Team
Contact

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Back To Genome Repeat Summary

All Imperfect Repeats of Populus trichocarpa chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly
S.No.Genome IDMotifIterationsStartEndTract LengthA%T%G%C% Imperfection %Protein ID
1NC_009143TTTA31451551125 %75 %0 %0 %9 %Non-Coding
2NC_009143A1618520016100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
3NC_009143AAGT3101710271150 %25 %25 %0 %9 %134093178
4NC_009143TGAA3156615771250 %25 %25 %0 %0 %Non-Coding
5NC_009143TCTT322292239110 %75 %0 %25 %9 %134093179
6NC_009143AAAG3283228421175 %0 %25 %0 %9 %134093179
7NC_009143A164729474416100 %0 %0 %0 %0 %Non-Coding
8NC_009143ATTT3510151121225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
9NC_009143AT6555155611150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
10NC_009143GATAA3626262761560 %20 %20 %0 %6 %Non-Coding
11NC_009143TTTC365696580120 %75 %0 %25 %8 %Non-Coding
12NC_009143A136586659813100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
13NC_009143A146724673714100 %0 %0 %0 %7 %134093181
14NC_009143ATTTTT3675567721816.67 %83.33 %0 %0 %5 %Non-Coding
15NC_009143TAT5709171041433.33 %66.67 %0 %0 %7 %Non-Coding
16NC_009143ATT4712971401233.33 %66.67 %0 %0 %8 %Non-Coding
17NC_009143ATTA4718271971650 %50 %0 %0 %0 %Non-Coding
18NC_009143ATTA4720072151650 %50 %0 %0 %0 %Non-Coding
19NC_009143ATTT3743274421125 %75 %0 %0 %9 %Non-Coding
20NC_009143T1476377650140 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
21NC_009143CTA4775477651233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
22NC_009143T1379337945130 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
23NC_009143TTTTG380378050140 %80 %20 %0 %7 %Non-Coding
24NC_009143ATT5883688501533.33 %66.67 %0 %0 %6 %Non-Coding
25NC_009143TAA4887588861266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
26NC_009143TAAA3966296731275 %25 %0 %0 %8 %134093182
27NC_009143T121045710468120 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
28NC_009143A13104711048313100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
29NC_009143ATTC311075110851125 %50 %0 %25 %9 %134093183
30NC_009143TTTC31117411185120 %75 %0 %25 %8 %134093183
31NC_009143T151183211846150 %100 %0 %0 %6 %Non-Coding
32NC_009143ATT411849118591133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
33NC_009143T121186511876120 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
34NC_009143A13121651217713100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
35NC_009143TA613016130261150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
36NC_009143GAAA314230142411275 %0 %25 %0 %0 %Non-Coding
37NC_009143T141515915172140 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
38NC_009143A14151741518714100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
39NC_009143TTTATT315329153471916.67 %83.33 %0 %0 %10 %Non-Coding
40NC_009143T161748117496160 %100 %0 %0 %6 %134093187
41NC_009143AT618848188581150 %50 %0 %0 %9 %134093187
42NC_009143T131989719909130 %100 %0 %0 %7 %134093188
43NC_009143TTCA321595216061225 %50 %0 %25 %8 %134093188
44NC_009143TTC42160721617110 %66.67 %0 %33.33 %9 %134093188
45NC_009143GAAT321711217211150 %25 %25 %0 %9 %134093188
46NC_009143A25219372196125100 %0 %0 %0 %8 %134093188
47NC_009143TTC42237222383120 %66.67 %0 %33.33 %8 %134093188
48NC_009143GTT42259322604120 %66.67 %33.33 %0 %8 %134093188
49NC_009143T122521425225120 %100 %0 %0 %0 %134093189
50NC_009143A14263232633614100 %0 %0 %0 %0 %Non-Coding
51NC_009143T152637626390150 %100 %0 %0 %6 %Non-Coding
52NC_009143TAGA326669266801250 %25 %25 %0 %8 %Non-Coding
53NC_009143TCTATT327054270721916.67 %66.67 %0 %16.67 %10 %Non-Coding
54NC_009143T132738827400130 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
55NC_009143TTTA328057280681225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
56NC_009143TTCTT32844428458150 %80 %0 %20 %6 %Non-Coding
57NC_009143GAA428596286061166.67 %0 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
58NC_009143TCAT329235292461225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
59NC_009143AAACAA329409294251783.33 %0 %0 %16.67 %5 %Non-Coding
60NC_009143CT62964529656120 %50 %0 %50 %8 %Non-Coding
61NC_009143ATA530149301621466.67 %33.33 %0 %0 %7 %Non-Coding
62NC_009143A13305793059113100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
63NC_009143T133073830750130 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
64NC_009143TAT431112311221133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
65NC_009143TTA431583315931133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
66NC_009143AATG331595316051150 %25 %25 %0 %9 %Non-Coding
67NC_009143CAAT331652316641350 %25 %0 %25 %7 %Non-Coding
68NC_009143CTTT33178831798110 %75 %0 %25 %9 %134093192
69NC_009143ATTTAT331998320151833.33 %66.67 %0 %0 %5 %Non-Coding
70NC_009143TGGG33407234082110 %25 %75 %0 %9 %134093194
71NC_009143GAAA334236342471275 %0 %25 %0 %8 %134093194
72NC_009143GGA434438344491233.33 %0 %66.67 %0 %8 %134093194
73NC_009143TTGC33463734647110 %50 %25 %25 %9 %134093194
74NC_009143AG635441354511150 %0 %50 %0 %9 %Non-Coding
75NC_009143TA635656356691450 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
76NC_009143AT735692357051450 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
77NC_009143TA836490365041550 %50 %0 %0 %6 %Non-Coding
78NC_009143ATG438972389821133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %134093198
79NC_009143AATG340465404761250 %25 %25 %0 %8 %134093199
80NC_009143GCA440870408811233.33 %0 %33.33 %33.33 %8 %134093199
81NC_009143TG64090740917110 %50 %50 %0 %9 %134093199
82NC_009143AATT342600426121350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
83NC_009143TAA3343008431029566.67 %33.33 %0 %0 %9 %134093200
84NC_009143TAA743012430332266.67 %33.33 %0 %0 %9 %134093200
85NC_009143GTAA344601446111150 %25 %25 %0 %9 %134093200
86NC_009143AT645127451371150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
87NC_009143A13464704648213100 %0 %0 %0 %0 %Non-Coding
88NC_009143A16466774669216100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
89NC_009143ATA446989470001266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
90NC_009143AGAA347320473301175 %0 %25 %0 %9 %Non-Coding
91NC_009143TATTT347440474541520 %80 %0 %0 %6 %Non-Coding
92NC_009143AATT547463474811950 %50 %0 %0 %10 %Non-Coding
93NC_009143ATA447485474961266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
94NC_009143T154782547839150 %100 %0 %0 %6 %Non-Coding
95NC_009143T144795847971140 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
96NC_009143AAAG348316483261175 %0 %25 %0 %9 %Non-Coding
97NC_009143T184834648363180 %100 %0 %0 %5 %Non-Coding
98NC_009143AGT449544495551233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %154795218
99NC_009143T175012750143170 %100 %0 %0 %5 %Non-Coding
100NC_009143TA650745507561250 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
101NC_009143ATAAAA350837508541883.33 %16.67 %0 %0 %5 %Non-Coding
102NC_009143A16508455086016100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
103NC_009143AAAG351241512511175 %0 %25 %0 %9 %Non-Coding
104NC_009143A19515875160519100 %0 %0 %0 %5 %Non-Coding
105NC_009143T155163851652150 %100 %0 %0 %6 %Non-Coding
106NC_009143ACAA451754517681575 %0 %0 %25 %6 %Non-Coding
107NC_009143TTTTTG35179951816180 %83.33 %16.67 %0 %5 %Non-Coding
108NC_009143ATTTT351818518321520 %80 %0 %0 %6 %Non-Coding
109NC_009143AATA352939529501275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
110NC_009143ATA454920549321366.67 %33.33 %0 %0 %7 %134093206
111NC_009143AAAT354934549441175 %25 %0 %0 %9 %Non-Coding
112NC_009143TAAA355141551521275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
113NC_009143T165534955364160 %100 %0 %0 %6 %Non-Coding
114NC_009143TAT459626596361133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
115NC_009143AATA359962599731275 %25 %0 %0 %0 %Non-Coding
116NC_009143AAAC360473604841275 %0 %0 %25 %8 %Non-Coding
117NC_009143T156115161165150 %100 %0 %0 %6 %Non-Coding
118NC_009143TA761219612311350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
119NC_009143CTTT36192961941130 %75 %0 %25 %7 %134093212
120NC_009143T126223862249120 %100 %0 %0 %8 %Non-Coding
121NC_009143AT662477624871150 %50 %0 %0 %9 %134093213
122NC_009143TTCTT36339463408150 %80 %0 %20 %6 %Non-Coding
123NC_009143A15634546346815100 %0 %0 %0 %0 %Non-Coding
124NC_009143CTTTTG36348063496170 %66.67 %16.67 %16.67 %5 %Non-Coding
125NC_009143T126350363514120 %100 %0 %0 %8 %Non-Coding
126NC_009143A12639556396612100 %0 %0 %0 %8 %Non-Coding
127NC_009143AT1463970639952650 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
128NC_009143TAT464215642261233.33 %66.67 %0 %0 %8 %Non-Coding
129NC_009143TAAA364636646471275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
130NC_009143TAA465489655001266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
131NC_009143T176580465820170 %100 %0 %0 %5 %Non-Coding
132NC_009143AAAT465915659301675 %25 %0 %0 %6 %Non-Coding
133NC_009143ATT466050660601133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
134NC_009143A12663386634912100 %0 %0 %0 %8 %Non-Coding
135NC_009143A17664866650217100 %0 %0 %0 %5 %Non-Coding
136NC_009143T126650366514120 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
137NC_009143TA767042670541350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
138NC_009143ATA567058670731666.67 %33.33 %0 %0 %6 %Non-Coding
139NC_009143AAGT367167671771150 %25 %25 %0 %9 %Non-Coding
140NC_009143T126735967370120 %100 %0 %0 %8 %Non-Coding
141NC_009143ATA467397674071166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
142NC_009143A12674226743312100 %0 %0 %0 %8 %Non-Coding
143NC_009143TACA367596676071250 %25 %0 %25 %8 %Non-Coding
144NC_009143AGTA367704677141150 %25 %25 %0 %9 %134093220
145NC_009143TACA368444684551250 %25 %0 %25 %8 %134093221
146NC_009143AT668566685771250 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
147NC_009143TAAA369118691291275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
148NC_009143TATT369130691411225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
149NC_009143TTTC36967269684130 %75 %0 %25 %7 %Non-Coding
150NC_009143T136979369805130 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
151NC_009143CTG47081570826120 %33.33 %33.33 %33.33 %8 %157649037
152NC_009143A12710687107912100 %0 %0 %0 %8 %157649037
153NC_009143A18713077132418100 %0 %0 %0 %5 %157649037
154NC_009143T157133571349150 %100 %0 %0 %6 %157649037
155NC_009143TAA471366713761166.67 %33.33 %0 %0 %9 %157649037
156NC_009143TTTC47159071604150 %75 %0 %25 %6 %157649037
157NC_009143TGAA373071730811150 %25 %25 %0 %9 %157649037
158NC_009143TCT47471574726120 %66.67 %0 %33.33 %8 %157649037
159NC_009143TAA475365753761266.67 %33.33 %0 %0 %8 %157649037
160NC_009143AAT475374753851266.67 %33.33 %0 %0 %8 %157649037
161NC_009143TTTC37580975820120 %75 %0 %25 %0 %157649037
162NC_009143TTTC37647076480110 %75 %0 %25 %9 %157649037
163NC_009143ATC476483764941233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %157649037
164NC_009143TTTCTA377302773191816.67 %66.67 %0 %16.67 %5 %157649037
165NC_009143CAGT377719777291125 %25 %25 %25 %9 %157649037
166NC_009143TTTA477795778111725 %75 %0 %0 %5 %157649037
167NC_009143TCT47926179272120 %66.67 %0 %33.33 %8 %157649037
168NC_009143TTCT37994679957120 %75 %0 %25 %8 %157649037
169NC_009143T128103181042120 %100 %0 %0 %8 %157649037
170NC_009143A13813938140513100 %0 %0 %0 %0 %157649037
171NC_009143T158162981643150 %100 %0 %0 %6 %157649037
172NC_009143A18822488226518100 %0 %0 %0 %5 %157649037
173NC_009143TA782954829661350 %50 %0 %0 %7 %157649037
174NC_009143T178378583801170 %100 %0 %0 %5 %157649037
175NC_009143ATTT383860838701125 %75 %0 %0 %9 %157649037
176NC_009143T268391683941260 %100 %0 %0 %7 %157649037
177NC_009143A13839468395813100 %0 %0 %0 %7 %157649037
178NC_009143AATG383988840001350 %25 %25 %0 %7 %157649037
179NC_009143TA684693847031150 %50 %0 %0 %9 %157649037
180NC_009143AT684818848281150 %50 %0 %0 %9 %157649037
181NC_009143TAGA385120851311250 %25 %25 %0 %8 %157649037
182NC_009143TCTTAA385196852131833.33 %50 %0 %16.67 %5 %157649037
183NC_009143TAA585265852801666.67 %33.33 %0 %0 %6 %157649037
184NC_009143T168564385658160 %100 %0 %0 %0 %157649037
185NC_009143CTT48574185752120 %66.67 %0 %33.33 %8 %157649037
186NC_009143GAT486209862191133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %157649037
187NC_009143ATATG387541875551540 %40 %20 %0 %6 %157649037
188NC_009143GAT487584875941133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %157649037
189NC_009143TTCT38929089300110 %75 %0 %25 %9 %157649037
190NC_009143CTTT39048990499110 %75 %0 %25 %9 %157649037
191NC_009143GAT490644906551233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %157649037
192NC_009143CTT49185691867120 %66.67 %0 %33.33 %8 %157649037
193NC_009143TGAT392311923231325 %50 %25 %0 %7 %157649037
194NC_009143TGAT392353923651325 %50 %25 %0 %7 %157649037
195NC_009143AATA393203932151375 %25 %0 %0 %7 %157649037
196NC_009143AATA395053950641275 %25 %0 %0 %8 %157649037
197NC_009143CATT495552955661525 %50 %0 %25 %6 %157649037
198NC_009143TCCGG39620896222150 %20 %40 %40 %6 %157649037
199NC_009143TTTCG39878898801140 %60 %20 %20 %7 %157649037
200NC_009143TAGATA398891989081850 %33.33 %16.67 %0 %5 %157649037
201NC_009143TTTGTT39921899236190 %83.33 %16.67 %0 %10 %157649037
202NC_009143ATAAGA31005171005341866.67 %16.67 %16.67 %0 %5 %134093225
203NC_009143TATT41006391006551725 %75 %0 %0 %5 %134093225
204NC_009143TATTAG31011811012032333.33 %50 %16.67 %0 %8 %134093225
205NC_009143ATTAGT41012031012252333.33 %50 %16.67 %0 %8 %134093225
206NC_009143ATCC31044861044971225 %25 %0 %50 %8 %134093225
207NC_009143AAGG31050201050301150 %0 %50 %0 %9 %134093225
208NC_009143AAAGA41052111052302080 %0 %20 %0 %5 %134093225
209NC_009143GAGG31077401077511225 %0 %75 %0 %8 %134093225
210NC_009143AGGT31079521079631225 %25 %50 %0 %8 %134093225
211NC_009143TAAG31090721090821150 %25 %25 %0 %9 %134093225
212NC_009143A1210970210971312100 %0 %0 %0 %0 %134093225
213NC_009143T18110121110138180 %100 %0 %0 %5 %134093225
214NC_009143ATTT31101451101551125 %75 %0 %0 %9 %134093225
215NC_009143TTTCTA41109831110062416.67 %66.67 %0 %16.67 %8 %134093225
216NC_009143GAA51112251112391566.67 %0 %33.33 %0 %6 %134093225
217NC_009143AAG51128961129101566.67 %0 %33.33 %0 %6 %134093225
218NC_009143ATTT31131731131831125 %75 %0 %0 %9 %134093225
219NC_009143TAA41135621135731266.67 %33.33 %0 %0 %8 %134093225
220NC_009143CAAAA31136241136371480 %0 %0 %20 %7 %134093225
221NC_009143ATT71136531136742233.33 %66.67 %0 %0 %9 %134093225
222NC_009143AAG41143191143301266.67 %0 %33.33 %0 %8 %134093225
223NC_009143AAAT31144931145031175 %25 %0 %0 %9 %134093225
224NC_009143TTA41151841151951233.33 %66.67 %0 %0 %8 %134093225
225NC_009143A1311519811521013100 %0 %0 %0 %0 %134093225
226NC_009143A1211562211563312100 %0 %0 %0 %0 %134093225
227NC_009143T12115638115649120 %100 %0 %0 %0 %134093225
228NC_009143T15117066117080150 %100 %0 %0 %6 %134093225
229NC_009143ATA41170811170931366.67 %33.33 %0 %0 %7 %134093225
230NC_009143A1311871211872413100 %0 %0 %0 %7 %134093225
231NC_009143TAA41187221187331266.67 %33.33 %0 %0 %8 %134093225
232NC_009143ATGA31191401191511250 %25 %25 %0 %8 %134093225
233NC_009143AAT41200241200351266.67 %33.33 %0 %0 %8 %134093225
234NC_009143A1212071612072712100 %0 %0 %0 %8 %134093225
235NC_009143TTC5121780121794150 %66.67 %0 %33.33 %6 %134093225
236NC_009143T13122421122433130 %100 %0 %0 %7 %134093225
237NC_009143A1212245012246112100 %0 %0 %0 %0 %134093225
238NC_009143AT101226881227082150 %50 %0 %0 %9 %134093225
239NC_009143AT111227391227592150 %50 %0 %0 %9 %134093225
240NC_009143AATA31229741229851275 %25 %0 %0 %8 %134093225
241NC_009143CT6124388124399120 %50 %0 %50 %8 %134093225
242NC_009143TGGG3124745124755110 %25 %75 %0 %9 %134093225
243NC_009143TAA41252391252511366.67 %33.33 %0 %0 %7 %134093225
244NC_009143T13125352125364130 %100 %0 %0 %7 %134093225
245NC_009143A1612541112542616100 %0 %0 %0 %0 %134093225
246NC_009143TTA41258251258361233.33 %66.67 %0 %0 %8 %134093225
247NC_009143ATTT31265901266011225 %75 %0 %0 %8 %134093225
248NC_009143T14126776126789140 %100 %0 %0 %7 %134093225
249NC_009143CATT31273161273271225 %50 %0 %25 %0 %134093225
250NC_009143AT71277361277491450 %50 %0 %0 %7 %134093225
251NC_009143TTAG31278691278801225 %50 %25 %0 %8 %134093225
252NC_009143GATT31280551280651125 %50 %25 %0 %9 %134093225
253NC_009143ATTT41281541281681525 %75 %0 %0 %6 %134093225
254NC_009143GTTT3128200128210110 %75 %25 %0 %9 %134093225
255NC_009143TTTC3128234128244110 %75 %0 %25 %9 %134093225
256NC_009143GAA41302201302311266.67 %0 %33.33 %0 %8 %134093225
257NC_009143TTC6130920130938190 %66.67 %0 %33.33 %10 %134093225
258NC_009143ATAGAA41311621311852466.67 %16.67 %16.67 %0 %8 %134093225
259NC_009143A1213190113191212100 %0 %0 %0 %8 %134093225
260NC_009143TTAAA31319851319991560 %40 %0 %0 %6 %134093225
261NC_009143A1813202913204618100 %0 %0 %0 %5 %134093225
262NC_009143T12132450132461120 %100 %0 %0 %0 %134093225
263NC_009143CTTA31330811330911125 %50 %0 %25 %9 %134093225
264NC_009143TTCTT4136932136951200 %80 %0 %20 %5 %134093225
265NC_009143CCTT3137133137143110 %50 %0 %50 %9 %134093225
266NC_009143GGAT31376661376771225 %25 %50 %0 %8 %134093225
267NC_009143ACTAAT41409381409602350 %33.33 %0 %16.67 %8 %134093225
268NC_009143CTAATA41409601409822350 %33.33 %0 %16.67 %8 %134093225
269NC_009143ATAA61415091415322475 %25 %0 %0 %8 %134093225
270NC_009143ATCTAT31432561432731833.33 %50 %0 %16.67 %0 %Non-Coding
271NC_009143A1214351014352112100 %0 %0 %0 %8 %Non-Coding
272NC_009143ACCGG31459401459541520 %0 %40 %40 %6 %Non-Coding
273NC_009143AATG41465971466111550 %25 %25 %0 %6 %134093272
274NC_009143CATAC31472951473081440 %20 %0 %40 %7 %Non-Coding
275NC_009143TGAT31499351499471325 %50 %25 %0 %7 %134093274
276NC_009143ACC41500351500451133.33 %0 %0 %66.67 %9 %134093274
277NC_009143ATC41515081515191233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %134093274
278NC_009143AAAG31516641516741175 %0 %25 %0 %9 %134093274
279NC_009143TATT31527351527461225 %75 %0 %0 %8 %134093274
280NC_009143ATC41545691545791133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
281NC_009143ATC41559441559541133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %134093276
282NC_009143GAA51564101564241566.67 %0 %33.33 %0 %6 %134093276
283NC_009143A1815650515652218100 %0 %0 %0 %5 %Non-Coding
284NC_009143TTA51568831568981633.33 %66.67 %0 %0 %6 %Non-Coding
285NC_009143TTTA31569001569101125 %75 %0 %0 %9 %Non-Coding
286NC_009143TAAGAG31569511569681850 %16.67 %33.33 %0 %5 %Non-Coding
287NC_009143AGAA31569951570051175 %0 %25 %0 %9 %Non-Coding