ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Aethionema grandiflorum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_009266	TACC	3	586	596	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	139389245
2	NC_009266	TCT	4	700	710	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	139389245
3	NC_009266	CAG	4	964	975	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139389245
4	NC_009266	TGAA	4	1609	1625	17	50 %	25 %	25 %	0 %	5 %	Non-Coding
5	NC_009266	TAA	4	1922	1932	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_009266	T	12	2289	2300	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	139389246
7	NC_009266	TTCA	4	4197	4213	17	25 %	50 %	0 %	25 %	5 %	Non-Coding
8	NC_009266	GAAAA	3	4500	4514	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_009266	ATT	4	4661	4671	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_009266	ATA	4	4876	4887	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_009266	A	12	4884	4895	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009266	TTCA	3	4986	4997	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
13	NC_009266	A	12	5839	5850	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_009266	TGTA	3	6289	6300	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_009266	TA	7	6325	6338	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_009266	TCTT	3	6963	6974	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139389247
17	NC_009266	TTCT	3	7586	7597	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	139389248
18	NC_009266	TA	7	7948	7961	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_009266	TA	7	8038	8053	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
20	NC_009266	TA	7	8061	8073	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_009266	AT	6	9423	9434	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_009266	TA	6	9592	9603	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_009266	AAG	4	9678	9688	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_009266	AAT	4	12764	12775	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_009266	TAA	4	12886	12896	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_009266	AAAT	3	13316	13327	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_009266	AT	6	13499	13509	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_009266	ACTT	3	14618	14629	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
29	NC_009266	GAT	4	15002	15014	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	139389253
30	NC_009266	AAAC	3	17538	17548	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	139389254
31	NC_009266	T	13	17721	17733	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	139389254
32	NC_009266	TTCA	3	21833	21844	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139389255
33	NC_009266	GTT	4	22825	22836	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	139389255
34	NC_009266	TCA	4	25182	25192	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	139389256
35	NC_009266	T	12	25455	25466	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	139389256
36	NC_009266	TCTT	3	26150	26161	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
37	NC_009266	TATT	4	26645	26660	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_009266	TTA	4	26665	26676	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_009266	TTA	4	27019	27029	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_009266	GAAA	3	27030	27041	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_009266	AT	6	27133	27144	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_009266	AATC	3	27421	27432	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
43	NC_009266	AAAG	3	28298	28308	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_009266	TAC	4	28431	28442	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009266	AAGT	3	29028	29038	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_009266	GGAT	3	30753	30764	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009266	TTTAC	3	31192	31205	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
48	NC_009266	TAA	4	31266	31278	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_009266	ATA	4	31336	31346	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_009266	TAT	4	31842	31852	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_009266	AAAAG	3	32065	32078	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_009266	GAAA	3	33849	33860	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139389260
53	NC_009266	AG	6	35000	35010	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_009266	ATAA	3	35830	35841	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_009266	AT	6	35975	35985	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_009266	ATA	4	36916	36927	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_009266	ATG	4	38398	38408	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139389263
58	NC_009266	GCA	4	40296	40307	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	139389264
59	NC_009266	TG	6	40333	40343	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	139389264
60	NC_009266	ATG	4	40622	40632	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139389264
61	NC_009266	A	17	42016	42032	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
62	NC_009266	AAAG	3	43581	43591	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	157011965
63	NC_009266	TAG	4	43680	43690	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	157011965
64	NC_009266	GTAA	3	43924	43934	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	157011965
65	NC_009266	ATT	4	45430	45441	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_009266	TA	9	45443	45459	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
67	NC_009266	A	12	45661	45672	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009266	TTAA	3	45945	45956	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009266	TTGTT	3	46076	46090	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
70	NC_009266	TAT	4	46103	46117	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_009266	CAT	4	46544	46555	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
72	NC_009266	TTTCT	3	46934	46947	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
73	NC_009266	T	13	47794	47806	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009266	GATT	3	49814	49825	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_009266	GATA	3	50311	50322	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009266	TTA	4	50575	50586	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_009266	T	14	50622	50635	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009266	A	12	50694	50705	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_009266	CTT	4	51514	51525	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
80	NC_009266	T	13	51579	51591	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009266	GCT	4	55616	55628	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	139389272
82	NC_009266	TA	6	56517	56527	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139389273
83	NC_009266	TA	7	58409	58421	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_009266	TTA	4	58890	58900	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_009266	TGAA	3	59595	59607	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	139389275
86	NC_009266	TA	6	60864	60874	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_009266	CTTT	3	60945	60955	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
88	NC_009266	T	12	62624	62635	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009266	CAGC	3	63458	63469	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	139389280
90	NC_009266	TCTT	3	63977	63988	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
91	NC_009266	ATA	8	64344	64366	23	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_009266	T	15	65922	65936	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
93	NC_009266	TA	6	66158	66168	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_009266	AAAG	3	66181	66191	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_009266	GAAA	3	66919	66930	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139389285
96	NC_009266	C	16	70376	70391	16	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	139389310
97	NC_009266	TCAT	3	70544	70555	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139389310
98	NC_009266	AT	6	70916	70926	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139389310
99	NC_009266	ATA	4	71010	71020	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	139389310
100	NC_009266	A	12	71261	71272	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	139389310
101	NC_009266	AAAG	3	71430	71441	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139389310
102	NC_009266	AGAA	3	72780	72791	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	139389310
103	NC_009266	TCT	4	73123	73133	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	139389310
104	NC_009266	TAAA	3	73509	73519	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	139389310
105	NC_009266	AATT	3	74588	74599	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	139389310
106	NC_009266	T	17	74897	74913	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	139389310
107	NC_009266	T	16	77385	77400	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	139389310
108	NC_009266	TCT	4	77474	77484	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	139389310
109	NC_009266	ATT	5	79894	79908	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	139389310
110	NC_009266	A	13	81244	81256	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	139389310
111	NC_009266	T	12	81524	81535	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	139389310
112	NC_009266	T	19	81787	81805	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	139389310
113	NC_009266	CAAT	3	82207	82217	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	139389310
114	NC_009266	AATT	3	82539	82549	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	139389310
115	NC_009266	GAT	4	84171	84181	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	139389310
116	NC_009266	ATATG	3	85519	85533	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	139389310
117	NC_009266	TTCT	3	87265	87275	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	139389310
118	NC_009266	CTTT	3	88467	88477	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	139389310
119	NC_009266	AGA	4	89305	89315	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	139389310
120	NC_009266	TGAT	3	90343	90355	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	139389310
121	NC_009266	AATA	3	91190	91202	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	139389310
122	NC_009266	GAAGGA	3	91976	91993	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	139389310
123	NC_009266	AAAT	3	92952	92962	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	139389310
124	NC_009266	TA	6	93816	93828	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	139389310
125	NC_009266	TCCGG	3	94061	94075	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	139389310
126	NC_009266	AAT	4	94658	94668	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	139389310
127	NC_009266	TTTCG	3	96655	96668	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	139389310
128	NC_009266	TTTGTT	3	97073	97091	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	139389310
129	NC_009266	TTCA	3	98455	98466	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139389288
130	NC_009266	TTC	4	98480	98491	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	139389288
131	NC_009266	GAAAT	3	98637	98650	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	139389288
132	NC_009266	ATTAGT	3	99106	99122	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	139389288
133	NC_009266	T	12	99470	99481	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	139389288
134	NC_009266	ATCC	3	102416	102427	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	139389288
135	NC_009266	CTAT	3	102811	102822	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	139389288
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207	NC_009266	A	12	154112	154123	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Aethionema grandiflorum chloroplast