ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cuscuta exaltata chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009963	TC	6	1375	1385	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
2	NC_009963	TAAAG	4	1407	1426	20	60 %	20 %	20 %	0 %	5 %	Non-Coding
3	NC_009963	CTTT	3	2419	2431	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	159161235
4	NC_009963	TA	7	3130	3145	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
5	NC_009963	ATT	5	3329	3343	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
6	NC_009963	AGTT	3	3974	3985	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009963	AT	7	4723	4736	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_009963	TAAT	3	5157	5168	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_009963	ATA	4	5819	5830	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	159161237
10	NC_009963	TATT	3	6024	6035	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009963	TAA	4	6064	6074	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_009963	ATTT	3	6650	6660	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_009963	AAC	4	8630	8641	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	159161238
14	NC_009963	ATGA	3	9452	9464	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	159161239
15	NC_009963	T	12	9562	9573	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	159161239
16	NC_009963	TAT	5	10232	10246	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_009963	A	12	10282	10293	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009963	AAAT	3	11283	11294	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_009963	TTTA	3	12326	12336	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_009963	A	13	12365	12377	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_009963	TTAA	3	13381	13393	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_009963	CATT	3	13462	13472	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
23	NC_009963	TTG	4	13483	13494	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_009963	ATG	4	13581	13592	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	159161243
25	NC_009963	T	13	15549	15561	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	159161243
26	NC_009963	TA	6	16942	16953	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	159161243
27	NC_009963	TTC	4	19209	19219	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	159161244
28	NC_009963	AAAT	3	19541	19551	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	159161244
29	NC_009963	T	17	19565	19581	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	159161244
30	NC_009963	AAAATA	3	19594	19611	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	159161244
31	NC_009963	GAAT	3	19796	19806	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	159161244
32	NC_009963	TTC	4	20477	20488	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	159161244
33	NC_009963	T	12	23324	23335	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	159161245
34	NC_009963	T	12	23969	23980	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	159161245
35	NC_009963	AT	8	24412	24426	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_009963	AACT	3	24624	24635	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
37	NC_009963	TTTTG	3	24868	24882	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_009963	AATAA	3	25096	25110	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009963	TTTA	3	26344	26355	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_009963	TTTA	3	26740	26751	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_009963	AAAAT	3	27715	27729	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
42	NC_009963	AAATAT	3	27749	27766	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
43	NC_009963	AAAG	3	28424	28435	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_009963	TAT	4	28549	28560	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_009963	TAA	7	28797	28817	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
46	NC_009963	GAAA	3	30475	30486	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	159161249
47	NC_009963	TTG	4	30880	30890	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	159161249
48	NC_009963	TGAGA	3	31442	31456	15	40 %	20 %	40 %	0 %	0 %	159161249
49	NC_009963	AG	6	31724	31735	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_009963	TC	6	32248	32258	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	159161250
51	NC_009963	TAAA	3	32421	32431	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_009963	TGAT	3	35934	35946	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	159161253
53	NC_009963	AATG	3	36206	36217	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	159161253
54	NC_009963	GCA	4	36605	36616	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	159161253
55	NC_009963	TG	6	36642	36652	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	159161253
56	NC_009963	TAAA	4	40380	40395	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	159161254
57	NC_009963	TTA	4	40563	40574	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_009963	ATGG	3	41029	41040	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_009963	A	15	42418	42432	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
60	NC_009963	TTTA	3	42676	42687	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_009963	TTGG	3	43739	43749	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_009963	A	14	44672	44685	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_009963	AGA	4	44990	45002	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_009963	TAA	4	47566	47576	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	159161260
65	NC_009963	TA	6	47821	47831	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	159161260
66	NC_009963	AAAATA	3	48007	48025	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
67	NC_009963	ATA	4	48085	48095	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_009963	TTTC	3	48929	48939	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
69	NC_009963	ATTTT	3	49986	49999	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_009963	TAAA	4	50257	50271	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	159161263
71	NC_009963	TTTA	3	50707	50717	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_009963	AAT	4	50993	51003	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	159161264
73	NC_009963	C	16	52164	52179	16	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	159161264
74	NC_009963	TA	8	52467	52483	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
75	NC_009963	CCG	4	54240	54250	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	159161265
76	NC_009963	T	13	54652	54664	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009963	A	12	55181	55192	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_009963	TAT	5	55195	55209	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	159161266
79	NC_009963	TAAA	4	57113	57128	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
80	NC_009963	T	14	57647	57660	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_009963	GTT	4	58367	58378	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_009963	A	12	58407	58418	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_009963	TATT	3	58797	58807	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_009963	TAA	4	59544	59556	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_009963	TATTTT	3	60099	60116	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
86	NC_009963	TCTT	3	60456	60467	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
87	NC_009963	AAAC	3	60546	60557	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009963	A	16	61714	61729	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_009963	TTCC	3	62198	62208	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
90	NC_009963	TATT	3	62497	62508	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	159161274
91	NC_009963	TTTA	3	63112	63123	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	159161274
92	NC_009963	TA	6	64343	64354	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	159161274
93	NC_009963	ATT	4	64757	64767	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	159161274
94	NC_009963	AATAA	3	67288	67301	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	159161274
95	NC_009963	TTTA	3	67579	67589	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	159161274
96	NC_009963	AT	7	69863	69875	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	159161274
97	NC_009963	GTTTT	3	70924	70938	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	159161274
98	NC_009963	TTAT	3	74950	74961	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	159161274
99	NC_009963	TCTAT	3	74962	74975	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	159161274
100	NC_009963	TCAA	3	74980	74991	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	159161274
101	NC_009963	TTAT	3	75164	75175	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	159161274
102	NC_009963	TAA	4	76428	76440	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	159161274
103	NC_009963	ATTT	3	77928	77938	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	159161274
104	NC_009963	AT	8	78153	78167	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	159161274
105	NC_009963	GATAT	3	78183	78197	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	159161274
106	NC_009963	ATA	4	78429	78439	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	159161274
107	NC_009963	TAT	4	78580	78591	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	159161274
108	NC_009963	AAAT	5	80036	80054	19	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	159161274
109	NC_009963	T	13	80960	80972	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	159161274
110	NC_009963	TTTC	3	82406	82417	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	159161274
111	NC_009963	CGAT	3	85848	85860	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	159161274
112	NC_009963	ATAG	3	86707	86717	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	159161274
113	NC_009963	ATCC	3	93387	93398	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	159161299
114	NC_009963	AAGG	3	93918	93928	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	159161299
115	NC_009963	GAGG	3	96605	96616	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	159161299
116	NC_009963	AGGT	3	96811	96822	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	159161299
117	NC_009963	TAAG	3	97936	97946	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	159161299
118	NC_009963	TGGG	3	98724	98736	13	0 %	25 %	75 %	0 %	7 %	159161299
119	NC_009963	CTT	4	99124	99134	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	159161299
120	NC_009963	TAAC	3	99443	99453	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	159161299
121	NC_009963	ATATT	3	99696	99709	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	159161299
122	NC_009963	AAG	4	101212	101222	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	159161299
123	NC_009963	ATAA	3	101244	101254	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	159161299
124	NC_009963	AAAT	3	101956	101967	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	159161299
125	NC_009963	TAAA	3	102064	102074	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	159161299
126	NC_009963	ATTAA	3	103074	103087	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	159161299
127	NC_009963	TATT	3	103977	103987	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	159161299
128	NC_009963	TGTT	3	104383	104394	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	159161299
129	NC_009963	AATC	3	105085	105096	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	159161299
130	NC_009963	TTA	4	105537	105548	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	159161299
131	NC_009963	TTCT	3	105562	105573	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	159161299
132	NC_009963	AT	8	105639	105653	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	159161299
133	NC_009963	TTCTTT	3	106531	106548	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	159161299
134	NC_009963	GTT	4	107391	107402	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	159161299
135	NC_009963	TAAA	3	107456	107466	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	159161299
136	NC_009963	TTTG	3	107482	107492	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	159161299
137	NC_009963	T	12	107832	107843	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	159161299
138	NC_009963	CCTTTT	3	109505	109521	17	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	5 %	159161299
139	NC_009963	CTTA	3	110149	110159	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	159161299
140	NC_009963	CCTT	3	114167	114177	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	159161299
141	NC_009963	GGAT	3	114697	114708	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	159161299
142	NC_009963	A	13	121262	121274	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
143	NC_009963	TC	7	121865	121877	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
144	NC_009963	CATAC	3	122672	122685	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
145	NC_009963	AGAT	3	123965	123976	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cuscuta exaltata chloroplast