ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Sorghum bicolor mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008360	TTCTT	3	262	276	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
2	NC_008360	CTTT	3	440	450	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
3	NC_008360	TTCTTT	3	2366	2384	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
4	NC_008360	TTGGCT	3	2571	2588	18	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
5	NC_008360	GAAA	3	3312	3323	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_008360	CCTG	3	4868	4879	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	11527854
7	NC_008360	AG	6	8541	8551	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	11527854
8	NC_008360	ATAG	3	9079	9089	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11527854
9	NC_008360	TAA	4	9928	9939	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11527854
10	NC_008360	AG	7	11029	11042	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	11527854
11	NC_008360	AAG	4	11230	11241	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11527854
12	NC_008360	TCAAG	3	12416	12430	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	11527854
13	NC_008360	TTTC	3	13245	13255	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11527854
14	NC_008360	AGTA	3	16374	16384	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11527854
15	NC_008360	TAAG	3	19707	19718	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	11527854
16	NC_008360	CTT	4	20024	20034	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11527854
17	NC_008360	TTTC	3	20269	20280	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11527854
18	NC_008360	CCT	4	21597	21607	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	11527854
19	NC_008360	GAAT	3	22683	22693	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11527854
20	NC_008360	TCA	4	23778	23789	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11527854
21	NC_008360	AAAG	3	25305	25316	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11527854
22	NC_008360	AG	6	26227	26238	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	11527854
23	NC_008360	CCTT	3	26511	26523	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	11527854
24	NC_008360	ACA	5	27015	27029	15	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	6 %	11527854
25	NC_008360	AGA	4	28778	28789	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	11527854
26	NC_008360	TTAT	3	29168	29179	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11527854
27	NC_008360	CCTT	3	29339	29350	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	11527854
28	NC_008360	ACTT	3	29486	29498	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	11527854
29	NC_008360	TAGG	3	32568	32579	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	11527854
30	NC_008360	TCT	4	34289	34299	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11527854
31	NC_008360	GGGA	3	34857	34868	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	11527854
32	NC_008360	AGC	4	36011	36021	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	11527854
33	NC_008360	TCAA	3	36183	36194	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	11527854
34	NC_008360	CT	6	37022	37033	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11527854
35	NC_008360	TTAT	3	37250	37261	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	11527854
36	NC_008360	GTCT	3	37270	37281	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	11527854
37	NC_008360	GAAA	3	37670	37680	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11527854
38	NC_008360	TC	6	38500	38510	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11527854
39	NC_008360	ACT	4	39350	39360	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11527854
40	NC_008360	TC	6	40236	40247	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11527854
41	NC_008360	TTC	4	40589	40599	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11527854
42	NC_008360	ACTCTT	3	43464	43482	19	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	11527854
43	NC_008360	GAAG	3	43879	43890	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	11527854
44	NC_008360	CTA	4	44658	44668	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11527854
45	NC_008360	CCA	4	45837	45847	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	11527854
46	NC_008360	AT	7	46796	46809	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11527854
47	NC_008360	TA	7	46824	46836	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11527854
48	NC_008360	CTT	4	48941	48953	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11527854
49	NC_008360	TTC	4	49000	49011	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11527854
50	NC_008360	TGT	4	50212	50222	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	11527854
51	NC_008360	AAAG	3	51400	51410	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11527854
52	NC_008360	TA	6	52788	52799	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11527854
53	NC_008360	TTCC	3	52999	53010	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11527854
54	NC_008360	TTGA	3	53947	53961	15	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	11527854
55	NC_008360	CAC	4	54964	54975	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	11527854
56	NC_008360	GAAA	3	55130	55141	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11527854
57	NC_008360	ACTC	3	55996	56006	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	11527854
58	NC_008360	AAAG	3	56429	56440	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	11527854
59	NC_008360	ATGT	3	57101	57113	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	11527854
60	NC_008360	CTATT	3	57401	57415	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	11527854
61	NC_008360	GAA	4	57878	57889	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11527854
62	NC_008360	TTTC	3	58782	58793	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11527854
63	NC_008360	CCCAAG	3	59922	59939	18	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	5 %	11527854
64	NC_008360	AAGT	3	60249	60259	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11527854
65	NC_008360	AGT	5	60269	60283	15	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	6 %	11527854
66	NC_008360	TCAA	3	60293	60303	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	11527854
67	NC_008360	TTC	4	60681	60692	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11527854
68	NC_008360	AGA	4	61589	61600	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11527854
69	NC_008360	AAC	4	62715	62726	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	11527854
70	NC_008360	CTGA	4	62750	62766	17	25 %	25 %	25 %	25 %	5 %	11527854
71	NC_008360	ACTC	3	63167	63179	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	11527854
72	NC_008360	TCT	5	63239	63252	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11527854
73	NC_008360	CTA	4	63792	63803	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11527854
74	NC_008360	CAAA	3	64350	64360	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	11527854
75	NC_008360	GAA	4	64634	64644	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	11527854
76	NC_008360	CT	6	64781	64791	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11527854
77	NC_008360	TCATT	3	65339	65352	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	11527854
78	NC_008360	GGC	4	66083	66094	12	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	8 %	11527854
79	NC_008360	TTTGG	3	66193	66207	15	0 %	60 %	40 %	0 %	0 %	11527854
80	NC_008360	T	13	67952	67964	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	11527854
81	NC_008360	CAAG	3	68106	68116	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11527854
82	NC_008360	CATA	3	70259	70270	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	11527854
83	NC_008360	CTG	4	71031	71041	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	11527854
84	NC_008360	AACC	3	74712	74722	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	11527854
85	NC_008360	TAG	4	75807	75817	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11527854
86	NC_008360	CCTA	3	75851	75862	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	11527854
87	NC_008360	TTTC	4	76023	76039	17	0 %	75 %	0 %	25 %	5 %	11527854
88	NC_008360	TTC	4	77185	77195	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11527854
89	NC_008360	TACG	3	77616	77627	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	11527854
90	NC_008360	AGA	4	79537	79549	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	11527854
91	NC_008360	GAAA	3	79653	79665	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	11527854
92	NC_008360	AAG	4	80044	80056	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	11527854
93	NC_008360	CT	6	82004	82015	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11527854
94	NC_008360	TCAC	3	82590	82601	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	11527854
95	NC_008360	TTCC	3	82818	82828	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11527854
96	NC_008360	TCTT	3	84151	84161	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11527854
97	NC_008360	TTA	4	84671	84682	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11527854
98	NC_008360	ATT	4	85695	85706	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11527854
99	NC_008360	TCTA	3	86266	86278	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	11527854
100	NC_008360	TTTG	3	88640	88650	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	11527854
101	NC_008360	TTCT	3	88808	88818	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11527854
102	NC_008360	AT	6	88910	88920	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11527854
103	NC_008360	TA	6	89117	89127	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11527854
104	NC_008360	GCTTT	3	89406	89420	15	0 %	60 %	20 %	20 %	0 %	11527854
105	NC_008360	TGTC	3	90395	90406	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	11527854
106	NC_008360	TAT	4	91424	91434	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11527854
107	NC_008360	AT	6	93180	93190	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11527854
108	NC_008360	TC	6	95467	95477	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11527854
109	NC_008360	CGAA	3	96204	96215	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	11527854
110	NC_008360	CATC	3	96845	96856	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	11527854
111	NC_008360	GATC	3	97438	97449	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	11527854
112	NC_008360	CT	7	97562	97575	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	11527854
113	NC_008360	CTTC	3	98892	98903	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11527854
114	NC_008360	CATT	3	98911	98923	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	11527854
115	NC_008360	CTTT	3	99496	99508	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	11527854
116	NC_008360	TTTC	3	99687	99698	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11527854
117	NC_008360	TA	6	99720	99731	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11527854
118	NC_008360	CT	7	99892	99904	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	11527854
119	NC_008360	CGTA	3	100558	100568	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	11527854
120	NC_008360	GTT	4	102933	102943	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	11527854
121	NC_008360	TATT	3	103042	103052	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	11527854
122	NC_008360	AGAA	3	103335	103346	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11527854
123	NC_008360	AC	6	103543	103553	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	11527854
124	NC_008360	ACTT	3	103721	103731	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11527854
125	NC_008360	CAT	4	103889	103900	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	11527854
126	NC_008360	TA	6	104174	104185	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11527854
127	NC_008360	AACA	3	105558	105569	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	11527854
128	NC_008360	AGGAAT	3	106111	106128	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	11527854
129	NC_008360	AGGAA	3	108845	108859	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	11527854
130	NC_008360	CCTATT	3	109566	109583	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	11527854
131	NC_008360	CTTA	3	109814	109825	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11527854
132	NC_008360	AAAG	3	110274	110284	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	11527854
133	NC_008360	ACCT	4	110940	110954	15	25 %	25 %	0 %	50 %	6 %	11527854
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135	NC_008360	GTATT	3	112584	112598	15	20 %	60 %	20 %	0 %	0 %	11527854
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139	NC_008360	CTA	5	117420	117434	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	11527854
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242	NC_008360	CTTT	3	211488	211499	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11527854
243	NC_008360	ATT	4	211505	211517	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11527854
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245	NC_008360	AT	6	214291	214303	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11527854
246	NC_008360	TAT	5	214298	214312	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	11527854
247	NC_008360	ATGG	3	214430	214441	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	11527854
248	NC_008360	A	12	215878	215889	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	11527854
249	NC_008360	TTTC	3	216067	216078	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11527854
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252	NC_008360	GAA	4	217559	217570	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11527854
253	NC_008360	CTA	4	220414	220426	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	11527854
254	NC_008360	TGGTGA	3	220466	220483	18	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	5 %	11527854
255	NC_008360	CTTC	3	221193	221204	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11527854
256	NC_008360	GTTC	3	222229	222240	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	11527854
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285	NC_008360	A	12	243859	243870	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	11527854
286	NC_008360	AAGG	3	244491	244501	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	11527854
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289	NC_008360	ATCC	4	246176	246191	16	25 %	25 %	0 %	50 %	6 %	11527854
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359	NC_008360	TGCTA	3	306531	306545	15	20 %	40 %	20 %	20 %	0 %	11527854
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361	NC_008360	TCTT	5	306922	306942	21	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11527854
362	NC_008360	GTG	4	307074	307085	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	11527854
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366	NC_008360	GAT	4	310419	310429	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	11527854
367	NC_008360	TTCT	3	310611	310623	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	11527854
368	NC_008360	TCAAA	3	311643	311657	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	11527854
369	NC_008360	TAAA	3	313772	313783	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	11527854
370	NC_008360	GAAT	3	313785	313795	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11527854
371	NC_008360	AT	8	314082	314097	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	11527854
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373	NC_008360	GA	6	315384	315394	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	11527854
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496	NC_008360	AT	6	415180	415191	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11527854
497	NC_008360	TGGC	4	415673	415688	16	0 %	25 %	50 %	25 %	6 %	11527854
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500	NC_008360	GAT	4	416736	416748	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	11527854
501	NC_008360	CTGGT	3	417156	417169	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	11527854
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521	NC_008360	CAG	4	436300	436311	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
522	NC_008360	CCAT	3	437234	437246	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
523	NC_008360	TCGCT	3	437530	437544	15	0 %	40 %	20 %	40 %	6 %	Non-Coding
524	NC_008360	CTA	5	438017	438031	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
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559	NC_008360	GAA	4	466798	466809	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Sorghum bicolor mitochondrion