ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Acorus americanus chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_010093	CAG	4	729	740	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	161622290
2	NC_010093	AAGT	3	835	845	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	161622290
3	NC_010093	GAAA	3	2599	2609	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	161622291
4	NC_010093	A	16	4192	4207	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
5	NC_010093	A	14	4373	4386	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_010093	CCTT	3	5040	5050	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	161622292
7	NC_010093	A	13	5052	5064	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	161622292
8	NC_010093	TTTA	3	5314	5325	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	161622292
9	NC_010093	T	16	5401	5416	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	161622292
10	NC_010093	A	12	5938	5949	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010093	GAAA	3	5951	5961	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_010093	TATT	4	6123	6138	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_010093	AGAA	3	6464	6474	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_010093	A	14	6869	6882	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_010093	CATT	3	7194	7204	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
16	NC_010093	A	17	7566	7582	17	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010093	GA	6	7836	7847	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_010093	AT	8	8322	8338	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
19	NC_010093	TCAT	3	8347	8358	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
20	NC_010093	T	13	12197	12209	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	161622296
21	NC_010093	T	15	12587	12601	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	161622296
22	NC_010093	ATTAA	4	12915	12933	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
23	NC_010093	AGCA	3	13123	13138	16	50 %	0 %	25 %	25 %	6 %	Non-Coding
24	NC_010093	ATT	5	13599	13613	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_010093	GTTT	3	13785	13796	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_010093	ATTC	3	13803	13814	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_010093	AT	7	13940	13952	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_010093	CATCT	3	14021	14036	16	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
29	NC_010093	TACA	3	14204	14215	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
30	NC_010093	AT	6	15166	15176	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	161622298
31	NC_010093	TTA	4	15441	15453	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	161622299
32	NC_010093	A	13	16186	16198	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_010093	TCAA	3	16586	16597	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	161622300
34	NC_010093	T	14	18358	18371	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	161622300
35	NC_010093	ACTTAG	3	20653	20669	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
36	NC_010093	TTCA	3	22477	22488	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	161622301
37	NC_010093	GAAT	3	22587	22597	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	161622301
38	NC_010093	T	12	22819	22830	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	161622301
39	NC_010093	GTT	4	23451	23462	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	161622301
40	NC_010093	AGAAA	3	26098	26112	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	161622302
41	NC_010093	GAAA	3	26740	26750	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	161622302
42	NC_010093	TGA	4	27350	27361	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_010093	ATA	4	27717	27728	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_010093	T	13	28364	28376	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010093	AT	7	28537	28550	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_010093	A	20	29306	29325	20	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
47	NC_010093	T	26	29898	29923	26	0 %	100 %	0 %	0 %	3 %	Non-Coding
48	NC_010093	T	13	30176	30188	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_010093	T	12	30631	30642	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010093	TCTT	3	31137	31147	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_010093	AT	6	31199	31209	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_010093	TGTA	3	31482	31493	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_010093	T	29	32345	32373	29	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
54	NC_010093	A	23	32483	32505	23	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_010093	AT	6	32527	32537	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_010093	AAT	4	32789	32800	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_010093	GAAA	3	34460	34471	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	171259338
58	NC_010093	GGA	4	34662	34673	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	171259338
59	NC_010093	AG	6	35649	35659	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_010093	AT	11	36518	36537	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
61	NC_010093	TCT	5	37293	37307	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	161622308
62	NC_010093	ATTAA	4	37458	37476	19	60 %	40 %	0 %	0 %	5 %	161622309
63	NC_010093	ATG	4	38847	38857	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	161622309
64	NC_010093	AATG	3	40340	40351	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	161622310
65	NC_010093	GCA	4	40745	40756	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	161622310
66	NC_010093	GATA	3	42025	42036	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_010093	TTTA	3	42083	42094	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_010093	TTTC	3	43423	43434	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	161622311
69	NC_010093	A	27	44392	44418	27	100 %	0 %	0 %	0 %	3 %	161622311
70	NC_010093	GTAA	3	44437	44447	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	161622311
71	NC_010093	T	15	45176	45190	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010093	TTTA	3	45252	45262	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_010093	ATA	5	45358	45372	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_010093	ATT	4	45748	45759	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_010093	AGT	4	46115	46126	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	161622312
76	NC_010093	TAA	4	46943	46953	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_010093	AT	8	46955	46969	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_010093	A	15	47241	47255	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_010093	TTGA	3	47574	47586	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_010093	TTAA	3	51020	51031	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_010093	AGTG	3	51125	51135	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_010093	AAAAGA	3	52033	52051	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
83	NC_010093	TGA	4	53397	53407	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_010093	T	24	53565	53588	24	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_010093	TCAA	3	55657	55669	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
86	NC_010093	TTTAT	4	55966	55985	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
87	NC_010093	ATA	4	56226	56236	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_010093	TGCA	3	57275	57287	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	161622318
89	NC_010093	TTGT	3	58080	58090	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_010093	AAGGG	3	58172	58186	15	40 %	0 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010093	A	17	63120	63136	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
92	NC_010093	ATTTT	3	63195	63208	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_010093	T	12	63641	63652	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	161622324
94	NC_010093	TTTG	3	63741	63752	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	161622324
95	NC_010093	AAAT	3	65049	65061	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_010093	TTA	4	65147	65158	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_010093	TATT	3	65340	65350	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_010093	AGAA	3	66357	66368	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_010093	GAAA	3	67274	67285	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	161622330
100	NC_010093	TGAA	3	67384	67396	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_010093	AAGA	3	67838	67849	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_010093	T	17	67868	67884	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
103	NC_010093	ATTC	3	67892	67903	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
104	NC_010093	TTTC	3	68391	68403	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
105	NC_010093	TCTTTC	3	68998	69015	18	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
106	NC_010093	AT	8	69220	69234	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	161622289
107	NC_010093	TTCC	3	69805	69817	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	161622289
108	NC_010093	TTTA	3	69927	69938	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	161622289
109	NC_010093	T	21	70008	70028	21	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	161622289
110	NC_010093	TAT	4	70235	70247	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	161622289
111	NC_010093	TCT	4	70277	70288	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	161622289
112	NC_010093	AAGA	3	70356	70367	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	161622289
113	NC_010093	T	15	70721	70735	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	161622289
114	NC_010093	TTTCA	3	71011	71025	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	161622289
115	NC_010093	AT	6	77276	77286	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	161622289
116	NC_010093	TTTCTT	3	77547	77565	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	161622289
117	NC_010093	TCAGAG	3	78842	78860	19	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	10 %	161622289
118	NC_010093	T	13	80013	80025	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	161622289
119	NC_010093	GAAA	3	80526	80537	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	161622289
120	NC_010093	GGTTAT	3	81022	81040	19	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	10 %	161622289
121	NC_010093	TATT	3	81258	81270	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	161622289
122	NC_010093	TC	6	81703	81714	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	161622289
123	NC_010093	TATT	3	82866	82876	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	161622289
124	NC_010093	GAA	4	83669	83679	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	161622289
125	NC_010093	AATG	4	83699	83713	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	161622289
126	NC_010093	CTT	4	83905	83916	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	161622289
127	NC_010093	TCAA	3	84734	84745	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	161622289
128	NC_010093	GAT	4	85749	85759	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	161622289
129	NC_010093	A	14	85923	85936	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	161622289
130	NC_010093	A	15	85961	85975	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	161622289
131	NC_010093	AATAA	3	86589	86602	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	161622289
132	NC_010093	TTCT	3	87186	87196	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	161622289
133	NC_010093	CTACAT	3	89858	89875	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	161622289
134	NC_010093	CTGAAT	8	89870	89916	47	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	8 %	161622289
135	NC_010093	GAT	5	91795	91809	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	161622289
136	NC_010093	TCA	5	91975	91988	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	161622289
137	NC_010093	ACG	4	93261	93271	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	161622289
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141	NC_010093	TCTA	3	102010	102021	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	161622333
142	NC_010093	GAGG	3	104866	104877	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	161622333
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145	NC_010093	AACC	3	106679	106691	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	161622333
146	NC_010093	AAAAG	3	107990	108003	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	161622333
147	NC_010093	TA	6	108051	108062	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	161622333
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149	NC_010093	ATTT	3	108229	108240	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	161622333
150	NC_010093	A	28	108242	108269	28	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	161622333
151	NC_010093	GGAA	3	108430	108440	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	161622333
152	NC_010093	GAA	4	109043	109054	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	161622333
153	NC_010093	AAAGT	3	109071	109084	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	161622333
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160	NC_010093	TA	6	112552	112562	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	161622333
161	NC_010093	CTAT	3	112643	112653	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	161622333
162	NC_010093	A	12	113517	113528	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	161622333
163	NC_010093	ATTC	3	113718	113729	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	161622333
164	NC_010093	TAT	4	113792	113802	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	161622333
165	NC_010093	CGAT	3	117319	117330	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	161622333
166	NC_010093	A	13	118439	118451	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	161622333
167	NC_010093	ATTAA	3	119816	119830	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	161622333
168	NC_010093	AAAT	3	119921	119931	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	161622333
169	NC_010093	ATGA	3	120085	120095	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	161622333
170	NC_010093	AGCC	3	122729	122739	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	161622333
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172	NC_010093	TTTCT	3	124077	124091	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	161622333
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174	NC_010093	TTTC	4	125423	125438	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	161622333
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177	NC_010093	TTTCTC	3	126557	126575	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10 %	161622333
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182	NC_010093	ACTTT	3	128232	128245	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	161622333
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184	NC_010093	TTCC	3	128876	128886	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	161622333
185	NC_010093	T	28	129047	129074	28	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	161622333
186	NC_010093	AAAT	3	129076	129087	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	161622333
187	NC_010093	GGTT	3	130625	130637	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	161622333
188	NC_010093	CTTA	3	131106	131116	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	161622333
189	NC_010093	GGAT	3	135684	135695	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	161622333
190	NC_010093	ACTAAT	3	138974	138990	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	161622333
191	NC_010093	CGAAA	3	141352	141365	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
192	NC_010093	TGA	5	145328	145341	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	161622370
193	NC_010093	ATC	5	145507	145521	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	161622370
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197	NC_010093	ATTT	3	149993	150004	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	161622370
198	NC_010093	T	14	151304	151317	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
199	NC_010093	T	15	151345	151359	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
200	NC_010093	T	14	151384	151397	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
201	NC_010093	ATC	4	151557	151567	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
202	NC_010093	CATT	4	153603	153617	15	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
203	NC_010093	T	16	153628	153643	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Acorus americanus chloroplast