ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Lolium perenne chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009950	CAG	4	680	691	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	159106844
2	NC_009950	AAGT	3	786	796	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	159106844
3	NC_009950	ATAG	3	1212	1222	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_009950	TCTTT	3	2621	2635	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	159106845
5	NC_009950	AGA	4	3272	3282	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_009950	ATTT	3	3450	3460	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_009950	TAA	4	3563	3574	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_009950	TCT	4	4521	4532	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
9	NC_009950	TCTCT	3	4720	4733	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	159106846
10	NC_009950	ATAA	3	5428	5438	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	159106846
11	NC_009950	CATAT	3	5834	5848	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
12	NC_009950	TTTAA	3	6006	6019	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_009950	AAGAA	3	6093	6107	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
14	NC_009950	TTAA	3	6417	6428	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_009950	TTCT	3	7017	7027	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	159106847
16	NC_009950	GAA	4	8349	8360	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_009950	AAAT	3	8638	8648	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_009950	GAAA	3	10244	10255	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	159106850
19	NC_009950	TTG	4	10649	10659	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	159106850
20	NC_009950	AG	6	11369	11379	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_009950	AGCGT	3	12276	12289	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
22	NC_009950	ATTT	3	13031	13041	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_009950	C	13	14120	14132	13	0 %	0 %	0 %	100 %	7 %	Non-Coding
24	NC_009950	AAGA	3	14181	14192	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_009950	CT	6	14295	14305	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
26	NC_009950	TAGG	3	14583	14594	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_009950	TAT	4	14631	14641	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_009950	AAAATA	3	14663	14680	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
29	NC_009950	GATA	3	14783	14794	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_009950	CTTT	3	15052	15062	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
31	NC_009950	A	19	15148	15166	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
32	NC_009950	ATAC	4	16270	16284	15	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
33	NC_009950	AAAT	3	16607	16617	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_009950	TAT	4	16878	16888	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_009950	ATCA	3	17145	17155	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
36	NC_009950	ATGA	3	17528	17539	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_009950	A	15	18192	18206	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_009950	A	13	20671	20683	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	159106854
39	NC_009950	AAC	4	22555	22566	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	159106855
40	NC_009950	AGAA	3	24453	24464	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	159106855
41	NC_009950	TTCA	3	27035	27045	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	159106856
42	NC_009950	ATT	4	29340	29352	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_009950	A	17	29422	29438	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
44	NC_009950	AGAA	3	30245	30255	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_009950	AT	6	30287	30297	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_009950	GTT	6	31022	31039	18	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	5 %	159106858
47	NC_009950	TA	6	31509	31519	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_009950	TGC	4	31752	31763	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	159106859
49	NC_009950	CTTT	3	32019	32029	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
50	NC_009950	GAAA	3	33141	33152	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	159106860
51	NC_009950	CAAA	3	36488	36499	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
52	NC_009950	AAGA	3	38981	38992	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	159106864
53	NC_009950	GACT	3	39020	39031	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	159106864
54	NC_009950	AATG	3	39380	39391	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	159106864
55	NC_009950	TG	6	39822	39832	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	159106864
56	NC_009950	AAG	4	41949	41960	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	159106865
57	NC_009950	ATCA	3	41992	42002	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	159106865
58	NC_009950	AGT	4	42352	42362	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	159106865
59	NC_009950	CTTT	3	42371	42382	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	159106865
60	NC_009950	A	15	43492	43506	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	159106865
61	NC_009950	TTCA	3	43673	43684	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
62	NC_009950	AAAC	3	43698	43709	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009950	TA	6	45382	45392	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_009950	A	15	45470	45484	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
65	NC_009950	AAAG	3	45507	45517	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_009950	AT	6	45953	45965	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_009950	TATT	3	46038	46049	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_009950	TTGA	3	46446	46458	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_009950	ATT	4	46837	46847	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_009950	C	15	47279	47293	15	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009950	TAA	4	47538	47548	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_009950	CAGA	3	48225	48235	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	159106867
73	NC_009950	T	14	49337	49350	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	159106868
74	NC_009950	A	12	50552	50563	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_009950	TTTC	3	53565	53576	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
76	NC_009950	AATT	3	53640	53651	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_009950	TGCA	3	55205	55217	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	159106872
78	NC_009950	AATA	3	55994	56005	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_009950	TA	6	56608	56618	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_009950	TAGA	3	56662	56673	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_009950	TTGAA	3	57929	57943	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
82	NC_009950	GAA	4	57957	57967	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_009950	TTTTA	3	58077	58091	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
84	NC_009950	AAG	4	58230	58240	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_009950	T	12	58739	58750	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	159106875
86	NC_009950	ATTC	3	59175	59185	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
87	NC_009950	TTC	4	60156	60167	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	159106876
88	NC_009950	TTCA	3	63714	63725	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
89	NC_009950	GAAA	3	64541	64551	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_009950	TTTA	3	64696	64706	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_009950	TTC	5	64749	64763	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
92	NC_009950	GAAA	3	65011	65022	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	159106884
93	NC_009950	TAAA	3	65267	65278	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_009950	TA	7	65824	65836	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_009950	ATGT	3	67126	67136	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	159106887
96	NC_009950	ATTTTT	3	68015	68032	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	159106887
97	NC_009950	AAGA	3	68131	68142	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	159106887
98	NC_009950	ACTT	3	70303	70313	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	159106887
99	NC_009950	GAAA	3	71412	71423	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	159106887
100	NC_009950	TA	6	72331	72341	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	159106887
101	NC_009950	CCAT	3	72660	72672	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	159106887
102	NC_009950	TTTC	3	73796	73807	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	159106887
103	NC_009950	AGA	4	73829	73840	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	159106887
104	NC_009950	TAT	4	74893	74903	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	159106887
105	NC_009950	ATT	4	75483	75493	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	159106887
106	NC_009950	T	12	76076	76087	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	159106887
107	NC_009950	T	12	76094	76105	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	159106887
108	NC_009950	T	16	76655	76670	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	159106887
109	NC_009950	AAAG	3	77160	77171	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	159106887
110	NC_009950	A	19	78484	78502	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	159106887
111	NC_009950	TTAT	3	78642	78652	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	159106887
112	NC_009950	TTAT	3	79289	79300	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	159106887
113	NC_009950	ATTT	4	79473	79488	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	159106887
114	NC_009950	CTT	5	79870	79883	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	159106887
115	NC_009950	T	17	80296	80312	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	159106887
116	NC_009950	TTC	4	80988	80998	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	159106887
117	NC_009950	A	12	83275	83286	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	159106887
118	NC_009950	TA	7	84227	84240	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	159106887
119	NC_009950	TCAAAA	4	85279	85302	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	159106887
120	NC_009950	ATTCTT	3	88008	88026	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	159106887
121	NC_009950	TTTGTT	3	88492	88510	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	159106887
122	NC_009950	TTCT	3	88631	88641	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	159106887
123	NC_009950	TAC	4	89384	89395	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	159106887
124	NC_009950	TAGTAT	3	90325	90343	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10 %	159106927
125	NC_009950	ATCC	3	93577	93588	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	159106927
126	NC_009950	ACGG	3	96691	96702	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	159106927
127	NC_009950	AGGT	3	96975	96986	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	159106927
128	NC_009950	AACG	3	98301	98312	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	159106927
129	NC_009950	AAAG	4	99604	99619	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	159106927
130	NC_009950	GAAT	3	101219	101229	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	159106927
131	NC_009950	AATG	3	103850	103860	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	159106927
132	NC_009950	TTAA	3	103864	103875	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	159106927
133	NC_009950	TA	6	104248	104259	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	159106927
134	NC_009950	CAAA	3	104604	104615	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	159106927
135	NC_009950	ATTA	6	104688	104711	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	159106927
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162	NC_009950	AAAAAG	3	134935	134952	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Lolium perenne chloroplast