ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Perfect Repeats of Tripsacum dactyloides mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008362	ACTTC	7	3056	3090	35	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_008362	ATAAG	8	5395	5434	40	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008362	TTTGAC	5	12594	12623	30	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_008362	ATAAG	3	12790	12804	15	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008362	ATAAGA	36	14942	15157	216	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008362	CTTT	3	15475	15486	12	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_008362	TAAGA	11	18860	18914	55	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008362	AGT	4	23290	23301	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008362	TAT	4	25171	25182	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008362	GATTA	5	32236	32260	25	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008362	TATAT	9	32259	32303	45	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008362	TAGAG	10	32542	32591	50	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008362	TCTTTA	28	39043	39210	168	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_008362	AATG	3	41597	41608	12	50 %	25 %	25 %	0 %	11527862
15	NC_008362	AGAA	3	42947	42958	12	75 %	0 %	25 %	0 %	11527862
16	NC_008362	TCTA	3	46369	46380	12	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_008362	TAAAG	14	49941	50010	70	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008362	AAGC	3	51976	51987	12	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_008362	CTATA	10	52949	52998	50	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_008362	AGTC	3	61635	61646	12	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_008362	ACTAA	6	64966	64995	30	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_008362	CAAG	3	66115	66126	12	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_008362	ATAGAG	6	72825	72860	36	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	11527861
24	NC_008362	CTTG	3	74198	74209	12	0 %	50 %	25 %	25 %	11527861
25	NC_008362	TAAGTG	4	76993	77016	24	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11527861
26	NC_008362	TATTGG	4	78271	78294	24	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	11527861
27	NC_008362	CTAAAT	8	79007	79054	48	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	11527861
28	NC_008362	TACC	3	86313	86324	12	25 %	25 %	0 %	50 %	11527861
29	NC_008362	CTGA	3	88083	88094	12	25 %	25 %	25 %	25 %	11527861
30	NC_008362	TACTTA	14	88565	88648	84	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	11527861
31	NC_008362	AACAA	3	98778	98792	15	80 %	0 %	0 %	20 %	11527861
32	NC_008362	CTAATA	13	104342	104419	78	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	11527861
33	NC_008362	TACTAA	12	104424	104495	72	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	11527861
34	NC_008362	TACTAA	12	104502	104573	72	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	11527861
35	NC_008362	ATAAAA	33	113270	113467	198	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	11527861
36	NC_008362	TAGC	3	122173	122184	12	25 %	25 %	25 %	25 %	11527861
37	NC_008362	TGTT	3	127185	127196	12	0 %	75 %	25 %	0 %	11527861
38	NC_008362	ACCT	4	130218	130233	16	25 %	25 %	0 %	50 %	11527861
39	NC_008362	TACTA	13	131613	131677	65	40 %	40 %	0 %	20 %	11527861
40	NC_008362	TCCAT	7	138615	138649	35	20 %	40 %	0 %	40 %	11527861
41	NC_008362	TATAG	11	148434	148488	55	40 %	40 %	20 %	0 %	11527861
42	NC_008362	AG	6	153911	153922	12	50 %	0 %	50 %	0 %	11527861
43	NC_008362	GAGC	3	156600	156611	12	25 %	0 %	50 %	25 %	11527861
44	NC_008362	ATGAG	5	157393	157417	25	40 %	20 %	40 %	0 %	11527861
45	NC_008362	TTAAGA	11	164204	164269	66	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	11527861
46	NC_008362	TTCTA	7	165439	165473	35	20 %	60 %	0 %	20 %	11527861
47	NC_008362	A	14	173596	173609	14	100 %	0 %	0 %	0 %	11527861
48	NC_008362	TATAA	3	178382	178396	15	60 %	40 %	0 %	0 %	11527861
49	NC_008362	AGTA	3	184876	184887	12	50 %	25 %	25 %	0 %	11527861
50	NC_008362	AAAGT	9	188739	188783	45	60 %	20 %	20 %	0 %	11527861
51	NC_008362	ATG	4	189758	189769	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11527861
52	NC_008362	GCAA	3	195056	195067	12	50 %	0 %	25 %	25 %	11527861
53	NC_008362	ATCAA	5	198212	198236	25	60 %	20 %	0 %	20 %	11527861
54	NC_008362	TGAA	3	199132	199143	12	50 %	25 %	25 %	0 %	11527861
55	NC_008362	CTATA	21	200233	200337	105	40 %	40 %	0 %	20 %	11527861
56	NC_008362	ACC	4	202916	202927	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	11527861
57	NC_008362	AAGA	3	203053	203064	12	75 %	0 %	25 %	0 %	11527861
58	NC_008362	TCCTTA	3	204527	204544	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	11527861
59	NC_008362	TGGT	3	204724	204735	12	0 %	50 %	50 %	0 %	11527861
60	NC_008362	AAGTA	34	205241	205410	170	60 %	20 %	20 %	0 %	11527861
61	NC_008362	TCTAAG	5	208023	208052	30	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	11527861
62	NC_008362	TATAAG	19	208053	208166	114	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	11527861
63	NC_008362	A	13	211022	211034	13	100 %	0 %	0 %	0 %	11527861
64	NC_008362	TAAA	3	225455	225466	12	75 %	25 %	0 %	0 %	11527861
65	NC_008362	AAGA	3	225663	225674	12	75 %	0 %	25 %	0 %	11527861
66	NC_008362	TCTTT	13	230604	230668	65	0 %	80 %	0 %	20 %	11527861
67	NC_008362	TATTAG	21	230678	230803	126	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	11527861
68	NC_008362	ACT	4	233430	233441	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11527861
69	NC_008362	ACTC	3	242859	242870	12	25 %	25 %	0 %	50 %	11527861
70	NC_008362	CCATTT	24	245638	245781	144	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	11527861
71	NC_008362	CAA	4	248893	248904	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11527861
72	NC_008362	TCGC	3	259580	259591	12	0 %	25 %	25 %	50 %	11527861
73	NC_008362	TAGCCC	7	259877	259918	42	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	11527861
74	NC_008362	CTAAGT	15	261316	261405	90	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	11527861
75	NC_008362	TTC	4	262021	262032	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11527861
76	NC_008362	GGGC	3	267766	267777	12	0 %	0 %	75 %	25 %	11527861
77	NC_008362	CCAA	3	271427	271438	12	50 %	0 %	0 %	50 %	11527861
78	NC_008362	AAGA	3	276472	276483	12	75 %	0 %	25 %	0 %	11527861
79	NC_008362	ACTAA	3	277389	277403	15	60 %	20 %	0 %	20 %	11527861
80	NC_008362	ACAG	3	277866	277877	12	50 %	0 %	25 %	25 %	11527861
81	NC_008362	ACTG	3	278695	278706	12	25 %	25 %	25 %	25 %	11527861
82	NC_008362	CCGG	3	279843	279854	12	0 %	0 %	50 %	50 %	11527861
83	NC_008362	TCT	4	280812	280823	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11527861
84	NC_008362	ATTAAG	20	284210	284329	120	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	11527861
85	NC_008362	AAAG	3	287715	287726	12	75 %	0 %	25 %	0 %	11527861
86	NC_008362	TATAT	10	292713	292762	50	40 %	60 %	0 %	0 %	11527861
87	NC_008362	CTTCTG	4	298663	298686	24	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	11527861
88	NC_008362	CTT	4	303694	303705	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11527861
89	NC_008362	TGAG	3	307631	307642	12	25 %	25 %	50 %	0 %	11527861
90	NC_008362	ACCAT	14	309097	309166	70	40 %	20 %	0 %	40 %	11527861
91	NC_008362	AAGA	3	310602	310613	12	75 %	0 %	25 %	0 %	11527861
92	NC_008362	TCTAAT	7	316952	316993	42	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	11527861
93	NC_008362	TAA	4	317758	317769	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11527861
94	NC_008362	TAATA	25	318914	319038	125	60 %	40 %	0 %	0 %	11527861
95	NC_008362	GAC	4	325388	325399	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	11527861
96	NC_008362	ATACGA	11	328946	329011	66	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	11527861
97	NC_008362	TTGG	3	331560	331571	12	0 %	50 %	50 %	0 %	11527861
98	NC_008362	TAAG	3	335196	335207	12	50 %	25 %	25 %	0 %	11527861
99	NC_008362	CAATA	16	337209	337288	80	60 %	20 %	0 %	20 %	11527861
100	NC_008362	AGTAA	5	344807	344831	25	60 %	20 %	20 %	0 %	11527861
101	NC_008362	TATAC	9	349586	349630	45	40 %	40 %	0 %	20 %	11527861
102	NC_008362	ATAGT	18	358656	358745	90	40 %	40 %	20 %	0 %	11527861
103	NC_008362	AAGGAA	9	358785	358838	54	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	11527861
104	NC_008362	GTAGA	15	362206	362280	75	40 %	20 %	40 %	0 %	11527861
105	NC_008362	TTTGA	12	365403	365462	60	20 %	60 %	20 %	0 %	11527861
106	NC_008362	TTC	4	366167	366178	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11527861
107	NC_008362	ACAG	3	369015	369026	12	50 %	0 %	25 %	25 %	11527861
108	NC_008362	TCTTA	3	375509	375523	15	20 %	60 %	0 %	20 %	11527861
109	NC_008362	AGTAA	5	378368	378392	25	60 %	20 %	20 %	0 %	11527861
110	NC_008362	CTATT	3	380078	380092	15	20 %	60 %	0 %	20 %	11527861
111	NC_008362	AAAG	3	382642	382653	12	75 %	0 %	25 %	0 %	11527861
112	NC_008362	TTA	4	384285	384296	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11527861
113	NC_008362	TATAAG	3	385562	385579	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	11527861
114	NC_008362	AAG	4	388894	388905	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	11527861
115	NC_008362	TTAGTA	6	397214	397249	36	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	11527861
116	NC_008362	CAGA	3	402999	403010	12	50 %	0 %	25 %	25 %	11527861
117	NC_008362	TATAG	26	411081	411210	130	40 %	40 %	20 %	0 %	11527861
118	NC_008362	ATA	4	411499	411510	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11527861
119	NC_008362	ATT	4	411527	411538	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11527861
120	NC_008362	CTATGG	3	417380	417397	18	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	11527861
121	NC_008362	TAACCT	15	418499	418588	90	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11527861
122	NC_008362	ATAAG	30	418974	419123	150	60 %	20 %	20 %	0 %	11527861
123	NC_008362	ATGA	3	422449	422460	12	50 %	25 %	25 %	0 %	11527861
124	NC_008362	TACTA	21	422729	422833	105	40 %	40 %	0 %	20 %	11527861
125	NC_008362	ACTAA	6	424818	424847	30	60 %	20 %	0 %	20 %	11527861
126	NC_008362	TTTCAC	4	433256	433279	24	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	11527861
127	NC_008362	TTCC	3	436523	436534	12	0 %	50 %	0 %	50 %	11527861
128	NC_008362	CTGAAA	5	438032	438061	30	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	11527861
129	NC_008362	ACGAA	7	439076	439110	35	60 %	0 %	20 %	20 %	11527861
130	NC_008362	TAA	4	447491	447502	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11527861
131	NC_008362	TACTA	3	448613	448627	15	40 %	40 %	0 %	20 %	11527861
132	NC_008362	TATGA	5	448663	448687	25	40 %	40 %	20 %	0 %	11527861
133	NC_008362	TATAG	11	460134	460188	55	40 %	40 %	20 %	0 %	11527861
134	NC_008362	AG	6	465611	465622	12	50 %	0 %	50 %	0 %	11527861
135	NC_008362	GAGC	3	468300	468311	12	25 %	0 %	50 %	25 %	11527861
136	NC_008362	ATGAG	5	469093	469117	25	40 %	20 %	40 %	0 %	11527861
137	NC_008362	TTAAGA	11	475904	475969	66	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	11527861
138	NC_008362	TTCTA	7	477139	477173	35	20 %	60 %	0 %	20 %	11527861
139	NC_008362	A	14	485296	485309	14	100 %	0 %	0 %	0 %	11527861
140	NC_008362	TATAA	3	490082	490096	15	60 %	40 %	0 %	0 %	11527861
141	NC_008362	AGTA	3	496576	496587	12	50 %	25 %	25 %	0 %	11527861
142	NC_008362	AAAGT	9	500439	500483	45	60 %	20 %	20 %	0 %	11527861
143	NC_008362	ATG	4	501458	501469	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11527861
144	NC_008362	GCAA	3	506756	506767	12	50 %	0 %	25 %	25 %	11527861
145	NC_008362	ATCAA	5	509912	509936	25	60 %	20 %	0 %	20 %	11527861
146	NC_008362	TGAA	3	510832	510843	12	50 %	25 %	25 %	0 %	11527861
147	NC_008362	CTATA	21	511933	512037	105	40 %	40 %	0 %	20 %	11527861
148	NC_008362	ACC	4	514616	514627	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	11527861
149	NC_008362	AAGA	3	514753	514764	12	75 %	0 %	25 %	0 %	11527861
150	NC_008362	TCCTTA	3	516227	516244	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	11527861
151	NC_008362	TGGT	3	516424	516435	12	0 %	50 %	50 %	0 %	11527861
152	NC_008362	AAGTA	34	516941	517110	170	60 %	20 %	20 %	0 %	11527861
153	NC_008362	TCTAAG	5	519723	519752	30	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	11527861
154	NC_008362	TATAAG	19	519753	519866	114	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	11527861
155	NC_008362	A	13	522722	522734	13	100 %	0 %	0 %	0 %	11527861
156	NC_008362	TAAA	3	537155	537166	12	75 %	25 %	0 %	0 %	11527861
157	NC_008362	AAGA	3	537363	537374	12	75 %	0 %	25 %	0 %	11527861
158	NC_008362	TCTTT	13	542304	542368	65	0 %	80 %	0 %	20 %	11527861
159	NC_008362	TATTAG	21	542378	542503	126	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	11527861
160	NC_008362	ACT	4	545130	545141	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11527861
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162	NC_008362	CCATTT	24	557338	557481	144	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	11527861
163	NC_008362	GAAA	3	566910	566921	12	75 %	0 %	25 %	0 %	11527861
164	NC_008362	ACA	4	568070	568081	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11527861
165	NC_008362	TTC	4	576554	576565	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11527861
166	NC_008362	GCTT	3	577599	577610	12	0 %	50 %	25 %	25 %	11527861
167	NC_008362	AGGCAG	3	579406	579423	18	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	11527861
168	NC_008362	ACTTA	3	583228	583242	15	40 %	40 %	0 %	20 %	11527861
169	NC_008362	T	13	583566	583578	13	0 %	100 %	0 %	0 %	11527861
170	NC_008362	ATCCC	5	586813	586837	25	20 %	20 %	0 %	60 %	11527861
171	NC_008362	ATAGA	15	587986	588060	75	60 %	20 %	20 %	0 %	11527861
172	NC_008362	TCTT	3	596273	596284	12	0 %	75 %	0 %	25 %	11527861
173	NC_008362	TATGG	14	597719	597788	70	20 %	40 %	40 %	0 %	11527861
174	NC_008362	TATAC	9	598954	598998	45	40 %	40 %	0 %	20 %	11527861
175	NC_008362	TTCTGG	3	603530	603547	18	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	11527861
176	NC_008362	CTA	40	609867	609986	120	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11527861
177	NC_008362	TAATA	14	610452	610521	70	60 %	40 %	0 %	0 %	11527861
178	NC_008362	CACTTT	9	610959	611012	54	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	11527861
179	NC_008362	TTTG	3	611652	611663	12	0 %	75 %	25 %	0 %	11527861
180	NC_008362	ATT	4	612340	612351	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11527861
181	NC_008362	TTTAG	3	613426	613440	15	20 %	60 %	20 %	0 %	11527861
182	NC_008362	TCCT	3	613955	613966	12	0 %	50 %	0 %	50 %	11527861
183	NC_008362	TAAGTT	6	615473	615508	36	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	11527861
184	NC_008362	AG	6	616046	616057	12	50 %	0 %	50 %	0 %	11527861
185	NC_008362	TTCAAT	24	619816	619959	144	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	11527861
186	NC_008362	TCTT	3	621669	621680	12	0 %	75 %	0 %	25 %	11527861
187	NC_008362	ATAGG	9	624783	624827	45	40 %	20 %	40 %	0 %	11527861
188	NC_008362	CTATGG	14	625646	625729	84	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	11527861
189	NC_008362	ACCATA	13	629260	629337	78	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	11527861
190	NC_008362	TTAGTT	15	631839	631928	90	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	11527861
191	NC_008362	CTTT	3	643305	643316	12	0 %	75 %	0 %	25 %	11527861
192	NC_008362	TGG	4	643852	643863	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	11527861
193	NC_008362	TTCGT	5	644700	644724	25	0 %	60 %	20 %	20 %	11527861
194	NC_008362	CTTATC	23	645609	645746	138	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	11527861
195	NC_008362	ATAGAA	27	647756	647917	162	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	11527861
196	NC_008362	TGGAT	22	653291	653400	110	20 %	40 %	40 %	0 %	11527861
197	NC_008362	GTATA	18	654420	654509	90	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
198	NC_008362	GCCCCA	11	656262	656327	66	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
199	NC_008362	AT	6	664485	664496	12	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
200	NC_008362	CTATA	3	664543	664557	15	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
201	NC_008362	GCTTG	3	671393	671407	15	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
202	NC_008362	AAG	4	674597	674608	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
203	NC_008362	TCGT	3	679393	679404	12	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
204	NC_008362	TACTT	3	683219	683233	15	20 %	60 %	0 %	20 %	11527861
205	NC_008362	ACTTT	4	683235	683254	20	20 %	60 %	0 %	20 %	11527861
206	NC_008362	GCTA	3	686834	686845	12	25 %	25 %	25 %	25 %	11527861
207	NC_008362	ATTGAA	5	702090	702119	30	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Perfect Repeats of Tripsacum dactyloides mitochondrion