35396	17	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	253729553
60	NC_012927	AAAG	3	35661	35672	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	253729553
61	NC_012927	TAG	5	37811	37825	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
62	NC_012927	TTTC	3	38007	38017	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
63	NC_012927	CAAA	3	38809	38820	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
64	NC_012927	TG	6	42146	42156	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	253729557
65	NC_012927	AAG	4	44235	44246	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	253729558
66	NC_012927	ATCA	3	44278	44288	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	253729558
67	NC_012927	AGT	4	44637	44647	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	253729558
68	NC_012927	TCCT	3	44686	44697	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	253729558
69	NC_012927	TTTC	3	44790	44800	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	253729558
70	NC_012927	A	13	45763	45775	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	253729558
71	NC_012927	TTCA	3	45942	45953	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
72	NC_012927	GAA	4	46268	46279	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_012927	TA	6	47637	47647	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_012927	ATCTTA	3	47908	47926	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
75	NC_012927	T	13	48277	48289	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_012927	TTGA	3	48680	48692	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_012927	CTT	4	49831	49842	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
78	NC_012927	TATT	3	49960	49971	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012927	CAGA	3	50454	50464	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	253729560
80	NC_012927	T	17	51562	51578	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	253729561
81	NC_012927	TAGG	4	53828	53843	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
82	NC_012927	AATT	3	55972	55983	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_012927	AATA	4	58302	58318	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
84	NC_012927	TATT	4	58328	58344	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
85	NC_012927	TTGAA	3	60362	60376	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
86	NC_012927	T	13	60565	60577	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_012927	ATTC	3	61588	61598	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
88	NC_012927	TTC	4	62573	62584	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	253729569
89	NC_012927	TCT	4	63005	63015	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
90	NC_012927	GAAA	3	64985	64996	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012927	TTTC	3	65377	65387	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
92	NC_012927	TTA	4	65411	65422	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_012927	TAAA	3	65617	65628	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_012927	TTGAA	3	65738	65752	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	253729574
95	NC_012927	AAAG	3	66340	66350	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_012927	TTC	5	67318	67332	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
97	NC_012927	AAAT	3	67593	67604	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	253729577
98	NC_012927	AT	7	67731	67743	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_012927	AGAA	3	70612	70623	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	253729537
100	NC_012927	T	13	70640	70652	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	253729537
101	NC_012927	AAAG	3	70749	70759	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	253729537
102	NC_012927	TTTA	3	73961	73972	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	253729537
103	NC_012927	A	15	74009	74023	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	253729537
104	NC_012927	CAT	4	74116	74127	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	253729537
105	NC_012927	AT	6	75000	75010	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	253729537
106	NC_012927	TCTT	5	75811	75829	19	0 %	75 %	0 %	25 %	10 %	253729537
107	NC_012927	T	13	76540	76552	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	253729537
108	NC_012927	TAT	4	77623	77633	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	253729537
109	NC_012927	ATT	4	78202	78212	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	253729537
110	NC_012927	A	16	78486	78501	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	253729537
111	NC_012927	T	12	78810	78821	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	253729537
112	NC_012927	T	12	78828	78839	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	253729537
113	NC_012927	T	17	79419	79435	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	253729537
114	NC_012927	TCT	4	81548	81559	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	253729537
115	NC_012927	TTC	4	82809	82823	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	253729537
116	NC_012927	TTTG	4	82886	82901	16	0 %	75 %	25 %	0 %	6 %	253729537
117	NC_012927	AGAAT	3	83289	83302	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	253729537
118	NC_012927	AATG	3	83303	83313	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	253729537
119	NC_012927	TTC	4	83918	83928	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	253729537
120	NC_012927	TA	6	87201	87212	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	253729537
121	NC_012927	TCAAAA	4	88245	88268	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	253729537
122	NC_012927	ATA	4	90569	90579	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	253729537
123	NC_012927	TTTGTT	3	91488	91506	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	253729537
124	NC_012927	TTCT	3	91627	91637	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	253729537
125	NC_012927	TAC	4	92385	92396	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	253729537
126	NC_012927	CTTT	3	93723	93733	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
127	NC_012927	AAAC	3	96511	96523	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
128	NC_012927	ATCC	3	96645	96656	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
129	NC_012927	CTAT	3	97033	97044	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
130	NC_012927	ACGG	3	99904	99915	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
131	NC_012927	AGGT	3	100188	100199	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_012927	AACG	3	101513	101524	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012927	AAAG	4	102849	102864	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
134	NC_012927	GAAT	3	104457	104467	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
135	NC_012927	AAGG	3	104469	104480	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_012927	AAAG	3	104793	104803	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	253729601
137	NC_012927	AAG	4	106159	106170	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	253729601
138	NC_012927	A	18	107107	107124	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
139	NC_012927	AT	7	107627	107640	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
140	NC_012927	ATA	4	108313	108323	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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142	NC_012927	TTTG	3	112491	112502	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
143	NC_012927	TTA	4	114447	114458	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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148	NC_012927	TCGT	3	120715	120726	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_012927	CTTA	3	120922	120932	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
150	NC_012927	CCGT	3	122325	122336	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	Non-Coding
151	NC_012927	AGGA	3	125360	125371	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
152	NC_012927	GGAT	3	125584	125595	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
153	NC_012927	ATAAGC	3	126186	126203	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
154	NC_012927	AAAG	3	128507	128517	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
155	NC_012927	GTA	4	129844	129855	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
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157	NC_012927	GAAAA	3	131162	131177	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
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160	NC_012927	CATT	3	138927	138937	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
161	NC_012927	ATTCT	3	138938	138951	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Bambusa oldhamii chloroplast