ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pinus gerardiana chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_011154	GATG	3	1463	1475	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_011154	N	21	1507	1527	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011154	ATC	4	1997	2007	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	237688577
4	NC_011154	AGA	4	2209	2220	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	237688577
5	NC_011154	ATGA	3	4215	4226	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_011154	N	74	5039	5112	74	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688578
7	NC_011154	ATC	4	5242	5252	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	237688578
8	NC_011154	CTA	4	6128	6138	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	237688578
9	NC_011154	AGAAAA	3	6434	6451	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
10	NC_011154	GAAA	3	6474	6484	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_011154	TTCGA	3	6885	6898	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
12	NC_011154	GATAC	3	7359	7372	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
13	NC_011154	TCT	4	7467	7477	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
14	NC_011154	N	20	7688	7707	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688580
15	NC_011154	GA	6	7823	7834	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_011154	N	56	8697	8752	56	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011154	AAGAG	4	9235	9254	20	60 %	0 %	40 %	0 %	10 %	Non-Coding
18	NC_011154	N	39	9485	9523	39	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011154	N	20	11037	11056	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688581
20	NC_011154	GTT	4	12159	12170	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	237688582
21	NC_011154	AATT	3	12227	12238	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	237688582
22	NC_011154	ATTT	3	12716	12728	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	237688582
23	NC_011154	AAGGA	3	12783	12797	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	237688582
24	NC_011154	TTCCC	4	12973	12993	21	0 %	40 %	0 %	60 %	9 %	Non-Coding
25	NC_011154	T	12	13132	13143	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011154	CAG	4	13367	13378	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	237688583
27	NC_011154	N	20	14654	14673	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688584
28	NC_011154	ATTT	3	17256	17268	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	237688586
29	NC_011154	N	20	18251	18270	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688586
30	NC_011154	TA	6	18851	18862	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	237688586
31	NC_011154	CAT	4	20076	20086	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	237688587
32	NC_011154	N	24	21696	21719	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688587
33	NC_011154	TGCTT	3	21724	21737	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	237688587
34	NC_011154	GTT	4	22507	22518	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	237688587
35	NC_011154	N	49	24644	24692	49	0 %	0 %	0 %	0 %	2 %	237688588
36	NC_011154	TA	6	25343	25353	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	237688588
37	NC_011154	ATGA	3	25991	26002	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_011154	ATCC	3	26233	26243	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
39	NC_011154	TTA	4	26831	26842	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_011154	TTAA	3	28452	28463	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_011154	N	20	28507	28526	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011154	A	30	29333	29362	30	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_011154	AAAGG	4	30301	30320	20	60 %	0 %	40 %	0 %	10 %	Non-Coding
44	NC_011154	N	21	31406	31426	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
45	NC_011154	N	15	31436	31450	15	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
46	NC_011154	AATTC	3	31683	31697	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	237688592
47	NC_011154	GTT	4	31888	31898	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	237688592
48	NC_011154	GTA	4	32182	32193	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	237688592
49	NC_011154	N	51	35275	35325	51	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
50	NC_011154	T	13	36461	36473	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	237688592
51	NC_011154	AAGG	3	36770	36781	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	237688592
52	NC_011154	TAA	4	37087	37098	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	237688592
53	NC_011154	CTA	4	38037	38048	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	237688592
54	NC_011154	N	22	38895	38916	22	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
55	NC_011154	A	14	39019	39032	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	237688592
56	NC_011154	A	12	39041	39052	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
57	NC_011154	TCT	4	39162	39173	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	237688592
58	NC_011154	CT	6	39341	39352	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	237688592
59	NC_011154	GAAA	3	40501	40511	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	237688592
60	NC_011154	N	23	40749	40771	23	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
61	NC_011154	N	24	41038	41061	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
62	NC_011154	TATT	4	41075	41090	16	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	237688592
63	NC_011154	AAT	4	41281	41291	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	237688592
64	NC_011154	AT	6	42498	42509	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	237688592
65	NC_011154	GATA	3	42527	42538	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	237688592
66	NC_011154	N	42	42589	42630	42	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
67	NC_011154	N	27	42638	42664	27	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
68	NC_011154	T	26	44679	44704	26	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	237688592
69	NC_011154	GGA	4	45361	45372	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	237688592
70	NC_011154	N	46	46481	46526	46	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
71	NC_011154	TA	6	47685	47696	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	237688592
72	NC_011154	ATA	4	48845	48855	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	237688592
73	NC_011154	GAAA	3	49305	49315	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	237688592
74	NC_011154	N	96	49483	49578	96	0 %	0 %	0 %	0 %	6 %	237688592
75	NC_011154	N	23	49651	49673	23	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
76	NC_011154	N	84	49730	49813	84	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
77	NC_011154	N	135	49874	50008	135	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
78	NC_011154	N	29	50056	50084	29	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
79	NC_011154	N	13	50128	50140	13	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
80	NC_011154	N	14	50275	50288	14	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
81	NC_011154	GAAG	3	50387	50398	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	237688592
82	NC_011154	N	19	50568	50586	19	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
83	NC_011154	N	60	50961	51020	60	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
84	NC_011154	N	17	51057	51073	17	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
85	NC_011154	TC	6	51273	51284	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	237688592
86	NC_011154	TTTC	3	51490	51500	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	237688592
87	NC_011154	T	14	51659	51672	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	237688592
88	NC_011154	GATCC	3	52051	52064	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	237688592
89	NC_011154	ATTC	3	52336	52347	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	237688592
90	NC_011154	N	21	53253	53273	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
91	NC_011154	A	17	54180	54196	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	237688592
92	NC_011154	ATTT	3	54979	54990	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	237688592
93	NC_011154	N	20	56827	56846	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
94	NC_011154	T	12	57167	57178	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	237688592
95	NC_011154	AATTC	3	58436	58449	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	237688592
96	NC_011154	TA	6	59145	59155	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	237688592
97	NC_011154	TCGT	3	60765	60775	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	237688592
98	NC_011154	N	24	60876	60899	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
99	NC_011154	AGTT	3	61031	61041	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	237688592
100	NC_011154	ATA	4	61929	61940	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	237688592
101	NC_011154	CT	6	62108	62118	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	237688592
102	NC_011154	CTT	4	63161	63171	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	237688592
103	NC_011154	T	16	63268	63283	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	237688592
104	NC_011154	TC	7	64027	64039	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	237688592
105	NC_011154	T	15	64065	64079	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	237688592
106	NC_011154	AATT	3	64386	64396	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	237688592
107	NC_011154	N	20	64616	64635	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
108	NC_011154	TATT	3	65133	65143	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	237688592
109	NC_011154	TAT	4	65167	65177	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	237688592
110	NC_011154	AT	6	65206	65216	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	237688592
111	NC_011154	GAAA	3	66615	66625	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	237688592
112	NC_011154	TTC	4	67441	67451	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	237688592
113	NC_011154	N	22	67551	67572	22	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
114	NC_011154	T	12	68848	68859	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	237688592
115	NC_011154	T	14	71336	71349	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	237688592
116	NC_011154	N	24	71417	71440	24	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
117	NC_011154	AT	7	72843	72856	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	237688592
118	NC_011154	AT	8	72873	72888	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	237688592
119	NC_011154	CAT	4	74039	74049	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	237688592
120	NC_011154	GGA	4	74894	74904	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	237688592
121	NC_011154	N	23	74908	74930	23	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
122	NC_011154	AATT	3	76417	76427	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	237688592
123	NC_011154	TTC	4	77648	77659	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	237688592
124	NC_011154	AGA	4	77827	77837	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	237688592
125	NC_011154	N	20	78434	78453	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
126	NC_011154	N	12	78503	78514	12	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
127	NC_011154	GATTTG	3	78588	78604	17	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	5 %	237688592
128	NC_011154	CATT	3	78621	78632	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	237688592
129	NC_011154	GGGAG	3	78708	78722	15	20 %	0 %	80 %	0 %	6 %	237688592
130	NC_011154	T	16	79112	79127	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	237688592
131	NC_011154	GAT	4	79136	79147	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	237688592
132	NC_011154	CT	6	79320	79330	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	237688592
133	NC_011154	CTG	4	79578	79589	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	237688592
134	NC_011154	GAA	4	79624	79635	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	237688592
135	NC_011154	TTTC	3	80474	80485	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	237688592
136	NC_011154	N	40	81917	81956	40	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
137	NC_011154	GATC	3	82130	82141	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	237688592
138	NC_011154	A	14	85295	85308	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	237688592
139	NC_011154	N	25	85462	85486	25	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
140	NC_011154	ATCC	3	85778	85789	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	237688592
141	NC_011154	N	21	88960	88980	21	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
142	NC_011154	GAGG	3	89044	89055	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	237688592
143	NC_011154	AGGT	3	89251	89262	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	237688592
144	NC_011154	AACC	3	90884	90896	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	237688592
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151	NC_011154	N	40	95501	95540	40	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
152	NC_011154	N	378	95589	95966	378	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
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158	NC_011154	N	20	99038	99057	20	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
159	NC_011154	GAAA	3	100235	100245	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	237688592
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174	NC_011154	GAT	4	105431	105441	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	237688592
175	NC_011154	TAA	4	105749	105760	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	237688592
176	NC_011154	A	15	107059	107073	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688592
177	NC_011154	GTA	4	107278	107289	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	237688592
178	NC_011154	N	27	108112	108138	27	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688641
179	NC_011154	N	16	108197	108212	16	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688641
180	NC_011154	AT	10	109830	109849	20	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_011154	ATCCAT	4	111477	111500	24	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	237688642
182	NC_011154	N	33	111781	111813	33	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688642
183	NC_011154	TCAAAA	3	113480	113497	18	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	237688642
184	NC_011154	N	28	115112	115139	28	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	237688642
185	NC_011154	TAC	4	116592	116602	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	237688642
186	NC_011154	CCCT	3	116826	116837	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pinus gerardiana chloroplast