ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Staurastrum punctulatum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_008116	CAA	4	1746	1756	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
2	NC_008116	AGGT	3	1821	1832	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_008116	TTTC	3	3410	3420	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
4	NC_008116	AAAT	3	5991	6001	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108796779
5	NC_008116	CAAATA	3	7575	7592	18	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
6	NC_008116	CTTG	3	7942	7952	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	108796791
7	NC_008116	TTAC	3	8082	8092	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	108796791
8	NC_008116	TTA	4	9043	9054	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108796791
9	NC_008116	TCTT	3	9285	9296	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
10	NC_008116	AAAT	4	10106	10121	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_008116	TGT	4	10340	10351	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_008116	ACT	4	11122	11133	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	108796793
13	NC_008116	AAAT	3	12576	12587	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_008116	A	12	12823	12834	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_008116	TTAA	3	13006	13017	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108796792
16	NC_008116	AAT	4	13103	13114	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108796792
17	NC_008116	T	13	13700	13712	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	108796794
18	NC_008116	GCT	4	13793	13803	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	108796794
19	NC_008116	AAAT	3	16068	16079	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	108796795
20	NC_008116	CTT	4	16519	16529	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	108796795
21	NC_008116	TC	6	16741	16752	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	108796795
22	NC_008116	ATGG	4	17090	17105	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	108796795
23	NC_008116	AATT	3	18437	18447	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108796853
24	NC_008116	GTTTT	3	19055	19068	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	108796853
25	NC_008116	ATTT	3	20034	20044	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796853
26	NC_008116	TTA	4	20456	20467	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108796853
27	NC_008116	T	12	21241	21252	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	108796853
28	NC_008116	TTTTAT	3	21377	21394	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	108796853
29	NC_008116	T	13	21496	21508	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	108796853
30	NC_008116	TAA	4	21993	22004	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108796853
31	NC_008116	TAG	4	23471	23481	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	108796784
32	NC_008116	TTTA	3	25886	25896	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_008116	T	14	26205	26218	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_008116	AATT	3	26278	26288	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_008116	TAA	4	27280	27291	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_008116	TAAT	3	27742	27753	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_008116	TCTT	3	28613	28624	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
38	NC_008116	AGA	4	30734	30746	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_008116	CAA	4	30975	30986	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	108796874
40	NC_008116	ATTT	3	33849	33861	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	108796859
41	NC_008116	AAAC	3	34232	34243	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	108796859
42	NC_008116	AAAT	3	35858	35868	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_008116	AAAT	3	35976	35986	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_008116	GCCAA	3	36139	36152	14	40 %	0 %	20 %	40 %	7 %	108796797
45	NC_008116	AACG	3	37097	37108	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	108796798
46	NC_008116	AAT	4	37472	37483	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108796790
47	NC_008116	GGTA	3	39900	39911	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	108796774
48	NC_008116	ATAAA	3	41082	41096	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
49	NC_008116	AAAT	3	41420	41432	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_008116	TCT	4	42477	42488	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	108796827
51	NC_008116	AAAC	3	45240	45251	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
52	NC_008116	AAAAT	3	46955	46968	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_008116	AATA	3	47106	47117	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_008116	TAAA	3	47183	47195	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_008116	A	17	47472	47488	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
56	NC_008116	AAATA	4	48448	48467	20	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
57	NC_008116	TTAA	3	48569	48580	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_008116	A	12	48737	48748	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_008116	ATTT	3	49155	49165	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_008116	AGA	4	51241	51251	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	108796839
61	NC_008116	TCTT	3	51426	51436	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108796839
62	NC_008116	TA	6	51525	51536	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108796839
63	NC_008116	AT	6	52396	52406	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	108796840
64	NC_008116	ATTT	3	53983	53993	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796840
65	NC_008116	TTGA	3	55682	55693	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_008116	TCAA	3	55722	55733	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
67	NC_008116	TATT	3	55973	55984	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_008116	AGC	4	56356	56366	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	108796848
69	NC_008116	AGA	4	57603	57614	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	108796778
70	NC_008116	TTA	4	58169	58180	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_008116	TAAA	3	58469	58479	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_008116	GTAT	3	59006	59016	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	108796772
73	NC_008116	CATT	3	60121	60132	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
74	NC_008116	AAT	4	62361	62372	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_008116	TTAC	3	62868	62879	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
76	NC_008116	ATT	4	64222	64233	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	108796800
77	NC_008116	AAAG	3	65272	65284	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_008116	TGTA	3	66218	66228	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	108796812
79	NC_008116	AATA	3	66553	66564	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_008116	TTTA	3	67165	67176	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_008116	TAT	4	67947	67958	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_008116	AAAC	3	69628	69638	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
83	NC_008116	AAAT	3	69778	69789	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_008116	T	12	70583	70594	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	108796857
85	NC_008116	AT	7	71036	71049	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108796857
86	NC_008116	TC	6	73020	73031	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
87	NC_008116	CTTA	3	73053	73064	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008116	AAAT	3	73353	73364	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_008116	A	17	73940	73956	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
90	NC_008116	AAAG	3	74744	74755	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_008116	AGAA	3	75054	75065	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_008116	AATT	3	77305	77317	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108796838
93	NC_008116	TTTA	3	77499	77509	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	108796838
94	NC_008116	AAAT	3	79446	79457	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_008116	TCTA	3	79646	79657	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
96	NC_008116	A	13	80576	80588	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_008116	CAAT	3	80625	80635	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	108796858
98	NC_008116	ATA	4	81046	81057	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	108796858
99	NC_008116	AT	6	81367	81377	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_008116	GAAA	3	81496	81508	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_008116	CCAA	3	81559	81570	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
102	NC_008116	AAT	4	82005	82017	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108796823
103	NC_008116	TTCG	3	82245	82255	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
104	NC_008116	T	13	85945	85957	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	108796842
105	NC_008116	TTTG	3	86743	86753	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	108796842
106	NC_008116	T	14	86861	86874	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	108796842
107	NC_008116	A	13	87116	87128	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	108796842
108	NC_008116	ATTTCT	3	87288	87304	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	108796842
109	NC_008116	ACA	4	87640	87650	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	108796842
110	NC_008116	AAAC	4	88194	88208	15	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	108796842
111	NC_008116	TTTG	3	88915	88926	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	108796842
112	NC_008116	TTC	4	92249	92259	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	108796842
113	NC_008116	CTTT	3	92562	92572	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108796842
114	NC_008116	CTA	4	95636	95647	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	108796842
115	NC_008116	ATTA	4	96724	96739	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	108796842
116	NC_008116	AT	7	96874	96887	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108796842
117	NC_008116	TATTTT	3	97084	97101	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	108796842
118	NC_008116	AAAG	3	97156	97167	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108796842
119	NC_008116	ATTT	3	97622	97633	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	108796842
120	NC_008116	TAAA	3	99581	99591	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108796842
121	NC_008116	AGAA	3	99772	99783	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	108796842
122	NC_008116	AACC	3	100222	100233	12	50 %	0 %	0 %	50 %	0 %	108796842
123	NC_008116	AT	7	100523	100535	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	108796842
124	NC_008116	TCTT	3	100825	100835	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108796842
125	NC_008116	TCTT	3	101612	101623	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	108796842
126	NC_008116	CTTT	3	103569	103579	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	108796842
127	NC_008116	AGA	4	104261	104272	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	108796842
128	NC_008116	TAAT	3	104351	104362	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	108796842
129	NC_008116	TTAA	4	105345	105359	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
130	NC_008116	TAAAAC	3	106110	106127	18	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
131	NC_008116	CAA	4	106235	106245	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	108796831
132	NC_008116	TTTA	3	106601	106611	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
133	NC_008116	AAT	4	107236	107248	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	108796835
134	NC_008116	TCG	4	107298	107308	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	108796846
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172	NC_008116	AAAT	3	134748	134758	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	108796786
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191	NC_008116	TAAA	3	145115	145127	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
192	NC_008116	TTAA	3	145956	145967	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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197	NC_008116	TTAAG	3	152809	152823	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
198	NC_008116	TAA	5	152850	152863	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
199	NC_008116	TTTA	3	154488	154498	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
200	NC_008116	AG	6	155370	155381	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Staurastrum punctulatum chloroplast