ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Capsella bursa-pastoris chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009270	TACC	3	589	599	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	139387232
2	NC_009270	T	14	2959	2972	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	139387233
3	NC_009270	AAGA	3	3413	3423	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	139387233
4	NC_009270	AT	6	3808	3819	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_009270	T	13	4096	4108	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009270	GAAAA	3	4496	4510	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_009270	ATA	4	4654	4666	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_009270	TAA	4	4876	4887	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_009270	TCTCT	3	5178	5191	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	139387234
10	NC_009270	ATTC	3	5561	5571	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	139387234
11	NC_009270	CA	6	6379	6389	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
12	NC_009270	TTC	4	6448	6458	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
13	NC_009270	TTCT	3	7553	7564	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139387236
14	NC_009270	TA	7	7914	7926	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_009270	TA	6	7950	7960	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_009270	TAT	5	7970	7983	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_009270	TA	8	8004	8020	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
18	NC_009270	A	16	9382	9397	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
19	NC_009270	TA	7	9521	9533	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_009270	TATTCA	3	11946	11962	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	139387238
21	NC_009270	TTTC	3	12059	12070	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139387238
22	NC_009270	CTTTTT	3	12678	12696	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
23	NC_009270	AAT	4	12813	12824	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009270	AATT	3	13012	13022	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_009270	AAAT	3	13356	13367	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_009270	TAAT	3	13408	13419	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_009270	AT	6	13533	13543	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_009270	TTTA	3	14643	14654	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_009270	T	13	17737	17749	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	139387242
30	NC_009270	T	14	22281	22294	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	139387243
31	NC_009270	GTT	4	22882	22893	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	139387243
32	NC_009270	TCA	4	25236	25246	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139387244
33	NC_009270	T	12	25509	25520	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	139387244
34	NC_009270	GAATA	4	26640	26658	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
35	NC_009270	AT	6	26741	26752	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_009270	TTA	4	27068	27079	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_009270	AAAT	3	27081	27091	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_009270	AT	6	27186	27197	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_009270	A	15	27214	27228	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
40	NC_009270	TC	6	27680	27691	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	139387245
41	NC_009270	CAAA	3	27953	27964	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009270	TA	6	27979	27990	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_009270	TAT	4	28362	28373	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_009270	AAAT	3	28788	28798	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_009270	TTTA	3	28970	28980	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_009270	GAAA	3	29233	29243	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_009270	TTG	4	29470	29480	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_009270	TTTC	3	30142	30152	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
49	NC_009270	T	12	30170	30181	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009270	T	14	30505	30518	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_009270	AT	8	30816	30831	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
52	NC_009270	TAA	6	31043	31061	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
53	NC_009270	A	13	31745	31757	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_009270	GAAA	3	33667	33678	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	193735615
55	NC_009270	GGGA	3	33787	33798	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	193735615
56	NC_009270	GCG	4	34565	34575	11	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	9 %	193735615
57	NC_009270	AG	6	34821	34831	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_009270	ATA	4	35779	35791	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_009270	AAAC	3	36226	36237	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
60	NC_009270	AATA	3	36807	36818	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_009270	ATG	4	38194	38204	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139387251
62	NC_009270	GCA	4	40092	40103	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139387252
63	NC_009270	TG	6	40129	40139	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	139387252
64	NC_009270	ATG	4	40418	40428	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139387252
65	NC_009270	GAAAA	4	41759	41777	19	80 %	0 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
66	NC_009270	TAGA	3	41781	41793	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_009270	A	14	41976	41989	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_009270	TTAA	5	42379	42398	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	139387253
69	NC_009270	GTTT	3	42804	42815	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	139387253
70	NC_009270	AGA	5	43541	43554	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_009270	AAT	5	43855	43869	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_009270	GTAA	3	43887	43897	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_009270	TAAA	3	45719	45730	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009270	TAAA	3	45795	45805	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_009270	TA	6	45871	45881	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_009270	AAT	4	45967	45979	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_009270	T	12	46623	46634	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_009270	ATAC	3	47761	47771	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
79	NC_009270	ACTAT	3	47834	47848	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
80	NC_009270	TAT	4	49479	49490	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_009270	T	17	50011	50027	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
82	NC_009270	TAATA	4	50118	50136	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
83	NC_009270	T	12	51769	51780	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009270	TTG	4	54437	54447	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_009270	TGT	4	56199	56210	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009270	AATT	3	56463	56474	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_009270	TTACTT	3	56479	56495	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
88	NC_009270	TA	6	56767	56777	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139387261
89	NC_009270	AT	6	58668	58678	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_009270	TTA	4	59141	59151	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_009270	AT	6	61228	61238	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139387265
92	NC_009270	AT	7	62606	62618	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_009270	TA	6	62625	62635	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_009270	AATT	3	62668	62678	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_009270	AAT	4	62679	62689	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_009270	TAAA	4	62740	62755	16	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009270	ATTTCT	3	62772	62790	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
98	NC_009270	TA	6	63288	63298	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_009270	CAGC	3	63573	63584	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	139387268
100	NC_009270	TTTC	3	64082	64093	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
101	NC_009270	TTAA	3	64270	64282	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_009270	ATA	7	64449	64469	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_009270	TTTA	3	64540	64551	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_009270	A	14	64862	64875	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_009270	GAAAA	3	65407	65421	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
106	NC_009270	TTAA	3	65537	65548	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	139387271
107	NC_009270	T	12	65781	65792	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_009270	CTT	4	66092	66103	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
109	NC_009270	T	13	66127	66139	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_009270	TA	6	66370	66380	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_009270	AAAG	3	66393	66403	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_009270	TGAA	3	67733	67744	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_009270	A	24	67816	67839	24	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_009270	TTAT	3	68003	68014	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	139387275
115	NC_009270	T	14	68390	68403	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009270	TTTA	3	69082	69092	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_009270	A	19	69697	69715	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	139387299
118	NC_009270	CAAAA	3	69786	69800	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	139387299
119	NC_009270	A	17	70185	70201	17	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	139387299
120	NC_009270	TAAA	3	70379	70390	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	139387299
121	NC_009270	T	12	70952	70963	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	139387299
122	NC_009270	TGTC	3	70982	70992	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	139387299
123	NC_009270	AGAA	3	72982	72993	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139387299
124	NC_009270	TACT	4	75877	75891	15	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	139387299
125	NC_009270	T	13	76283	76295	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	139387299
126	NC_009270	A	18	76300	76317	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	139387299
127	NC_009270	ATTA	3	77338	77349	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	139387299
128	NC_009270	TCT	4	77726	77736	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	139387299
129	NC_009270	TTCA	3	79473	79484	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139387299
130	NC_009270	TATTTA	3	80074	80092	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	139387299
131	NC_009270	TA	6	80093	80104	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	139387299
132	NC_009270	ATC	4	81386	81396	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139387299
133	NC_009270	TTTC	4	81943	81958	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	139387299
134	NC_009270	TTCT	3	82153	82164	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139387299
135	NC_009270	CAAT	3	82460	82470	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	139387299
136	NC_009270	TTTC	3	83490	83500	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	139387299
137	NC_009270	GAT	4	84422	84432	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139387299
138	NC_009270	ATATG	3	85768	85782	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	139387299
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202	NC_009270	AATA	3	139485	139496	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	139387276
203	NC_009270	GAA	4	139502	139513	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	139387276
204	NC_009270	ACCGG	3	143905	143919	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
205	NC_009270	AT	6	144155	144166	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
206	NC_009270	CATAC	3	145124	145137	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
207	NC_009270	CTCCTT	3	145989	146006	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	139387318
208	NC_009270	ATCA	3	147670	147682	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	139387318
209	NC_009270	TGAT	3	147765	147777	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	139387318
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212	NC_009270	TATT	3	150580	150591	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	139387318
213	NC_009270	ATC	4	153800	153810	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139387320

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Capsella bursa-pastoris chloroplast