ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Brassica napus mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008285	AAGC	3	1055	1066	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
2	NC_008285	AAGA	4	1312	1327	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_008285	CTA	4	1350	1361	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
4	NC_008285	TTTA	3	1469	1480	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008285	TTCCT	3	2006	2019	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
6	NC_008285	CAG	4	2692	2703	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
7	NC_008285	CTAT	3	3460	3471	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
8	NC_008285	GATAT	3	3537	3550	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_008285	TA	6	4435	4446	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11225384
10	NC_008285	GCCA	3	5381	5391	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	11225384
11	NC_008285	TCCGT	3	6287	6300	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	11225384
12	NC_008285	TG	6	8223	8234	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	11225384
13	NC_008285	TGT	4	8486	8497	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	11225384
14	NC_008285	TTCC	3	8974	8984	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11225384
15	NC_008285	TGA	4	9286	9297	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	11225384
16	NC_008285	GGTC	3	9362	9373	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	11225384
17	NC_008285	CTTT	3	10206	10217	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
18	NC_008285	T	12	10541	10552	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	11225384
19	NC_008285	GAAT	3	11276	11287	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	11225384
20	NC_008285	AGAA	3	11694	11706	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	11225384
21	NC_008285	GCTTT	3	12223	12236	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
22	NC_008285	A	14	14586	14599	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	11225385
23	NC_008285	TGC	4	17484	17495	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
24	NC_008285	CATAC	3	18370	18383	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
25	NC_008285	CTCCTT	3	19236	19253	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	Non-Coding
26	NC_008285	GCAT	3	19731	19742	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_008285	A	16	20199	20214	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
28	NC_008285	AGC	4	20551	20562	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
29	NC_008285	CAC	4	21033	21043	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
30	NC_008285	AGCT	3	21061	21071	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
31	NC_008285	GAA	4	21514	21525	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_008285	AGA	4	22872	22882	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_008285	ATT	4	24228	24239	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	11225387
34	NC_008285	GTAG	3	24676	24687	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	11225387
35	NC_008285	TTGACT	3	26283	26299	17	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	11225387
36	NC_008285	ATA	4	26608	26620	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11225387
37	NC_008285	CTT	4	26648	26658	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11225387
38	NC_008285	TGCTT	3	26664	26678	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	11225387
39	NC_008285	AAGA	3	27008	27019	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	11225387
40	NC_008285	CATT	3	28129	28140	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11225387
41	NC_008285	CATT	3	28571	28582	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	11225387
42	NC_008285	TGC	4	29801	29811	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	11225387
43	NC_008285	CT	6	30462	30473	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11225387
44	NC_008285	CTT	4	32025	32037	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11225387
45	NC_008285	GCAA	3	32721	32731	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11225387
46	NC_008285	TCAAA	4	33763	33783	21	60 %	20 %	0 %	20 %	9 %	11225387
47	NC_008285	TCAT	3	34102	34113	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	11225387
48	NC_008285	AG	6	34496	34506	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	11225387
49	NC_008285	AG	6	35888	35899	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	11225387
50	NC_008285	AAAG	3	36378	36389	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11225387
51	NC_008285	GTCTC	3	37746	37761	16	0 %	40 %	20 %	40 %	6 %	11225387
52	NC_008285	CTTTG	3	37985	37998	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	11225387
53	NC_008285	TTC	4	38361	38371	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11225387
54	NC_008285	GCTA	3	40072	40083	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	11225387
55	NC_008285	AATAG	3	41825	41838	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	11225387
56	NC_008285	AAGA	3	42000	42011	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11225387
57	NC_008285	CAT	4	42254	42264	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11225387
58	NC_008285	A	23	43013	43035	23	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	11225387
59	NC_008285	ATC	4	43953	43963	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11225387
60	NC_008285	A	14	44104	44117	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	11225387
61	NC_008285	AGAA	3	44878	44890	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	11225387
62	NC_008285	GAAA	3	46181	46192	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	11225387
63	NC_008285	CAA	4	47066	47076	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	11225387
64	NC_008285	GAAG	3	47232	47243	12	50 %	0 %	50 %	0 %	0 %	11225387
65	NC_008285	GAA	4	47597	47608	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	11225387
66	NC_008285	CTAGCT	3	48361	48377	17	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	11225387
67	NC_008285	TTTG	3	49667	49678	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	11225387
68	NC_008285	CTT	4	51196	51207	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11225387
69	NC_008285	AAT	4	51286	51299	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	11225387
70	NC_008285	GTGA	3	51865	51875	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	11225387
71	NC_008285	CAGA	3	52344	52355	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	11225387
72	NC_008285	GTG	4	53161	53171	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	11225387
73	NC_008285	AGAA	3	54228	54239	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11225387
74	NC_008285	AG	6	54404	54415	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	11225387
75	NC_008285	GTAA	3	56345	56356	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	11225387
76	NC_008285	TA	6	57839	57850	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11225387
77	NC_008285	TTCA	3	58937	58949	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	11225387
78	NC_008285	AGA	4	59634	59644	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	11225387
79	NC_008285	GATC	3	60046	60056	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	11225387
80	NC_008285	CTAGT	3	61797	61811	15	20 %	40 %	20 %	20 %	0 %	11225387
81	NC_008285	CCTT	3	62016	62026	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11225387
82	NC_008285	TA	6	62188	62198	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	11225387
83	NC_008285	AATG	4	62351	62366	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	11225387
84	NC_008285	C	12	65784	65795	12	0 %	0 %	0 %	100 %	8 %	11225390
85	NC_008285	GCCG	3	66005	66016	12	0 %	0 %	50 %	50 %	0 %	11225390
86	NC_008285	GAAT	3	67797	67808	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	11225390
87	NC_008285	TAT	4	67978	67988	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11225390
88	NC_008285	GAAAA	3	69416	69429	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	11225390
89	NC_008285	CTATC	3	71864	71877	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	11225390
90	NC_008285	AATTG	3	72996	73009	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	11225390
91	NC_008285	GACTCA	3	73021	73038	18	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	5 %	11225390
92	NC_008285	CGA	4	74751	74762	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11225390
93	NC_008285	CTG	4	75819	75830	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11225390
94	NC_008285	AAGC	3	78751	78761	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	11225390
95	NC_008285	TTC	4	78792	78803	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11225390
96	NC_008285	CACT	3	81817	81828	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	11225390
97	NC_008285	ATA	4	82019	82030	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11225390
98	NC_008285	AATG	5	82024	82046	23	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	11225390
99	NC_008285	GAAA	3	83375	83386	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11225390
100	NC_008285	CTT	4	84094	84106	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11225390
101	NC_008285	TTC	5	85093	85107	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	11225390
102	NC_008285	CT	6	85290	85300	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	11225390
103	NC_008285	GTT	4	86692	86703	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11225390
104	NC_008285	TTCT	3	87590	87601	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11225390
105	NC_008285	CTA	5	88518	88531	14	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	11225390
106	NC_008285	CTTT	3	89667	89679	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	11225390
107	NC_008285	CCAA	3	90195	90206	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	11225390
108	NC_008285	TTTA	3	90523	90534	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	11225390
109	NC_008285	AATAA	3	92415	92428	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	11225390
110	NC_008285	AAG	4	94647	94657	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	11225390
111	NC_008285	AGC	4	95009	95020	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11225390
112	NC_008285	A	12	95858	95869	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	11225390
113	NC_008285	GAA	4	95871	95883	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	11225390
114	NC_008285	TTCT	3	96236	96248	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	11225390
115	NC_008285	GGGGGT	3	96440	96458	19	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	10 %	11225390
116	NC_008285	ATAG	3	98801	98811	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	11225390
117	NC_008285	GAA	4	99059	99069	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	11225390
118	NC_008285	AAGA	3	99445	99457	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	11225390
119	NC_008285	TTTG	3	99772	99782	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	11225390
120	NC_008285	AGG	4	101562	101574	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	11225390
121	NC_008285	TCAT	3	102738	102748	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11225390
122	NC_008285	CTTC	3	103653	103664	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	11225390
123	NC_008285	GAAAG	4	104902	104922	21	60 %	0 %	40 %	0 %	9 %	11225390
124	NC_008285	CAG	4	105233	105244	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11225390
125	NC_008285	TCTT	3	106138	106149	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11225390
126	NC_008285	CATT	3	106909	106919	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	11225390
127	NC_008285	A	18	107433	107450	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	11225390
128	NC_008285	ATA	4	107545	107555	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	11225390
129	NC_008285	TCA	4	110294	110304	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	11225390
130	NC_008285	TTTG	3	110563	110574	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	11225390
131	NC_008285	TCT	4	111473	111485	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11225390
132	NC_008285	CTTTT	3	111567	111580	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	11225390
133	NC_008285	CT	7	111954	111967	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	11225390
134	NC_008285	GGAAA	3	114424	114438	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	11225390
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136	NC_008285	TTTG	3	115737	115748	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	11225390
137	NC_008285	TTTC	3	116393	116404	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11225390
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139	NC_008285	AAGA	3	119440	119452	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	11225390
140	NC_008285	AAGA	3	119479	119491	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	11225390
141	NC_008285	CTTT	3	119535	119545	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	11225390
142	NC_008285	TGGA	3	120190	120200	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	11225390
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147	NC_008285	GGA	4	127140	127151	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	11225390
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150	NC_008285	TTCT	3	129933	129945	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	11225390
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155	NC_008285	CTTT	3	132988	132999	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	11225390
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163	NC_008285	TCT	4	139829	139840	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11225390
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218	NC_008285	AG	6	181289	181299	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
219	NC_008285	CCTT	5	182479	182498	20	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	Non-Coding
220	NC_008285	TCC	4	182813	182824	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
221	NC_008285	CTC	5	182924	182938	15	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	6 %	Non-Coding
222	NC_008285	TCT	4	183459	183470	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11225391
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225	NC_008285	TGAA	3	186959	186970	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
226	NC_008285	GAA	4	188503	188514	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
227	NC_008285	A	12	190448	190459	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	11225392
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229	NC_008285	GA	6	191046	191056	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	11225392
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234	NC_008285	TAT	4	194549	194559	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	11225392
235	NC_008285	ACT	5	195256	195270	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	11225392
236	NC_008285	ACTTA	3	195509	195522	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	11225392
237	NC_008285	CTT	4	195658	195669	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11225392
238	NC_008285	GCTTT	3	196274	196288	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	11225392
239	NC_008285	TA	7	197188	197200	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	11225392
240	NC_008285	AG	7	197297	197309	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	11225392
241	NC_008285	CGC	4	199080	199090	11	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	9 %	11225392
242	NC_008285	AAT	4	199091	199102	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	11225392
243	NC_008285	AAAG	3	199336	199347	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11225392
244	NC_008285	CGCCC	3	199867	199880	14	0 %	0 %	20 %	80 %	7 %	11225392
245	NC_008285	TAT	4	200407	200419	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	11225392
246	NC_008285	CATT	3	200541	200552	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	11225392
247	NC_008285	CGA	4	200567	200578	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	11225392
248	NC_008285	AGA	4	200677	200689	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	11225392
249	NC_008285	GGTAA	3	201443	201458	16	40 %	20 %	40 %	0 %	6 %	11225392
250	NC_008285	AGG	5	202479	202493	15	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	6 %	11225392
251	NC_008285	CGA	4	204104	204114	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	11225392
252	NC_008285	AT	6	204816	204827	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	11225392
253	NC_008285	TCT	4	205497	205508	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11225392
254	NC_008285	TTC	4	205990	206001	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11225392
255	NC_008285	TCT	4	206787	206798	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	11225392
256	NC_008285	TTC	4	207193	207205	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11225392
257	NC_008285	GATT	3	207741	207752	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	11225392
258	NC_008285	GAAA	3	208283	208294	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	11225392
259	NC_008285	CTT	4	209002	209014	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	11225392
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262	NC_008285	CTTT	3	211736	211747	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	11225392
263	NC_008285	TCAA	3	211752	211764	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	11225392
264	NC_008285	CTT	8	211960	211983	24	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	11225392
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266	NC_008285	TCAA	3	215668	215680	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	11225392
267	NC_008285	AGA	6	216782	216800	19	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10 %	11225392
268	NC_008285	TA	7	219971	219984	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
269	NC_008285	TTC	4	220190	220200	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	11225392

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Brassica napus mitochondrion