ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Sorghum bicolor chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008602	ATT	4	111	123	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_008602	ACCT	3	136	147	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008602	CAG	4	1206	1217	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	118614472
4	NC_008602	AAGT	3	1312	1322	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	118614472
5	NC_008602	TCTTT	3	3112	3126	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	118614473
6	NC_008602	T	15	4201	4215	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_008602	TTTA	3	4990	5001	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_008602	TCTCT	3	5174	5187	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	118614474
9	NC_008602	TTCT	3	5637	5647	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	118614474
10	NC_008602	AAAT	3	6706	6716	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_008602	CTT	4	7273	7283	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
12	NC_008602	TTGAC	3	7468	7482	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
13	NC_008602	TAT	6	7735	7753	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
14	NC_008602	ATTT	3	9382	9393	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_008602	GAA	4	9471	9482	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_008602	TTTA	3	9686	9697	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_008602	TTTCT	5	9698	9721	24	0 %	80 %	0 %	20 %	8 %	Non-Coding
18	NC_008602	GAAA	3	11399	11410	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	118614478
19	NC_008602	TTG	4	11804	11814	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	118614478
20	NC_008602	ATTT	3	12370	12380	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_008602	ATGA	3	12449	12460	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_008602	AG	6	12523	12533	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_008602	AT	6	13831	13841	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_008602	CTTT	3	15176	15187	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
25	NC_008602	TAGG	3	15714	15725	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_008602	T	12	16940	16951	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008602	CAAT	3	17068	17080	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
28	NC_008602	TCTAT	3	17117	17132	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
29	NC_008602	CAAAGA	3	17712	17728	17	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
30	NC_008602	GTAT	3	17834	17844	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_008602	TAA	4	18550	18560	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_008602	A	15	19033	19047	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
33	NC_008602	ATAGA	3	19477	19491	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_008602	AAAG	3	19500	19511	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_008602	A	17	19580	19596	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
36	NC_008602	ATCA	3	20101	20111	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
37	NC_008602	CTTT	3	20456	20467	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
38	NC_008602	TAAA	3	20774	20785	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_008602	CTTT	3	21136	21147	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
40	NC_008602	TATAA	4	21380	21398	19	60 %	40 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
41	NC_008602	C	13	21443	21455	13	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008602	ATA	4	21471	21481	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_008602	CTA	4	21808	21819	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
44	NC_008602	TTTC	3	22864	22876	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	118614482
45	NC_008602	AGA	4	22890	22901	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118614482
46	NC_008602	AAAAG	3	23659	23672	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	118614482
47	NC_008602	AAAT	3	27212	27223	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	118614483
48	NC_008602	AGAA	3	27462	27473	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	118614483
49	NC_008602	AT	6	28529	28539	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	118614484
50	NC_008602	AGA	4	29994	30005	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118614484
51	NC_008602	TTCA	3	30202	30212	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	118614484
52	NC_008602	TTAA	3	32478	32489	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_008602	ATT	4	32548	32560	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_008602	GAAA	3	32621	32631	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_008602	ATT	4	33416	33427	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_008602	AT	6	33483	33493	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_008602	TA	6	33657	33667	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	118614486
58	NC_008602	GTT	5	34217	34231	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	118614486
59	NC_008602	TGC	4	35130	35141	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	118614487
60	NC_008602	CTTT	3	35397	35407	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
61	NC_008602	CTTT	3	35802	35812	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
62	NC_008602	ATTAGT	3	36259	36276	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	0 %	118614488
63	NC_008602	CATA	3	36702	36712	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	118614488
64	NC_008602	AAAAG	3	36717	36730	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	118614488
65	NC_008602	TAT	5	39077	39090	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_008602	AAAT	3	39881	39892	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	118614491
67	NC_008602	ATG	4	41266	41276	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	118614491
68	NC_008602	AAGA	3	42360	42371	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	118614492
69	NC_008602	GCA	4	43164	43175	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	118614492
70	NC_008602	TG	6	43201	43211	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	118614492
71	NC_008602	CTAG	3	43303	43315	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	118614492
72	NC_008602	AAG	4	45268	45279	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	157011954
73	NC_008602	ATCA	3	45311	45321	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	157011954
74	NC_008602	TCCT	3	45726	45737	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	157011954
75	NC_008602	CT	6	46789	46800	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	157011954
76	NC_008602	AAAG	3	47801	47811	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_008602	GGGGAA	3	47885	47903	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
78	NC_008602	TA	6	48731	48741	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_008602	TTAA	3	49000	49010	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_008602	GAA	4	49267	49277	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_008602	ATA	4	49287	49297	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_008602	AGAA	3	49448	49459	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_008602	GAAT	3	49650	49660	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_008602	TTGA	3	49766	49778	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_008602	T	14	50425	50438	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_008602	T	16	52583	52598	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_008602	CTTT	3	53119	53130	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
88	NC_008602	AGAA	3	53279	53289	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_008602	TTTA	3	53463	53473	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_008602	TTCT	3	53714	53724	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
91	NC_008602	CT	6	53728	53738	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
92	NC_008602	AACATA	3	54688	54704	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
93	NC_008602	TAGG	4	54856	54871	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
94	NC_008602	AATT	3	56995	57006	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_008602	AATA	3	59376	59387	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_008602	TTAT	3	60060	60071	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	118614502
97	NC_008602	AT	7	61310	61322	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_008602	ATTC	3	62191	62201	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
99	NC_008602	TTC	4	63176	63187	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	118614505
100	NC_008602	ATA	4	65417	65427	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_008602	AATAAA	4	65646	65669	24	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_008602	TTA	4	65950	65961	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_008602	AACTTA	3	66126	66144	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
104	NC_008602	TTGAA	3	66296	66310	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	118614510
105	NC_008602	CTT	5	67780	67793	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
106	NC_008602	GAAA	3	68941	68951	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_008602	TCA	4	70294	70305	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	118614537
108	NC_008602	AGAA	3	71093	71104	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	118614537
109	NC_008602	ACTT	3	73378	73388	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	118614537
110	NC_008602	ATTTTT	3	74410	74426	17	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	118614537
111	NC_008602	TAAA	5	74435	74454	20	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	118614537
112	NC_008602	CTTT	4	76947	76961	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	118614537
113	NC_008602	AGA	4	76979	76990	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	118614537
114	NC_008602	TAT	4	78036	78046	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	118614537
115	NC_008602	T	12	79202	79213	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	118614537
116	NC_008602	T	12	79220	79231	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	118614537
117	NC_008602	TTC	4	81503	81515	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	118614537
118	NC_008602	T	14	81767	81780	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	118614537
119	NC_008602	ATTT	3	81845	81856	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	118614537
120	NC_008602	CTTT	3	81884	81894	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	118614537
121	NC_008602	TTC	4	81975	81986	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	118614537
122	NC_008602	CTT	4	83102	83113	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	118614537
123	NC_008602	AGGT	3	83587	83598	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	118614537
124	NC_008602	AAT	4	83611	83623	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	118614537
125	NC_008602	GATC	3	88306	88317	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	118614537
126	NC_008602	TA	6	88647	88658	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	118614537
127	NC_008602	TCAAAA	4	89697	89720	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	118614537
128	NC_008602	ATA	4	92016	92026	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	118614537
129	NC_008602	TTTGTT	3	92938	92956	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	118614537
130	NC_008602	TTCT	3	93077	93087	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	118614537
131	NC_008602	TAC	4	93835	93846	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	118614537
132	NC_008602	TCTA	3	94786	94797	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	118614550
133	NC_008602	AAAC	3	98003	98015	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	118614550
134	NC_008602	ATCC	3	98138	98149	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	118614550
135	NC_008602	CTAT	3	98526	98537	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	118614550
136	NC_008602	ACGG	3	101395	101406	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	118614550
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138	NC_008602	AACG	3	103004	103015	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	118614550
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162	NC_008602	AGGA	3	126115	126126	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	118614550
163	NC_008602	GGAT	3	126339	126350	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	118614550
164	NC_008602	ATAAGC	3	126936	126953	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	118614550
165	NC_008602	TA	7	129687	129700	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	118614550
166	NC_008602	GTA	4	130642	130653	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	118614550
167	NC_008602	AGAA	3	131401	131411	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	118614551
168	NC_008602	A	13	131961	131973	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
169	NC_008602	TTTTGA	4	134768	134791	24	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
170	NC_008602	TCTTCA	3	136913	136930	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
171	NC_008602	TGAA	3	138065	138076	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Sorghum bicolor chloroplast