ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Nandina domestica chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008336	GCA	5	1067	1081	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	114329948
2	NC_008336	AAGT	3	1171	1181	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	114329948
3	NC_008336	AT	6	1744	1756	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
4	NC_008336	TGAA	3	1971	1983	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_008336	GAA	4	2111	2122	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	114329949
6	NC_008336	T	14	2969	2982	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	114329949
7	NC_008336	A	14	4358	4371	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_008336	GAAA	3	4802	4812	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_008336	T	12	5197	5208	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_008336	AAGA	3	6839	6850	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_008336	A	14	8437	8450	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_008336	A	13	8711	8723	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_008336	ATTT	3	9570	9581	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_008336	AAATAG	3	9870	9888	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
15	NC_008336	GTTT	3	10236	10247	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	114329953
16	NC_008336	ATAA	5	11677	11696	20	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
17	NC_008336	T	12	12382	12393	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	114329954
18	NC_008336	TAA	4	13427	13437	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_008336	AAAT	3	13732	13743	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_008336	TTAT	3	15168	15179	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_008336	T	14	16145	16158	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_008336	AATC	3	16204	16215	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	114329958
23	NC_008336	T	16	18207	18222	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	114329958
24	NC_008336	TTCA	3	22295	22306	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	114329959
25	NC_008336	GTT	4	23253	23264	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	114329959
26	NC_008336	T	12	25874	25885	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	114329960
27	NC_008336	GAAAA	3	25898	25912	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	114329960
28	NC_008336	TCAT	3	26563	26573	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
29	NC_008336	AGCT	3	27062	27073	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
30	NC_008336	ATT	4	28445	28456	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_008336	AGTAA	3	28725	28740	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
32	NC_008336	TA	6	29214	29225	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_008336	TTCT	3	29872	29883	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
34	NC_008336	A	13	30766	30778	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_008336	T	15	31080	31094	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_008336	TTA	4	32294	32305	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_008336	ATT	5	32313	32327	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_008336	TTCA	3	32464	32474	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
39	NC_008336	T	14	32679	32692	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
40	NC_008336	AT	6	32928	32939	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_008336	T	14	33110	33123	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_008336	AACA	3	33249	33259	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
43	NC_008336	TA	6	33310	33320	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_008336	GAAA	3	35239	35250	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	114329964
45	NC_008336	GCTT	3	35642	35652	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	114329964
46	NC_008336	T	15	36297	36311	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008336	AG	6	36401	36411	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_008336	TC	6	37035	37045	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	114329965
49	NC_008336	AT	6	37235	37245	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_008336	ATG	4	39660	39670	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	114329967
51	NC_008336	AATG	3	41153	41164	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	114329968
52	NC_008336	ACC	4	41236	41247	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	114329968
53	NC_008336	GCA	4	41558	41569	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	114329968
54	NC_008336	TG	6	41595	41605	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	114329968
55	NC_008336	TTTCT	3	42855	42868	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
56	NC_008336	T	15	42885	42899	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008336	T	12	43040	43051	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008336	ATA	4	43238	43250	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_008336	A	13	45083	45095	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	114329969
60	NC_008336	GTA	4	45428	45438	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_008336	TAA	4	45933	45943	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_008336	T	14	46010	46023	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_008336	GAAT	3	47210	47222	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_008336	A	16	47455	47470	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
65	NC_008336	TTGA	3	48219	48231	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_008336	ATCT	3	48397	48408	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
67	NC_008336	CTTT	3	49573	49585	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
68	NC_008336	TATT	3	49604	49615	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_008336	T	17	49685	49701	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
70	NC_008336	T	15	49768	49782	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_008336	AAATA	4	52016	52034	19	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
72	NC_008336	AT	8	52824	52838	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_008336	TAAGT	3	53560	53574	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
74	NC_008336	TTGAA	3	54304	54317	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_008336	CAA	4	54433	54444	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
76	NC_008336	TTTA	3	56783	56793	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_008336	GC	6	57463	57473	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	114329976
78	NC_008336	GTTA	3	59042	59052	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_008336	TAT	4	60947	60957	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_008336	T	13	61166	61178	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008336	TGAA	3	61989	61999	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_008336	GAAA	3	63405	63417	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	114329981
83	NC_008336	AAAATA	3	64077	64094	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
84	NC_008336	ATT	4	64530	64540	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_008336	TAT	4	64683	64693	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_008336	A	13	64694	64706	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_008336	CTA	4	66760	66771	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
88	NC_008336	ATT	5	66964	66978	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_008336	ATGA	3	67104	67114	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_008336	TAAA	3	67116	67126	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_008336	TCTT	3	67165	67175	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
92	NC_008336	ATAA	3	67378	67388	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_008336	TCTT	3	67652	67663	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
94	NC_008336	CCTT	3	68617	68629	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
95	NC_008336	TTA	4	68845	68856	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_008336	ATA	5	69243	69256	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_008336	A	13	69774	69786	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_008336	AAAT	3	70479	70489	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
99	NC_008336	AAG	4	71690	71701	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	114329992
100	NC_008336	GAAA	3	71785	71795	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	114329992
101	NC_008336	T	17	71966	71982	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	114329992
102	NC_008336	ATATTC	3	72184	72201	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	114329992
103	NC_008336	ATAA	3	72427	72438	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	114329992
104	NC_008336	TTTCA	3	72877	72891	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	114329992
105	NC_008336	TCC	4	73275	73285	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	114329992
106	NC_008336	GTTG	3	74750	74761	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	114329992
107	NC_008336	TA	7	75761	75773	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	114329992
108	NC_008336	TTTC	3	76449	76459	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	114329992
109	NC_008336	A	12	79211	79222	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	114329992
110	NC_008336	T	12	79469	79480	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	114329992
111	NC_008336	GGA	4	81345	81356	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	114329992
112	NC_008336	TCCTT	3	81621	81636	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	114329992
113	NC_008336	T	15	81888	81902	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	114329992
114	NC_008336	A	15	82404	82418	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	114329992
115	NC_008336	TA	6	83085	83096	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	114329992
116	NC_008336	TTA	4	83470	83481	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	114329992
117	NC_008336	CAAT	3	84117	84127	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	114329992
118	NC_008336	AT	6	84471	84481	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	114329992
119	NC_008336	T	16	85553	85568	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	114329992
120	NC_008336	CTT	4	85657	85668	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	114329992
121	NC_008336	CTC	4	86431	86442	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	114329992
122	NC_008336	ATATG	3	87449	87463	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	114329992
123	NC_008336	TTCT	3	89196	89206	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	114329992
124	NC_008336	CTTT	3	90365	90375	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	114329992
125	NC_008336	GAT	4	90520	90531	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	114329992
126	NC_008336	TGAT	3	92205	92217	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	114329992
127	NC_008336	TGA	4	92256	92267	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	114329992
128	NC_008336	AATA	3	93094	93106	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	114329992
129	NC_008336	GAAGGA	3	93880	93897	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	114329992
130	NC_008336	AATA	3	94945	94956	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	114329992
131	NC_008336	TCCGG	3	96050	96064	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	114329992
132	NC_008336	TTTCG	3	98644	98657	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	114329992
133	NC_008336	TTTGTT	3	99062	99080	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	114329992
134	NC_008336	T	14	100466	100479	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	114329993
135	NC_008336	T	14	100529	100542	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	114329993
136	NC_008336	ATCC	3	104167	104178	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	114329993
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198	NC_008336	CTCCTT	3	148175	148192	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	114330032
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206	NC_008336	AGTA	3	154629	154639	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
207	NC_008336	GAA	5	156404	156418	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	114330034
208	NC_008336	A	16	156507	156522	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Nandina domestica chloroplast