Team
Contact

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Back To Genome Repeat Summary

All Imperfect Repeats of Citrus sinensis chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly
S.No.Genome IDMotifIterationsStartEndTract LengthA%T%G%C% Imperfection %Protein ID
1NC_008334TCTT3208218110 %75 %0 %25 %9 %Non-Coding
2NC_008334TAA42682781166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
3NC_008334A1436838114100 %0 %0 %0 %0 %Non-Coding
4NC_008334AAGT3120912191150 %25 %25 %0 %9 %114329636
5NC_008334ATT7174317662433.33 %66.67 %0 %0 %8 %Non-Coding
6NC_008334AAGT3177717871150 %25 %25 %0 %9 %Non-Coding
7NC_008334ATA4183118421266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
8NC_008334TCAA3202820391250 %25 %0 %25 %8 %Non-Coding
9NC_008334ATTCAT3302030371833.33 %50 %0 %16.67 %5 %114329637
10NC_008334ATTGA3328632991440 %40 %20 %0 %7 %114329637
11NC_008334A124486449712100 %0 %0 %0 %0 %Non-Coding
12NC_008334CAAATC3476147791950 %16.67 %0 %33.33 %10 %Non-Coding
13NC_008334AAAT3481648271275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
14NC_008334TCTCT351805193140 %60 %0 %40 %7 %114329638
15NC_008334AAAAT4656665841980 %20 %0 %0 %5 %Non-Coding
16NC_008334TAAA4685068651675 %25 %0 %0 %6 %Non-Coding
17NC_008334A156859687315100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
18NC_008334A197376739419100 %0 %0 %0 %5 %Non-Coding
19NC_008334A128129814012100 %0 %0 %0 %0 %Non-Coding
20NC_008334A158830884415100 %0 %0 %0 %0 %Non-Coding
21NC_008334TTTG398979907110 %75 %25 %0 %9 %Non-Coding
22NC_008334AAAC310111101211175 %0 %0 %25 %9 %Non-Coding
23NC_008334A15106071062115100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
24NC_008334TAAA510618106412475 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
25NC_008334ATA410764107741166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
26NC_008334ATT510785107991533.33 %66.67 %0 %0 %6 %Non-Coding
27NC_008334AATA310800108111275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
28NC_008334ATT410812108221133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
29NC_008334TA1010890109081950 %50 %0 %0 %10 %Non-Coding
30NC_008334T161090910924160 %100 %0 %0 %6 %Non-Coding
31NC_008334AAC412263122741266.67 %0 %0 %33.33 %8 %114329641
32NC_008334A20125151253420100 %0 %0 %0 %5 %Non-Coding
33NC_008334CT61312913139110 %50 %0 %50 %9 %114329642
34NC_008334TTTC31324413255120 %75 %0 %25 %8 %114329642
35NC_008334ATT513432134471633.33 %66.67 %0 %0 %6 %114329642
36NC_008334A16139321394716100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
37NC_008334T131395613968130 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
38NC_008334TTA414097141081233.33 %66.67 %0 %0 %8 %Non-Coding
39NC_008334AAAT314323143341275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
40NC_008334TAA414734147451266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
41NC_008334TTTC31484714857110 %75 %0 %25 %9 %Non-Coding
42NC_008334TTTC31488614897120 %75 %0 %25 %0 %Non-Coding
43NC_008334T141525615269140 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
44NC_008334TCTTT31547015483140 %80 %0 %20 %7 %Non-Coding
45NC_008334TAAGTA315766157831850 %33.33 %16.67 %0 %5 %Non-Coding
46NC_008334CTCTTG32014920166180 %50 %16.67 %33.33 %5 %114329646
47NC_008334TTCA323906239171225 %50 %0 %25 %8 %114329647
48NC_008334TTC42391823928110 %66.67 %0 %33.33 %9 %114329647
49NC_008334AATTA324037240501460 %40 %0 %0 %7 %114329647
50NC_008334GTT42486424875120 %66.67 %33.33 %0 %8 %114329647
51NC_008334CCTA325785257951125 %25 %0 %50 %9 %114329648
52NC_008334T122748527496120 %100 %0 %0 %8 %114329648
53NC_008334GATA327728277381150 %25 %25 %0 %9 %114329648
54NC_008334TTTA328602286131225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
55NC_008334AATTTA328993290111950 %50 %0 %0 %10 %Non-Coding
56NC_008334AGAA329120291311275 %0 %25 %0 %8 %Non-Coding
57NC_008334T122954529556120 %100 %0 %0 %8 %Non-Coding
58NC_008334TAG429613296241233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
59NC_008334TAA429851298621266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
60NC_008334TTA429889299001233.33 %66.67 %0 %0 %8 %Non-Coding
61NC_008334TTAA730321303482850 %50 %0 %0 %10 %Non-Coding
62NC_008334TAA430762307731266.67 %33.33 %0 %0 %0 %Non-Coding
63NC_008334AAAT331161311721275 %25 %0 %0 %0 %Non-Coding
64NC_008334CTAT331271312821225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
65NC_008334CTTTT33210032115160 %80 %0 %20 %6 %Non-Coding
66NC_008334A13321373214913100 %0 %0 %0 %0 %Non-Coding
67NC_008334TCT43224032250110 %66.67 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
68NC_008334TCCC33233532345110 %25 %0 %75 %9 %Non-Coding
69NC_008334AGA432452324621166.67 %0 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
70NC_008334A12330953310612100 %0 %0 %0 %8 %Non-Coding
71NC_008334ATA533778337921566.67 %33.33 %0 %0 %6 %Non-Coding
72NC_008334T273401234038270 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
73NC_008334AT734384343971450 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
74NC_008334GAAA337251372621275 %0 %25 %0 %8 %193735607
75NC_008334G133737137383130 %0 %100 %0 %7 %193735607
76NC_008334TTGC33765537665110 %50 %25 %25 %9 %193735607
77NC_008334CTT53810338117150 %66.67 %0 %33.33 %6 %193735607
78NC_008334T123837238383120 %100 %0 %0 %8 %Non-Coding
79NC_008334AAAG338450384611275 %0 %25 %0 %8 %Non-Coding
80NC_008334AG638478384881150 %0 %50 %0 %9 %Non-Coding
81NC_008334A13392133922513100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
82NC_008334TAT439325393351133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
83NC_008334ATA439357393681266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
84NC_008334AT639441394511150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
85NC_008334AT639462394731250 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
86NC_008334A23398643988623100 %0 %0 %0 %8 %Non-Coding
87NC_008334AAAT339938399481175 %25 %0 %0 %9 %Non-Coding
88NC_008334GAAA340166401761175 %0 %25 %0 %9 %Non-Coding
89NC_008334ATG442011420211133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %114329655
90NC_008334AATG343504435151250 %25 %25 %0 %8 %114329656
91NC_008334TG64394643956110 %50 %50 %0 %9 %114329656
92NC_008334TCT44522045231120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
93NC_008334TAAA345776457871275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
94NC_008334TAAA345792458031275 %25 %0 %0 %0 %Non-Coding
95NC_008334T174671846734170 %100 %0 %0 %5 %114329657
96NC_008334CTTT34673646746110 %75 %0 %25 %9 %114329657
97NC_008334T184763647653180 %100 %0 %0 %5 %114329657
98NC_008334TCTT34766547676120 %75 %0 %25 %0 %114329657
99NC_008334A15479564797015100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
100NC_008334A15480254803915100 %0 %0 %0 %0 %Non-Coding
101NC_008334TTGT34807648086110 %75 %25 %0 %9 %Non-Coding
102NC_008334GATC349488494981125 %25 %25 %25 %9 %Non-Coding
103NC_008334AT649818498281150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
104NC_008334ATTT449912499261525 %75 %0 %0 %6 %Non-Coding
105NC_008334T124992449935120 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
106NC_008334AT650622506331250 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
107NC_008334AAAG450949509631575 %0 %25 %0 %6 %Non-Coding
108NC_008334TTTA351659516691125 %75 %0 %0 %9 %Non-Coding
109NC_008334ATAC351873518841250 %25 %0 %25 %0 %Non-Coding
110NC_008334CTTT35191751928120 %75 %0 %25 %8 %Non-Coding
111NC_008334TATTT451929519482020 %80 %0 %0 %5 %Non-Coding
112NC_008334T175345253468170 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
113NC_008334CAA453949539591166.67 %0 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
114NC_008334GTTT35398253994130 %75 %25 %0 %7 %Non-Coding
115NC_008334TCGAAT354177541951933.33 %33.33 %16.67 %16.67 %5 %Non-Coding
116NC_008334ATT654513545311933.33 %66.67 %0 %0 %5 %Non-Coding
117NC_008334A12545745458512100 %0 %0 %0 %8 %Non-Coding
118NC_008334ATT454791548021233.33 %66.67 %0 %0 %0 %Non-Coding
119NC_008334T135491254924130 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
120NC_008334GATGG355617556311520 %20 %60 %0 %6 %Non-Coding
121NC_008334TTTG35563955649110 %75 %25 %0 %9 %Non-Coding
122NC_008334ATA457863578731166.67 %33.33 %0 %0 %9 %114329663
123NC_008334T145788857901140 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
124NC_008334TGCA359562595741325 %25 %25 %25 %7 %114329664
125NC_008334TATTC360331603451520 %60 %0 %20 %6 %Non-Coding
126NC_008334TTAG362183621941225 %50 %25 %0 %0 %Non-Coding
127NC_008334AATCAA362203622191766.67 %16.67 %0 %16.67 %5 %Non-Coding
128NC_008334TAA462631626431366.67 %33.33 %0 %0 %7 %Non-Coding
129NC_008334TA662716627261150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
130NC_008334TTAT362970629811225 %75 %0 %0 %8 %114329666
131NC_008334A13646026461413100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
132NC_008334AT665733657431150 %50 %0 %0 %9 %114329669
133NC_008334GACC366077660881225 %0 %25 %50 %8 %114329669
134NC_008334CTTA366190662001125 %50 %0 %25 %9 %114329669
135NC_008334TTTG36808168092120 %75 %25 %0 %8 %114329671
136NC_008334AAAAT368873688871580 %20 %0 %0 %6 %Non-Coding
137NC_008334T176901569031170 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
138NC_008334A14701557016814100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
139NC_008334A19706357065319100 %0 %0 %0 %5 %Non-Coding
140NC_008334CTG47066470674110 %33.33 %33.33 %33.33 %9 %Non-Coding
141NC_008334TTAT370815708251125 %75 %0 %0 %9 %Non-Coding
142NC_008334ATA570891709041466.67 %33.33 %0 %0 %7 %Non-Coding
143NC_008334A15709607097415100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
144NC_008334GTTT37133771348120 %75 %25 %0 %8 %Non-Coding
145NC_008334ATTT371584715941125 %75 %0 %0 %9 %Non-Coding
146NC_008334AAAT472049720641675 %25 %0 %0 %6 %Non-Coding
147NC_008334A17725517256717100 %0 %0 %0 %5 %Non-Coding
148NC_008334T137259372605130 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
149NC_008334TGAA373079730901250 %25 %25 %0 %8 %Non-Coding
150NC_008334TTTC37311373125130 %75 %0 %25 %7 %Non-Coding
151NC_008334TTC47373973750120 %66.67 %0 %33.33 %0 %Non-Coding
152NC_008334TTTA374551745621225 %75 %0 %0 %8 %114329702
153NC_008334T137459574607130 %100 %0 %0 %0 %114329702
154NC_008334A14748247483714100 %0 %0 %0 %7 %114329702
155NC_008334TTCAT375692757051420 %60 %0 %20 %7 %114329702
156NC_008334TATT376540765501125 %75 %0 %0 %9 %114329702
157NC_008334TTCT37821678227120 %75 %0 %25 %8 %114329702
158NC_008334TTTC37927179281110 %75 %0 %25 %9 %114329702
159NC_008334ATGAA380608806211460 %20 %20 %0 %7 %114329702
160NC_008334T228106581086220 %100 %0 %0 %9 %114329702
161NC_008334T148205482067140 %100 %0 %0 %0 %114329702
162NC_008334CTTT38228282292110 %75 %0 %25 %9 %114329702
163NC_008334TAT583939839521433.33 %66.67 %0 %0 %7 %114329702
164NC_008334ATTT384722847331225 %75 %0 %0 %8 %114329702
165NC_008334ATCTA385827858401440 %40 %0 %20 %7 %114329702
166NC_008334T138591485926130 %100 %0 %0 %7 %114329702
167NC_008334CTT48615986170120 %66.67 %0 %33.33 %8 %114329702
168NC_008334TTTC48642086435160 %75 %0 %25 %6 %114329702
169NC_008334A13867188673013100 %0 %0 %0 %0 %114329702
170NC_008334CAAT386935869451150 %25 %0 %25 %9 %114329702
171NC_008334T198755987577190 %100 %0 %0 %5 %114329702
172NC_008334TAA487759877711366.67 %33.33 %0 %0 %7 %114329702
173NC_008334T128834188352120 %100 %0 %0 %8 %114329702
174NC_008334GAT488911889211133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %114329702
175NC_008334TA888938889521550 %50 %0 %0 %6 %114329702
176NC_008334ATATG390268902821540 %40 %20 %0 %6 %114329702
177NC_008334GAT490311903211133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %114329702
178NC_008334CTT49183991849110 %66.67 %0 %33.33 %9 %114329702
179NC_008334TTCT39201192021110 %75 %0 %25 %9 %114329702
180NC_008334CTTT39318393193110 %75 %0 %25 %9 %114329702
181NC_008334TGAT395023950351325 %50 %25 %0 %7 %114329702
182NC_008334TGAT395065950771325 %50 %25 %0 %7 %114329702
183NC_008334AATA395915959271375 %25 %0 %0 %7 %114329702
184NC_008334GAAGGA396701967181850 %0 %50 %0 %5 %114329702
185NC_008334AAAT397692977021175 %25 %0 %0 %9 %114329702
186NC_008334AAG497941979521266.67 %0 %33.33 %0 %0 %114329702
187NC_008334TCCGG39888798901150 %20 %40 %40 %6 %114329702
188NC_008334TTTC39922199232120 %75 %0 %25 %8 %114329702
189NC_008334TTTCG3101489101502140 %60 %20 %20 %7 %114329702
190NC_008334CCCT3102782102792110 %25 %0 %75 %9 %114329702
191NC_008334TTC4103314103325120 %66.67 %0 %33.33 %8 %114329716
192NC_008334T19103383103401190 %100 %0 %0 %5 %114329716
193NC_008334TATTAG41039331039552333.33 %50 %16.67 %0 %4 %114329716
194NC_008334TCCT3103978103989120 %50 %0 %50 %8 %114329716
195NC_008334C13104854104866130 %0 %0 %100 %7 %114329716
196NC_008334G12106461106472120 %0 %100 %0 %8 %114329716
197NC_008334T13107323107335130 %100 %0 %0 %0 %114329716
198NC_008334TCCTTT3107419107436180 %66.67 %0 %33.33 %5 %114329716
199NC_008334TCTA31075591075701225 %50 %0 %25 %8 %114329716
200NC_008334GAGG31104231104341225 %0 %75 %0 %8 %114329716
201NC_008334AGGT31106341106451225 %25 %50 %0 %8 %114329716
202NC_008334TAAG31117541117641150 %25 %25 %0 %9 %114329716
203NC_008334A1211241311242412100 %0 %0 %0 %0 %114329716
204NC_008334T15112825112839150 %100 %0 %0 %6 %114329716
205NC_008334GAA51138011138151566.67 %0 %33.33 %0 %6 %114329716
206NC_008334A1611458511460016100 %0 %0 %0 %6 %114329716
207NC_008334AAAGA31147161147291480 %0 %20 %0 %7 %114329716
208NC_008334TAT41154351154471333.33 %66.67 %0 %0 %7 %114329716
209NC_008334ATTT61177621177852425 %75 %0 %0 %8 %114329716
210NC_008334ATAA41183121183271675 %25 %0 %0 %6 %114329716
211NC_008334A1211832211833312100 %0 %0 %0 %0 %114329716
212NC_008334T16118338118353160 %100 %0 %0 %6 %114329716
213NC_008334TATT31184051184161225 %75 %0 %0 %8 %114329716
214NC_008334T16118469118484160 %100 %0 %0 %6 %114329716
215NC_008334A1811854611856318100 %0 %0 %0 %5 %114329716
216NC_008334A1511860611862015100 %0 %0 %0 %6 %114329716
217NC_008334TTAA31187391187501250 %50 %0 %0 %8 %114329716
218NC_008334ACA41187531187641266.67 %0 %0 %33.33 %8 %114329716
219NC_008334TGTT3118797118807110 %75 %25 %0 %9 %114329716
220NC_008334T18119083119100180 %100 %0 %0 %5 %114329716
221NC_008334CTT4120252120263120 %66.67 %0 %33.33 %8 %114329716
222NC_008334AT61217551217651150 %50 %0 %0 %9 %114329716
223NC_008334T17121941121957170 %100 %0 %0 %5 %114329716
224NC_008334ATGA31223651223761250 %25 %25 %0 %8 %114329716
225NC_008334AAT51228641228781566.67 %33.33 %0 %0 %6 %114329716
226NC_008334ATCA31239021239131250 %25 %0 %25 %8 %114329716
227NC_008334CTTT3124591124602120 %75 %0 %25 %8 %114329716
228NC_008334TCT4125620125632130 %66.67 %0 %33.33 %7 %114329716
229NC_008334AATA31261741261851275 %25 %0 %0 %8 %114329716
230NC_008334TTCTTT3127965127982180 %83.33 %0 %16.67 %5 %114329716
231NC_008334TTTTC3128322128335140 %80 %0 %20 %7 %114329716
232NC_008334TAA41284221284331266.67 %33.33 %0 %0 %8 %114329716
233NC_008334ATCAAT31284921285101950 %33.33 %0 %16.67 %5 %114329716
234NC_008334GCC4128920128931120 %0 %33.33 %66.67 %8 %114329716
235NC_008334CTTT3131148131158110 %75 %0 %25 %9 %114329716
236NC_008334TTTA31320011320111125 %75 %0 %0 %9 %114329716
237NC_008334T12133278133289120 %100 %0 %0 %0 %114329716
238NC_008334TTC6134055134073190 %66.67 %0 %33.33 %10 %114329716
239NC_008334A1613504013505516100 %0 %0 %0 %6 %114329716
240NC_008334T12135450135461120 %100 %0 %0 %0 %114329716
241NC_008334CTTA31361101361201125 %50 %0 %25 %9 %114329716
242NC_008334AAAGGA31404381404551866.67 %0 %33.33 %0 %5 %114329716
243NC_008334A1314053914055113100 %0 %0 %0 %0 %114329716
244NC_008334GGAT31407141407251225 %25 %50 %0 %8 %114329716
245NC_008334ACTAAT41439181439402350 %33.33 %0 %16.67 %4 %114329716
246NC_008334AATAA51444651444892580 %20 %0 %0 %8 %114329716
247NC_008334GAA41445491445601266.67 %0 %33.33 %0 %8 %114329716
248NC_008334GAAA31486421486531275 %0 %25 %0 %8 %114329718
249NC_008334CTA41487411487511133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %114329718
250NC_008334ACCGG31489721489861520 %0 %40 %40 %6 %Non-Coding
251NC_008334ATATA31492021492171660 %40 %0 %0 %6 %Non-Coding
252NC_008334CTT4149922149933120 %66.67 %0 %33.33 %0 %Non-Coding
253NC_008334TATT31501711501811125 %75 %0 %0 %9 %Non-Coding
254NC_008334CATAC31502851502981440 %20 %0 %40 %7 %Non-Coding
255NC_008334CTCCTT3151155151172180 %50 %0 %50 %5 %114329720
256NC_008334ATCA31528391528511350 %25 %0 %25 %7 %114329720
257NC_008334CTTT3152860152870110 %75 %0 %25 %9 %114329720
258NC_008334ACC41530431530531133.33 %0 %0 %66.67 %9 %114329720
259NC_008334AAAG31546811546911175 %0 %25 %0 %9 %114329720
260NC_008334TATT31557251557361225 %75 %0 %0 %8 %114329720
261NC_008334GAA41560241560341166.67 %0 %33.33 %0 %9 %114329720
262NC_008334ATC41575531575631133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
263NC_008334AT71589231589351350 %50 %0 %0 %7 %114329722
264NC_008334ATC41589531589631133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %114329722
265NC_008334A1815952415954118100 %0 %0 %0 %5 %Non-Coding