ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cuscuta reflexa chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009766	AT	6	3214	3224	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_009766	TAAAA	4	3232	3252	21	80 %	20 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_009766	ATTT	3	3753	3765	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_009766	ATT	4	5292	5303	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_009766	GTT	4	5845	5855	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_009766	ATTT	3	6666	6677	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_009766	TAA	4	8428	8442	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_009766	ATGA	3	9010	9022	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	156618812
9	NC_009766	GTT	4	9117	9128	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	156618812
10	NC_009766	T	12	9134	9145	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	156618812
11	NC_009766	TAA	4	10612	10624	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_009766	TTTA	3	10630	10640	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_009766	TTA	5	10724	10738	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
14	NC_009766	TTTAA	3	10769	10783	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009766	ATA	4	12006	12016	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_009766	GAAA	3	12778	12789	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_009766	TTAA	3	12805	12817	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_009766	ATT	4	12881	12893	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_009766	AAAT	3	18916	18926	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	156618817
20	NC_009766	AAAG	3	18951	18961	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	156618817
21	NC_009766	TAAA	4	19040	19055	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	156618817
22	NC_009766	GAAT	3	19109	19119	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	156618817
23	NC_009766	A	17	19362	19378	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	156618817
24	NC_009766	TTC	4	19793	19804	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	156618817
25	NC_009766	T	12	22640	22651	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	156618818
26	NC_009766	T	14	23285	23298	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	156618818
27	NC_009766	ATA	4	23766	23778	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_009766	AAAAT	3	23979	23992	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_009766	A	12	25391	25402	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_009766	ATTT	3	26399	26409	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_009766	AAATA	3	26631	26646	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
32	NC_009766	T	12	27306	27317	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009766	TAA	4	27350	27361	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_009766	GAAA	3	29030	29041	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	156618822
35	NC_009766	TTG	4	29435	29445	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	156618822
36	NC_009766	TAT	4	30032	30043	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_009766	AG	6	30218	30229	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_009766	TATC	3	30407	30418	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
39	NC_009766	T	12	30491	30502	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_009766	TC	6	30734	30744	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	156618823
41	NC_009766	AAAAAT	3	30910	30927	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
42	NC_009766	TGAT	3	34483	34495	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	156618826
43	NC_009766	AATG	3	34755	34766	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	156618826
44	NC_009766	GCA	4	35154	35165	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	156618826
45	NC_009766	TG	6	35191	35201	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	156618826
46	NC_009766	TTA	4	36813	36825	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_009766	TAAA	3	38888	38899	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	156618827
48	NC_009766	AT	8	40837	40852	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
49	NC_009766	CAAT	3	42663	42673	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
50	NC_009766	GGGT	3	42838	42848	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_009766	TAAA	3	42850	42861	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_009766	CAAA	3	42925	42936	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
53	NC_009766	A	15	43202	43216	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
54	NC_009766	TA	6	43215	43227	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_009766	CATC	3	43314	43325	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
56	NC_009766	TAAGAA	3	44275	44293	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	156618831
57	NC_009766	T	12	44658	44669	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009766	TAA	4	45650	45660	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	156618833
59	NC_009766	TA	6	45905	45915	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	156618833
60	NC_009766	AATA	3	46073	46084	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_009766	TAAA	3	47218	47228	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_009766	ATTT	3	48065	48075	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_009766	TAAA	4	48305	48320	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	156618836
64	NC_009766	T	14	48614	48627	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_009766	AAT	4	49009	49019	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	156618837
66	NC_009766	GTCA	3	49891	49901	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	156618837
67	NC_009766	CCG	4	52101	52111	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	156618838
68	NC_009766	AATTT	3	52967	52980	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_009766	A	12	53085	53096	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009766	TTA	4	53098	53109	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	156618839
71	NC_009766	TAAA	4	55008	55023	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	156618840
72	NC_009766	TAAAAT	3	55030	55048	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
73	NC_009766	AAGA	3	55834	55844	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_009766	GTTT	3	56030	56040	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_009766	TGT	4	56052	56062	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_009766	TTAT	3	56621	56631	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_009766	TCCA	3	56940	56950	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
78	NC_009766	TTTA	3	56951	56962	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_009766	TA	6	57192	57204	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_009766	TG	7	57630	57643	14	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_009766	TTTA	3	57648	57660	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_009766	ATTTAT	3	58028	58046	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
83	NC_009766	A	12	58094	58105	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_009766	AAAC	3	58126	58137	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009766	ACT	4	59179	59191	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
86	NC_009766	AT	7	59822	59835	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_009766	TTTGTT	3	59878	59895	18	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
88	NC_009766	TTTA	3	60676	60687	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	156618847
89	NC_009766	ATTT	3	60689	60699	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	156618847
90	NC_009766	AATA	3	60929	60940	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	156618847
91	NC_009766	TTTC	3	61553	61563	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	156618847
92	NC_009766	AAT	4	61587	61598	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	156618847
93	NC_009766	ATTT	4	65003	65017	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	156618847
94	NC_009766	TTTC	3	65272	65282	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	156618847
95	NC_009766	AT	7	67273	67285	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	156618847
96	NC_009766	ATTC	3	67345	67357	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	156618847
97	NC_009766	A	15	68063	68077	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	156618847
98	NC_009766	GTTTT	3	68297	68311	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	156618847
99	NC_009766	TTTA	3	71910	71920	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	156618847
100	NC_009766	T	13	72202	72214	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	156618847
101	NC_009766	ATTG	3	72257	72268	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	156618847
102	NC_009766	AAAT	3	72665	72675	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	156618847
103	NC_009766	ATTC	3	72700	72710	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	156618847
104	NC_009766	GATAT	3	75621	75635	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	156618847
105	NC_009766	ATA	5	75847	75860	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	156618847
106	NC_009766	ATA	4	75885	75898	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	156618847
107	NC_009766	T	13	77719	77731	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	156618847
108	NC_009766	TTTC	3	79165	79176	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	156618847
109	NC_009766	CGAT	3	82590	82602	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	156618847
110	NC_009766	AG	6	84297	84308	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	156618847
111	NC_009766	CCCT	3	86500	86510	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	156618847
112	NC_009766	A	16	87699	87714	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	156618875
113	NC_009766	TTA	4	89729	89741	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	156618875
114	NC_009766	ATCC	3	90190	90201	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	156618875
115	NC_009766	AAGG	3	90721	90731	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	156618875
116	NC_009766	GAGG	3	93408	93419	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	156618875
117	NC_009766	AGGT	3	93614	93625	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	156618875
118	NC_009766	TAAG	3	94739	94749	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	156618875
119	NC_009766	TGGG	3	95541	95553	13	0 %	25 %	75 %	0 %	7 %	156618875
120	NC_009766	CTT	4	95941	95951	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	156618875
121	NC_009766	A	17	96142	96158	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	156618875
122	NC_009766	ATTT	3	96238	96249	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	156618875
123	NC_009766	TTTATT	3	96470	96487	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	156618875
124	NC_009766	TTTTC	3	96660	96673	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	156618875
125	NC_009766	AAAT	3	97163	97173	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	156618875
126	NC_009766	AAAAG	3	97708	97722	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	156618875
127	NC_009766	ATT	4	99925	99936	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	156618875
128	NC_009766	AATC	3	101180	101191	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	156618875
129	NC_009766	AGAA	3	101556	101568	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	156618875
130	NC_009766	A	12	101790	101801	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	156618875
131	NC_009766	TTACCT	3	101825	101842	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	0 %	156618875
132	NC_009766	GTT	4	103483	103494	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	156618875
133	NC_009766	TTTG	3	103580	103590	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	156618875
134	NC_009766	CTTA	3	106241	106251	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	156618875
135	NC_009766	CCTT	3	110259	110269	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	156618875
136	NC_009766	GGAT	3	110789	110800	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	156618875
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138	NC_009766	T	12	113280	113291	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	156618875
139	NC_009766	ATCT	3	115668	115679	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
140	NC_009766	CATAC	3	118817	118830	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
141	NC_009766	AGAT	3	120110	120121	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cuscuta reflexa chloroplast