ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Nuphar advena chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008788	CAG	4	774	785	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	121720593
2	NC_008788	AAGT	3	880	890	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	121720593
3	NC_008788	TCTAT	3	1384	1397	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
4	NC_008788	TCCA	3	1407	1419	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
5	NC_008788	TTCA	3	1745	1756	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_008788	A	14	4185	4198	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_008788	ATCT	3	4428	4439	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
8	NC_008788	ATTCT	3	4448	4462	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
9	NC_008788	AAATA	4	4510	4529	20	80 %	20 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
10	NC_008788	A	13	4774	4786	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_008788	GGAT	3	5173	5184	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	121720595
12	NC_008788	C	15	5193	5207	15	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	121720595
13	NC_008788	A	17	5351	5367	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	121720595
14	NC_008788	ATA	4	6809	6819	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_008788	TATGTA	4	6859	6882	24	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	4 %	Non-Coding
16	NC_008788	A	13	6882	6894	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008788	TGT	4	7100	7112	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_008788	TCT	4	7467	7477	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
19	NC_008788	TAGA	3	7754	7764	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_008788	A	12	7911	7922	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_008788	AGAA	3	8093	8104	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_008788	AATTTG	3	8491	8509	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
23	NC_008788	TCAA	3	8575	8587	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
24	NC_008788	AT	6	8884	8895	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_008788	GA	6	9555	9566	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_008788	AT	11	9720	9740	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_008788	A	16	10122	10137	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008788	AACTAT	4	10141	10163	23	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	4 %	Non-Coding
29	NC_008788	GTTT	3	10260	10271	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_008788	TACTTA	3	13705	13721	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	121720599
31	NC_008788	GATT	3	14235	14246	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	121720599
32	NC_008788	CTAT	3	14284	14294	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	121720599
33	NC_008788	GAAA	3	14691	14701	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_008788	TTAA	5	15216	15236	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_008788	TTAT	4	15239	15254	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_008788	CTT	4	15487	15498	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
37	NC_008788	TGAT	4	15938	15952	15	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_008788	GTT	4	16029	16040	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_008788	ATT	5	16430	16443	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
40	NC_008788	TTC	4	16937	16948	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	121720601
41	NC_008788	AATT	4	17307	17322	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
42	NC_008788	CTTAT	3	17430	17444	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008788	ATT	4	18282	18294	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_008788	TCAA	3	18629	18640	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	121720603
45	NC_008788	CGAAT	3	19407	19422	16	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	121720603
46	NC_008788	ATT	4	19518	19529	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	121720603
47	NC_008788	T	16	20410	20425	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	121720603
48	NC_008788	ATTCC	3	24107	24120	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	121720604
49	NC_008788	GAAT	3	24600	24610	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	121720604
50	NC_008788	TTC	4	25264	25275	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	121720604
51	NC_008788	GTT	4	25485	25496	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	121720604
52	NC_008788	CTT	4	27266	27277	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	121720605
53	NC_008788	GAAA	3	28131	28143	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	121720605
54	NC_008788	TAGAA	3	28203	28218	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	121720605
55	NC_008788	AT	6	28903	28914	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_008788	GGAG	4	28928	28943	16	25 %	0 %	75 %	0 %	6 %	Non-Coding
57	NC_008788	A	12	29066	29077	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_008788	ATA	4	29231	29241	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_008788	TAGT	3	29387	29397	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_008788	GTT	4	29629	29640	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_008788	ATTT	3	29689	29701	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_008788	A	13	30579	30591	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_008788	ATGT	3	30703	30714	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_008788	CAA	4	30738	30748	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
65	NC_008788	TAT	4	30964	30975	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_008788	ATTT	3	31652	31664	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_008788	TA	13	32177	32201	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_008788	TA	11	32202	32223	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_008788	CTAT	3	32363	32375	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
70	NC_008788	A	13	33087	33099	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_008788	ATT	4	33494	33506	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_008788	GATA	3	33600	33611	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_008788	TAATCA	3	34356	34372	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
74	NC_008788	TA	7	34696	34708	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_008788	AT	6	34712	34722	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_008788	TA	7	34730	34742	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_008788	AT	6	34746	34756	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_008788	TA	7	34764	34776	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_008788	AT	7	34781	34796	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
80	NC_008788	AT	8	34807	34823	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
81	NC_008788	CTC	4	35153	35164	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
82	NC_008788	ATT	4	35169	35180	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008788	A	16	35578	35593	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
84	NC_008788	GTTAA	3	35789	35802	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_008788	TAACTA	3	35976	35992	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
86	NC_008788	TAT	4	36040	36051	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008788	TGGG	3	37838	37848	11	0 %	25 %	75 %	0 %	9 %	121720609
88	NC_008788	GAAA	3	38002	38013	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	121720609
89	NC_008788	CAAAC	3	39145	39159	15	60 %	0 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
90	NC_008788	AG	6	39191	39201	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_008788	TA	7	39397	39410	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_008788	TCA	4	43128	43138	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	121720612
93	NC_008788	GCA	4	44307	44318	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	121720613
94	NC_008788	AT	6	45596	45607	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_008788	CAA	4	46122	46132	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
96	NC_008788	ATCA	3	46543	46553	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	121720614
97	NC_008788	TCTT	4	47103	47118	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	121720614
98	NC_008788	ACTA	3	48325	48335	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
99	NC_008788	ATATTA	3	48601	48617	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
100	NC_008788	TTTA	3	48975	48986	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_008788	TAGTT	3	50632	50645	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_008788	TTATTT	3	51347	51365	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
103	NC_008788	TAT	8	51398	51421	24	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_008788	CTT	4	52341	52352	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
105	NC_008788	TA	7	52715	52728	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_008788	CCAAC	3	52887	52900	14	40 %	0 %	0 %	60 %	7 %	121720616
107	NC_008788	CTTT	3	54114	54125	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
108	NC_008788	ACTTA	3	54658	54671	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
109	NC_008788	ATTT	3	54788	54799	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_008788	TTA	4	54982	54994	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_008788	AGTT	3	55348	55359	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_008788	TCAT	3	56123	56135	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
113	NC_008788	TTGA	5	56140	56160	21	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_008788	TA	7	56465	56477	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
115	NC_008788	ATCCA	3	59597	59611	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
116	NC_008788	AT	6	59765	59775	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_008788	AT	7	59778	59790	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_008788	TTAT	3	59855	59866	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_008788	ATATAC	3	59918	59936	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
120	NC_008788	TTA	4	59966	59976	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_008788	AAT	4	60082	60093	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_008788	GCAA	4	61846	61861	16	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008788	AT	6	62217	62228	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_008788	TTA	4	62313	62324	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_008788	GTA	4	64076	64088	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
126	NC_008788	AT	7	64582	64596	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
127	NC_008788	TA	7	64597	64609	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
128	NC_008788	CAAA	3	64811	64822	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	121720623
129	NC_008788	AT	6	65068	65079	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_008788	G	12	65114	65125	12	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008788	ATT	4	65227	65238	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_008788	TATGTA	3	66135	66151	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
133	NC_008788	CTTT	3	66300	66311	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008788	ATCAT	3	67126	67141	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	121720625
135	NC_008788	TGAA	3	67501	67512	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	121720625
136	NC_008788	AACT	3	67661	67673	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
137	NC_008788	GAT	4	67785	67795	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	121720626
138	NC_008788	AAAT	3	69148	69159	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_008788	AAAG	3	69292	69302	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
140	NC_008788	ATTT	3	70288	70299	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	121720629
141	NC_008788	TTCC	3	70884	70895	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
142	NC_008788	TTTTAC	3	70951	70969	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
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144	NC_008788	TA	9	73119	73135	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
145	NC_008788	TCT	4	73711	73722	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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242	NC_008788	ATC	4	160097	160107	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	121720677

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Nuphar advena chloroplast